Heatmap: Cluster_89 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo104905 (RHS19)	0.38	0.52	0.63	0.59	0.65	0.66	0.78	0.63	0.66	0.63	0.55	0.44	0.19	0.51	0.31	0.23	0.6	0.4	0.41	0.02	0.11	0.12	0.85	1.0	0.11	0.33	0.45	0.49	0.42	0.47	0.44	0.34
Smo105037	0.57	0.79	0.9	0.7	0.76	0.74	0.91	0.66	0.87	0.69	0.89	0.6	0.55	0.37	0.5	0.42	0.69	0.57	0.28	0.07	0.02	0.01	1.0	0.76	0.05	0.28	0.39	0.6	0.5	0.63	0.6	0.56
Smo106991 (EMB2758)	0.53	0.48	0.58	0.53	0.76	0.69	0.9	0.84	0.82	0.65	0.69	0.62	0.65	0.17	0.36	0.52	0.6	0.5	0.78	0.04	0.01	0.0	0.6	0.51	0.0	0.47	0.7	0.74	0.92	1.0	0.37	0.33
Smo108537	0.5	0.5	0.52	0.48	0.46	0.48	0.53	0.41	0.48	0.54	0.51	0.47	0.21	0.41	0.34	0.27	0.73	0.4	0.35	0.15	0.06	0.26	1.0	0.74	0.02	0.28	0.58	0.76	0.84	0.82	0.6	0.59
Smo110362 (SRF8)	0.34	0.34	0.44	0.45	0.41	0.47	0.42	0.5	0.54	0.59	0.55	0.38	0.52	0.19	0.04	0.28	0.65	0.5	0.54	0.0	0.01	0.0	1.0	0.53	0.1	0.1	0.19	0.26	0.5	0.54	0.29	0.33
Smo123205 (KEG)	0.51	0.49	0.51	0.52	0.48	0.54	0.54	0.5	0.5	0.47	0.7	0.56	0.86	0.21	0.14	1.0	0.71	0.78	0.92	0.02	0.36	0.0	0.78	0.73	0.53	0.27	0.27	0.18	0.86	0.83	0.83	0.73
Smo123330	0.35	0.43	0.44	0.41	0.36	0.29	0.33	0.31	0.29	0.41	0.38	0.51	1.0	0.17	0.31	0.71	0.71	0.55	0.8	0.0	0.0	0.0	0.74	0.67	0.01	0.15	0.16	0.2	0.82	0.73	0.41	0.49
Smo134290	0.62	0.59	0.64	0.61	0.58	0.54	0.71	0.7	0.8	0.79	0.8	0.59	0.53	0.74	0.17	0.61	0.45	0.29	0.32	0.0	0.0	0.0	0.94	1.0	0.0	0.39	0.62	0.8	0.67	0.71	0.34	0.29
Smo143697	0.61	0.54	0.61	0.6	0.62	0.82	0.81	0.69	0.89	0.84	0.76	0.68	0.32	0.28	0.25	0.29	0.66	0.67	0.25	0.03	0.01	0.03	0.79	1.0	0.08	0.07	0.17	0.2	0.82	0.99	0.43	0.41
Smo177267 (SUC4)	0.5	0.63	0.61	0.45	0.47	0.56	0.41	0.35	0.52	0.44	0.53	0.41	0.01	0.0	0.0	0.06	0.4	0.34	0.25	0.0	0.01	0.0	0.93	1.0	0.15	0.08	0.09	0.11	0.84	0.66	0.5	0.4
Smo18758	0.49	0.49	0.42	0.51	0.48	0.5	0.43	0.65	0.28	0.46	0.37	0.43	0.83	0.24	0.19	0.65	0.58	1.0	0.72	0.0	0.0	0.0	0.67	0.65	0.0	0.19	0.21	0.15	0.77	0.78	0.49	0.51
Smo228155	0.49	0.54	0.61	0.57	0.6	0.62	0.63	0.7	0.75	0.77	0.78	0.56	0.77	0.45	0.39	1.0	0.48	0.48	0.59	0.03	0.09	0.09	0.88	0.98	0.11	0.29	0.54	0.61	0.75	0.83	0.35	0.44
Smo233841 (RLP29)	0.32	0.41	0.49	0.47	0.44	0.52	0.33	0.26	0.35	0.4	0.41	0.41	0.06	0.05	0.24	0.09	0.58	0.57	0.25	0.05	0.21	0.13	1.0	0.62	0.21	0.14	0.13	0.18	0.53	0.62	0.27	0.29
Smo23881 (ISE1)	0.66	0.86	0.91	0.87	0.99	1.0	0.78	0.8	0.67	0.67	0.76	0.61	0.31	0.4	0.31	0.24	0.65	0.94	0.68	0.01	0.16	0.07	0.5	0.38	0.15	0.18	0.42	0.54	0.71	0.88	0.68	0.74
Smo271409 (DHAR2)	0.45	0.48	0.6	0.55	0.52	0.58	0.56	0.52	0.51	0.42	0.48	0.42	0.76	0.44	0.35	0.3	0.69	0.47	0.3	0.07	0.14	0.14	1.0	0.71	0.25	0.16	0.64	0.65	0.68	0.79	0.49	0.42
Smo28310	0.17	0.21	0.23	0.25	0.37	0.25	0.26	0.39	0.28	0.22	0.22	0.19	0.53	0.21	0.19	0.6	0.47	1.0	0.44	0.0	0.0	0.02	0.5	0.48	0.04	0.17	0.16	0.14	0.53	0.53	0.49	0.49
Smo28635	0.97	0.82	0.82	0.69	0.79	0.75	0.7	0.6	0.9	0.9	0.94	0.73	0.28	0.15	0.18	0.65	0.45	0.59	0.34	0.0	0.06	0.0	1.0	0.92	0.1	0.47	0.24	0.23	0.84	0.73	0.35	0.37
Smo3012	0.57	0.74	0.63	0.61	0.83	1.0	0.75	0.73	0.64	0.5	0.5	0.47	0.34	0.24	0.48	0.29	0.87	1.0	0.62	0.08	0.33	0.18	0.52	0.45	0.53	0.14	0.6	0.62	0.69	0.74	0.62	0.68
Smo34417	0.7	0.7	0.82	0.71	0.76	0.57	0.71	0.65	0.74	0.77	0.84	0.66	0.3	0.3	0.3	0.37	0.49	0.47	0.21	0.03	0.0	0.01	1.0	0.92	0.03	0.41	0.33	0.49	0.48	0.59	0.6	0.54
Smo36236	0.6	0.61	0.8	0.64	0.62	0.65	0.71	0.61	0.67	0.71	0.74	0.61	0.4	0.21	0.28	0.49	0.58	0.58	0.34	0.08	0.2	0.13	0.96	1.0	0.2	0.3	0.21	0.24	0.67	0.63	0.37	0.38
Smo36847	0.39	0.49	0.62	0.63	0.6	0.81	0.95	1.0	0.71	0.69	0.59	0.5	0.61	0.26	0.37	0.63	0.66	0.71	0.68	0.13	0.07	0.03	0.7	0.69	0.25	0.53	0.86	0.76	0.76	0.78	0.41	0.44
Smo403193	0.53	0.41	0.78	0.57	0.6	0.56	0.6	0.76	0.57	0.56	0.47	0.55	0.64	0.29	0.27	0.7	0.78	0.71	0.64	0.03	0.07	0.06	0.81	0.87	0.13	0.27	0.3	0.43	0.83	1.0	0.53	0.52
Smo403912	0.15	0.19	0.28	0.18	0.69	0.29	0.18	0.28	0.06	0.08	0.26	0.15	0.53	0.15	0.23	0.58	0.55	1.0	0.62	0.0	0.0	0.0	0.51	0.45	0.0	0.05	0.12	0.07	0.57	0.52	0.54	0.55
Smo407655	0.18	0.26	0.45	0.29	0.19	0.29	0.49	0.27	0.33	0.27	0.36	0.33	0.01	0.0	0.0	0.02	0.49	0.64	0.01	0.0	0.01	0.22	0.95	1.0	0.02	0.26	0.07	0.14	0.6	0.6	0.32	0.23
Smo410538 (CARB)	0.51	0.53	0.46	0.49	0.49	0.48	0.44	0.39	0.38	0.41	0.52	0.43	0.67	0.3	0.31	0.72	0.53	0.42	1.0	0.01	0.2	0.19	0.57	0.58	0.28	0.28	0.29	0.27	0.51	0.51	0.47	0.46
Smo410739	0.82	0.7	0.87	0.79	0.58	0.62	0.72	0.81	0.74	0.78	1.0	0.77	0.47	0.2	0.23	0.55	0.45	0.29	0.55	0.0	0.0	0.02	0.87	0.92	0.07	0.16	0.22	0.28	0.58	0.67	0.72	0.71
Smo412903	0.43	0.43	0.55	0.44	0.4	0.37	0.58	0.4	0.46	0.42	0.48	0.42	0.06	0.0	0.03	0.04	0.6	0.53	0.07	0.25	0.03	0.15	1.0	0.97	0.0	0.1	0.07	0.12	0.32	0.41	0.32	0.23
Smo423947	0.25	0.21	0.38	0.29	0.2	0.3	0.28	0.34	0.35	0.42	0.36	0.38	0.8	0.17	0.28	0.66	0.54	1.0	0.71	0.27	0.24	0.3	0.56	0.53	0.2	0.41	0.25	0.37	0.57	0.62	0.54	0.52
Smo424121	0.4	0.53	0.61	0.52	0.48	0.53	0.66	0.55	0.68	0.57	0.57	0.46	0.18	0.36	0.18	0.35	0.44	0.44	0.42	0.12	0.16	0.08	1.0	0.81	0.07	0.13	0.42	0.54	0.45	0.53	0.33	0.42
Smo425597	0.64	0.53	0.55	0.6	0.64	0.67	0.77	0.9	0.84	0.77	0.73	0.69	0.31	0.7	0.53	0.34	0.52	0.42	0.27	0.05	0.05	0.01	1.0	0.93	0.16	0.34	0.78	0.8	0.61	0.64	0.43	0.49
Smo432231	0.42	0.45	0.53	0.45	0.34	0.37	0.31	0.3	0.43	0.51	0.42	0.3	0.94	0.06	0.07	1.0	0.59	0.7	0.94	0.0	0.01	0.0	0.62	0.71	0.08	0.09	0.08	0.12	0.61	0.65	0.63	0.58
Smo438165 (YLMG1-2)	0.79	0.86	0.75	0.71	0.96	0.94	0.82	0.76	0.66	0.55	0.61	0.53	0.31	0.59	0.43	0.53	0.93	1.0	0.82	0.18	0.33	0.36	0.61	0.63	0.54	0.29	0.71	0.67	0.84	0.85	0.8	0.87
Smo439136 (APAO)	0.32	0.41	0.47	0.5	0.42	0.43	0.62	0.4	0.61	0.44	0.48	0.36	0.01	0.01	0.01	0.01	0.58	0.73	0.06	0.12	0.05	0.1	0.72	0.97	0.2	0.04	0.4	0.33	0.54	0.67	0.63	1.0
Smo439204 (PIR1)	0.45	0.45	0.54	0.49	0.5	0.45	0.49	0.55	0.67	0.71	0.76	0.65	0.37	0.25	0.26	0.32	0.39	0.27	0.26	0.0	0.01	0.0	0.95	1.0	0.07	0.47	0.24	0.34	0.56	0.59	0.24	0.23
Smo448587	0.61	0.55	0.54	0.49	0.54	0.49	0.53	0.65	0.77	0.89	0.85	0.74	0.37	0.34	0.14	0.51	0.48	0.58	0.41	0.03	0.16	0.04	0.99	1.0	0.15	0.48	0.32	0.36	0.63	0.63	0.52	0.58
Smo56696	0.51	0.71	0.76	0.74	0.95	1.0	0.96	0.93	0.78	0.71	0.59	0.68	0.32	0.2	0.21	0.77	0.72	0.77	0.96	0.14	0.08	0.0	0.71	0.48	0.26	0.32	0.46	0.78	0.81	0.74	0.54	0.67
Smo68732	0.34	0.42	0.52	0.5	0.52	0.62	0.68	0.58	0.68	0.65	0.58	0.44	0.83	0.73	0.32	0.74	0.64	0.86	0.26	0.03	0.09	0.01	1.0	0.97	0.06	0.21	0.43	0.67	0.68	0.72	0.34	0.39
Smo69566	0.19	0.12	0.32	0.23	0.3	0.22	0.23	0.14	0.13	0.31	0.1	0.2	0.47	0.17	0.23	0.76	0.36	0.54	1.0	0.0	0.0	0.0	0.58	0.5	0.0	0.06	0.12	0.1	0.62	0.56	0.45	0.33
Smo69727 (TRFL6)	0.43	0.34	0.47	0.42	0.29	0.44	0.36	0.36	0.55	0.4	0.45	0.49	0.89	0.24	0.21	0.85	0.55	0.81	1.0	0.23	0.22	0.09	0.77	0.78	0.33	0.17	0.1	0.19	0.75	0.79	0.54	0.55
Smo71406	0.38	0.53	0.64	0.63	0.69	0.72	0.94	0.97	0.94	0.88	0.66	0.69	0.55	0.23	0.49	0.84	0.86	0.53	0.92	0.01	0.02	0.0	0.77	0.76	0.14	0.35	0.37	0.4	0.99	1.0	0.37	0.36
Smo72615	0.4	0.46	0.46	0.39	0.4	0.4	0.34	0.31	0.32	0.4	0.32	0.41	0.52	0.24	0.41	0.79	0.61	0.6	1.0	0.0	0.11	0.03	0.65	0.72	0.15	0.09	0.07	0.09	0.75	0.77	0.58	0.59
Smo74313	0.34	0.39	0.41	0.39	0.48	0.59	0.49	0.41	0.43	0.43	0.4	0.3	0.39	0.81	0.13	0.4	0.42	0.81	0.19	0.03	0.09	0.09	1.0	0.68	0.29	0.11	0.4	0.46	0.36	0.41	0.32	0.4
Smo77776	0.5	0.45	0.62	0.53	0.55	0.69	0.47	0.26	0.46	0.46	0.53	0.37	0.12	0.14	0.36	0.15	0.68	0.61	0.95	0.33	0.27	0.03	1.0	0.37	0.07	0.18	0.2	0.17	0.56	0.62	0.4	0.3
Smo79996	0.51	0.44	0.48	0.61	0.54	0.5	0.6	0.65	0.47	0.58	0.46	0.48	0.9	0.36	0.35	1.0	0.73	0.66	0.82	0.01	0.0	0.0	0.54	0.58	0.34	0.18	0.3	0.23	0.6	0.57	0.57	0.67
Smo84581	0.27	0.32	0.41	0.38	0.48	0.44	0.56	0.47	0.55	0.47	0.41	0.3	0.23	0.25	0.31	0.19	0.58	0.45	0.26	0.0	0.0	0.01	0.93	1.0	0.02	0.26	0.2	0.2	0.46	0.59	0.34	0.39
Smo84611	0.17	0.25	0.35	0.19	0.29	0.17	0.15	0.18	0.17	0.15	0.21	0.19	0.26	0.13	0.09	0.34	0.48	1.0	0.59	0.0	0.0	0.0	0.51	0.42	0.0	0.11	0.15	0.25	0.4	0.46	0.29	0.28
Smo86219 (MRH1)	0.81	0.75	0.79	0.74	0.72	0.73	0.74	0.72	0.77	0.81	0.83	0.76	0.21	0.43	0.29	0.27	0.8	0.53	0.33	0.66	0.52	0.24	1.0	0.79	0.48	0.36	0.66	0.82	0.86	0.9	0.57	0.54
Smo8800	0.03	0.0	0.11	0.05	0.34	0.08	0.07	0.06	0.07	0.18	0.0	0.0	0.14	0.0	0.13	0.88	0.25	1.0	0.53	0.0	0.0	0.0	0.62	0.84	0.0	0.0	0.0	0.0	0.37	0.42	0.47	0.34
Smo89101	0.44	0.33	0.38	0.52	0.58	0.6	0.53	0.67	0.98	0.9	0.81	0.51	0.13	0.23	0.29	0.24	0.48	0.44	0.28	0.03	0.14	0.53	1.0	0.74	0.22	0.15	0.58	0.55	0.76	0.87	0.51	0.67
Smo8952	0.24	0.19	0.22	0.24	0.16	0.22	0.16	0.19	0.26	0.26	0.22	0.36	0.56	0.59	0.18	0.79	0.35	0.83	1.0	0.06	0.05	0.04	0.55	0.57	0.04	0.1	0.08	0.06	0.54	0.56	0.37	0.28
Smo9031	0.51	0.7	0.51	0.44	0.34	0.52	0.55	0.33	0.45	0.49	0.43	0.51	0.81	0.27	0.29	0.95	0.74	1.0	0.94	0.04	0.19	0.01	0.86	0.82	0.43	0.24	0.18	0.24	0.87	0.89	0.83	0.81
Smo90899	0.61	0.68	0.96	0.77	0.72	0.71	0.99	0.65	0.79	0.73	0.67	0.54	0.46	0.52	0.17	0.45	0.64	0.56	0.68	0.0	0.0	0.0	0.86	0.9	0.0	0.41	0.67	1.0	0.71	0.81	0.33	0.26
Smo91359 (FMA)	0.28	0.27	0.34	0.27	0.33	0.32	0.4	0.44	0.43	0.41	0.39	0.34	0.0	0.0	0.0	0.02	0.34	0.37	0.28	0.0	0.15	0.0	0.72	1.0	0.17	0.34	0.14	0.1	0.42	0.33	0.47	0.45
Smo96692 (HSL1)	0.46	0.5	0.6	0.46	0.49	0.48	0.46	0.45	0.55	0.57	0.6	0.5	0.07	0.07	0.05	0.15	0.51	0.44	0.15	0.04	0.12	0.16	1.0	0.49	0.07	0.16	0.29	0.39	0.5	0.51	0.2	0.17
Smo97235 (RPS14)	0.33	0.34	0.48	0.3	0.45	0.46	0.21	0.28	0.24	0.26	0.29	0.23	0.74	0.5	0.54	0.84	0.52	1.0	0.77	0.01	0.0	0.0	0.57	0.59	0.0	0.07	0.2	0.19	0.58	0.64	0.43	0.49
Smo98217	0.36	0.27	0.3	0.37	0.21	0.36	0.33	0.38	0.22	0.38	0.24	0.32	0.63	0.28	0.56	0.73	0.39	1.0	0.83	0.0	0.01	0.25	0.51	0.6	0.03	0.21	0.29	0.3	0.61	0.47	0.59	0.5
Smo98949 (VAC-INV)	0.32	0.63	0.79	0.71	0.53	0.53	0.81	0.54	0.57	0.53	0.45	0.39	0.1	0.14	0.1	0.27	0.66	0.59	0.41	0.01	0.08	0.01	1.0	0.9	0.33	0.07	0.24	0.31	0.61	0.65	0.32	0.28
Smo99286	0.39	0.47	0.42	0.36	0.37	0.35	0.33	0.38	0.41	0.47	0.47	0.46	0.48	0.22	0.13	0.49	0.5	1.0	0.52	0.13	0.02	0.22	0.72	0.64	0.11	0.35	0.25	0.3	0.57	0.57	0.59	0.64

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)