Heatmap: Cluster_3 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Archegonia (mature)	Antheridia (9 DAI)	Antheridia (small, 11 DAI)	Antheridia (mature, 14-15 DAI)	Antheridia (japan)	Antheridia	Antheridia Reute	Antheridia Gransden	Sperm cell packages	Gametophore	Gametophore (dehydrated)	Gametophore (rehydrated)	Gametophore (hydroponic)	Gametophore+auxin (hydroponic)	Leaflets	Paraphysis	Sporophyte (9 DAF)	Sporophyte (16 DAF)	Sporophyte S1	Sporophyte S2	Sporophyte S3	Sporophyte S4	Sporophyte (10 DPC)	Spore capsule (green)	Spore capsule (green, reute)	Spore capsule (mature)	Spore capsule (mature, reute)	Spores (germinating, continous light)	Protoplast	Protonema	Protonema (liquid culture)	Protonema+aba	Protonema+gametophore	Protonema+gametophore (continous light)	Protonema+gametophore (heat stress)	Protonema+gametophore (high light)	Protonema+gametophore (low light)	Protonema+gametophore+acetone	Protonema+gametophore+gib.acid (continous light)	Protonema+gametophore+glucose (blue light)	Protonema+gametophore+glucose (darkness)	Protonema+gametophore+glucose (far red light)	Protonema+gametophore+glucose (red light)	Protonema+gametophore+glucose (uv-b light)	Protonema+gametophore+jasmonate	Protonema+gametophore+stringolactone	Protonema+glucose (continous light)	Chloronema
Pp3c10_11520V3.1 (NRPC1)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.4	-	-	-	-	-	-	1.33	-	-1.48	-	-	-	-	-	-	-	1.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c10_12940V3.1 (Pp3c10_12940)	-	-	0.01	1.45	1.94	1.58	1.82	-	4.97	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.6	-	-
Pp3c10_18560V3.1 (Pp3c10_18560)	-	2.66	-1.73	-3.05	-	-	-	-	4.46	-1.03	-1.67	-	-0.8	0.31	-2.15	-	1.81	-0.5	-	-2.16	-2.28	-	-	-	-	-0.55	-	-2.45	-	-1.27	-2.2	-0.51	-	-2.95	-	-2.74	-2.03	-0.13	-1.78	-0.23	0.76	1.26	-1.14	-2.1	-2.96	0.7	-2.53	-2.22
Pp3c10_25250V3.1 (Pp3c10_25250)	-	2.15	1.95	2.13	-	-	-1.72	-	4.21	-	-	-	-	-	-5.95	2.89	1.8	-0.49	-	-	-	-	-	-1.85	-	2.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c10_25840V3.1 (Pp3c10_25840)	-	-	-	-	0.64	-	-	-	5.17	-	-	-	-	-	-	-	2.1	-	-	-	-	-	-	-	1.25	1.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c11_15750V3.1 (Pp3c11_15750)	-	2.01	1.43	1.73	-1.36	-	-	-	4.18	-	-	-	-	-	-	2.67	2.0	-0.95	-	-	-	-	-	1.59	-	2.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c11_17060V3.1 (Pp3c11_17060)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.49	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c11_17980V3.1 (CEL2)	-	-0.83	1.97	0.19	-	-	-	-	4.68	-0.46	-	-	-	1.32	-1.55	-	2.98	-0.09	-	-	-	-	-	0.01	-	1.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c12_14360V3.1 (Pp3c12_14360)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c13_17850V3.1 (Pp3c13_17850)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.53	-	-	-	-	-	-	-	0.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c14_15590V3.1 (HSP91)	-	-	1.87	0.37	-	-0.08	1.99	-0.7	4.3	-	-	-	-	0.15	-4.8	-	1.86	0.23	-	-	-	1.55	-	-	-	1.29	-	-	-	-3.62	-1.22	-1.24	-2.93	-1.11	-1.28	-	-	-0.87	-	-	0.44	0.2	-	-	-	-1.06	-0.87	-1.06
Pp3c14_26890V3.1 (Pp3c14_26890)	-	-	-	2.87	-1.35	-	-	-	5.11	-	-	-	-	-	-	-	1.38	-	-	-	-	-	-	-	-	1.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c15_22580V3.1 (Pp3c15_22580)	-	0.77	2.42	-1.24	-	-	-	-	4.98	-	-	-	-	-	-5.09	-	2.11	-	-	-	-	-	-	-	-1.47	2.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c15_22590V3.1 (Pp3c15_22590)	-	-	1.83	-	-	-	-	-	5.17	-	-	-	-	-	-	-	1.42	-	-	-	-	-	-	-	-	2.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c15_4570V3.1 (Pp3c15_4570)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.46	-	-	-	-	-	-	-	2.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c16_12587V3.1 (NRPD5)	-	-	-	-	-0.46	-	-	-	4.35	-	-	-	-	-	-	3.57	1.26	1.27	-	-	-	-	-	-	-	3.35	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c16_21730V3.1 (Pp3c16_21730)	-	-	-	-	-	-	2.73	-	5.16	-	-	-	-	-	-	-	-	2.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c16_5400V3.1 (Pp3c16_5400)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.52	-	-	-	-	-	-	-	0.84	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-2.33	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c17_8740V3.1 (Pp3c17_8740)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c18_15070V3.1 (Pp3c18_15070)	-	1.81	2.0	-0.33	-	-	-	-	5.03	-	-	-	-	-	-	-	2.3	-	-	-	-	-	-	-	-	1.13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c18_4610V3.1 (Pp3c18_4610)	-	-	-	-0.76	-	-	-	0.85	5.05	-	-	-	-	-	-	-	3.38	-	-	-	-	-	-	-	-	1.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c1_18120V3.1 (Pp3c1_18120)	-	2.4	-	-	-	-	-	-	5.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.14	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c1_30800V3.1 (Pp3c1_30800)	-	3.23	-	1.22	-	-	-	-	5.13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c1_32680V3.1 (Pp3c1_32680)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.46	-	-	-	-	-	-	-	1.98	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c1_43110V3.1 (Pp3c1_43110)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c20_22240V3.1 (Pp3c20_22240)	-	-	0.1	-	-	-	0.35	-	4.99	-	-	-	-	-	-3.0	-	2.79	1.46	-	-	-	-	-	-0.78	-	1.36	-	-	-	-1.18	-	-	-2.43	-	-	-	-	-	-	-	-3.43	-	-	-	-	-3.24	-	-3.28
Pp3c21_14510V3.1 (Pp3c21_14510)	-	-	-	-0.44	-	0.7	0.94	-	4.94	-	-	1.01	-	-	-	-	1.54	0.95	-	-	-	-	-	-	-0.66	2.04	0.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c21_14870V3.1 (Pp3c21_14870)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c21_18290V3.1 (Pp3c21_18290)	-1.1	-2.82	0.63	0.6	-2.1	-0.22	2.37	1.98	4.38	0.11	-2.96	-1.78	-	-2.95	-3.98	-1.38	0.38	-0.36	-	-1.83	-	-0.16	-	-1.97	-0.71	1.76	-2.13	-	-	-3.41	-1.0	-	-4.96	-	-	-	-	-1.56	-	-2.19	-0.59	-2.93	-1.21	-3.38	-	-2.12	-0.51	-4.48
Pp3c21_3240V3.1 (Pp3c21_3240)	-	-	-	1.12	-2.3	-	-	-	4.67	-	-	-	-	-	-	4.05	0.72	-	-	-	-	-	-	-	-	1.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c23_5190V3.1 (Pp3c23_5190)	-	-	-0.6	-	-	-	-	-	5.35	-	-	-	-	-	-4.09	-	0.99	-	-	-	-	-	-	-	-	1.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.47	-
Pp3c24_9380V3.1 (Pp3c24_9380)	-	-	-	-	2.65	-	-	-	5.14	-	-	-	-	-	-	2.03	1.31	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c26_7820V3.1 (Pp3c26_7820)	-	-	0.61	0.61	-1.19	0.05	-0.07	0.78	4.19	0.22	-0.97	-1.05	-1.2	0.77	-0.64	-	1.56	-0.64	-2.39	-	-1.62	-	-1.61	-1.07	-0.08	2.1	-0.99	-	-0.78	-0.83	-2.5	-2.23	-2.16	-2.23	-	-2.0	-2.24	-1.8	-	-1.05	-2.59	-1.83	0.07	-0.62	-1.18	-1.22	-3.16	-0.77
Pp3c27_8740V3.1 (Pp3c27_8740)	-	-	1.46	2.9	-	-	-	-	5.12	-	-	-	-	-	-3.01	-	1.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c2_24930V3.1 (Pp3c2_24930)	-	1.01	-	-	-0.44	-	-	-	4.86	-1.47	-	-	-0.72	0.18	-1.38	-	1.65	-	-1.99	-	-	0.73	0.63	-	-0.79	-0.3	-	-	-0.82	-1.29	-0.89	-0.58	-	-	-	-0.21	-	-	0.26	-	-	-0.08	-	-	-0.65	-	-	-
Pp3c2_38330V3.1 (Pp3c2_38330)	2.38	-	2.38	-	2.57	-	-	-	4.87	-	-	-	-	-	-	-	1.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c2_4630V3.1 (Pp3c2_4630)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.97	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c3_23390V3.1 (Pp3c3_23390)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c3_36410V3.1 (NUP155)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.07	-	-	-	-	-	-	3.34	1.35	-0.96	-	-	-	-	-	-	-1.08	-0.37	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c3_37780V3.1 (Pp3c3_37780)	-	1.67	-2.1	0.3	-3.6	-	-	-	5.08	-	-	-	-	-	-6.51	0.13	2.09	-0.44	-	-	-	-	-	-	-	1.78	-	-	-	-6.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c4_20665V3.1 (Pp3c4_20665)	-	-	-0.58	-1.14	-	-	-	-	5.4	-	-	-	-	-	-	-	0.12	-	-	-	-	-	-	-	-	1.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c4_24450V3.1 (Pp3c4_24450)	-	-	-	-	2.99	-	-	-	5.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c4_32150V3.1 (Pp3c4_32150)	-	2.93	-1.01	1.59	-3.55	-	-	0.68	4.52	-	-	-	-	-	-5.15	1.88	1.49	-1.03	-	-	-	-	-	-4.04	-	2.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c4_7220V3.1 (Pp3c4_7220)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.28	-	-	-	-	-	-	-	2.04	-	-	-	-	-	-	-	-	2.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c5_12870V3.1 (WNK9)	-	1.61	-	0.11	-	-	-	-	5.3	-	-1.0	-	-	-	-	-	0.34	-0.71	-	-	-	-	-	-	0.08	-0.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c6_17110V3.1 (Pp3c6_17110)	-	-	1.3	-	-	-	-	-	4.84	-	-	-	1.57	-	-	2.6	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.9	-	-	-	-1.37	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c6_2130V3.1 (Pp3c6_2130)	-	-	-	-	-	-	-	-	4.99	-	-	-	-	-	-	-	3.09	-	-	-	-	-	-	-	-	2.94	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c6_29850V3.1 (Pp3c6_29850)	-	-	-	-	-	-	-	-	4.76	-	-	-	-	-	-	3.74	2.19	-1.11	-	-0.27	-	-	-	-	-0.32	-0.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c7_12456V3.1 (Pp3c7_12456)	-	-	-	-	-	0.74	-	-	4.58	-	-	-	-	-	-	1.47	2.88	-0.83	-	-	-	-	-	-	-	3.54	-	-	-	-3.31	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c7_18450V3.1 (Pp3c7_18450)	-	-	0.6	-	0.2	2.17	-	-	4.73	-	-	-	-	-	-	2.91	-	2.19	-	-	-	-	-	-	-	1.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c7_18860V3.1 (WRKY6)	-	-	-	-	-1.9	-	-	-	5.16	-	-	-	-	-	-	-	1.98	-0.92	-	-	2.24	-	-	0.77	-	-0.92	-	-	-	-3.73	-	-	-	-1.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c7_19990V3.1 (Pp3c7_19990)	-	-	-	-	-	-	-	-	5.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c8_19030V3.1 (Pp3c8_19030)	-	-	-	-	-	3.4	-	-	5.22	-	-	-	-	-	-2.59	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c8_21380V3.1 (Pp3c8_21380)	-	2.61	-	2.18	-	-	-	-	4.7	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.51	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c8_22990V3.1 (MCM5)	-	-	-1.83	-0.64	-0.55	-	1.17	-	5.06	-	-	-	-	-	-	0.23	0.57	0.52	-	-	-	-	-	-	-	1.65	-	-	-0.9	-	0.26	-	-	-	-	-0.09	-	-	-	-0.61	-	-	-	-	-	-	-	-2.87
Pp3c8_23580V3.1 (Pp3c8_23580)	-	-	-0.69	2.76	-1.39	-0.7	-	-	5.13	-	-1.55	-1.84	-	-	-	-	0.67	-0.09	-	-	-	-	-	-	-	-0.47	-	-	-	-	-	-	-	-	-1.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.89
Pp3c9_12701V3.1 (EMB2780)	-	2.07	1.94	0.14	-	-	-	-	5.1	-	-	-	-	-	-6.72	-0.11	1.35	-2.34	-	-	-	-	-	-2.41	-	-0.5	-	-3.72	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c9_14570V3.1 (Pp3c9_14570)	-	0.6	-0.4	-	-0.9	-	-	-	4.55	-	-	-	-	-	-	4.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c9_24920V3.1 (Pp3c9_24920)	-	-	-	-	-	-	-	-	4.62	-	-	-	-	-	-	3.25	0.2	1.15	-	-	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-2.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3c9_8610V3.1 (Pp3c9_8610)	-	3.51	-	-	-	-	-	-	5.19	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Pp3s1178_10V3.1 (Pp3s1178_10)	-	2.63	-	0.68	-	-	-	-	4.69	0.3	-	-1.54	0.04	-	-2.12	1.34	1.39	-1.37	-	-	-	-	-	-	-	1.66	-	-	-	-1.64	-	-0.47	-	-	-	-	-	-1.19	-	-	-	-0.12	-	-	-	-1.38	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.