Heatmap: Cluster_200 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo100028	0.41	0.38	0.38	0.21	0.42	0.4	0.2	0.39	0.22	0.21	0.3	0.14	-0.29	-0.01	0.82	0.12	-0.55	-1.11	-0.08	-1.33	0.09	0.19	-0.38	-0.21	0.41	-0.6	-0.41	-0.58	-0.63	-0.56	-0.46	-0.55
Smo101072	0.15	0.25	0.1	0.34	0.22	0.35	0.29	0.53	0.47	0.42	0.24	0.09	-0.15	-0.12	0.07	0.08	-0.0	-0.47	-0.16	-1.76	0.29	-0.56	0.07	0.1	0.03	-0.49	-0.03	-0.2	-0.2	-0.23	-0.81	-0.82
Smo107700	0.3	0.08	0.21	-0.02	0.56	0.42	-0.15	0.12	0.23	0.32	0.18	0.13	0.06	0.23	1.12	0.25	-0.77	-0.97	0.06	-2.12	1.19	-1.2	-0.37	-0.35	-1.12	-0.05	-0.21	-0.09	-0.24	-0.05	-1.35	-1.08
Smo109836	-0.44	-0.37	-0.3	0.02	0.15	0.34	0.51	0.5	0.47	0.39	0.17	-0.04	-0.63	0.31	0.81	-0.31	-0.17	-0.57	-0.44	-1.04	0.14	-0.95	-0.35	-0.61	0.51	-0.75	0.44	0.51	0.11	0.29	-0.54	-0.79
Smo113971	-0.29	0.16	0.05	-0.05	0.04	0.02	0.18	-0.24	0.09	0.07	0.05	-0.14	-0.17	0.61	0.34	0.24	-0.67	0.08	0.44	-0.29	0.59	-1.56	0.71	0.76	-0.55	-0.29	-0.11	0.12	-0.63	-0.47	-1.0	-0.51
Smo114722	-0.39	-0.21	-0.27	0.17	0.64	0.56	0.77	0.67	0.82	0.15	0.39	0.1	-0.91	-0.9	0.39	-0.73	-0.54	-0.3	0.05	-	-2.33	-	-0.64	-0.53	1.32	-0.4	0.62	0.39	-0.36	-0.0	-0.16	0.03
Smo117099	0.08	0.03	-0.29	0.26	0.32	0.28	0.13	0.15	0.29	0.25	0.22	0.2	-0.05	0.13	0.28	0.18	-0.3	-0.99	0.07	0.06	0.06	-0.79	-0.16	-0.25	0.16	0.26	0.05	-0.08	-0.36	-0.19	-0.47	-0.59
Smo123971	-0.14	0.16	-0.01	0.21	0.03	0.07	-0.38	-0.31	-0.51	-0.32	-0.47	-0.56	-0.17	-0.61	0.89	0.23	-0.24	-0.72	1.05	0.02	1.06	-0.56	-0.57	-0.95	0.68	-0.21	0.74	0.79	-0.61	-0.3	-1.16	-1.22
Smo124867	-0.34	-0.16	-0.23	0.0	0.04	0.07	0.13	-0.02	-0.12	-0.19	-0.23	-0.38	0.24	0.28	0.45	0.4	-0.59	-0.69	-0.1	-0.68	0.44	-1.19	-0.08	-0.03	1.11	0.54	0.63	0.68	-0.6	-0.58	-0.79	-0.8
Smo124989	0.17	0.52	0.01	0.65	0.75	0.64	0.28	0.31	0.74	0.86	0.68	0.49	-0.7	0.79	1.58	0.43	-2.57	-2.06	-1.04	-1.28	-3.33	-0.82	-2.89	-1.31	0.6	0.03	-0.53	-0.3	-2.17	-0.99	-2.34	-0.96
Smo129166	0.06	0.03	-0.1	0.13	0.14	0.11	0.39	0.38	0.44	0.36	0.27	0.37	-0.8	-0.66	0.32	-0.79	-0.37	-0.86	-0.75	0.32	0.63	-0.26	-0.73	-0.63	1.41	-0.59	-0.09	-0.02	-0.28	-0.22	-0.88	-0.61
Smo137234	0.26	-0.32	0.44	0.4	0.39	0.56	1.14	0.47	0.53	0.56	0.76	0.17	-0.35	-2.17	-2.62	-0.49	-1.46	-0.2	-1.13	-0.32	0.9	-0.29	-1.46	-1.5	1.38	-1.2	0.21	-0.2	-1.56	-1.97	0.21	-0.68
Smo140975	-0.21	0.11	0.11	0.41	0.31	0.16	0.68	0.75	0.6	0.58	0.28	0.32	-0.49	-0.43	-0.21	-0.44	-0.58	-1.41	-0.45	0.27	0.19	-1.52	-0.18	-0.09	0.78	-0.34	-0.55	-1.02	-0.38	-0.42	0.0	-0.05
Smo148262	-0.1	-0.13	-0.08	0.13	0.2	0.12	0.09	0.14	0.2	0.39	0.42	0.24	0.22	0.35	0.37	0.12	-0.37	-0.62	-0.4	-0.05	0.54	-0.29	-0.17	0.0	0.91	-0.48	-0.49	-0.6	-0.61	-0.55	-0.69	-0.56
Smo158708	0.02	-0.21	-0.14	-0.12	0.1	0.2	0.09	0.08	0.25	0.4	0.16	0.05	-0.15	-0.1	0.47	0.04	-0.04	-0.52	0.04	-1.47	0.07	-0.92	0.03	0.05	0.25	0.05	0.17	0.19	-0.17	-0.11	-0.08	0.13
Smo164697	-0.1	-0.36	-0.37	-0.24	-0.12	0.05	0.02	0.34	0.19	0.06	0.12	-0.08	-0.06	0.2	0.9	-0.08	-0.94	-1.38	0.14	0.39	0.73	-1.36	-0.28	-0.01	0.93	0.75	0.25	0.06	-0.32	-0.41	-1.34	-1.64
Smo165487	-0.89	-0.42	-1.59	-0.61	-0.01	0.17	-0.57	0.56	-0.01	-0.42	-0.62	-0.52	0.14	-0.98	0.7	-0.13	-0.89	-2.16	0.24	0.84	1.33	-2.32	-0.39	0.01	1.85	0.59	0.23	0.38	-0.56	-0.19	-1.24	-1.13
Smo170974	-1.04	-0.35	0.32	0.76	0.94	0.89	0.77	0.63	0.25	0.25	-0.1	-0.35	0.92	-0.48	-0.83	0.73	-0.35	-1.43	0.43	-0.19	0.01	-1.15	-0.57	-1.08	0.62	0.22	-0.68	-0.47	-0.97	-0.92	-1.48	-1.42
Smo172238	0.23	0.46	0.31	0.36	0.28	0.22	0.36	0.48	0.41	0.45	0.24	0.34	-0.13	-0.06	-0.84	0.07	-0.12	-0.43	-0.12	-2.55	0.23	-2.5	0.02	-0.03	0.05	-0.16	-0.12	-0.02	-0.18	-0.13	-0.36	-0.43
Smo185054	-0.02	0.1	0.3	0.44	0.38	0.34	0.38	0.4	0.14	0.29	0.05	0.2	-0.77	-0.2	0.58	-0.3	-0.3	-1.87	0.26	-0.71	-0.58	-1.47	-0.3	-0.37	1.13	0.08	0.13	0.3	-0.29	-0.19	-0.88	-0.79
Smo228081	0.05	0.2	0.07	0.16	0.25	0.23	0.01	0.17	0.27	0.12	-0.0	0.04	-0.33	-0.17	0.27	-0.21	-0.44	-0.68	0.09	-0.02	0.26	0.14	-0.25	-0.11	0.38	0.02	0.12	0.05	-0.61	-0.62	-0.27	0.03
Smo229055	-0.22	-0.05	-0.04	0.09	0.12	0.5	0.52	0.45	0.45	0.16	0.18	-0.01	-0.7	-0.48	0.44	-0.7	0.27	-0.08	-0.12	-1.19	-0.18	-1.74	0.02	-0.14	0.45	-0.93	0.55	0.64	0.18	0.27	-0.93	-0.86
Smo230378	0.12	0.28	0.07	0.25	0.41	0.35	0.17	0.27	0.52	0.47	0.34	0.08	-0.1	-0.25	0.29	0.03	-0.47	-0.41	-0.12	-1.29	0.38	-0.17	-0.03	-0.06	0.71	-0.0	-0.48	-0.36	-0.44	-0.53	-1.26	-1.14
Smo230410	-0.49	-0.2	0.17	0.23	0.37	0.35	0.17	0.33	0.1	0.19	0.1	-0.42	-0.07	-0.22	0.24	0.14	-0.29	-0.87	-0.04	-0.34	0.82	-1.22	0.26	0.24	0.95	0.61	-0.52	-0.49	-0.35	-0.36	-1.44	-0.9
Smo230605	-1.18	-0.28	0.46	0.73	0.59	0.92	1.15	0.8	0.45	0.2	-0.38	-0.55	-0.4	-0.7	-0.72	-0.02	-0.64	-1.29	-0.48	-0.12	0.7	-1.08	-0.06	-0.32	1.03	-0.15	-0.39	-0.24	-1.08	-1.31	-0.6	-0.38
Smo232165	0.05	0.38	0.02	0.15	0.11	0.06	0.38	0.45	0.81	0.83	0.54	0.0	-0.34	0.87	0.74	-0.14	-1.47	-1.4	0.45	-2.35	-0.13	-1.37	-0.41	-0.37	0.88	0.31	-1.44	-1.36	-0.74	-0.6	-0.58	-0.57
Smo233154	0.17	0.46	0.09	0.26	0.42	0.1	0.05	-0.04	0.06	0.23	0.05	0.05	0.29	0.12	0.67	0.38	-0.31	-0.96	-0.09	-0.51	0.24	-1.36	-0.04	0.24	0.4	-0.54	-0.44	-0.77	-0.28	-0.13	-0.39	-0.31
Smo236749	0.62	0.13	0.33	-0.12	0.76	0.28	0.5	0.8	0.68	1.02	0.77	0.71	-1.08	-1.0	-0.14	-1.21	-1.01	-2.41	-0.77	-0.5	0.56	-0.47	-0.84	-1.11	1.44	-0.97	-1.07	-0.61	-0.67	-0.86	-0.87	-0.8
Smo269569	-0.22	-0.35	-0.22	-0.03	-0.02	0.0	0.26	0.43	0.42	0.31	0.31	0.24	-0.95	0.72	0.51	-0.37	-0.13	-0.54	-0.18	-0.96	0.17	-2.12	-0.09	-0.32	0.91	-0.11	0.07	0.13	-0.03	0.07	-0.19	-0.55
Smo269623	-0.01	0.08	-0.13	-0.01	0.03	0.11	-0.0	0.11	-0.02	0.04	-0.19	0.04	0.28	0.26	-0.78	0.62	-0.65	-0.88	0.84	-0.96	0.59	-1.86	-0.35	-0.06	1.1	0.76	-0.17	-0.07	-0.2	-0.26	-0.88	-1.06
Smo270490	-0.48	-0.53	-0.47	-0.25	-0.13	0.04	0.01	0.11	0.18	0.06	-0.01	-0.26	-0.27	0.56	0.39	0.0	-0.0	-0.06	0.08	-2.12	0.45	-1.42	0.09	0.18	0.55	-0.1	0.39	0.23	0.05	0.2	-0.01	0.17
Smo271536	0.11	-0.03	0.03	0.07	-0.12	-0.0	0.25	0.32	0.54	0.74	0.43	0.59	-1.32	1.24	-0.33	-0.39	-0.51	-6.12	-0.46	-2.06	0.68	-6.57	-0.24	-0.41	0.89	-0.02	-0.51	-0.71	0.08	0.01	0.11	0.06
Smo30384	-0.26	-0.18	-0.11	-0.08	-0.01	0.11	0.51	0.36	0.22	0.42	0.29	0.01	0.31	0.14	0.87	0.72	-0.38	-0.81	0.21	-1.22	0.15	0.45	0.01	0.16	-1.12	-0.49	-0.53	-0.4	-0.44	-0.43	-0.22	-0.76
Smo403655	-0.16	-0.35	-0.32	-0.11	-0.04	-0.11	0.18	0.45	0.53	0.58	0.49	0.16	-1.12	0.93	0.42	-0.11	-0.17	0.1	-0.22	-4.41	-2.05	-2.61	0.03	-0.01	0.33	-0.76	0.3	0.5	0.17	0.21	-0.05	0.12
Smo405515	0.06	0.19	0.07	0.32	0.27	0.28	0.24	0.33	0.3	0.25	0.29	0.21	0.34	-0.08	-0.34	0.39	-0.67	-1.29	0.19	-1.16	0.19	-1.5	-0.0	-0.05	1.0	0.24	-0.01	-0.28	-0.59	-0.45	-0.93	-0.9
Smo405780	-0.33	-0.19	-0.49	0.26	0.41	0.47	0.54	0.42	0.52	0.31	0.23	-0.08	-0.8	-0.3	-1.18	-0.73	-0.47	-1.55	0.61	-2.54	0.58	0.74	-0.62	-0.32	1.13	0.08	-0.01	0.66	-0.48	-0.44	-1.07	-0.81
Smo406433	0.04	0.4	0.34	0.15	0.28	0.06	0.08	0.38	0.4	0.44	-0.01	0.3	0.43	-0.4	-0.22	-0.07	-0.4	-1.37	-0.06	-0.1	-0.23	-2.79	0.05	0.05	1.06	0.01	-0.04	-0.19	-0.42	-0.46	-0.65	-0.54
Smo407302	-1.21	-0.77	-0.21	0.12	-1.14	0.74	0.87	0.37	1.06	0.23	-0.19	-0.61	-1.34	-1.78	1.69	-0.72	-0.28	-	0.16	0.41	1.51	-	-0.19	-0.63	0.2	-0.73	0.21	-0.2	-0.55	0.42	-0.82	-1.1
Smo409322	0.39	-0.24	0.14	0.16	-0.61	0.38	-0.23	0.76	0.74	0.5	0.67	0.23	-0.84	0.91	0.62	-0.76	-1.62	-1.25	-1.36	-0.52	1.46	-2.07	-2.44	-1.9	1.14	0.48	0.41	0.07	-1.57	-1.0	-1.84	-1.57
Smo413745	0.0	0.02	0.04	0.42	0.28	0.54	0.24	0.22	0.21	0.22	0.24	0.11	-0.18	-0.33	-0.11	0.05	-0.22	-0.86	0.28	-1.76	0.56	-0.66	-0.12	-0.03	0.9	-0.62	-0.37	-0.49	-0.09	-0.1	-0.33	-0.35
Smo415776	-0.08	0.05	-0.26	0.01	-0.2	0.25	-0.41	-0.02	-0.31	-0.2	-0.26	-0.3	-0.05	0.38	0.73	-0.1	-0.47	-1.56	0.39	0.01	0.31	0.3	-0.19	-0.23	1.46	-0.28	0.21	0.08	-0.49	-0.6	-0.45	-0.45
Smo420466	-0.57	-1.4	-1.84	-1.42	-0.81	-1.0	-0.34	-1.11	-0.33	-1.48	-0.5	-0.92	0.01	0.05	1.35	-0.11	0.46	-3.43	0.53	0.52	1.32	-	0.03	-0.92	1.9	0.57	-0.62	1.25	-0.2	0.29	-0.2	-1.15
Smo421413	0.01	-0.37	-0.32	-0.17	0.15	0.03	-0.08	0.21	-0.09	-0.12	-0.15	-0.45	0.24	0.2	0.47	0.63	-0.82	-0.9	0.11	-0.14	0.43	-0.52	0.02	0.28	1.23	0.39	-0.13	-0.03	-0.6	-0.47	-0.7	-0.66
Smo426708	-0.57	-0.58	0.09	-1.38	0.1	0.08	-0.27	0.31	0.12	-0.69	0.28	-1.38	0.46	0.98	0.87	0.87	-0.9	-	0.15	-0.16	0.89	-1.83	1.24	1.72	-0.64	-1.29	-2.45	-2.1	-0.57	-0.02	-0.77	-0.57
Smo427398	0.2	0.16	0.0	0.46	0.32	0.26	0.3	0.52	0.61	0.57	0.47	0.59	-1.06	-0.9	-0.19	-0.55	-0.46	-3.5	0.57	-0.61	-0.56	-0.93	-0.54	-0.66	1.48	-0.03	-0.17	-0.2	-0.52	-0.39	-0.62	-0.64
Smo430074	-0.57	-0.24	-0.26	-0.24	-0.39	-0.19	-0.15	-0.18	-0.48	-0.02	-0.43	-0.53	0.02	0.1	0.43	0.24	-0.43	-0.84	0.27	0.38	0.56	1.3	-0.08	0.19	1.53	-0.3	-0.25	-0.2	-0.61	-0.36	-1.19	-0.94
Smo430377	0.2	0.54	0.14	0.27	-0.13	0.21	0.3	0.31	0.55	0.82	0.71	0.27	-1.2	-0.85	0.04	-0.99	-1.21	-2.65	-0.17	-0.01	-0.91	-3.54	-0.83	-0.83	1.8	-0.15	0.51	0.48	-0.77	-1.11	-0.39	-0.46
Smo443463	0.12	0.21	0.21	0.04	0.32	0.37	-0.09	0.31	0.23	0.29	-0.04	-0.1	-0.15	-0.44	0.21	-0.01	-0.6	-0.94	0.49	0.24	-1.76	-0.73	-0.25	-0.32	1.2	-0.52	0.11	0.06	-0.43	-0.57	-0.03	-0.07
Smo444027	-0.88	-0.92	-0.73	-0.46	-0.17	0.19	0.38	0.08	0.13	0.09	-0.16	-0.41	-0.63	0.77	0.15	0.43	-0.23	0.02	0.15	-2.93	0.72	-0.35	0.47	0.62	-1.14	-0.13	0.72	0.73	-0.27	-0.15	-0.26	-0.16
Smo447804	0.16	-0.02	-0.18	0.08	0.11	0.08	0.08	0.17	0.26	0.25	0.13	0.24	-0.15	-0.11	0.02	-0.03	-0.37	-0.34	0.2	-0.55	0.66	-0.94	-0.13	-0.02	0.96	-0.42	-0.34	-0.49	-0.14	-0.27	-0.16	-0.11
Smo66774	0.61	0.26	-0.08	0.12	0.23	0.08	-0.16	-0.08	0.14	0.14	0.24	0.35	-0.48	-0.42	-0.77	-0.18	-0.61	-0.18	0.25	0.04	0.74	0.1	-0.4	-0.18	0.93	0.4	-0.02	0.05	-0.65	-0.58	-1.25	-1.05
Smo73797	-0.1	0.28	0.32	-0.16	0.09	-0.17	-0.19	0.14	0.13	0.3	0.27	-0.04	0.22	0.28	-1.44	0.91	-0.96	-1.12	0.48	-0.41	0.1	-1.33	-0.38	-0.05	0.76	0.47	0.23	0.02	-0.58	-0.52	-0.08	-0.42
Smo76235	-0.55	-0.1	-0.36	0.01	0.01	0.14	0.16	0.28	0.02	-0.0	-0.32	-0.33	0.49	-0.43	0.57	0.76	-0.21	-1.31	0.37	-0.7	0.06	0.37	-0.03	0.16	1.02	-0.1	-0.11	-0.08	-0.36	-0.27	-0.76	-0.8
Smo77149	0.11	0.01	-0.07	0.25	0.36	0.29	0.0	0.14	0.36	0.35	0.42	0.03	-0.02	0.15	0.73	0.17	-0.37	-0.41	0.01	-2.05	0.34	0.24	-0.26	-0.15	-0.23	-0.53	-0.24	-0.29	-0.3	-0.14	-0.5	-0.36
Smo84652	0.38	0.24	-0.26	-0.01	0.2	0.28	-0.35	-0.06	0.17	0.36	0.04	0.18	-0.72	-1.06	-0.91	-0.2	-0.28	-0.48	0.51	-1.59	0.72	-2.41	-0.2	-0.02	1.65	-0.43	-0.27	-0.58	0.19	0.17	-0.05	-0.13
Smo85168	-0.44	-0.07	-0.28	-0.09	0.2	0.04	-0.16	-0.01	-0.1	0.1	-0.1	-0.36	0.08	0.22	0.68	-0.02	-0.9	-1.61	-0.05	-0.09	1.02	0.71	-0.35	-0.33	1.0	0.81	0.23	0.08	-0.74	-0.7	-1.55	-1.32
Smo88488	-0.07	-0.06	0.09	0.25	0.37	0.18	0.32	0.22	0.48	0.44	0.47	0.28	-0.35	0.86	-0.02	-0.76	0.12	-0.19	-1.03	-1.18	0.63	-2.48	0.21	-0.38	0.57	-1.7	-0.43	-0.5	0.04	0.06	-0.27	-0.32
Smo90947	-2.62	-1.07	0.25	1.24	1.41	1.52	2.07	1.93	-0.03	0.5	-1.02	-1.29	-3.62	-0.22	-2.24	-2.7	-1.82	-0.92	-0.99	-	-	-	-1.31	-1.92	1.51	-0.02	-0.22	-0.71	-2.65	-2.49	0.27	-0.2
Smo91517	-0.17	-0.08	0.02	-0.26	-0.11	0.06	-0.04	0.09	-0.02	0.09	0.03	-0.13	0.02	0.17	0.63	-0.11	-0.62	-0.37	-0.03	0.46	0.3	-0.81	-0.36	-0.2	0.63	0.42	0.32	0.24	-0.42	-0.36	-0.46	-0.15
Smo92321	-0.33	-0.46	-0.25	0.01	0.26	0.36	0.43	0.4	0.36	0.18	-0.04	-0.08	0.77	-0.2	0.83	-0.02	-0.74	-1.16	-0.49	-0.99	0.51	-0.06	0.07	0.12	0.5	-0.07	0.21	0.14	-0.46	-0.41	-1.13	-1.12
Smo92823	0.41	0.62	0.23	0.13	0.39	0.26	0.21	0.14	0.48	0.27	0.41	0.31	0.66	0.6	1.16	0.48	-0.57	-1.66	-0.4	-1.82	-0.23	-3.86	-0.68	-0.44	0.55	-0.04	-0.51	-0.31	-0.73	-0.64	-1.5	-1.57
Smo96930	0.48	0.37	0.2	0.11	-0.14	-0.11	0.03	0.06	0.44	0.6	0.52	0.68	-0.06	0.0	0.82	0.08	-0.53	-0.01	0.13	-0.44	1.05	-2.36	-0.56	-0.44	0.44	-1.78	-1.89	-1.87	-0.29	-0.27	-0.62	-0.36
Smo97348	0.19	0.36	0.31	0.36	0.42	0.45	0.36	0.45	0.45	0.38	0.19	0.18	-0.45	-0.34	-0.09	-0.27	0.06	-1.36	-0.24	-1.99	-0.61	-1.81	-0.18	-0.22	1.08	-0.26	-0.21	-0.05	-0.22	-0.15	-0.17	-0.25
Smo98279	-0.24	0.05	0.28	0.46	0.41	0.27	0.42	0.4	0.37	0.06	0.19	-0.06	-0.88	0.1	0.58	-0.58	-0.32	-0.94	-0.37	-0.26	0.63	-0.19	-0.35	-0.35	0.93	-0.31	0.1	-0.09	-0.44	-0.44	-0.87	-1.17

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.