Heatmap: Cluster_49 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Aerial tissue - Light - ZT1
Aerial tissue - Light - ZT3
Aerial tissue - Light - ZT5
Aerial tissue - Light - ZT7
Aerial tissue - Light - ZT9
Aerial tissue - Light - ZT11
Aerial tissue - Dark - ZT1
Aerial tissue - Dark - ZT3
Aerial tissue - Dark - ZT5
Aerial tissue - Dark - ZT7
Aerial tissue - Dark - ZT9
Aerial tissue - Dark - ZT11
Roots
Root elongation and differentiation zone
Root meristematic zone
Aerial roots and rhizophores
Shoot tips
Microphyll
Strobili
Shoot apical meristem - AC
Shoot apical meristem - Core
Shoot apical meristem - P1
Stem - Top
Stem - Bottom
Whole plant
Aerial tissue - Stress - Dark
Aerial tissue - Stress - High light
Aerial tissue - Stress - Cont
Aerial tissue - Stress - 37C 1h
Aerial tissue - Stress - 37C 3h
Aerial tissue - Stress - 4C 1h
Aerial tissue - Stress - 4C 3h
-5.54 - - - - - - -3.97 - -5.97 - - - -4.79 - - -5.51 -4.86 4.99 - - - - - - - - - - - - -5.61
- - 0.73 - - - - - - - -0.77 - 0.03 - - 0.23 - - 4.68 - - - - - - - 0.94 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - 0.27 4.9 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - -1.09 - - - 4.98 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - -1.77 - -0.2 - - 4.93 - - - - - - - - - -2.86 -2.89 -2.89 -
- - - - - -6.65 - - - - - - - - - - - - 4.97 - -1.02 - - - - - -4.25 - - -4.77 - -5.56
-7.68 -6.81 -6.03 - - - - - - - -6.21 - -5.45 - -6.02 -5.85 -4.57 -2.1 4.98 - - - - - - - - - -6.66 -5.59 - -7.7
- - - - - - - - - - - - - - - - - -2.99 4.99 - - - - - - - - - - - - -
-4.16 -2.19 -1.89 -3.95 -4.18 -3.31 -3.21 -3.33 -3.39 -2.75 -4.29 -2.69 -3.39 -6.96 -3.04 -4.08 -3.81 -2.42 4.81 -1.47 - -3.69 -3.54 -2.61 -3.39 -1.64 -1.99 -1.32 -4.87 -4.03 -5.29 -5.95
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-3.37 - - - -1.18 - - - - - - - - - -2.95 - - -1.5 4.93 - - - - - - - - - - - -3.73 -1.51
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - 1.0 - - - - - - - -
-5.01 -3.49 -6.12 -3.69 -6.69 -2.51 -3.17 -3.83 -4.74 -3.7 -5.66 -3.87 -5.57 -3.37 -3.02 -4.43 -3.65 -3.44 4.86 - -0.23 - -6.75 -3.73 -4.68 -4.15 -1.77 -4.51 -4.18 -2.99 -3.73 -3.1
- -8.33 -8.55 - - - - - - -6.85 -7.1 -8.4 - - - - - -4.17 4.99 - - - -8.01 - - - -4.66 -5.94 - - -7.18 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - -1.41 4.98 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - -4.47 -4.65 - - -3.94 - - -4.36 - -3.53 - - -3.86 4.87 - - - -3.57 -4.59 -1.06 -2.43 -1.22 -0.73 -2.54 -1.93 -4.55 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.64 4.97 - - - - - - - - - - - - -
-4.47 -4.94 -5.09 -4.84 -3.84 -4.2 -3.91 -3.91 -3.91 -3.59 -3.85 -3.74 -4.17 -3.58 -2.67 -3.64 -4.32 -4.05 4.91 -6.99 -5.44 -6.74 -4.61 -4.42 -5.06 -3.35 -3.1 -3.48 -4.16 -3.89 -4.36 -4.26
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.8 - 4.95 - - - - - - - - - - - - -0.96
- - - - - - - - - - - - - - - - - -1.45 4.98 - - - - - - - - - - - - -
-6.53 -6.74 - - - - - - -5.98 - - - -4.68 -6.68 - -5.02 - -5.08 4.99 -3.81 -4.29 - - -6.78 - - - - - -5.76 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - -2.0 -2.18 -1.9 - - -2.0 - -2.1 -2.57 - -1.71 - 4.9 - - - - - - - - - -0.9 - - -
- - - - - - -1.89 - - - - - -1.5 - - - - -1.71 4.89 - - - - - - - - 0.53 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-2.12 -1.75 -1.65 -2.02 -1.94 -1.75 -2.03 -2.08 -1.82 -2.15 -2.14 -2.51 -7.02 -7.73 -10.08 -6.97 -5.61 -2.69 4.82 - - - -5.23 -4.58 -2.82 -3.82 -4.62 -3.69 -5.15 -5.94 -5.51 -4.56
-9.5 - - - - -7.94 - -8.3 - - - - -7.83 - -8.72 -7.66 - -7.31 5.0 - - - - - -5.18 -6.99 - - - -7.96 - -8.05
-4.73 - - - - -3.31 - -3.61 - - -3.12 -3.32 -3.0 -1.55 -0.87 - -1.57 - 4.82 - 0.68 - - -2.08 - - - - - - -3.19 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-8.27 -7.54 -2.71 - - - - - - - - - -6.18 - -8.0 - -7.2 -7.18 4.99 - - - - - - - - - -6.36 - - -
- -10.16 - - - - - - -10.1 - - - -6.71 - - -9.86 - - 5.0 - -5.13 - -10.07 -9.94 - - - - - - - -7.3
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-3.92 -4.47 - -4.84 - - -1.29 - - - - -2.83 -4.13 - -2.53 -2.99 -2.29 -1.13 4.88 - - - - -3.28 - -3.21 - -1.09 -3.36 - -4.33 -4.38
- - - - - - - - - - - - -0.44 - -2.25 -1.27 - 0.1 4.83 - - - - - - -0.45 - - - - -1.6 -
- - - - - -1.22 - - -2.2 - -2.28 - -2.01 -1.11 - -1.98 - -1.99 4.75 - - - - - -0.05 - -0.89 0.12 -2.23 - - -2.2
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -2.73 - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.58 4.97 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 0.73 4.82 - - - - - - - 1.07 - - - - -
-4.82 -3.47 - - -3.27 -1.73 - -1.94 -3.71 - - -2.55 -0.86 -1.0 0.21 -3.01 -1.69 -2.65 4.78 - - - - - - -1.26 - - -3.43 -3.31 - -3.4
-2.78 -5.3 -3.55 -3.24 - -2.2 -1.82 -3.15 -2.9 -4.48 -2.8 -2.31 -5.01 -3.31 -3.87 - -3.08 -1.75 4.83 - -2.86 - -3.05 -5.07 -2.34 -4.04 -2.74 -2.92 -2.57 -2.81 -2.58 -3.23
- - - - - - - - - - - - - -7.33 - - - -2.64 4.99 - - - - - - - - - - - - -5.26
- - - - - - - -0.64 - 0.72 - - - -0.34 - -1.14 -1.17 - 4.72 - - - - - - -0.33 - - - -0.29 - -
- -1.63 - - - - - - - -0.1 - - -1.18 - - - - - 4.92 - - - - - - - - - - - - -
- -1.47 - - - - - - - - - - - - -1.95 - -0.23 -0.57 4.84 - - - -1.09 - - - - - -1.36 - - -1.31
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -0.38 - - - - - 4.9 - - - - -0.47 - - - - -0.57 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-1.17 - - - - - - - - - - - - -0.45 - -0.3 - - 4.83 - 0.69 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - -1.02 - - - 4.98 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - -3.21 - - - - - - - - - - -3.39 - -1.59 - 4.94 - - - - - -0.64 - - - - -2.65 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.96 -0.28 4.89 - - - -1.01 -1.03 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.92 - - - - - - - 0.82 - - - - -
- - - - - - -2.25 - - - - -2.22 - - - - -2.08 - 4.86 - - - -1.95 - - - -0.93 0.09 -2.24 -2.08 - -
-2.96 - - -1.29 - - -1.17 - -2.41 - - - -0.84 -1.25 - - - 0.24 4.78 - - - - - 0.03 - - - -2.13 - - -
- - - - - - - - - - - - - -20.57 0.85 - - -10.77 4.92 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.92 - - - - - - - - - - - 0.74 -
-4.88 -4.16 -5.35 -4.9 -5.65 -6.31 -4.4 -4.9 - -5.0 -7.45 -5.05 -4.88 -5.29 -4.63 -4.77 -5.45 -3.61 4.95 -2.38 -4.39 - -5.65 -4.64 -5.23 - -4.97 -5.05 -4.35 -4.07 -7.55 -6.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.43 - 4.72 - - - 1.58 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 1.74 4.84 - - - - - - - - - - - - -
- - -0.56 - - -1.59 - - - - - - -1.62 - - -1.45 -1.63 - 4.83 - - - - - - -0.63 - - -1.9 -0.75 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - -4.15 - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -15.59 - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-2.99 -13.77 -12.67 -15.04 - -12.63 - - - -14.26 -21.03 - -1.27 -1.58 -17.47 -1.13 -18.0 - 4.91 - - - - - - - - - - - - -0.53
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.97 - - - - -0.39 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -3.38 - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - -2.6 - - - - - - - - - -2.02 -1.37 -2.91 - - 0.76 4.75 -1.92 - - - - -0.16 - - - -0.24 -1.16 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 1.67 - - - - - 4.85 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -8.79 -23.33 -22.4 -8.43 -8.55 0.76 4.92 -19.0 -18.78 -21.36 -7.44 -15.12 -17.71 -19.52 -22.21 -16.46 -15.41 -9.0 -10.74 -11.42
-4.64 -5.75 -5.28 -4.77 -3.68 -3.29 -3.22 -3.21 -2.85 -3.54 -4.22 -4.07 -5.44 -7.06 -5.41 -5.72 -3.13 -1.41 4.9 -7.92 -7.59 -4.4 -4.15 -4.04 -4.04 -5.24 -3.78 -4.85 -3.3 -3.03 -4.36 -4.42
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-8.05 - - - - - - - - - - - - - - - - -2.65 4.99 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -5.43 - - - - -1.89 4.99 - - - - - - - - - - - - -5.65
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - -2.02 -4.19 -2.13 -4.43 - - - - -2.99 - -1.44 - -1.75 4.91 - - - -4.03 -1.4 - - - - -3.98 -2.98 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-4.2 -6.36 -4.24 -4.42 -3.9 -3.64 -4.28 - -4.65 -3.89 -2.87 -5.32 -5.97 - -3.31 - -5.13 -5.47 4.94 - - - -5.99 - - -2.11 -3.83 -2.92 -5.19 -5.12 -6.16 -6.21
- - - - - -1.69 - - - - - - - - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -8.81 - - -9.36 - - 5.0 - - - - -8.17 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -0.05 - - 4.96 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -6.68 -3.73 - - -6.5 - -6.34 -6.35 -1.77 4.98 - - - - - - - - - - - -6.44 -3.71
- - -0.84 - - - 0.98 - - - - - - - - - - - 4.8 - - - - - - 0.65 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - 1.03 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -1.21 - - 4.96 - - - - - - - - - -1.3 - - -
-3.31 - - - - - - - -2.76 -2.63 - - -1.16 -2.6 - - - -1.67 4.91 - - - - - - -1.26 - - - -2.32 - -
-2.58 -1.86 -3.08 -2.95 -2.93 -1.27 -1.91 -1.63 -1.65 -2.2 -3.64 -2.07 -1.04 -0.78 -3.09 -0.33 -1.19 0.29 4.39 -2.98 - - -0.79 -1.3 -0.63 -1.25 -2.39 -1.29 -1.2 -0.97 -1.12 -0.91
-2.01 -2.5 -2.0 -1.72 -2.11 -1.94 -2.29 -1.74 -2.16 -1.6 -2.04 -1.97 -0.92 -5.19 -1.21 -0.39 -2.63 -1.43 4.64 - - - -3.64 -3.36 -4.81 -1.2 -1.88 -2.23 -2.62 -2.52 -2.78 -2.7
-7.95 - - -4.4 -6.37 - - - -5.66 -6.68 -4.4 -5.65 -2.68 - - -6.25 -4.34 -3.01 4.98 - - - - - - - - - -6.53 - -6.43 -
- -7.78 - - - - - - - - - - - -6.57 - -7.42 -4.99 -1.89 4.98 - - - - - - - - - - -6.56 -5.6 -6.67
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.76 4.95 - - - - - - -2.01 -1.61 - - - - -
- - - - - - - - - - - - -2.5 -2.25 - -0.28 - - 4.91 - - - - -2.67 - - - - -2.49 - - -1.59
- 0.65 - - - - - - - - - - - - - 0.99 - - 4.83 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - -1.54 - - - 4.98 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
-7.2 -7.03 - -6.94 - - - -4.96 - - -5.59 -5.98 -4.36 -5.52 -4.41 -3.78 -6.83 -2.41 4.97 - - - -5.69 -5.82 - -5.77 -5.66 - -5.9 -4.83 -3.55 -4.13
-6.38 - - - - - - - - - - - -4.25 -3.82 -5.02 - - -2.73 4.99 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.65 4.97 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - -6.7 - - -6.96 - - - - - - - -3.05 4.99 - - - - -6.58 - - - - - - - -6.63
- - - - - -7.35 - - - - - - 0.04 - - - - - 4.95 - -2.81 - - - - - - - - - - -6.75
- - - - - - - - - - - - - - - -2.76 - - 4.99 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.