Heatmap: Cluster_121 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Root (elongation zone)
Root (meristematic zone)
Root (stele)
Root (tip)
Root
Leaf (3rd leaf of seedling)
Leaf (3rd leaf)
Leaf (apex)
Leaf (bundle sheath)
Leaf (mesophyll)
Leaf (Seedling)
Leaf
Internode
Stalks
Shoot
Shoot (apex)
Tassels (primordia)
Tassels
Anther
Pollen
Ear (immature)
Ear (inflorescence)
Ear (leaf)
Ear (primordia)
Ear
Silks
Kernels (germinating)
Kernels
Maternal transfer zone
Nucellus
Embryo
Endosperm (transfer layer)
Endosperm
Seeds
Coleoptyle (5 day)
Seedling
Whole Plant
Zm00001d002281 (GRMZM2G337011)
- - - - -0.19 - - - - - - -0.22 - - - -0.31 - - - 1.42 - - - - - 3.38 - - - - - - 0.18 - 4.31 -1.02 -
- - - - 2.01 4.05 - - - - - 2.53 - - - 0.2 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 - - - -
Zm00001d005325 (GRMZM2G142549)
- - - - - - 3.69 - - - - 3.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 -
- - - - - - - - - - - 5.15 - - - 0.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Zm00001d007525 (GRMZM2G318412)
- - - 2.17 -2.3 3.12 2.05 - - - - 0.94 - - - -1.51 - - 2.04 - -1.5 - - - - 3.27 - - - - 0.27 - -3.93 - -0.04 -0.25 -
-4.58 - -0.77 -0.98 0.55 1.25 -0.8 - - - 2.16 1.32 - -2.73 -3.08 1.46 - -3.92 0.65 -6.45 -0.16 1.64 2.66 -6.78 -0.69 - -0.09 -0.72 - 1.96 -1.0 - -3.44 - -0.13 -3.5 0.88
-9.41 -8.4 -6.53 3.18 -1.9 -2.47 -3.94 -3.37 - - -5.78 -2.06 - -5.9 -7.5 -1.67 1.81 -9.13 -0.5 -8.7 -1.46 1.81 - -7.21 -1.05 -0.9 -4.94 -2.22 - 1.83 -1.51 - -3.03 -6.52 3.63 -1.36 -0.78
- - - - -5.07 0.92 -0.6 - - - - -3.16 - - - -6.02 -0.17 2.97 -3.32 - - - - - - - - -4.45 - - -1.31 - - - 4.61 -0.82 -
- - - - - 3.07 - - - - - 2.56 - - - 0.5 3.96 - - - - - - - - - - 1.42 - - - - - - - 1.6 -
Zm00001d011866 (GRMZM2G318948)
- -0.06 - - - - - - - - - -1.76 - - - -3.96 1.45 - -0.57 - -1.81 - - -1.41 -1.22 - - -2.0 - - 0.2 - - - 4.84 -0.85 -0.87
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - -
- - - - -0.7 1.02 2.18 - - - - 1.48 - - - 1.07 -1.28 - 2.62 - - 0.31 4.08 - - - - - - - - - -2.34 - - -5.17 -
- - - - - - - - 2.96 - - 1.28 - - -0.33 -0.81 3.09 - - - - - - - - - 3.71 - - - - - - 0.36 - 1.36 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - -
- - - - - - - - - - - 1.25 - - - -2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.08 -0.53 -
- - - - - - - - - - - 1.02 - - - 1.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.03 - -
-0.93 - - 3.3 -1.63 - -0.44 -0.08 - - - 1.25 - 3.3 -3.54 -0.96 - - 2.14 - - 1.87 - -0.25 -0.44 - - 0.32 - - - - - - -1.08 -1.29 -
- - 2.04 - -0.48 - - - - - - 1.22 - - - 0.69 2.24 2.82 - 0.9 0.66 - - - 2.3 - - - - - - - -0.29 - 2.51 0.67 -
Zm00001d019834 (GRMZM2G378881)
- - - - -0.68 - - - - - - 4.29 - - - -0.1 2.9 - - - 1.14 - - - - - - - - - - - - - - 2.63 -
Zm00001d020391 (GRMZM2G316524)
- - - - - - 3.0 2.11 - - - 0.05 - - - -6.15 - - - 1.14 - - - - - - - - 4.42 - - - - - - -4.48 -
- - - - -1.5 -0.69 -2.32 - - - -2.89 0.95 - 3.0 - -2.38 - - -3.02 -2.65 -3.77 - 2.23 - 0.59 - - -4.31 2.43 3.01 -0.27 - -6.75 -3.32 - 1.93 -0.36
Zm00001d024667 (GRMZM2G309126)
- - - - -2.72 - - - - - - 2.41 - 1.04 - 0.05 - - 4.18 - -3.1 0.54 - - -1.09 - - - - - - - -3.22 - 2.0 2.08 -
- - - - - - - - - - - 1.55 - - -2.37 1.01 2.62 - -0.04 - 1.5 - - 1.99 1.74 - - - - - - - - - -0.69 -0.55 3.74
-2.89 -2.67 -3.06 - -0.33 2.28 0.53 1.27 - -2.41 2.22 1.67 - -1.04 -0.56 1.39 - -0.29 -3.02 -3.63 - - 0.77 - -0.42 1.55 - -3.68 - - -2.16 - -2.44 -3.64 -0.72 1.7 2.16
Zm00001d025440 (GRMZM2G033437)
- - - 3.58 1.71 - - - - - - 1.72 - - 1.5 -0.01 - - 0.53 3.11 -1.27 - - - - - - - - - - - - -0.02 0.46 - 0.86
- - - 0.17 -1.53 -1.85 -2.66 - - - -0.51 1.71 - - -3.48 0.09 - - 0.63 -4.78 - 3.24 - - - 0.69 - 0.17 - 2.67 1.65 - 0.15 - - 2.45 -3.54
- - - - - - - - - - - 3.26 - - - -2.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.77 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - -
- - - 3.22 -1.29 - - - - - 0.49 -0.13 - - - -0.88 0.89 - 2.63 -2.28 - - - - - 0.68 - -0.79 - - - - -1.64 - 3.63 0.34 -
-0.5 0.3 0.1 - -2.45 - - 1.57 - - - -3.2 - - - -0.41 0.01 - -0.64 - -0.33 - - 2.16 - - - 0.32 - - - - - - 4.26 1.41 -
- - - - -1.37 1.18 0.3 - - - - 1.68 - - - -4.99 - 0.76 2.1 - - 3.29 - - 1.11 - - - - 3.03 - - - - 0.57 1.21 -
- - - - - - - - - - - 2.75 - - - -1.51 - - - - - 4.9 - - - - - - - - - - - - - - -
Zm00001d030426 (GRMZM2G349794)
- - - - 0.84 1.35 -1.01 0.86 - - -0.63 0.7 - - -3.41 1.15 0.49 2.66 0.4 -1.9 0.59 -0.39 - - 1.36 -0.45 -1.04 -1.66 - 0.95 -2.55 - -1.61 -4.02 2.26 0.61 0.35
- - 2.92 - 0.71 - - -0.19 - - - 0.86 - - - 1.01 0.16 - -2.94 - -2.68 - - - - - 3.77 2.49 - - - - -3.94 - -4.41 - 1.23
- - 0.46 - -1.82 -1.33 2.06 - - - - 0.2 - - - -0.49 -0.63 0.59 1.75 - - 2.66 - - 1.82 - 1.31 - - 2.4 - - -3.02 - 2.07 0.12 -1.33
Zm00001d031435 (GRMZM2G121398)
- - - 4.38 0.34 1.92 -1.57 - - - - 1.29 - - - 0.04 - 0.69 -1.77 - -4.2 - - - -1.47 - - -1.31 - - -1.26 - -3.97 - 0.78 - 1.25
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.2 - - - 4.22 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - -
Zm00001d031922 (GRMZM2G052461)
- - - - -2.14 4.59 0.92 - - - - 2.77 - - - -5.26 - - - -2.45 - - - - -0.43 - - - - - - - - - - 1.63 -
Zm00001d033486 (GRMZM2G436391)
- - - - - - - - - - - - - - - -0.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.17 - -
- - - - -0.65 - - - - - - 2.23 - - - -1.45 2.77 2.21 0.15 -0.44 - - - 2.97 0.4 - 2.93 - - - - - - - -1.16 -0.26 -
- - - - -5.32 0.24 1.61 - - - - 1.86 - - - 1.0 2.76 - 0.37 - 0.47 - - - 0.86 - - -1.59 - - -1.15 - -2.42 -0.92 -3.04 3.83 -
Zm00001d035227 (GRMZM2G319397)
- - 2.12 - -1.15 - - - - - 1.54 3.86 - 1.12 - 3.05 - - - - -1.62 - - - - - 1.17 - - - - - - - 0.76 - -
Zm00001d036256 (GRMZM2G359904)
- - - - -4.66 3.38 -0.69 -2.03 - - 3.52 2.42 - -3.35 -2.38 -4.85 - - -1.19 -4.94 -4.23 - 2.58 -3.62 -1.73 - - -0.87 - - - - -4.01 -4.09 -3.98 -0.8 -1.61
- - - - 1.33 - 2.7 - - - - 3.33 - - - 0.95 - - 3.23 - - - - - - - - 2.32 - - - - - - - 0.7 -
- - - - - - - - - - - 0.68 - - - -2.69 2.87 - - - - - - - 1.79 - - - - - - - - - 4.55 -0.01 -
- - - - - - - - - - - 0.96 - - - -1.23 - - - - - 5.08 - - - - - - - - - - - - - -0.54 -
- - - - - - - - - - - 3.31 - - - 2.49 - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.97 - - - - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - 2.08 - -
Zm00001d040835 (GRMZM2G083635)
- - - - -4.45 - - - - - 0.51 1.16 - - - -2.23 - - - - - - - - - - - - 4.85 - - - - - - 2.07 -
Zm00001d041240 (GRMZM2G328374)
- - - - -0.51 - - - - - - 1.15 - - - -0.77 - - - - - - - - - - - 3.15 - - - - 0.75 - 4.52 - -
Zm00001d042649 (GRMZM2G110085)
- 1.6 0.21 - -0.63 0.69 - - - - - 2.82 - - - 2.47 1.42 - -1.36 -0.94 - - - -0.75 - - 3.01 -0.34 - - - - -2.11 -1.26 -0.15 0.91 0.6
- - - - - 4.18 - - - - - 3.0 - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.2 - - -0.89 1.7 - - - - 2.7 1.88 - - -2.38 -1.93 - 0.83 - 1.51 - - - 2.76 - - - - - - - - - - 1.23 1.66 0.12
- 1.3 1.13 - -0.47 - - - 1.04 - - 0.82 - - -2.35 1.94 - - 1.62 -3.19 0.37 - - 2.38 -1.46 0.79 0.66 2.09 - - -1.31 - 0.97 1.49 -2.04 -1.58 -1.43
- - - - -4.23 - - - - - - -4.81 - - - -4.88 - - - - - - - 1.48 - - - - - - - - - - 5.09 -3.86 -
Zm00001d048216 (GRMZM2G391833)
- - - - - - - - - - - - - - - -3.39 - - - - - - - - - - 3.03 - - - - - - - 4.85 - -
Zm00001d048660 (GRMZM5G815098)
- - - - -4.13 -6.88 -5.53 -2.04 -2.65 -5.26 - -0.75 - - -2.46 -2.41 -6.89 -2.85 -2.88 -7.1 -9.51 - - - -6.61 -1.76 -3.75 -4.79 - - -8.43 - - - 4.94 2.06 -4.5
- - - - -1.52 - - - - - - -3.61 - - - -1.68 2.31 - - -1.51 - - - - - - - 0.91 - - 0.22 - - - 4.6 -1.33 1.72
-5.03 - -4.31 - -0.43 -4.4 - 0.89 - -4.11 - -0.94 - - -7.13 0.3 - -2.93 0.85 -6.46 3.27 - - -5.26 -4.76 1.82 - -1.49 - - -4.6 - 0.86 - 3.85 -3.72 -0.82
- - 0.5 - -0.24 - - - - - - 1.87 - 3.88 -5.59 -1.29 -2.46 1.52 1.32 - - 2.63 - -0.33 -0.75 - -1.45 -5.42 - - - - - - - -0.93 0.9
-0.75 - 1.01 - -1.08 -3.02 - - -0.46 - 1.0 -0.11 0.31 - -2.29 -1.93 -2.14 - 0.49 -1.4 -0.06 - 1.39 -0.15 - 0.43 -0.71 2.0 - 2.28 1.94 - 0.67 2.0 - 0.22 -0.97
- - - 4.44 -2.36 - - - - - - 2.3 - - - -2.49 - - 0.84 -1.01 - - - -0.34 2.41 - - - - - - - - - 0.72 - -
- - -2.16 - -4.2 -2.11 -0.98 -1.16 1.12 2.44 1.95 0.19 - -4.83 -0.05 -6.0 1.25 -4.47 - -8.0 -4.79 - -1.25 - - - -3.47 - - 1.39 -0.36 - -6.36 - 3.77 0.78 -2.84
- - 0.38 2.67 -2.47 1.24 -1.14 -0.72 - - - -2.53 - - -1.86 -1.1 - 1.2 -1.13 -1.76 -1.07 2.24 - -0.58 - - - 0.14 - - - - 0.79 -2.25 3.14 0.56 1.36

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.