Heatmap: Cluster_540 (HCCA)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
10.41 5.95 0.01 3.1 0.22 0.18 0.0 6.92 3.97 7.99 6.62 3.55 6.18 3.84 5.7 0.0 0.0 0.0 6.4 0.74 2.73 4.88 5.36 0.46 0.68 5.45 1.97 2.29 0.15 0.61 0.8 0.5 0.44 2.36 0.2 0.27 0.86 1.44 2.11 0.63 0.82 0.97 23.24 16.49 58.21 7.43 1.14 4.22 5.35 8.97 20.9 18.3 10.69 6.06 15.35 22.05
20.77 9.06 1.32 0.0 0.37 0.0 0.0 10.83 5.4 18.79 1.22 5.14 4.43 3.71 7.77 0.0 0.0 0.0 18.88 2.51 7.84 19.39 15.66 0.0 0.0 13.19 0.0 2.41 1.1 0.0 2.63 1.82 2.51 2.13 4.03 2.42 2.86 1.02 3.93 3.62 7.12 1.81 59.27 33.32 190.01 14.08 5.54 19.29 28.18 11.7 58.86 49.88 22.93 10.76 43.19 47.39
0.79 1.27 0.02 0.62 0.02 0.03 0.0 0.71 0.23 0.4 0.0 0.33 0.64 0.03 0.28 0.0 0.0 0.0 0.3 0.03 0.49 1.69 0.63 0.03 0.08 0.39 0.0 0.03 0.04 0.03 0.44 0.41 0.46 0.55 0.46 0.41 0.31 0.61 0.52 0.41 0.51 0.39 1.59 1.19 4.01 0.99 0.17 0.62 0.54 0.4 1.73 1.19 0.43 0.17 0.94 1.5
3.12 4.12 0.36 2.13 0.29 0.05 0.0 2.01 1.18 0.48 0.0 0.54 0.73 1.1 1.09 0.0 0.0 0.0 0.49 0.03 2.14 4.05 3.68 0.05 0.32 1.17 0.3 0.0 0.2 0.11 1.35 1.06 1.45 2.69 0.9 0.92 1.06 1.02 1.3 1.88 1.41 0.86 7.25 7.84 18.04 2.95 0.44 2.15 2.8 1.54 10.03 6.34 1.81 0.79 5.38 9.32
1.2 1.34 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.43 0.22 0.1 0.0 0.28 0.05 0.0 0.38 0.0 0.0 0.0 0.16 0.04 0.54 1.66 0.54 0.0 0.0 0.4 0.0 0.1 0.06 0.2 0.13 0.09 0.14 0.13 0.08 0.15 0.08 0.15 0.03 0.15 0.13 0.09 1.51 1.24 4.86 1.24 0.21 0.53 0.56 0.05 1.54 1.21 0.14 0.0 1.1 2.18
6.59 4.35 1.09 9.32 1.58 0.25 0.0 7.12 4.2 6.25 6.15 6.34 5.35 4.58 9.31 3.28 0.0 1.2 6.97 1.56 5.42 6.5 3.66 0.75 0.36 4.34 1.08 0.87 0.91 1.34 5.9 5.16 4.55 6.36 5.0 5.14 5.23 5.56 4.71 6.35 5.81 3.81 23.23 22.02 53.16 5.98 1.73 4.7 6.25 4.51 14.01 13.43 4.52 2.95 12.21 23.9
5.01 2.01 0.05 0.68 0.16 0.08 0.09 4.25 0.88 1.91 0.23 1.56 3.04 2.22 1.67 0.03 0.0 0.09 1.45 0.84 3.48 5.94 3.83 0.7 0.64 2.26 0.54 0.44 0.62 1.01 1.51 1.4 1.76 1.66 1.54 1.49 1.5 1.64 1.26 1.63 1.6 1.18 4.44 4.28 12.12 5.51 2.55 2.35 2.79 1.84 4.31 3.66 1.77 1.19 3.54 4.56
4.48 1.96 0.04 0.81 0.0 0.01 0.0 2.42 0.46 2.87 0.0 0.18 0.35 0.81 0.34 0.0 0.0 0.0 3.15 0.11 2.01 9.3 3.23 0.0 0.02 4.38 0.08 0.16 0.09 0.07 0.41 0.35 0.51 0.49 0.19 0.33 0.32 0.48 0.39 0.63 0.62 0.5 9.78 7.05 33.31 5.68 1.24 1.44 2.51 0.53 5.7 6.3 1.6 0.12 3.34 8.79
2.14 2.56 0.22 1.11 0.29 0.1 0.08 1.49 0.84 1.39 0.12 0.62 0.52 0.0 0.88 0.16 0.0 0.21 1.03 0.07 1.4 3.08 1.13 0.34 0.29 1.63 0.2 0.15 0.17 0.18 0.95 0.78 1.22 1.02 0.47 0.66 0.83 0.85 0.74 0.77 1.34 0.49 3.09 2.1 10.41 2.29 0.58 1.52 1.92 0.85 2.96 2.57 1.22 0.36 1.97 3.81
19.79 6.69 0.75 6.48 0.56 0.93 0.76 11.2 6.27 6.73 2.44 4.34 6.45 1.01 5.5 1.63 5.09 1.4 8.58 2.65 8.97 28.27 11.98 0.81 1.79 8.07 2.96 2.68 2.14 2.56 7.14 7.29 7.65 7.05 6.31 6.06 6.49 6.89 6.51 6.7 8.47 5.62 22.06 19.24 61.88 17.83 4.45 9.12 11.22 7.89 29.75 23.36 8.42 6.54 23.22 24.64
8.24 3.36 0.32 1.44 0.16 0.06 0.0 3.32 1.86 3.06 0.82 1.32 1.47 1.09 2.02 0.28 0.0 0.32 2.96 0.72 4.27 10.48 3.64 0.53 0.83 5.42 0.57 0.73 0.73 0.7 1.97 1.75 2.16 2.18 1.77 1.79 1.87 1.9 1.87 2.04 2.26 1.62 10.43 8.7 24.57 6.98 2.55 4.22 5.72 2.06 6.65 6.34 2.66 1.31 4.95 6.4
338.0 170.94 27.24 201.06 13.41 16.24 27.98 131.58 50.45 42.67 3.29 24.25 27.81 51.99 37.47 188.92 0.0 36.93 48.17 213.7 202.7 610.73 303.99 102.58 165.78 138.75 218.73 154.43 119.6 147.12 70.92 67.13 68.19 83.6 74.26 77.0 84.65 79.45 74.89 62.24 67.97 67.99 655.52 683.19 1503.73 389.12 273.26 119.16 173.68 42.48 159.99 201.42 66.06 39.44 144.87 354.14
1.63 1.81 0.22 1.06 0.66 0.23 0.4 1.67 0.62 2.2 0.07 0.37 0.87 0.6 0.48 0.5 0.0 0.5 1.43 0.44 1.33 2.2 1.47 0.55 0.36 0.71 0.58 0.32 0.17 0.41 1.02 0.9 1.21 1.29 0.96 0.78 0.94 1.09 0.94 1.01 1.1 0.64 2.35 1.68 8.54 1.96 0.46 0.88 1.01 1.19 3.6 2.11 1.38 0.76 2.03 3.93
3.14 2.44 0.03 0.45 0.01 0.0 0.0 1.38 1.34 2.73 0.92 0.62 0.76 0.5 0.52 0.01 0.0 0.0 2.37 0.62 1.31 3.54 2.23 0.53 0.46 1.25 0.48 0.37 0.41 0.49 0.99 0.89 0.85 0.8 0.54 0.95 0.67 0.99 0.69 1.19 1.19 0.66 2.71 2.65 11.83 2.99 1.04 1.43 1.84 0.74 3.51 2.72 1.0 0.49 2.07 3.7
7.48 3.23 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 2.61 0.21 2.02 0.0 1.03 1.29 0.0 0.82 0.0 0.0 0.0 1.95 0.13 2.74 8.75 4.6 0.12 0.15 3.08 0.13 0.12 0.0 0.09 0.54 0.52 0.98 0.69 0.46 0.5 0.41 0.86 0.44 1.16 0.76 0.76 8.57 7.12 21.07 6.0 0.9 2.14 3.11 0.77 6.36 6.56 2.08 0.31 4.79 8.98
2.55 1.77 0.0 0.03 0.02 0.0 0.0 0.78 0.07 0.86 0.0 0.24 0.01 0.62 0.23 0.0 0.0 0.0 0.74 0.02 0.85 3.75 1.74 0.08 0.0 1.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.08 0.06 0.18 0.09 0.09 0.1 0.09 0.05 0.24 0.26 0.06 3.87 2.95 9.59 3.06 0.42 0.73 1.25 0.49 3.45 2.81 1.3 0.09 1.67 2.3
2.22 2.75 0.0 0.37 0.01 0.0 0.0 1.21 0.41 0.78 0.0 0.47 0.57 0.07 0.68 0.32 0.0 0.0 0.82 0.04 1.17 3.41 0.73 0.09 0.33 1.27 0.07 0.37 0.22 0.27 0.88 0.71 0.73 0.94 0.44 0.74 0.62 0.64 0.54 0.88 0.76 0.46 2.85 2.54 6.79 1.48 0.6 1.29 1.42 0.95 2.69 2.48 1.39 0.73 2.44 2.53
3.75 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.1 1.04 0.95 1.5 1.38 0.36 1.11 0.0 0.0 0.15 0.06 0.48 3.17 0.54 0.06 0.0 0.78 0.0 0.0 0.0 0.0 0.31 0.3 0.12 0.21 0.37 0.32 0.63 0.39 0.38 0.26 0.33 0.09 10.96 11.69 29.19 1.59 0.13 1.83 2.16 1.96 2.28 2.0 3.81 3.59 4.16 5.98
1.0 1.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.6 0.04 0.2 0.0 0.02 0.14 0.07 0.26 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.5 1.04 0.91 0.0 0.0 0.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.08 0.16 0.09 0.04 0.05 0.13 0.11 0.09 0.13 0.04 0.04 2.91 2.29 6.13 1.23 0.04 0.45 0.66 0.02 0.34 0.24 0.11 0.05 0.13 1.91
2.4 7.71 0.04 0.79 0.02 0.0 0.0 0.57 0.14 0.14 0.0 0.1 0.01 0.4 0.08 0.0 0.0 0.0 0.2 0.01 0.82 2.95 2.32 0.01 0.07 1.35 0.0 0.0 0.01 0.0 0.12 0.06 0.11 0.18 0.11 0.12 0.09 0.13 0.13 0.14 0.24 0.11 4.6 4.36 12.88 2.81 0.4 0.82 1.28 0.13 1.4 2.25 0.27 0.03 1.06 0.89
2.49 5.01 0.45 2.02 0.32 0.26 0.0 5.74 2.25 2.8 0.0 2.23 2.52 5.33 1.68 0.0 0.0 0.0 2.08 0.78 3.55 6.34 0.44 0.41 0.79 1.48 1.33 2.05 1.12 0.0 1.24 1.5 0.43 2.03 0.87 1.86 1.91 2.42 0.94 0.0 2.39 1.75 7.74 4.67 30.05 3.82 0.47 2.1 1.73 2.83 9.44 4.58 2.22 2.45 5.26 8.17
1.67 2.0 0.0 0.99 0.02 0.0 0.0 1.73 0.16 0.52 0.0 0.25 0.14 0.04 0.22 0.0 0.0 0.0 0.38 0.14 1.11 1.32 0.83 0.43 0.04 0.9 0.02 0.04 0.07 0.04 0.15 0.13 0.21 0.18 0.07 0.1 0.19 0.12 0.12 0.11 0.1 0.12 3.37 2.73 6.68 2.12 0.7 0.73 0.82 0.29 2.47 1.97 0.67 0.2 1.18 1.18
1.89 0.29 0.68 1.71 0.17 0.09 0.08 2.73 0.82 2.77 0.27 0.82 1.54 1.27 0.72 1.97 0.0 2.38 2.32 0.0 2.53 0.41 2.69 0.08 0.0 1.12 0.0 0.16 0.07 0.23 0.61 0.3 0.21 0.28 0.05 0.21 0.23 0.31 0.31 0.32 1.59 0.16 7.37 5.51 26.51 5.32 0.8 2.33 1.84 0.96 6.67 5.2 1.82 0.52 2.57 2.02
10.93 4.48 2.76 4.4 1.51 0.62 0.97 8.08 3.88 5.97 5.87 4.37 4.94 4.91 5.49 0.32 0.0 0.88 5.98 2.54 6.47 11.88 8.41 1.84 2.13 6.23 2.25 2.96 2.03 2.59 6.05 5.86 6.29 6.54 5.21 5.95 6.01 6.58 6.16 6.15 6.59 4.43 19.27 16.08 48.23 11.1 3.24 7.75 8.1 7.24 14.79 12.79 7.44 4.81 13.58 15.34
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.33 0.47 2.33 0.0 0.0 0.02 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07
2.37 4.6 0.0 0.73 0.01 0.0 0.0 2.01 0.12 1.16 0.0 0.51 0.27 0.82 0.98 0.0 0.0 0.0 0.94 0.01 1.41 1.73 2.61 0.01 0.0 0.43 0.0 0.0 0.0 0.01 0.17 0.09 0.23 0.22 0.1 0.22 0.17 0.2 0.18 0.2 0.23 0.14 8.9 7.81 32.85 3.52 0.31 0.61 0.92 0.7 5.41 4.76 1.17 0.2 3.25 8.38
2.22 1.72 3.75 7.0 1.29 1.31 1.23 5.53 0.2 0.87 0.16 1.74 0.99 0.58 2.76 0.84 0.0 1.4 0.69 0.0 1.24 0.64 2.33 0.0 0.04 0.17 0.39 0.09 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.11 0.03 0.0 0.06 0.04 0.17 0.06 0.0 8.9 9.25 32.4 3.09 0.16 0.16 0.3 1.08 1.16 1.01 0.89 0.44 1.04 4.47
12.67 5.04 1.07 7.17 1.2 0.12 0.66 9.32 3.12 7.04 1.48 3.91 4.84 3.47 5.72 0.38 0.0 1.04 7.05 1.62 6.09 13.28 7.97 2.21 2.37 6.07 1.72 1.77 2.21 2.15 4.47 3.13 4.11 3.34 3.38 3.33 2.91 3.68 4.01 3.48 4.32 2.78 17.12 17.52 41.66 12.49 3.92 5.02 7.05 3.77 11.29 10.02 5.27 2.8 8.09 9.46
1.22 0.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 0.07 0.66 0.03 0.1 0.53 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.5 0.18 0.58 1.22 0.29 0.1 0.48 0.28 0.18 0.03 0.12 0.23 0.23 0.16 0.29 0.13 0.26 0.12 0.14 0.22 0.24 0.3 0.23 0.15 1.81 1.12 2.71 1.22 0.19 0.21 0.37 0.11 0.49 0.3 0.19 0.15 0.28 0.69
10.75 5.71 0.26 1.08 0.08 0.18 0.0 8.14 1.82 7.4 1.8 3.97 3.66 3.97 6.13 0.16 0.0 0.43 8.05 1.87 5.18 8.6 7.46 1.0 1.52 3.18 1.73 1.37 1.64 1.75 4.56 4.7 5.43 5.25 4.66 5.06 4.92 5.53 5.08 5.04 5.43 3.82 17.17 17.5 42.36 8.51 1.62 4.17 5.08 3.79 11.58 10.85 3.7 3.01 9.65 18.84
1.27 1.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.11 0.15 0.43 0.0 0.18 0.18 0.0 0.65 0.0 0.0 0.0 0.41 0.0 0.32 3.51 3.35 0.0 0.0 0.93 0.0 0.0 0.07 0.0 0.16 0.34 0.17 0.13 0.24 0.16 0.22 0.41 0.12 0.24 0.08 0.37 4.2 3.23 11.94 1.62 0.25 0.82 1.13 0.11 3.12 2.25 0.36 0.03 1.64 5.46
1.15 1.4 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.71 0.16 0.5 0.0 0.22 0.72 0.12 0.12 0.0 0.0 0.0 0.33 0.15 0.56 1.6 1.41 0.1 0.18 0.41 0.22 0.14 0.08 0.18 0.33 0.31 0.41 0.28 0.36 0.42 0.29 0.29 0.25 0.28 0.51 0.26 2.16 1.33 4.8 1.28 0.14 0.47 0.6 0.23 0.51 0.68 0.3 0.25 0.24 0.89
6.22 4.05 2.51 9.14 0.62 1.73 0.0 5.82 1.45 2.46 0.79 1.89 1.52 4.31 2.82 0.0 0.0 1.1 2.16 0.14 3.01 3.55 0.93 0.0 0.0 1.51 0.0 0.0 0.0 0.19 1.08 1.07 1.11 0.81 0.71 0.95 0.81 1.54 0.91 0.81 0.93 1.07 12.68 12.46 33.25 5.96 1.32 3.98 4.07 0.09 0.2 0.05 0.04 0.04 0.06 6.96
0.56 0.56 0.1 0.19 0.08 0.0 0.0 0.51 0.22 0.65 0.59 0.17 0.1 0.0 0.24 0.0 0.0 0.08 0.6 0.22 0.66 0.79 0.39 0.0 0.13 0.45 0.09 0.14 0.02 0.07 0.36 0.12 0.17 0.34 0.18 0.29 0.14 0.22 0.29 0.28 0.23 0.15 0.75 0.79 3.94 0.53 0.24 0.38 0.51 0.19 0.75 0.74 0.24 0.09 0.72 1.26
2.36 1.75 0.45 2.59 0.4 0.32 0.44 2.5 0.7 1.57 0.84 0.91 0.83 1.44 1.37 0.0 0.0 0.17 1.44 0.04 0.82 1.41 2.07 0.0 0.03 1.69 0.23 0.08 0.1 0.04 0.77 0.39 0.72 0.86 0.44 0.57 0.44 0.91 0.58 0.9 0.71 0.4 4.2 3.02 14.58 2.41 0.28 1.17 1.5 1.0 6.46 5.24 1.17 0.41 3.4 8.53
2.69 2.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 1.05 0.25 0.93 0.01 0.35 0.33 0.19 0.39 0.0 0.0 0.06 1.07 0.24 0.94 2.67 1.29 0.08 0.2 1.39 0.07 0.21 0.21 0.29 0.72 0.64 0.89 0.95 0.65 0.74 0.66 1.1 0.83 1.11 0.76 0.65 2.79 2.8 6.6 1.8 0.83 0.78 1.04 0.82 2.87 2.95 0.94 0.54 1.8 2.98
0.15 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.21 0.06 0.12 0.01 0.02 0.0 0.01 0.07 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.42 0.38 0.57 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.05 0.02 0.0 0.03 0.0 0.04 0.0 0.02 1.94 1.08 4.77 0.72 0.1 0.17 0.17 0.15 0.43 0.41 0.07 0.05 0.57 0.24
4.14 2.09 0.0 0.28 0.12 0.0 0.0 3.14 0.94 1.48 0.0 0.2 0.19 0.82 0.51 0.0 0.0 0.0 0.83 0.08 1.72 5.18 0.34 0.0 0.31 2.89 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 1.06 0.2 1.4 1.08 1.27 0.23 0.48 0.51 1.2 0.52 1.17 9.63 7.25 27.47 4.55 1.28 2.33 3.22 1.12 7.77 6.07 2.29 0.49 3.41 9.42
3.24 3.13 0.1 0.36 0.0 0.0 0.0 1.22 0.6 0.79 0.01 0.32 0.25 0.08 0.5 0.04 0.0 0.0 0.78 0.04 1.42 2.78 1.7 0.04 0.02 1.74 0.06 0.05 0.03 0.03 0.55 0.42 0.63 0.76 0.45 0.45 0.47 0.76 0.45 0.86 0.59 0.51 4.27 3.91 15.48 2.7 0.39 1.14 1.65 0.41 5.75 4.74 0.79 0.2 2.94 9.68
3.16 6.85 0.1 0.61 0.17 0.06 0.09 3.27 0.48 3.98 0.92 2.53 2.27 0.46 3.08 0.11 0.0 0.07 3.3 0.32 2.55 2.45 3.21 0.14 0.2 1.16 0.14 0.28 0.17 0.17 1.27 1.18 1.37 1.67 1.16 0.79 1.17 1.74 1.28 1.17 1.25 1.02 6.99 6.65 18.37 3.43 0.66 1.89 1.78 1.89 8.04 5.9 1.67 1.23 5.54 11.2
3.51 3.01 0.14 1.05 0.54 0.07 0.51 2.09 1.14 2.32 0.94 1.02 1.21 1.01 1.12 0.0 0.0 0.0 2.27 0.15 1.73 3.18 1.66 0.21 0.37 2.37 0.73 0.25 0.24 0.18 1.73 1.27 1.78 1.65 1.29 1.0 1.13 1.98 1.61 2.04 1.64 0.97 4.52 4.21 12.8 2.62 0.68 1.54 2.24 0.98 4.17 4.7 1.68 0.82 2.64 4.28
6.26 3.82 0.0 0.74 0.0 0.0 0.0 2.36 0.63 3.42 0.0 0.44 0.0 0.78 0.47 0.0 0.0 0.0 3.07 0.06 2.53 8.04 3.52 0.0 0.04 2.99 0.0 0.0 0.0 0.0 0.59 0.36 0.52 0.81 0.41 0.52 0.42 0.56 0.3 0.87 0.37 0.38 10.09 9.15 19.05 6.91 1.9 2.45 3.53 0.99 6.81 7.18 1.65 0.32 4.07 4.36

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)