Heatmap: Cluster_17 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Aerial tissue - Light - ZT1
Aerial tissue - Light - ZT3
Aerial tissue - Light - ZT5
Aerial tissue - Light - ZT7
Aerial tissue - Light - ZT9
Aerial tissue - Light - ZT11
Aerial tissue - Dark - ZT1
Aerial tissue - Dark - ZT3
Aerial tissue - Dark - ZT5
Aerial tissue - Dark - ZT7
Aerial tissue - Dark - ZT9
Aerial tissue - Dark - ZT11
Roots
Root elongation and differentiation zone
Root meristematic zone
Aerial roots and rhizophores
Shoot tips
Microphyll
Strobili
Shoot apical meristem - AC
Shoot apical meristem - Core
Shoot apical meristem - P1
Stem - Top
Stem - Bottom
Whole plant
Aerial tissue - Stress - Dark
Aerial tissue - Stress - High light
Aerial tissue - Stress - Cont
Aerial tissue - Stress - 37C 1h
Aerial tissue - Stress - 37C 3h
Aerial tissue - Stress - 4C 1h
Aerial tissue - Stress - 4C 3h
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - -
- - 2.87 - 2.14 - - 2.85 3.17 - - - - 2.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.08 - - - - - - - - - - 4.1 - 3.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo114259 (TOR2)
- - - - - - 2.98 - - - - - - - - 1.9 - - - - - - 2.7 1.72 - - - - - 1.84 - 2.81
2.43 -0.08 2.0 0.56 -0.99 0.07 0.38 -0.4 2.75 2.4 -4.91 0.62 - -2.93 -4.32 - - - - -1.42 - - - - - 1.29 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.99 2.77 - - - - - - - 2.78 - 2.02 - - - - - - - - - - - - - - 2.66 - -
- 2.72 - - - - 3.69 - - - - 3.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo135319 (SSADH)
- - - - - - 4.42 - - - - - - 3.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-7.86 -6.91 -9.34 4.37 -6.05 - -4.62 -7.73 -9.76 -6.02 -8.96 -5.39 - - -9.96 -6.62 - - 2.9 - - - 1.91 - - - - - - - - -
0.13 -0.57 2.35 1.7 1.27 - 1.06 - - - - - - - - - 1.09 - - - - - 1.24 - - - - - 2.13 0.53 2.32 1.04
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - -
Smo235694 (NAD5)
- - 2.37 - - - - 1.45 1.57 1.54 - 2.28 - - - 0.87 - - - - - - - 0.77 - - - 3.03 - 0.74 - -
Smo29814 (MRP3)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - -
1.5 1.89 - - - 1.84 - - 2.64 1.42 - - 1.77 - - - - - 2.65 - - - - 1.72 - - - - - - - -
3.51 - - - - - - 2.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 - - - -
-7.21 - - 4.22 - - - -19.45 - - -14.46 - - -21.63 - - 2.41 1.07 - - 1.32 0.58 - 0.8 -2.53 - -11.58 - - - - -
Smo402330 (MRP3)
- - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.08 -1.57 - - - -0.3 1.08 1.12 0.33 -0.69 2.14 0.12 - - -1.35 -1.53 0.75 - 2.11 - - - - 0.6 2.13 -0.35 1.05 - 0.96 -0.04 -1.64 -
- - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.07 2.5 0.87 - - - 2.68 - - - - - 2.16 1.7 - - - - - - - - - - - - 1.01 -
2.35 - - - - - 1.23 - - - - - 2.12 -1.3 2.84 - -1.38 - 2.84 - - - - 1.4 - - - - - -4.23 - 1.27
- - - 2.08 - - - 1.84 - - 1.98 0.55 - - 0.45 1.21 - 2.41 - - - - - - - 1.34 2.36 - - 1.09 - -
- - - - - - - - - - - - -18.74 - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - -21.46 -
- - - - - - - - - - - 4.13 2.36 - - - 2.36 - - - - - - 2.07 - - - - - - - -
Smo404718 (PAKRP1L)
0.77 -2.65 -0.3 0.54 - 1.32 2.48 -1.28 - -0.28 1.63 - 0.77 - 0.51 0.3 -0.93 - 0.07 - - - 1.11 1.42 - 1.24 0.34 - - -0.91 -0.94 -
- - - -0.11 - 0.66 4.07 - - - - - - 0.95 2.48 - - -0.09 - - - - - - - - 1.58 - 0.32 - - -
- - - 3.15 - - - - - - - 1.16 - 0.97 - - - 1.96 - - - - 1.09 - - 2.37 2.54 - - 0.97 - -
Smo406291 (WEE1)
- - 3.78 - - - - - - - - - - - - - - - 4.19 - - - - - - - - - - - - -
- 1.46 0.75 - - - - - - - 3.53 - - -1.83 - - - - 1.14 - - - - - 3.19 2.13 - - - - - -
-1.26 - - -1.46 - - - 1.67 - - 1.78 -1.29 0.84 2.46 1.65 1.19 - -0.69 2.38 0.87 - - -0.47 - 1.11 - - - -1.48 - -0.75 -
- - - - - - 4.55 - - - - 3.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.13 - 2.84 - 1.1 1.72 - - - - - - 1.33 - 0.71 - 1.19 - - - - - - 0.33 - - - - 1.32 -24.04 2.27 -
0.26 - - - - 1.25 - - - - 4.08 0.97 - 1.11 - 1.39 - - 2.25 - - - - - - - - - - - - -
-0.72 0.6 0.39 0.3 - - 1.67 - - - 1.89 - - - - - 0.84 - - - - - 1.98 0.77 - - 2.03 - 1.85 1.85 0.81 -
- - - 3.11 - - - - - - - - - 2.73 0.92 - 2.56 - 3.16 - - - - - - - - - - - - -
5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo409864 (DAG2)
- - - 3.66 - - - - 2.63 - - - - - - - - - 3.72 - - - - - - - - - - - - -
- 1.15 - - - - 3.12 - - - - - - - - - 1.46 - 3.33 - - - - - - - 2.52 - - 1.34 - -
1.45 - 1.55 1.46 3.03 - 1.83 - - - - 1.86 - 2.17 - - - - 1.91 - - - - - - - - - - - - -
Smo410453 (MAPKKK13)
- - - - - 1.13 3.31 - - - - - - - - - - - 1.89 - 3.41 - - 0.82 - - - - - 1.93 - -
0.64 3.09 - 1.44 - - - - 1.87 0.55 2.03 0.87 - - - - 0.82 1.52 0.81 - - - - - - - - - - 0.86 - -
- - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.29 1.4 - - 0.98 -0.17 0.04 - 1.79 1.58 1.65 - - - 0.18 - 0.18 - - - 0.13 1.27 - 1.13 - - 0.03 0.19 1.73 -
- - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - -
- - 4.62 - - - 2.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.72 - 0.69 2.73 - 1.22 - 2.4 - -0.31 2.25 1.84 - - - 0.11 - - - - - - - - - - 1.27 - - - - 0.89
3.2 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.9 -0.18 - 0.53 - - 3.56 1.22 -0.04 2.06 1.32 - - - - - - 1.71 1.02 - - - 0.17 -0.04 - - - - - - - -
- 2.01 3.37 - 2.86 - - - - - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.52 3.89 2.61 - - - - - - - - - - 3.04 - - - - - - - - - - - - -
5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -15.3 - - - - - - - - - - -
5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.51 - - 2.94 3.7 -18.16 - - - - - - - - - - 2.49 - - - - - - - - - - - - -
-0.11 - - - - - 3.44 - - - - - 0.1 1.81 1.05 1.74 0.11 0.23 2.8 - - - - 0.03 - - - - - - - -
0.06 1.37 2.21 2.53 1.64 1.64 - - 1.5 1.9 - 2.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo414340 (TGA10)
- - 2.85 - - - - - - - - 4.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.23 2.01 -1.45 1.17 - - -0.3 -1.4 0.25 -1.31 - 0.41 -1.05 - - - -1.07 - -0.09 - - - 0.8 -0.04 1.66 1.44 1.26 1.08 -0.17 0.82 -1.12 -0.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - -
0.25 -1.08 -0.26 - 1.69 0.8 2.89 - 2.94 -0.89 - 0.12 - - - -0.88 - - - - 1.23 - - -1.09 - - 2.15 - - - - -
0.62 - - - - 1.83 - - - -4.14 3.0 - - 1.67 - 2.73 0.95 2.38 - - - - 0.9 - - - - - - - - -9.15
Smo415908 (ARASP)
0.77 1.41 - 1.61 - - 2.08 2.42 - 2.41 2.26 2.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.31 - - - -0.07 -0.14 1.93 -0.48 -0.53 2.79 0.69 2.25 - 1.04 0.11 - - - - - - -0.25 - - - - 2.1 - -0.17 - -
- - 1.99 2.94 - 0.72 1.23 -0.47 -0.57 - - - - - -0.9 -0.19 1.72 1.26 0.65 - - - 1.65 -0.42 - - - - - 0.7 -0.33 -
Smo416646 (RMI1)
1.89 - 2.5 1.8 - 0.36 0.79 -0.15 2.07 -11.36 -19.19 - - - -0.24 - - - - - - - - -0.75 - 3.15 - - - -0.44 - -
- - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.25 - - - 3.48 - - - 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.97 - - - - - - 3.99 - - - - - -
5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo419729 (SGR2)
- 3.07 - - - - - - - - - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.71 - 2.82 1.73 - - - - - - - - - - - - - - 2.25 - - - - 2.17 - - - - - - 2.21 2.16
Smo420339 (ACA7)
- - - - - - 3.26 - 2.59 - - - 2.44 2.6 2.29 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.02 - - 3.35 - 1.14 0.13 3.1 3.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.86 - - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo421438 (CYP71B36)
- - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - -
1.18 2.06 - 2.5 - - - - -0.07 - - - 1.77 - 0.5 0.56 - - 2.38 1.01 - - - - - - 2.16 - -0.88 - - -1.18
- - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.06 - - 1.98 - - 1.77 - - - 1.94 1.67 1.15 - - 1.85 1.79 - - - - - - - - - - - - -
3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.31 - - -
- - - - - 1.27 1.08 1.92 - - 3.3 - - 3.01 0.53 - 1.19 - - - - - - - - - - - 1.04 - - -
- - - - - - 3.31 - 3.4 - - - - - - - - - 3.53 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.4 - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - 3.63 - - - - - -
0.41 - - - - - 1.76 - - - 3.48 - - - 1.82 - - - - - - - 1.88 - - 3.16 - - - - - -
- - 1.63 - - - 2.61 - 2.64 - - - 0.62 0.98 0.8 - 0.49 - - - - - - 0.43 2.53 - - - 1.5 - - -
- 1.52 2.91 - - - - - 1.34 - 1.81 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 - - - -
- - 1.83 - - - - - - - 3.67 - - - - - - - 2.94 - - - - - - - - - 2.0 2.02 - -
0.36 0.71 - -0.19 - - -0.5 - -0.57 - 1.96 1.76 0.4 1.23 1.87 0.57 - - 2.16 - 0.6 - -0.6 - - 0.65 0.97 - - - -0.76 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - -
Smo425637 (GEK1)
-0.46 -1.44 0.33 0.57 1.2 -1.24 1.35 -0.59 -0.68 0.99 1.27 -1.37 -0.14 0.11 0.58 - 0.43 - -1.29 -0.24 - - - -0.28 0.76 0.77 1.58 - 0.63 -0.28 -1.31 -0.39
1.68 - 2.19 2.89 - - - - - - - 2.39 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.52 - - 2.56
- - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.61 1.75 -0.26 - - 1.66 -0.6 -0.59 0.99 2.35 -0.42 - - -0.92 - - - 1.36 - - - -0.27 - 1.86 - - 2.47 -0.2 - - -
- 2.63 - - - - 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - 1.79 - - - - - - - - 1.77
- - - - 3.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.47 - - - -
0.19 1.5 - 2.99 - 1.61 - - 3.12 1.46 - 2.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.6 - - - - - - 0.82 - - - 4.2 1.11 - - - - - 1.14 - - - 1.23 - - - - - 1.87 - - -
- - 1.73 - - - - - - - - 3.58 - - - - - 2.74 - - - - - - - - 3.32 - - - - -
- - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.84 4.06 - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo428484 (CDC2)
0.12 1.02 -0.54 -0.51 1.02 - -1.46 - 0.14 -0.61 2.12 0.18 0.97 - -0.48 -1.17 -1.2 - 0.52 - - - - -0.39 0.7 0.29 - 2.77 -0.12 - -0.35 -0.41
- - - - - - 3.05 - - 2.32 - 3.0 - 1.42 0.95 - - 1.69 - - - - - - - - - - 1.54 - - -
- 3.86 - - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo429122 (DAG2)
0.3 - - 3.1 1.86 - - - - 2.57 3.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo429125 (DAG2)
2.99 - - -9.4 - - - - - - - 3.12 - - - - - - 3.94 - - - - - - - - - - - - -
0.51 -0.2 0.64 2.03 - 0.04 1.84 0.22 -0.38 -1.51 1.46 0.83 -0.98 - - - - - - - 1.29 - - - - 1.3 - 2.85 - - - -
-1.04 -1.52 -0.38 1.49 0.3 -1.15 0.56 0.27 0.6 -1.11 1.03 1.32 1.06 -1.89 0.54 -2.91 -2.14 -0.99 -0.66 1.77 -4.43 -19.1 -2.01 -2.79 -0.88 -1.08 0.2 1.23 -0.37 -0.41 -0.06 -0.77
- - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.08 - - 2.62 - - 1.55 - - - - - 1.92 - 1.96 1.75 - - - - - - - - - - 1.78 - -
- 0.58 2.45 2.38 1.66 - - - 1.65 0.52 - 1.92 - 1.05 - - - - - - - - - - - - 2.64 - - - - -
Smo431628 (PUR4)
- - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo431990 (MRL1)
- - - - - - - 3.85 - - - 4.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.19 0.57 -1.72 0.79 -2.39 0.32 -1.55 1.39 1.63 0.6 1.68 0.16 -2.16 -0.92 -1.41 -3.13 0.07 -4.09 -0.47 -0.12 -1.53 -12.8 0.54 0.45 -3.49 -5.43 0.73 0.76 -0.29 0.12 -0.54 -0.3
0.47 - - - 2.72 - 3.42 - 2.56 0.93 - 2.46 - -15.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.53 2.46 - 1.57 - 2.44 1.28 - - 0.64 3.21 - - - - - - - - - - - - - - 2.05 - - - - - -
0.52 -0.84 -0.99 1.42 -0.62 1.03 -0.19 0.45 -0.15 -0.04 -0.37 -0.03 0.63 -2.93 0.55 - 0.6 -2.68 -0.33 - - - -2.7 -0.37 - 1.06 0.27 1.91 0.73 0.35 0.14 -0.67
-0.22 - - 2.75 - - 0.77 2.1 - - - - - - - - - 1.55 0.87 - - - 2.53 - 2.97 - - - - - - -
- - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.35 - - 4.28 - - - - - - - - - - - 2.9 - - - - - - - - - - - - -
-9.18 - 0.89 2.87 - - - - 1.38 - - 1.22 - - - - - - 1.8 - - - - - - 2.28 - 3.26 - - - -
- - - - 3.05 - - - - - - - 2.58 - - 2.64 - - - - - - 3.53 - - - - - - - - -
2.02 0.91 1.63 - - - 0.91 2.65 2.56 0.66 - - - - - 1.22 - - -0.02 - - - 1.03 -0.04 - - - - - - - 0.02
-0.59 - - - - 0.99 2.34 1.64 0.85 - - 0.81 1.91 - 0.36 0.2 - - -0.2 - - - 0.75 0.78 - - 2.4 - -0.05 -0.09 - -
- - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo84442 (MEF22)
0.57 -4.67 0.03 -1.96 0.48 -0.88 3.34 0.02 1.72 -0.47 0.12 - -1.32 -1.92 1.0 -2.47 -0.26 - -0.8 - - - 0.52 -0.84 - -0.53 - -25.19 -0.73 1.11 0.12 -1.95
3.93 - - - - - - - - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.37 -0.25 - 1.63 - - 2.42 0.24 2.36 - - 0.74 - - 1.61 - - 1.01 0.58 - - - 1.45 0.34 - - 1.34 - - - -0.63 -2.28
- - 4.05 - 2.55 - - - - - - - - - - - - 3.26 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.82 3.02 - - - - 3.49 - 2.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.79 - - - - 2.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Smo97115 (ADH2)
0.44 -1.39 1.89 1.27 -0.13 1.2 0.7 2.15 -1.27 0.77 2.64 -1.3 - 1.4 -1.88 - - - - - 0.15 - - - - - - 1.05 - - - -
1.41 - - 1.95 - 0.43 0.76 0.57 - 1.26 -0.94 -0.72 -0.62 -0.73 2.01 - - - 0.23 - - - 0.28 - - 0.36 2.29 1.59 - - - -0.82

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.