Heatmap: Cluster_27 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo106976 (HDH)	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo111621 (PPCK2)	-	-	-	-	-	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.53	-	-	-	-	0.88	-	-	3.23	-	-	-	-	-
Smo121192	1.39	-	-	-	1.98	1.84	-	-	-	-	1.67	-	-0.24	0.43	-	-	0.24	-	2.62	-	-	-	0.08	-	-	-	-	-	1.6	-1.78	1.9	0.06
Smo121793 (AUR3)	-	1.83	1.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-21.8	-	-	-	3.02	-	-	-	-	-	4.11	-	-	-	-	-	-	-
Smo127390 (PFG3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.64	0.21	-	-	-	-0.86	1.63	1.8	-	-	-	0.29	1.68	2.81	-	-	-	1.15	1.69	1.78	0.86
Smo135200 (PEPKR2)	-	1.46	-	-	-	2.32	-	1.02	-1.55	-	0.82	-	-	-	-	-	-	2.14	3.06	-	-	-	-	-	-	2.89	-	-	-	-	-	-
Smo138674	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo17198	-0.33	-	-	-	-	-	1.05	1.14	-	-	-	-	-	-	0.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.65	-	-	-	-	-	-	-
Smo27666	0.1	1.32	-	-0.32	-	1.45	-0.74	-	-	-	-1.18	-1.34	2.2	-	-	3.43	-	-	-	-	-	-	-	-	2.07	-	1.96	-	-	-	-	-
Smo29406	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.68	-	-	0.9	0.72	2.5	0.5	-0.45	-	-	0.04	0.95	2.41	-	-	-	1.05	0.38	1.54	1.57
Smo402276	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.03	-	-	-	-	-	-	2.47	-	-	-	-	-	-	-	4.48	-	-	-	-	-	-	-
Smo402578	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.86	2.44	-	-	-	-	0.66	0.73	4.05	-	-	-	0.75	0.77	-	0.69
Smo403006	-	-	-	-	-	4.3	-	2.42	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo403270 (ZAC)	1.42	2.17	-	-	-	3.28	-	-	-	2.66	-	-	-	-	1.67	-	-	-	-	-	-	-	-	2.49	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo404135	-	1.06	-	0.79	-	1.19	-	-	0.96	-	-	1.22	-	-	-	-	-	1.91	1.21	-	-	-	-	-	3.36	2.41	-	-	-	-	-	-
Smo404136	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.34	-	-	-	-	-	-	2.53	-	-	-	-	-	3.62	2.57	-	-	2.44	-	-	-
Smo405573	-2.21	-	-	-	-	1.04	-	-	-	-	-	-	-	-0.4	-0.95	0.8	0.67	0.21	2.64	1.4	-	-	-0.31	-0.31	3.13	0.82	-0.03	-	-1.39	-0.32	-0.35	-
Smo405668	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo405956	-	-	-	-	-	-	-	1.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.43	-	-	-	-	1.78	3.89	-	-	-	-	-	-	-
Smo406311	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.28	3.65	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo407324	0.01	-	-	-	-	3.04	-	-	-	-	1.21	-	-	-	0.79	-	-	2.91	2.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.49	1.43
Smo407837	-	-	1.3	-	-	-	1.57	-	-	1.28	-	-	-	-	-	2.92	-	-	-	-	-	-	-	-	3.73	-	-	-	-	1.7	-	-
Smo407938	0.49	-	-	0.94	-	2.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	-	-	-	3.51	-	-	-	1.48	-	-	-
Smo407946	-0.79	-0.29	-0.07	-2.74	1.08	1.25	1.36	0.89	0.21	0.9	0.66	-0.18	-1.51	-0.27	0.57	-2.33	0.56	-0.4	0.37	-	-	-	-0.59	0.17	-0.62	0.74	0.64	0.56	-0.7	-1.05	-2.67	-1.75
Smo409343	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo409407	0.6	0.06	-	-0.85	-	2.27	-	0.98	-	-	-	1.39	2.99	-	-1.51	-0.45	-	-	1.91	-	-	-	0.19	-0.68	-	1.84	0.43	-	-	-	-	-
Smo410200 (CDKC;1)	0.22	-	-	0.58	-	2.24	1.83	-	1.24	-	-	1.82	0.51	1.34	-	1.69	-	-	1.5	-	-	-	0.33	-	-	1.37	-	-	-	0.39	-	-
Smo410762	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo414060	-	-	2.16	-	-	-0.71	1.06	-	-0.85	-	-	-0.84	-	-	-0.59	-	1.19	-	-	-	-	-	2.19	-	3.22	2.17	-	-	1.02	-1.49	-	-
Smo414572	-0.58	0.23	-0.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.02	2.35	-	-	-	-	1.91	4.02	-	-	-	-	-	-	-
Smo414695	-0.05	-0.99	-0.39	-1.99	-2.14	0.03	0.36	1.05	0.29	0.12	-1.0	-0.37	-2.98	-4.76	-0.11	-2.55	-0.83	0.46	-1.38	-3.79	-3.34	-	-1.06	-1.25	3.01	-0.62	0.95	1.37	0.32	-0.44	-0.71	-0.25
Smo416306	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.97	-	-	2.0	1.98	-	-	-	-	-	-	-	4.02	-	-	-	-	-	-	-
Smo416308	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.44	2.28	2.44	-	-	-	-	-	3.76	-	-	-	1.48	-	-	1.42
Smo416539 (CCR2)	-	-	-	-0.36	-	-	-	-	-	0.83	0.86	0.08	-	-	-0.54	-	-	-	1.2	-	-	-	-	1.52	3.21	2.78	-	-	-	1.8	-	0.11
Smo416888	1.39	-	-	-	-	3.63	-	-	-	-	2.06	2.71	-	2.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.04	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo418849	-	-0.28	0.56	0.87	-	2.15	-0.21	-	-	-	-0.23	1.41	1.03	-	-	-	-	0.1	2.89	-	-	-	0.94	2.25	-	-	-	-	-	-0.09	-	-0.18
Smo418905	-0.3	-0.08	0.81	-0.15	1.11	2.32	1.29	-	-0.75	0.48	1.29	0.07	-	-	-	-1.33	-	-	-1.49	-	-	-	-1.54	-	1.28	1.86	2.01	-	-0.63	-	-0.52	-
Smo419519	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.39	-	-	2.31	-	-	2.21	1.33	3.31	2.36	-	-	-	-	-	1.16
Smo419592 (ATSBT5.2)	-0.55	-	-1.59	-	-0.28	2.96	-	-	2.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.13	-	-	-	-	-	-	-
Smo420516	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo421016	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.41	1.73	-	-	-	-	1.78	3.87	-	-	-	-	-	-	-
Smo421386	-	-	-	1.49	-	2.9	-	1.15	-	-	-	-	-	-	-	-	1.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.24	2.58	1.04	-	-
Smo422324	1.26	-	-	0.75	2.49	2.83	-0.27	0.53	-	-	2.03	-	0.19	-0.13	0.27	-	-	-	1.24	-6.68	1.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo422342	-	-	-	-	-	2.99	-	2.21	-	-	-	-	-	1.7	-	-	-	3.39	2.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo423633	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.04	-	-	-	-	-	-	4.02	-	-	-	-	2.97	1.94	-
Smo424226	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.85	-	-	-	-	-	0.9	0.9	-0.18	-	-	-	0.88	-	3.88	-	1.04	-	-0.15	-0.16	-	1.73
Smo424554	-26.8	0.19	-	-	2.03	-	0.52	-2.65	1.33	-	-1.91	-2.83	-	-3.56	-2.46	-	-	1.13	-	-	-	-	-	-	4.09	-	1.48	-	-	-	-	-
Smo424886 (FIM5)	-	-	-	-	-	3.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.29	-	-	-	-	-	4.23	-	-	-	-	-	-	-
Smo425800	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo426139	-0.54	-	-	-	-	3.49	-	1.55	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.73	-	-	-	-	-	-	1.96	-	-	-	-	-	-
Smo426227	-	-	-	-	-	-	-	-	3.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.46	-	-	-	-	-	-	-
Smo426336	-	-	-	-	-	3.95	-	-	-	-	-	-	3.15	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.94
Smo426391	-	-	-	-	-	2.22	-	-	-	-	-	-	-	-	1.61	1.15	-	-	0.98	-	-	-	1.14	-	3.39	2.44	-	-	-	-	-	0.98
Smo426498	-	-	-	1.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.46	-	-	-	-	-	4.5	-	-	-	-	-	-	-
Smo426722 (CHI)	-	-	-	-	-	2.82	-	-	0.56	0.54	-	-	-	-	0.28	-	1.61	-	3.2	-	-	-	-	-	-	1.99	-	-	-	-	0.65	1.58
Smo428219	-	-	0.53	-	-	3.17	-	2.2	-	2.15	1.79	-	-	2.84	0.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo428363	-6.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-1.2	-	-	-	-	-	1.66	-	1.67	-	-	-	0.74	0.24	3.87	-	2.3	-	1.25	-	-1.27	-
Smo429171 (MRL1)	3.14	-	-	-	-	4.53	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo430122	-	-	-	-	-	3.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-	-	-	-
Smo430140	-	0.92	-	1.08	-	1.03	-	-	-	-0.12	-	-	-	-	-	-	1.25	1.53	-	-	-	-	-	-	3.2	-	-	2.37	-	0.19	0.14	1.67
Smo430642	0.63	1.34	-11.08	1.57	-	2.92	1.5	1.75	-	-	-	1.35	-	-	-	-	-	-	-0.63	-	-	-	-	2.01	-	-	-	-	1.98	-	-	-
Smo430854 (OBP3)	-0.85	-	-	-10.72	-	-	-	-	-6.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.97	-	-	-	-	-	-	-
Smo431352	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo431357	-	-	-	-	-	3.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.51	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.19	3.12
Smo431735	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.08	-	-	-	-	3.61	2.96	-	-	-	-	-	2.99	-	-	-	-	0.96	-	-
Smo431961	-1.07	-	-	0.6	-	2.44	-0.28	0.46	-0.52	-0.53	0.7	-	1.93	-	-	1.69	1.83	0.1	-0.22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.36	0.82	-0.21	0.74
Smo432074	-	-1.6	-	-	-1.03	-	-1.63	-	-	-	-	-1.53	-1.27	1.03	-1.17	0.87	-1.4	-	-0.39	-	-	-	-	0.57	3.79	1.68	1.53	1.15	-0.55	-	-	-1.52
Smo432528	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo432688	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-15.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-
Smo6836	-2.25	-	-	-	-	-	0.12	-0.1	-	-1.68	-1.58	-	-	-	-	-	1.37	-0.74	0.05	-	-	-	0.48	0.44	3.52	-	0.13	1.95	0.84	1.99	-	-
Smo8589	-0.5	-	-	-0.5	1.07	-0.09	2.42	-	-0.07	-0.39	-	-	-0.21	-	-	0.9	-	-	-0.34	-	-	-	-	-0.32	3.66	-	1.43	-	-0.24	-	-	-
Smo87241	-0.13	-0.01	-0.25	-0.5	-0.39	-0.32	-0.64	-0.29	-0.1	-0.39	-0.66	-0.43	0.59	0.3	-0.73	0.74	0.02	1.08	0.09	-1.06	-0.23	-	0.17	0.16	0.41	0.2	0.12	-0.36	0.13	-0.03	0.84	0.58
Smo94079 (ACN1)	1.34	-	-0.13	1.37	-	3.03	1.66	-0.04	0.86	-	-0.05	-	-	-	1.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.31	-	2.48	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.