Heatmap: Cluster_71 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Ovule (0-1 DPA)
Ovule (2 & 5 DPA)
Ovary
Microspore
Generative cell
Pollen
Sperm cell
Pollen grain
Pollen tube
Pollen tube (1.5h)
Pollen tube (3h)
Pollen tube (9h)
Pistil
Style (before flowering)
Style (after flowering)
Style (pollinated, after flowering)
Flower (buds)
Flowers
Ovary wall/pericarp (0-1 DPA)
Ovary wall/pericarp (2 & 5 DPA)
Pericarp/Exocarp (4 DPA)
Pericarp
Pericarp (5 DPA)
Pericarp (7 DPA)
Pericarp (10 DPA)
Fruit (mature green)
Fruit (breaker stage)
Septum (7 DPA)
Septum (10 DPA)
Septum/Seed (4 DPA)
Seed (5 DPA)
Seed (7 DPA)
Seed (10 DPA)
Seeds (10 DPA)
Seeds (20 DPA)
Seeds (30 DPA)
Seeds (Pk-stem)
Seeds (Br-stem)
Seeds (Pk-equatorial)
Seeds (Pk-stylar)
Seeds (Br-stylar)
Seeds
Seeds (RR)
Seeds (LR)
Seeds (MG-equatorial)
Hypocotyl
Seedling (leaves)
Seedling (roots)
Callus
Meristem (vegetative)
Meristem
Apical meristem
Leaf
Root
Root (differentiation zone)
Root (elongation zone)
Root (meristematic zone)
Root hair cells
- - - 1.37 - - - - - -0.05 - - - - - - - - - - - 0.26 - - - - - - - - - 0.77 2.69 - 4.56 3.56 - - - - - -1.0 - - - - - - 3.17 - - - -2.97 - - - - -
Solyc01g010840.1.1 (Solyc01g010840)
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.88 1.3 - - 2.37 - - - - - - - - - - - - - 5.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc01g015010.1.1 (Solyc01g015010)
- - - - - - - - - 3.13 2.58 3.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.98 - - - - - - 0.86 - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc01g057640.1.1 (Solyc01g057640)
- - - - 4.48 - - - - - - - - - 2.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.76 - - - - - - 1.49 - - - - - - - - - - -1.64 - - - - -
Solyc01g058175.1.1 (Solyc01g058175)
- -0.35 - 1.54 - - - -0.17 -0.19 0.23 0.93 0.62 0.94 -2.05 -0.53 - -0.69 0.26 - - - 1.26 -0.69 - - - - -1.35 - - -1.51 -0.83 -0.83 3.04 3.86 0.47 1.2 0.26 2.24 0.87 - 0.09 - - - -1.01 - - 1.36 - - - -3.79 - - - - -
- - -0.49 -0.17 1.74 - 1.03 - - - - - - - - - - - - - 0.5 - - - -0.44 - -1.08 - -0.13 0.43 -0.41 -0.79 - - 2.44 - - 3.47 - 2.38 2.82 2.77 - - 1.87 - - - 2.45 - - - -4.06 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.0 - - - 4.17 2.68 - 3.22 3.66 1.33 - - 2.51 - - - 1.49 - - - -4.3 - - - - -
Solyc02g033080.2.1 (Solyc02g033080)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc02g076650.1.1 (Solyc02g076650)
- - - - - - - - - - 2.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.69 - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc02g150106.1.1 (Solyc02g150106)
- - - - - - - - - - - 0.32 - - - - - - 3.62 - - - - - - - - - 1.45 - - - 0.92 - - - 5.07 - - - - 1.83 - - - - - - 1.38 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.16 - - - - - - 5.33 - - - - - - - - -
Solyc03g124064.1.1 (Solyc03g124064)
- - - 3.16 - - - 0.7 - -0.55 - - - 0.2 -5.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.57 - - - - 2.71 - - - - - - 3.81 - - - 0.38 - - - - -
Solyc04g018160.1.1 (Solyc04g018160)
- - - - - - - - - - - - 1.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - - - - - - - - - - - - 4.74 - - - 0.79 - - - - -
Solyc04g051625.1.1 (Solyc04g051625)
2.63 1.56 - 1.66 1.04 - - -2.89 - - - - 0.38 - - - - - 1.89 - - - - -1.62 - - - - 0.14 - - - - - - 1.34 2.07 1.89 3.11 2.53 - 1.97 - - - - - - 2.16 1.84 - - -1.85 - - - - -
Solyc05g017730.1.1 (Solyc05g017730)
- - - 2.97 - - - - - - - - 3.04 2.17 - - - - - - - - 2.88 - - - - - - - - 2.31 - - - - - - - - - 1.03 - - - - - - 3.19 2.34 - - -1.85 3.11 - - - -
Solyc05g023920.1.1 (Solyc05g023920)
- - - 3.18 - - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.31 - - - - 1.88 - 4.48 - 3.09 - -0.65 - - - - -
- - - - - - - 1.33 -0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.72 0.79 - 4.46 - - - - - - - - - - - - - 4.8 - - - 0.54 - - - - -
Solyc05g025530.1.1 (Solyc05g025530)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.47 - - - - - - - - - - 3.7 - - - -0.51 - - - - -
Solyc05g026150.1.1 (MPPalpha)
- - - - 1.05 0.64 - - - -1.22 - - - - - - - - - - -0.45 - - - - - - - - - -0.39 0.69 - 2.94 4.21 - - 1.19 - 1.62 - 0.93 2.13 3.18 - - - - 1.97 - - - -4.83 - - - - -
Solyc05g044560.1.1 (Solyc05g044560)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.81 2.78 - - - - - - - - - - - 1.8 - - - - 2.45 - 0.45 - - - 2.3 - - - - - 4.67 - - - - - - - 1.76 - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc06g010130.1.1 (Solyc06g010130)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.19 - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - -
Solyc06g030550.1.1 (Solyc06g030550)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.07 - - - - 3.79 - - - - - - 3.41 - - - - - - - - -
Solyc07g062330.2.1 (Solyc07g062330)
- - - 3.32 - - - - - - - - 2.02 - - - - - - - - - - 0.83 0.89 - - - - - 2.78 1.97 - - 4.68 - - - - - - - - - - - - - 1.99 - - - - - - - - -
- - - 2.03 1.7 - - - - - - - - - -2.05 - 0.96 - - - 1.1 - 0.71 0.46 1.11 2.31 1.02 - - - 0.62 1.51 0.5 - - 0.92 - - - - - 1.5 3.28 - - - - - 3.78 - - - -2.09 - - - - -
Solyc08g065240.1.1 (Solyc08g065240)
- 3.05 - 2.66 3.56 - - - - - - - - - - - - - - 2.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 - - - - - - - - - - 3.49 - - - - - - - - -
Solyc09g030460.1.1 (Solyc09g030460)
- - - 1.8 - - - - - - - - - -1.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.41 0.17 4.02 - 1.34 3.5 0.24 - 0.71 2.22 1.51 1.22 3.26 - - - - -1.53 - - - -4.71 - - - - -
Solyc09g065377.1.1 (Solyc09g065377)
- - - - - - - 1.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.72 - - - - 1.41 - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc09g083305.1.1 (Solyc09g083305)
- - - 1.87 - - 1.2 - -1.59 - - - - - - - - - - - - - - -1.22 -0.37 - - - 0.17 - - -0.91 2.14 3.66 4.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc10g024460.1.1 (Solyc10g024460)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.29 - - - 0.77 - - - - - - 4.1 - - - - - - - - -
Solyc10g038030.3.1 (Solyc10g038030)
- - - 3.09 - - - - - - - - 0.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.71 - 4.45 - - - - -0.79 - - - 1.65 - - 3.13 - - - -3.28 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - 4.22 2.58 - 1.02 - - 4.06 - - - 2.47 - - - - - - - - -
Solyc10g049380.1.1 (Solyc10g049380)
- - - 0.67 - - - - - - - - - - - - 1.64 - - - - - - - - - - - 0.03 - - - 1.79 3.53 4.66 - - - - - - -1.94 - - - - - - 3.55 - - - - - - - - -
Solyc10g049840.1.1 (Solyc10g049840)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.75 - - - - - - - - - - - 2.04 - - - - - - - - -
Solyc10g054510.1.1 (Solyc10g054510)
1.96 1.41 - 2.17 1.7 - - - - - - - 2.67 -1.31 - - - - 0.5 -1.05 - - - - -22.72 - -1.19 - - - -1.65 -3.15 -2.94 - - -0.27 3.29 -0.39 1.97 2.09 - 0.42 1.96 - 2.28 - - - 1.76 -1.79 - - -2.62 - - - -0.82 -
Solyc10g054520.1.1 (Solyc10g054520)
- - - 3.0 - - - - - - - - 2.67 - - - - - - - - - - 1.11 - - - - 1.45 - 0.87 0.21 1.47 - - - - 3.93 - 2.75 - 1.89 - - - - -0.8 2.26 - - - - -2.49 - - 0.82 - -
Solyc11g018630.1.1 (Solyc11g018630)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.7 - - - 2.39 - - - - - - - - - - -0.12 - - - - -
Solyc11g020470.1.1 (Solyc11g020470)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.71 - - - 5.18 - - - - 2.76 - - - - - - 3.52 - - - -1.69 - - - - -
Solyc12g017720.1.1 (Solyc12g017720)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.59 - - - - 1.33 - - - - - - 2.87 - - - - - - - - -
Solyc12g020020.1.1 (Solyc12g020020)
- - - - - - - 3.47 3.86 - - - - - - 2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.5 - - - - - - 4.25 - - - -1.54 - - - - -
Solyc12g035510.1.1 (Solyc12g035510)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.24 - - - - - - - 1.49 - 5.44 - - - - - - 1.52 - - - - - - 2.74 - - - - - - - - -
Solyc12g044590.1.1 (Solyc12g044590)
- - - - - - - - - - - - 0.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.49 - - - 4.6 2.09 4.07 - - -1.22 - - 2.91 - - - 1.32 - - - -3.73 - - - - -
Solyc12g062420.2.1 (Solyc12g062420)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.25 - - - - - - - - - - - - - 4.3 - - - -1.91 - - - - -
Solyc12g062828.1.1 (Solyc12g062828)
- - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.87 - - - - - - - - - - 5.18 - - - - - - - - - - - - - 2.22 - - - -1.82 - - - - -
- - - - - - - 0.08 - -0.72 -1.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.4 - - - 5.4 2.89 - - - 2.39 - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.