Heatmap: Cluster_11 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
-0.14 - - - - - - - -2.49 0.07 - - - - - - - - - 1.73 - - 0.95 2.05 -0.15 1.97 -0.04 - - -0.14 2.61 - -0.68 0.22 1.14 1.48 2.36 -0.38 2.07 - - -0.6 - - - - - -1.2 -1.64 1.07 1.96 0.92 0.81 1.45 -0.01 -
- 2.35 - - 1.71 - - - 1.66 0.99 - - - - - - - - -0.48 - - 2.5 - - - - - - 2.3 - 0.85 - 1.92 - 1.32 2.4 1.83 - - - - - - 0.51 2.48 1.69 - 0.22 - - - - - 1.54 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.3 - - - - - - - -
- - - - 0.73 - - - - 0.46 - -0.17 - - -0.54 2.37 - - 0.95 - - - - - - 0.43 - - - - -5.09 1.03 - 0.9 - 0.76 - 1.17 -2.08 -0.0 0.89 - 1.79 1.07 1.62 - - 0.76 0.58 0.58 2.97 2.53 0.65 - 1.66 -1.84
- - - 1.74 3.75 - 3.86 - 1.58 - - -2.23 - - - - - - 0.93 - - - - - - -2.35 - - - - - - 0.62 - - 1.74 - - - - - 1.83 0.92 -0.28 2.5 -14.77 - -2.49 -0.52 - - - - - - 0.83
- 5.32 - - - - - - 0.6 - - - 3.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.89 - - - - - - -
- - - - - - - - 2.44 - - - - - -6.2 - - - - - - - - - - 1.38 - - - - - 5.37 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.73 - - - - - - -
- - - - - - - - 3.47 3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.56 - - - 2.09 0.63 - - 2.44 - - - - - 2.41 - - - - - - -3.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.61 - - - -0.4 - - 2.06 - 3.07 3.57 2.31 1.69
- - - - - - - - 0.36 2.04 - - - - - - - - 3.59 - - - - - - - - - - - - - - 2.81 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.76 2.65 2.37 - 2.72 -
- -1.77 - -1.72 -3.99 - - 2.44 0.68 1.47 1.83 -0.28 0.13 -1.61 -2.38 - - - 2.27 - -1.56 - - - - -7.23 - - - - -5.4 - - -3.84 - -4.38 - - - - - - - - - - - 4.06 0.32 2.79 -4.2 - -3.46 2.06 -0.11 2.05
- - - - - - - - - - - 4.17 - - - - - - 3.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.87 - - - - 3.95 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.29 4.08 - - - - - - -
- - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.84 3.99 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.06 - - 4.36 4.3 - - - - - 3.21 - - - - - - 2.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.61 - - - - - - - - - 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.49 - - 2.89 - - - - - - - - - - - - - 0.56 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 2.13 - - - 4.11 2.76 - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81
- - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - 5.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.8 3.88 - - - - - - - - -1.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.45 0.51 - - 0.5 0.36 2.3 -0.43 3.17
- - - - - - - - 1.35 1.14 - 2.87 2.8 - - - - - 2.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.39 - - - 3.55 - 3.57 2.76 -
- - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - 5.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.09 - - 5.45 - - - - -
- - - - - - - - -4.78 1.97 - - - - - -0.59 - - 0.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.16 3.69 -2.36 - - -0.99 -1.24 - -2.83
2.43 - - - - - - - -0.97 - - - - 1.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.51 4.66 - - - - - - -
- - - - - - - - -0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.58 - - - - - - - 4.96 - - - - -
- - - - - - - - 0.23 - - - - -0.36 1.48 - - - 1.28 - - - - - - 1.65 - - - - 0.2 - 0.28 0.43 0.36 1.33 - - 1.42 2.24 1.31 0.57 - - - - - 3.31 2.86 - 1.95 - -0.07 - 1.88 0.17
- - - - - - - - - 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.48 - - - - - - - - - - 4.35 - - - - - 1.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 2.87
- 3.17 - - - - - - - 0.78 - 2.56 - - 2.16 - - - 0.91 - - - 4.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.1 -0.25 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.7 - - 3.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - - - - - - - 4.73 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.83 4.78 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.36 - - 4.19 3.37 2.78
- - - - - - - - - - - - 5.74 - - - - - - - - - - - - 1.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.62 0.26 - - - - - - - - -0.44 - - - - - - -4.27 - - - - 0.09 -12.21 2.41 2.33 2.07 1.0 - - - - - - - - - - - 4.49 3.44 - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.71 3.7 - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - - - 3.83 - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - -
- 2.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - 4.58 3.94 - - - - - - -
3.94 - - - - - - - 2.36 - - - - - - - - - - 2.39 - 1.39 - - - -0.13 - 2.34 2.2 - - - - - - - - - 1.21 1.07 - - - - - - 2.54 - 1.05 2.24 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - 4.95
2.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.85 - - - - - - 1.34 0.94 1.02 1.24 0.84 - - - - - - 1.86 - - - - - 1.6 -0.64 0.76 1.05 - 2.74 2.38 - -0.57
- - - - - 2.27 - - - 2.85 - 3.01 - 3.43 2.66 - - - 1.59 - - - - - - 1.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.25 - - - 0.31 0.34 2.66 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.3 3.58 3.53 3.49 - 3.51 -
- - - - - - - - -0.96 - - 2.67 - - - - - - 1.49 - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.32 2.61 4.07 - 2.2 2.54 0.95
- - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.47 - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - 3.18 - -
- - - - - - - - - 4.82 - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.45 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.15 - - 3.4 - - 2.0 - - - - - - - - - - -1.56 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 - 3.14 - - 3.14 2.33 - - - - - 2.23 2.68
- - - - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.18 - - - - - - 3.31 1.96 - - - - - - - - - 1.06 - - - - - - - - 2.58 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 - - -1.08 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.11 - - 3.04 2.03 - 2.89 3.15 4.2
- - - - - - - - 1.03 - - 3.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.39 - - - - - - - - - - - 2.27 - - - - - - - - 3.47 4.35 - - -
-1.12 -4.04 - -1.6 -3.96 -0.63 - -1.02 -1.72 -0.55 3.46 0.16 1.52 2.53 -0.81 -3.14 - -1.2 -0.75 -1.2 -0.83 -1.53 -0.37 - -4.0 -0.06 -2.26 - -3.08 -1.18 -1.29 -1.81 -2.02 -1.49 -2.85 -1.35 -2.6 -1.18 -0.92 -1.67 -0.87 -2.83 1.47 1.07 2.89 -0.68 -3.75 0.32 0.82 -0.92 -0.7 -0.7 -1.18 -2.99 0.67 1.45
- - - - - - - - 2.2 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.16 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.04 - 2.58 - 3.72 1.35 - - 2.46 - - 3.53 - -
3.02 - 3.13 1.64 - 1.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.12 3.11 - - - 0.85 - - - - - 3.25 - - - - - - - - - - - - - 3.19 - - 1.92 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.2 - - - - - - 3.95
- - - - - - - - -3.04 0.33 - - - - - - - - 0.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 4.28 -0.28 - - - 0.22 - -
- - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.42 - - - - - -2.22 0.35 -3.81 - - - - - - - - -1.02 - - - 0.78 - - - - - - - 2.05 1.87 1.57 1.87 -1.28 1.77 1.8 1.95 1.31 2.06 1.84 -1.05 - - - - - 3.5 1.65 -2.43 - - - -1.23 - -2.73
- - - - - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.16 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.12 -0.82 0.14 1.37 -3.83 -1.8 - 1.02 1.0 1.93 - -1.92 -1.22 1.04 0.04 2.49 - -0.31 0.95 -1.85 0.43 -2.09 - -2.81 - -0.94 - - -3.07 - 0.66 -0.07 -0.09 0.83 -0.6 0.05 -1.07 -0.92 -0.72 0.33 -0.65 -0.57 -1.69 -1.34 -2.9 -3.61 -0.64 0.96 1.39 0.15 0.7 1.4 -0.03 0.15 1.38 -0.93
- - - - - - - - 3.79 4.64 - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.64 - - - - - - 2.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.83 4.78 - - - -
- -8.23 - - - - - 3.96 -0.16 - - - - - - - - - -0.25 - - -0.07 - - - -2.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.48 - 0.5 1.0 3.79 2.18 2.61 -1.62 3.01 -
- - - - - - - - 1.78 4.03 - 4.9 - - - - - - 2.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.75 - - - - - - - - - - 5.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.02 - 4.46 - - - - - - - - - - - - - 3.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.93 2.35 - 3.12 - 3.02 3.94 - 1.57
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.83 - - - 5.19 - - - 3.63
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.69 - - - - - - - - - - 4.57 - - - - - - - - - - - - - - - 4.86 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.54 4.9 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.41 - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - -1.58 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 3.31 - - - - 1.18 - - - - - 4.01 -
- - - - - - - 4.16 - - - - 4.3 - - - - - - - - - - - - 0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.13 - - - 1.47 1.43 - - - 2.85 - - -
- - - - 5.65 - - - 2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.62 1.06 - - - - 3.89 3.98 -
- - - - - - - - -1.8 -4.52 - -3.38 - - - - - - -2.83 2.52 -2.37 -3.11 - 2.03 0.62 -0.78 1.47 2.72 1.67 0.63 1.5 0.5 0.55 1.26 1.63 0.43 1.45 1.09 0.17 1.0 -0.15 -0.32 -4.65 - - - -2.26 -1.71 -1.33 -0.12 0.35 -0.8 0.47 0.3 -0.85 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.71 - - - - 0.38 - - 4.02 - - - - - - - - - - - - - 1.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - 4.6 - - -
- - - - - - - - -1.26 - - 2.35 2.92 4.68 1.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.75 1.36 2.69 - - - 1.42 - - - - - - -
- - - - - - - 1.0 - -0.59 - 2.48 3.51 - -0.21 - - - -0.96 - - -0.05 - - - -0.6 - - - - -0.85 - 1.56 0.23 - - - - 0.23 - - - -0.42 -0.61 2.64 - - -0.61 -0.08 1.47 1.58 0.93 -0.02 - 1.62 2.69
- - - - - - - - - 4.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 3.67 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 3.8 - 3.5 3.86 -
- - - -1.56 - - - -1.22 -0.93 0.74 3.47 1.73 1.29 0.7 0.59 - - - 0.99 - 2.8 - - -1.02 - - - - - - - -2.93 -2.98 - - - - - - - - - - - - -0.82 - 3.18 2.26 -0.02 -1.04 - -1.39 -0.68 -0.85 2.56
1.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.41 - - - - 2.1 1.44 1.47 2.99 2.27 1.48 2.11 2.05 2.42 2.39 1.13 2.55 - - - - - -5.23 -2.81 -5.68 -4.47 -3.96 -6.71 -6.74 -4.49 -
- - - - - 4.23 - - 1.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.1 - - - - -
- - - - 1.73 - - - - 1.56 - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - 0.87 - 1.63 - - - 1.85 1.47 - - - - - - - - - 1.76 2.62 1.16 - 1.54 - 2.56 - 3.44
- - - - 1.04 - - 1.57 0.48 2.01 - - - - - - - - 2.62 - - - - - - 0.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.51 - - - 0.04 2.35 3.24 1.55 1.27 2.32 2.6 -
- - - - - - - - -0.21 - - - - - - - - - - 5.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.37 - - - - - - -
- - - - - - - 2.58 - 0.98 - 2.77 2.74 - 3.36 - - - 1.55 - - - - - 3.41 -1.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.12 - - - - - 2.57 - -
- - - - - - - - -0.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - 3.33 4.18 - 1.86 - - - - - - - - - 2.96 1.68 - - - 2.1 1.93 - -
- - - - - - - - - 3.31 - - - - - - - - 3.35 - - - - - - - - - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - - - - - - 1.36 - 4.03 - - - - -
- - - - - - - - - 4.11 - - - - - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - -1.06 -1.02 - 0.19 - - 0.1 -1.14 - - -0.54 0.29 - 1.79 - - - 1.99 4.18 - - - - - -0.87 -2.35
- - - - - - - - -5.7 -6.1 - - - - - - - - -2.8 2.94 -3.05 -3.43 - 1.2 0.28 -0.2 2.59 2.87 2.22 2.37 1.15 0.57 0.73 0.91 0.74 0.06 0.31 0.29 0.33 1.2 1.37 -0.07 - - - - - -2.53 -4.0 -2.25 -3.82 -4.42 -2.62 -3.4 -3.21 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - -
- - - - - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.62 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 5.32 - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.