Heatmap: Cluster_433 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.98 - - - - 4.24 3.56 - - - - - 4.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.3
- - - - - - - - - 2.58 - - - - - - - - 2.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.64 - - - - - - - - - - 1.42 - 3.94 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.14 4.38 - 4.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.55 -5.71 -0.41 1.0 - - - - - - - - 1.81 - - - - - - 0.93 - - - - - - - 2.41 1.33 - - -5.77 2.8 2.68 2.26 1.46 1.14 - - - - -0.15 - 1.15 1.64 - - 2.24 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.23 - - - - 0.4 2.62 2.57 - - 1.5 - 3.67 - 2.94 3.44 2.61 - - - - - - - - - - - - - -
-3.62 -4.06 -1.38 -1.62 -3.67 -3.5 -3.04 -0.68 -0.33 1.52 -2.78 -2.84 -1.68 -0.9 -2.08 - - -3.03 0.99 -2.5 0.72 -2.03 -1.25 2.7 -4.08 -2.8 -1.24 -2.81 -2.23 -2.46 1.11 0.08 -0.52 0.13 0.29 0.36 0.71 1.69 1.2 0.68 0.09 0.12 2.8 2.34 1.68 0.34 -0.22 -1.05 -1.15 -8.44 -4.91 -4.71 -5.19 -5.23 -5.94 -3.09
- - - - - - - - -0.92 1.74 - - - 0.38 - - - - 2.67 - - - - - - -2.48 - - 1.68 - -0.25 2.85 0.43 - - 0.56 - - - - -0.23 0.96 1.76 -0.32 2.85 - - -1.63 1.12 1.69 0.66 0.43 0.91 - 1.01 1.79
-1.21 -1.23 0.81 -0.66 -2.01 -4.41 - 0.5 -2.93 2.15 -1.65 -0.84 0.67 -4.79 -0.49 -4.51 - -13.79 1.28 -2.3 1.19 -0.39 -0.04 2.93 - -0.85 -3.93 - -3.17 -1.74 0.23 0.66 -0.13 -0.87 0.91 -0.26 -0.05 1.55 0.89 0.41 -0.77 -0.44 0.92 1.32 1.96 1.1 0.28 -2.48 -0.96 - -3.88 - - -4.97 -3.78 -3.88
1.93 - - - 0.19 - - - - 0.57 - - - - - - - - -0.19 - - - - - - -2.97 - - - - 1.42 3.82 3.36 2.52 1.23 - 2.0 - - 2.77 - -1.56 - - - - - -1.65 -0.59 - - - - - - 0.37
-4.48 -4.59 - -4.27 - - - -1.98 -2.43 0.98 -3.92 -5.11 -1.25 -0.0 -2.01 - - -3.56 -0.03 -3.0 -1.19 -5.42 -1.8 2.0 -2.56 -3.51 -2.76 -2.5 -2.03 -2.96 1.76 0.94 0.39 0.99 1.3 1.38 1.51 2.96 2.17 1.3 0.32 1.05 0.52 1.85 1.73 -1.08 -0.71 -1.96 -1.46 - - - - -4.01 -4.23 -4.35
- - - - - - - - - 1.75 - - 2.5 1.89 - - - - 1.38 - - - - - - -0.58 - - - - 1.08 - - - 2.11 - - 1.99 - - 2.36 - - - - - - - - 3.11 - 2.31 - 2.03 2.35 0.77
-1.74 0.83 -1.39 -1.78 -1.31 -0.98 -0.69 -1.51 -0.86 0.43 -6.5 -2.46 -2.0 -1.8 -2.0 -1.69 - -0.81 0.7 -0.76 1.04 -0.52 -2.75 1.94 0.92 -1.62 -0.84 0.62 -0.48 0.04 1.11 0.73 0.47 0.23 0.38 0.86 0.57 0.89 1.21 1.3 1.22 0.03 0.47 0.09 0.56 1.04 -0.34 0.34 -0.01 -1.39 -0.54 -1.08 -1.78 -1.71 -1.43 -2.93
- - - - - - - - - - - 1.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 1.45 1.79 1.57 1.25 3.68 - 1.22 2.11 - 2.44 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.21 - - - - 0.59 4.11 - 2.15 - - 3.71 3.49 - - - 2.87 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - -0.58 - - - - -3.09 2.08 - - - - - - - - 2.0 - - - - - - 1.42 - - - - 0.15 - - - - - - - - - - 0.29 - - - - 1.49 - - 3.51 0.23 2.93 1.82 2.88 3.01 -
- - - - - - - - 1.14 3.6 - - - - 3.36 - - - - - - - - - - -1.93 - - - - - - - - - - - 4.8 - - - - - - - - - 1.73 - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.81 3.3 3.83 - 3.65 1.42 - - 3.68 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.52 1.86 0.26 0.37 1.51 1.03 0.87 - - - 1.7 - 0.19 - - -0.52 - -2.26 - - -1.65 - -0.28 -1.41 -1.48 -1.09 -0.31 -0.49 -0.1 -1.0 0.35 0.84 0.21 -2.11 3.05 1.67 2.54 2.57 1.49 -1.25 -0.53 - - - - -2.72 - -2.87
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.69 2.67 - - - -0.84 - 3.57 - 3.53 - 2.9 - - - - - - - 1.71 - - - - - - - -0.13 0.09 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.13 - - - - - 4.28 - - - 3.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 - - - - -
- - - - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - 2.76 - - - - - 4.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - -
- - - - - - - 3.65 4.42 - - - - - 4.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.7 - - - - - - - - - 0.61 - - - - - 3.0 -1.65 - - 2.77 - 1.69 2.2 2.44 2.56 1.88 - - 1.67 2.2 1.41 - - - - - - - -0.71 -2.27 - 0.56 - - - - 1.09
- - - - - 1.26 - - -0.23 0.49 - - 1.21 - - - - - 1.46 - - 1.23 - - - 1.32 - - - 2.99 -0.05 - 0.98 - - - - 0.82 0.89 - - - - - 1.0 - - - - 3.29 1.1 2.24 0.95 1.08 2.11 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.46 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.66 - - - - 2.03 3.19 2.53 - - 2.36 3.19 1.27 0.64 1.17 0.92 0.83 - - - 1.6 - - - - - 0.56 - - - -
- - - - - - - - - 2.68 - - - - - - - - 2.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.17 - - 4.14 - 3.09 3.25 - - - - - - - - - - -0.03 - - - - - - - - - - - 4.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.6 - - - - - - - - - - - - 3.9 - - - - -
- - - - - - - - 3.65 - - - - - - - - - 1.63 - - - - - - -1.84 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.81 3.05 - - - - 1.91 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.54 - - - - - - - - - - - 0.25 2.54 3.53 2.54 - 2.34 1.49 1.4 2.97 2.16 3.03 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.45 - 3.83 - - - 2.83 3.11 2.66 3.35 - - - - - - - - - - 2.63 - - - - -
-4.56 - -5.09 - - -7.86 - - -6.69 -1.15 - - - - - - - - -2.75 - -3.72 - -3.21 2.11 -4.37 -10.08 - -2.41 -2.08 -4.53 2.28 1.19 0.73 0.97 1.22 1.62 1.95 2.95 2.66 1.91 1.07 1.51 1.96 1.04 0.07 -3.03 -5.27 -2.52 -2.68 - -7.43 - - -6.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - - - - 5.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.74 5.22 - -15.37 - -7.77 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.79 -2.45 -2.69 -3.78 -3.82 -4.07 -4.87 -2.22 -1.68 1.53 -3.47 -2.74 -1.82 -0.61 -2.0 -3.54 - -3.38 0.93 -1.04 0.27 -2.22 -1.47 2.99 -1.3 -1.81 -0.18 -1.32 -0.82 -0.77 1.0 0.06 -0.4 -0.14 0.34 0.73 0.65 1.89 1.34 0.85 -0.1 0.23 2.53 1.96 1.77 0.12 -0.59 -1.69 -1.6 -7.03 -4.65 -4.49 -5.96 -5.62 -8.58 -3.98
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 5.15 - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 1.54 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.82 - - 2.21 - - - 3.31 - - 2.42 - - - - - - - - 2.85 - 2.05 1.91 1.76 3.69 -
- - - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -3.26 -4.46 -5.92 - - -3.38 -3.92 -0.38 - -2.95 -3.39 -2.25 -2.59 - - - -0.8 -4.61 - -5.02 -2.37 2.12 -4.42 -3.24 - -4.68 -2.3 -2.81 1.97 0.43 0.49 1.1 1.72 1.52 1.86 3.19 2.49 1.98 0.23 1.62 1.68 1.13 0.2 -2.11 -2.51 -4.38 -4.75 - - -6.05 -5.49 -6.19 - -6.98
- - - - - - - - 3.21 4.97 - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.77 - - -4.66 - - - -2.0 -1.01 2.31 -3.81 -3.52 -1.25 -2.07 -1.38 -3.99 - - 1.44 -3.73 -0.5 -4.62 -1.68 2.38 - -3.22 - -3.79 -2.34 -2.83 1.4 0.26 -0.13 -0.05 1.18 0.91 1.88 2.6 1.75 1.25 0.03 1.0 1.94 1.96 0.19 -0.27 -1.59 -1.77 -2.05 - -4.84 -4.71 -4.67 -5.0 - -2.34
- - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.63 - 2.29 - - - 0.22 -0.91 0.44 0.8 0.85 - 1.41 - - - -1.42 - - - - - - -0.5 - - - - 1.46 2.91 - 0.61 2.98 0.76 0.59 - - 1.83 1.63 1.51 0.42 - - - 1.7 -1.99 -1.05 - - - - - - -
0.42 0.31 - -0.05 - - - 1.16 - 0.6 1.31 1.29 1.27 0.02 0.88 - - - 1.48 - 1.52 - - - - -0.98 - - - - 1.02 -2.31 - - - -0.18 2.38 -0.27 1.99 2.26 0.53 - 1.53 - 1.02 - - - - 0.38 1.02 0.47 0.91 - 0.6 -
- - - - - - - - 4.04 0.42 - 1.19 1.23 - - - - - 1.01 - - - - 1.9 - - - 1.9 - - -2.77 2.18 - - 2.69 1.16 - 1.75 1.23 - - -0.37 - 0.4 - 1.15 - -1.32 -1.62 - - - - - - -
- - - - - - - 3.43 - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - - - - - - 2.07 3.82 3.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - -
- - - - - - - - -1.42 - - 1.11 - - - - - - - - - - - - - -1.27 - - - - - 2.91 3.49 - - - 3.2 3.62 - 2.2 - 1.82 - - - - - - - - - - - 1.74 - 0.4
- - - - - - - - 2.01 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.65 - - - - - 5.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.68 - - - -0.15 - - - - - - - - - -0.77 - - - 3.48 - - -1.59 - - - - 2.29 - - - 1.51 2.26 - 3.81 2.09 - - - - - - - - 1.9 -1.59 0.82 - - - - - -
- - - - 2.72 - - - - - - - - - - - - - -2.23 - - - - - - 0.14 - - - - 3.17 1.28 2.57 2.36 1.92 1.77 1.34 3.07 1.6 - - 1.56 - - -0.28 - - - - - - - -0.51 - - -
-2.72 -2.56 - -3.74 - -3.07 - -2.25 -1.0 0.06 - -3.29 -1.34 -0.79 -1.56 - - - -1.04 -2.64 -0.06 -2.91 -0.67 1.91 - -2.9 -0.64 -2.12 -3.84 -2.65 2.03 0.61 -0.36 0.91 1.63 0.89 1.94 3.1 2.68 1.26 1.14 1.41 -0.54 -0.95 0.22 0.78 0.3 -3.34 -3.75 -5.2 - - - - - -3.22
- 2.67 - - - - - - - 1.91 - - - - - - - - 1.55 - - - - - - -2.12 - - - - 2.7 3.94 - - - - 2.14 1.9 - 3.3 - - - - - - - - - - - - 1.56 - - -
- - - - - - - - - 0.71 - - 0.95 - 0.49 - - - 2.85 - - - - - - -0.57 - - - - 2.11 0.92 - 2.65 2.11 - 2.92 3.29 0.8 1.36 - 0.96 - - - - - - - - 0.54 - - 0.38 - -
-3.87 - - -6.37 - - - -3.15 -2.63 1.74 - -1.81 -1.34 -3.62 -1.13 -4.7 - - 0.82 -3.32 -1.23 -3.73 -1.12 1.45 -5.26 -2.3 -5.22 -3.9 -3.16 -3.84 2.03 1.02 0.35 1.05 1.18 1.57 1.55 2.84 2.46 2.07 0.96 1.16 1.15 0.93 -0.11 -1.04 -2.72 -2.11 -2.07 -4.96 -6.55 -4.13 -6.2 -4.52 -5.98 -4.82
1.71 0.42 - - 0.26 - 3.79 -0.29 - - - -0.6 -0.24 -11.14 -0.99 - - - - 2.47 1.78 0.95 0.6 -1.03 - -0.96 0.63 0.51 1.84 0.7 -0.62 - - - -2.17 - - - - - - - -1.23 - - -1.1 -1.4 - - - 2.42 0.34 1.48 - - -1.58
1.57 -0.04 - - - - - -0.84 -4.09 1.15 -0.02 0.9 -0.68 - -0.98 - - - 1.1 - - -0.85 - - - 0.81 - - -0.09 - 0.26 1.05 - - 1.05 - 1.72 3.08 2.11 2.06 0.01 0.38 - - - 0.67 - -2.41 -3.47 0.58 1.21 -0.87 0.58 0.37 1.56 -
- - - - - - - - -1.17 -0.48 - - - - - - - - 0.77 - - - - - - - - - - - - 2.41 1.05 2.83 1.33 - - 3.09 - - 1.98 2.34 0.93 - - 2.02 - - - - - 2.12 - 1.93 2.15 -
-3.55 - -3.44 -4.43 - - - -1.86 -2.76 1.53 -0.41 0.58 1.31 0.66 1.08 - - - 0.49 -1.08 0.64 0.04 - 0.68 -0.61 -1.19 -1.12 -3.57 -3.7 -3.61 0.21 0.23 0.25 -1.47 -0.68 0.43 -0.05 0.71 0.37 0.27 1.1 0.08 2.04 0.77 1.84 3.29 0.88 -2.15 -1.7 -4.54 -3.37 -2.73 -4.69 -4.63 -3.12 -5.93
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - - - - - 1.85 - - - - - 5.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.54 1.91 - 0.26 - - - - 0.09 - - - - - - -1.27 - - - - 2.63 2.86 2.44 2.33 - - 2.75 2.57 1.09 2.33 - - - - - - - - - - - - - 1.57 - -
- - - - 1.23 - - - - - - - - - -21.56 - - 4.11 - - - - - - - 1.11 - - - - 1.47 - 1.76 -20.94 2.79 1.43 2.39 3.38 - - 0.68 - - - - - - - - - -20.19 - 0.18 - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - 3.16 4.25 1.97 - 3.01 - - - - 3.47 1.89 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.85 3.34 - - - - 3.18 3.02 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.05 - - - - - 0.36 - - 0.18 0.45 - - 0.02 - - - - - - -0.34 - - - - - - - - 2.31 3.07 2.57 1.39 2.2 1.96 1.36 2.7 - 0.93 1.86 - - - - - - - - - 0.12 - - -0.06 0.35 -
- - - - - - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.96 0.82 3.19 - - 3.37 0.61 2.17 2.39 2.68 1.25 2.06 - - - 2.36 - - - 0.44 - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.22 - - - - - - - 2.27 - - - - - - - - - - - 3.03 - - 4.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.12 - 3.26 - 2.59 3.5 2.57 3.23 - 2.24 - - - - - 2.22 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.5 -1.8 - - - - - - - - -0.36 - - - - - - - - - - - 1.99 0.81 3.29 2.56 2.35 1.53 1.41 3.05 3.1 0.77 - 2.04 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.87 - - 2.22 - 3.7 - 3.26 - 3.57 3.26 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 1.47 -0.72 - - - - - - - - - - - 1.26 - - - - 2.52 2.92 - -2.88 2.63 - 3.5 4.05 - 1.1 -10.07 - - - - - - - - - - - - - - -0.95
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.28 3.66 - 3.42 1.12 - - 3.73 - 1.99 3.08 - - - - - - - - - - - - - - -
-0.87 -1.95 - -1.92 -5.23 -4.08 -4.82 -2.16 -1.88 1.02 - -3.14 -1.02 0.37 -1.54 - - - 0.18 -1.47 -0.12 -1.71 -0.89 3.35 -1.8 -1.95 -2.84 -2.04 -0.61 -2.01 1.1 0.28 -0.32 0.65 0.44 1.09 1.02 2.29 1.94 1.23 0.43 0.5 1.38 1.02 -0.01 0.87 -0.34 -1.08 -0.7 -5.29 -4.71 -4.05 - -5.79 -4.48 -2.45

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.