Heatmap: Cluster_212 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo107849	0.18	0.07	0.04	0.19	0.15	-0.09	-0.04	0.35	0.34	0.46	0.55	0.31	0.11	0.23	-0.07	0.42	-0.66	-1.77	0.4	-2.89	-6.29	-5.9	-0.36	-0.35	-3.58	0.98	0.47	0.39	-0.2	-0.07	0.38	0.7
Smo110102	0.23	0.19	0.31	0.51	0.44	0.25	0.41	0.54	0.4	0.49	0.42	0.15	-0.03	-0.02	0.38	0.04	-0.52	-1.19	0.15	-	-	-	-0.35	-0.47	-5.81	0.5	0.83	1.01	-0.25	-0.21	-0.42	-0.36
Smo110572	0.44	0.14	0.1	0.29	0.19	-0.26	0.1	0.2	0.07	0.22	0.39	0.06	0.2	0.15	0.25	0.5	-0.31	-1.67	0.46	-	-4.46	-2.28	-0.14	-0.31	-3.64	0.63	0.59	0.53	-0.12	-0.08	0.27	0.6
Smo113824 (ckl12)	0.24	0.12	0.09	0.17	0.19	0.18	0.14	0.34	0.28	0.28	0.28	0.2	-0.09	0.17	0.39	0.21	-0.14	-0.77	0.23	-5.54	-3.91	-8.16	-0.21	-0.19	-4.21	0.64	0.74	0.89	0.09	0.07	-0.16	-0.11
Smo139346 (LRS1)	0.12	0.11	0.1	0.24	0.22	0.13	0.2	0.33	0.21	0.2	0.12	0.11	-0.23	0.49	0.28	0.13	-0.39	-0.92	0.2	-4.8	-4.08	-2.82	-0.17	-0.11	-1.12	0.9	0.86	0.85	-0.37	-0.28	-0.02	-0.18
Smo142432	0.03	0.15	0.16	0.31	0.29	0.19	0.22	0.39	0.38	0.29	0.3	0.19	0.15	0.09	0.17	0.24	-0.85	-1.21	-0.11	-4.06	-1.89	-3.6	-0.26	-0.18	-1.39	1.03	0.88	0.94	-0.66	-0.58	-0.34	-0.05
Smo169724	-0.07	0.01	0.18	0.28	0.23	0.21	0.26	0.25	0.34	0.34	0.25	0.05	0.15	0.08	0.47	0.3	-0.1	-0.75	0.11	-4.1	-6.03	-7.13	0.16	0.05	-3.3	-0.18	0.76	0.89	-0.14	0.01	-0.02	0.2
Smo173175 (PTB3)	0.0	-0.06	0.06	0.05	0.23	0.19	0.13	0.34	0.19	0.06	0.13	-0.11	-0.11	-0.24	0.74	-0.03	-0.25	-0.54	-0.1	-2.0	-2.54	-1.7	-0.11	-0.07	-1.21	0.97	0.84	0.94	-0.17	-0.07	-0.33	-0.26
Smo174818	0.33	0.03	0.11	0.13	0.12	0.29	0.12	0.25	0.11	0.03	0.14	-0.04	0.04	-0.01	0.6	0.28	0.07	-0.35	0.34	-4.67	-4.02	-2.65	-0.03	0.0	-1.9	0.3	0.58	0.61	-0.02	-0.12	0.23	0.15
Smo181353 (PUB13)	0.63	0.45	0.42	0.31	0.38	0.12	0.24	0.23	0.22	0.35	0.37	0.35	-0.03	0.17	-0.77	0.35	-0.45	-0.73	0.3	-7.15	-6.26	-6.95	-0.39	-0.38	-3.58	0.87	0.5	0.48	-0.13	-0.11	0.16	0.01
Smo185811 (MEE49)	0.17	-0.08	-0.12	0.11	0.11	0.17	0.08	0.28	0.16	0.13	0.11	-0.05	-0.07	0.13	0.59	0.28	-0.35	-0.74	0.06	-2.28	-4.55	-1.9	-0.23	-0.22	-1.82	1.03	1.1	0.94	-0.25	-0.2	-0.3	-0.22
Smo186944 (RGD3)	0.34	0.26	0.09	0.28	0.18	0.01	0.07	0.22	0.24	0.27	0.24	0.25	-0.09	-0.12	-0.12	0.18	-0.24	-1.05	0.37	-4.04	-2.22	-3.24	-0.18	-0.19	-1.99	0.67	0.59	0.73	-0.06	0.06	0.22	0.36
Smo230820 (XIK)	0.2	0.26	0.09	0.29	0.15	0.02	0.25	0.2	0.5	0.41	0.52	0.32	0.28	0.75	0.54	0.48	-0.27	-0.86	-0.35	-5.25	-3.83	-4.86	-0.11	0.01	-2.55	-0.11	0.35	0.46	-0.15	0.03	-0.18	-0.06
Smo234185 (MOR1)	0.1	0.51	0.39	0.59	0.46	0.13	0.18	0.1	0.21	0.19	0.2	0.1	0.02	0.13	0.04	0.18	-0.04	-1.14	-0.05	-6.01	-5.07	-6.53	0.37	0.25	-2.56	0.25	0.51	0.57	-0.26	-0.08	0.05	0.26
Smo235386 (ZCW7)	0.43	0.32	0.1	0.38	0.22	0.18	0.22	0.22	0.29	0.5	0.28	0.4	0.44	-0.57	-0.18	0.64	-0.08	-0.71	0.55	-	-	-	-0.07	0.12	-2.03	0.38	0.01	0.09	0.08	0.04	0.06	-0.08
Smo24258	0.44	0.38	0.2	0.28	0.16	0.01	-0.2	0.12	0.16	0.21	0.28	0.32	0.24	0.05	-0.04	0.41	-0.21	-0.65	0.06	-3.6	-2.6	-3.8	-0.12	-0.22	-0.63	0.58	0.36	0.36	-0.12	-0.13	0.32	0.29
Smo267968	-0.19	-0.04	0.08	-0.01	0.02	0.11	0.27	0.3	0.31	0.12	0.1	-0.07	-0.61	0.47	1.03	-0.04	-0.02	-0.1	0.38	-2.64	-2.62	-2.66	-0.23	-0.53	-0.65	-0.51	1.11	1.26	-0.15	-0.06	-0.94	-0.64
Smo31929	0.26	0.41	0.44	0.61	0.57	0.42	0.29	0.45	0.19	0.26	0.16	0.16	-0.15	-0.63	-0.59	0.04	-0.23	-1.06	0.08	-1.99	-2.68	-4.0	-0.25	-0.24	-1.42	0.79	0.81	0.89	-0.15	-0.13	-0.58	-0.65
Smo33344	0.02	-0.15	-0.19	0.06	0.09	0.34	0.09	0.49	0.29	0.16	0.23	-0.13	-0.05	-0.19	0.39	0.47	0.05	-0.52	0.41	-4.96	-2.72	-5.27	0.32	0.62	-2.82	0.17	0.46	0.42	0.09	0.18	0.04	0.21
Smo33372	-0.02	0.0	-0.1	0.1	-0.01	-0.25	0.03	0.24	0.14	0.28	0.3	0.24	0.28	-0.06	0.44	0.4	-0.16	-1.33	0.54	-	-9.85	-8.05	-0.19	-0.22	-8.25	0.79	0.53	0.63	0.21	0.22	0.52	0.5
Smo404559	0.11	0.52	0.31	0.59	0.46	0.32	0.2	0.18	0.26	0.24	0.33	0.06	0.17	-0.3	-0.11	0.29	-0.32	-1.22	0.03	-4.19	-2.82	-5.89	0.73	0.57	-2.07	0.21	-0.04	0.1	-0.35	-0.23	0.29	0.21
Smo405633	0.02	0.2	0.03	0.31	0.38	0.15	0.31	0.52	0.53	0.41	0.46	0.27	0.4	-0.3	-0.2	0.43	-0.5	-1.63	0.04	-4.78	-5.59	-1.92	-0.19	-0.01	-3.51	0.81	0.52	0.69	-0.25	-0.06	-0.2	-0.01
Smo406265	0.25	0.2	0.09	0.41	0.38	0.27	0.43	0.68	0.48	0.36	0.48	0.29	-0.3	-0.27	-0.86	0.07	-0.4	-0.86	0.25	-4.04	-2.08	-3.12	-0.42	-0.38	-1.92	0.81	0.79	0.9	-0.03	0.03	-0.71	-0.67
Smo410765	0.46	0.3	0.05	0.33	0.28	0.18	0.02	0.4	0.3	0.23	0.16	0.24	0.22	-0.01	0.02	0.42	-0.46	-1.26	0.4	-2.84	-3.71	-2.96	-0.04	0.07	-1.49	0.74	0.63	0.43	-0.32	-0.23	-0.29	-0.04
Smo416323	0.28	0.05	0.04	0.13	0.13	-0.01	0.03	0.33	0.27	0.31	0.26	0.2	-0.01	-0.14	0.22	0.2	-0.38	-1.03	0.29	-7.68	-5.38	-6.24	-0.21	-0.23	-2.29	0.97	0.77	0.76	-0.01	-0.02	0.36	0.25
Smo422909 (ITPK4)	0.32	-0.14	0.18	0.32	0.35	0.11	0.15	0.47	0.23	0.35	0.44	0.45	-0.05	0.09	-0.19	-0.01	-0.27	-1.3	0.39	-	-	-	-0.21	-0.04	-3.77	0.89	0.69	0.46	0.13	0.01	0.04	0.16
Smo424073	-0.67	-0.44	-0.38	-0.17	-0.14	0.13	0.28	0.2	0.17	0.0	0.02	-0.59	-0.67	-0.11	1.34	0.19	-0.47	-0.98	0.28	-1.85	-3.08	-1.11	-0.69	-1.35	-1.09	0.21	1.56	1.63	-0.44	-0.41	-0.22	0.31
Smo437662	0.32	0.28	0.31	0.36	0.36	0.37	0.21	0.27	0.25	0.39	0.3	0.28	0.48	-0.29	-0.34	0.49	-0.37	-0.44	0.27	-3.95	-2.68	-2.31	-0.14	-0.0	-1.51	0.59	0.23	0.19	-0.24	-0.24	-0.08	-0.16
Smo437976	0.34	0.5	0.39	0.43	0.43	0.38	0.38	0.29	0.34	0.31	0.35	0.15	-0.51	-0.54	-0.24	-0.06	-0.4	-0.69	0.02	-2.49	-2.7	-3.48	-0.14	-0.23	-1.81	0.74	0.89	1.12	-0.37	-0.33	-0.52	-0.78
Smo438275	0.28	0.35	0.35	0.41	0.43	0.32	0.37	0.56	0.44	0.55	0.52	0.26	-0.38	-0.29	-0.63	-0.02	-0.56	-1.49	0.19	-3.79	-1.43	-3.06	-0.5	-0.61	-1.07	0.83	0.64	0.75	-0.32	-0.27	-0.36	-0.21
Smo440909	0.16	0.45	0.48	0.54	0.61	0.44	0.21	0.19	0.34	0.23	0.13	-0.04	-0.18	-0.09	-0.29	-0.07	-0.14	-0.69	0.05	-1.8	-3.19	-3.8	0.62	0.57	-1.62	0.09	0.3	0.53	-0.27	-0.06	-0.53	-0.36
Smo440969	0.32	0.23	0.26	0.27	0.3	0.06	-0.01	0.13	0.16	0.21	0.32	0.12	0.01	0.14	0.09	0.12	-0.42	-1.05	0.22	-3.25	-3.53	-5.32	0.08	0.11	-1.12	0.61	0.66	0.84	-0.31	-0.16	0.02	0.15
Smo442850	0.05	0.11	0.07	0.17	0.04	0.09	0.19	0.24	0.45	0.37	0.39	0.05	-0.3	0.71	0.6	-0.07	-0.05	-0.68	-0.23	-2.29	-2.31	-2.75	0.17	-0.05	-1.31	-0.61	0.68	0.86	-0.1	0.04	-0.14	-0.08
Smo443962 (UPL6)	0.48	0.31	0.23	0.35	0.43	0.26	0.15	0.46	0.42	0.33	0.42	0.26	-0.15	-0.11	-0.19	-0.05	-0.46	-1.24	-0.02	-4.74	-2.45	-3.35	-0.18	-0.2	-1.11	0.82	0.66	0.79	-0.34	-0.26	-0.22	-0.25
Smo446134 (FIP37)	0.09	0.04	-0.04	0.14	0.4	0.04	0.06	0.17	0.39	0.23	0.28	0.14	-0.19	0.33	0.52	-0.14	-0.32	-0.96	-0.22	-3.82	-1.79	-3.04	-0.22	-0.05	-1.04	1.18	0.9	0.85	-0.34	-0.27	-0.43	-0.35
Smo446291	0.12	0.07	0.15	0.11	0.19	0.21	0.21	0.34	0.19	0.23	0.24	0.04	-0.22	0.01	0.27	-0.04	-0.3	-0.35	-0.04	-1.8	-2.14	-3.01	-0.07	-0.01	-1.02	0.82	0.93	0.96	-0.31	-0.31	-0.35	-0.41
Smo447032 (UBP12)	0.35	0.27	0.1	0.39	0.34	0.15	0.13	0.38	0.36	0.42	0.4	0.33	-0.02	-0.35	-0.37	0.15	-0.53	-1.37	0.19	-2.73	-2.47	-2.75	-0.21	-0.21	-2.23	0.98	0.51	0.47	-0.27	-0.25	0.22	0.32
Smo50390	0.18	0.1	-0.01	0.39	0.33	-0.05	0.19	0.36	0.42	0.34	0.55	0.29	0.25	-0.13	0.18	0.39	-0.12	-2.53	0.35	-	-	-	0.16	0.03	-3.1	0.53	0.15	0.3	0.16	0.08	0.23	0.32
Smo52357	0.3	0.32	0.06	0.33	0.32	0.05	0.03	0.09	0.15	0.33	0.29	0.16	0.25	0.08	0.18	0.47	-0.28	-1.26	0.37	-7.17	-4.61	-	-0.0	-0.01	-1.03	0.44	0.54	0.52	-0.28	-0.22	0.04	0.46
Smo64568	0.29	0.17	0.22	0.17	0.33	0.09	-0.01	0.41	0.35	0.46	0.33	0.26	0.04	-0.21	0.02	0.19	-0.63	-0.87	-0.05	-2.56	-3.11	-2.65	-0.33	-0.15	-1.01	1.12	0.81	0.9	-0.49	-0.44	-0.39	-0.4
Smo75952 (GCN2)	0.23	0.01	0.11	0.29	0.14	0.1	0.21	0.55	0.52	0.45	0.4	0.25	0.29	-0.05	-0.12	0.54	-0.46	-1.78	0.44	-3.15	-10.23	-6.84	-0.17	-0.15	-3.97	0.92	0.48	0.58	-0.09	0.02	-0.16	-0.22
Smo76535	0.01	-0.18	-0.06	0.01	0.2	0.04	0.09	0.31	0.19	0.13	0.12	-0.03	0.06	0.08	0.64	0.23	-0.39	-0.93	0.29	-2.67	-2.99	-2.82	-0.2	-0.1	-1.62	1.08	0.9	0.98	-0.26	-0.14	-0.19	-0.19
Smo81560	0.12	0.07	0.12	0.15	0.14	0.18	0.06	0.3	0.37	0.36	0.3	0.32	0.11	-0.48	0.4	0.04	-0.17	-0.78	0.14	-3.83	-4.6	-3.46	-0.15	-0.18	-2.21	1.01	0.57	0.66	0.04	0.04	-0.12	0.19
Smo93518	0.44	0.32	0.17	0.34	0.22	0.07	0.07	0.31	0.35	0.46	0.3	0.38	0.36	-0.13	-0.33	0.45	-0.32	-1.05	0.45	-8.09	-6.03	-6.96	-0.07	-0.06	-4.84	0.66	0.4	0.27	0.01	-0.02	0.19	0.1
Smo97841	0.36	0.27	0.26	0.32	0.24	0.14	0.35	0.24	0.14	0.18	0.19	0.17	-0.04	-0.35	0.64	0.24	-0.08	-0.37	0.32	-6.26	-3.03	-2.26	-0.0	0.03	-0.93	0.38	0.27	0.24	-0.03	0.07	-0.23	-0.12

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.