Heatmap: Cluster_375 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Root (elongation zone)
Root (meristematic zone)
Root (stele)
Root (tip)
Root
Leaf (3rd leaf of seedling)
Leaf (3rd leaf)
Leaf (apex)
Leaf (bundle sheath)
Leaf (mesophyll)
Leaf (Seedling)
Leaf
Internode
Stalks
Shoot
Shoot (apex)
Tassels (primordia)
Tassels
Anther
Pollen
Ear (immature)
Ear (inflorescence)
Ear (leaf)
Ear (primordia)
Ear
Silks
Kernels (germinating)
Kernels
Maternal transfer zone
Nucellus
Embryo
Endosperm (transfer layer)
Endosperm
Seeds
Coleoptyle (5 day)
Seedling
Whole Plant
- - - - - - - - - - - -3.65 - - - -6.6 - - - -2.8 - - - - - - - - 5.18 - - - - - - - -1.25
Zm00001d002998 (GRMZM2G702990)
- - - - - - - - - - - - - - - -7.4 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -5.99 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -3.1 - - - -3.42 - - - - - - - - - - - -1.55 5.19 - - - - - -4.52 - -
- - - - -5.32 - - - - - - - - - - -4.08 - - - - - - - - - - - -4.38 5.2 - - - - - - -4.39 -
- - - - -2.87 -2.15 - - - - - -1.22 - - - -3.45 -0.84 0.33 0.71 - - - - - - - - - 4.78 2.15 - - - -2.82 - -2.26 -1.1
Zm00001d007618 (GRMZM2G034271)
- - - - -5.26 - - - - - - - - - - -3.45 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - -5.09 - -
Zm00001d008484 (GRMZM2G473485)
- - - - -4.24 -0.23 - - - - - -2.86 - - - -4.98 - - - -2.77 -3.93 - - - - - - - 4.83 - - - - - 0.95 -3.31 2.37
- - - - -6.49 - - - - - - -3.11 - - - -6.15 - - - -2.59 - - - - - -1.16 - - 5.18 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -4.08 - - - -7.29 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
Zm00001d009980 (GRMZM5G834539)
- - - - - - - - - - - -2.09 - - - -7.65 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - -
Zm00001d010107 (GRMZM2G356523)
- - - - - - - - - - - -4.09 - - - -4.58 - - - -2.79 - - - - -2.95 - - - 5.19 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -2.3 - - - -5.71 - - -1.51 - - - - - - - - - 5.18 - - - - -2.18 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -5.19 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - -5.15 - - - - - - - - - -3.2 -5.72 -1.44 - - - - - - - - - - - 5.18 - - - -3.35 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -5.15 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- -1.91 - - - - - - - - - - - - - -4.14 - - -2.58 - - - - - - - - - 5.18 - -2.27 - - - -2.63 - -
- - - - - - - - - - - -5.36 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - -4.66 - -3.98 - -
- - - - - - - - - - - -1.42 - - - -1.68 - - - - - - - - -1.98 - - -3.21 5.17 - - - - - - - -
- - - - -3.3 - - - - - - -1.66 - - - -1.49 -0.48 - - - - - - - - - - -2.24 5.14 - - - - - - - -
- - - - -5.6 1.46 - - - - - 0.0 - - -2.79 -2.34 1.32 - -0.86 - - 2.53 - - - - - -3.02 4.4 - - - -3.83 -1.91 0.35 -0.55 -1.03
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -3.93 - - - -5.93 - - -3.93 - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -3.5 - - - -6.05 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -6.56 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
Zm00001d020803 (GRMZM2G515874)
- - - - - - - - - - - -3.21 - - - -4.98 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - -6.13 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -4.86 - - - -4.67 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -2.88 - - - -4.37 - - - - -1.19 - - - - - - -2.4 5.18 - - - - - - - -
- - - - -5.36 - - - - - - -4.42 - - - -5.2 -2.44 - - - -2.1 - - - - - - - 5.18 - - - -3.82 - -5.52 -4.36 -
- - - - -5.79 - - - - - - -4.35 - - - -5.71 - - - -3.45 - - - - - - - - 5.2 - - - -4.54 - - - -
Zm00001d028070 (GRMZM2G415251)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
Zm00001d028233 (GRMZM5G842306)
- - - - -4.59 - - - - - - -1.91 - - - -5.07 0.53 - - -1.32 - - - - - - - -1.92 4.93 - - - -3.22 - -2.18 -2.97 1.82
- - - - - - - - - - - - - - - -5.49 - - - -3.77 - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - -4.64 - - -0.94 - - - -1.18 - - - -2.76 - - -1.15 -1.0 - - - 1.32 - - - -2.66 4.98 - - - -2.96 - - -0.8 -
- - - - - - - - - - - -5.11 - - - - -0.44 - - - - - - - - - - - 5.18 - - - - - - - -
- - - - -4.58 - - - - - - -5.08 - - - -5.77 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - -3.5 - -
- - - - - - - - - - - -5.09 - - - - - - -2.49 - - - - - - - - -3.0 5.2 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -1.96 - - - -5.57 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - -4.25 -
- - - 2.33 -2.8 -1.1 0.13 - - - - -1.8 - - - -3.26 - -0.15 - -2.25 - - - - - - - - 4.82 - - - -2.22 - -1.93 -4.93 -
Zm00001d031830 (GRMZM2G367829)
- - - - -2.81 - - - - - - -3.2 - - - - -0.47 - -1.6 0.5 - - - - - - - -3.29 5.09 - - - - - -2.72 - -
Zm00001d035151 (GRMZM2G390009)
- - - - - - - - - - - -1.22 - - - -3.58 - - - - -0.47 - - - - - - - 5.16 - - - - - - -3.26 -
Zm00001d035793 (GRMZM2G397663)
- - - - - - - - - - - -3.34 - - - -6.22 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - -5.3 - -
- - - - -6.17 - - - - - - -6.67 - - - -4.35 - - -2.95 - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -3.02 - - - -5.1 - - - -1.8 - - - - - - - - 5.18 - - - -1.97 - - - -
Zm00001d036817 (GRMZM2G419667)
- - - - - - - - - - - -5.08 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -5.43 - - - - - - - -1.59 - - - - 5.2 - - - - - - - -
Zm00001d040975 (GRMZM2G013613)
- - - - - - - - - - - -1.72 - - - - - - - -3.7 - 3.84 - - - - - - 4.48 - - - - - - - -
Zm00001d041274 (GRMZM2G451941)
- - - - - - - - - - - -0.81 - - - -7.46 - - -0.28 - - - - - - - - - 5.15 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -1.74 - - - -8.39 - - -2.55 - - - - - -3.96 - - - 5.19 - - - - - - -6.57 -
- - - - - - - - - - - -3.49 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -0.49 - - - - - - -1.64 -1.89 - - - - - - - - 5.15 - - - - - - -3.69 -
- - - - - - - - - - - -2.01 - - - -5.98 - - - -1.02 - - - - - - - - 5.18 - - - - - - - -
Zm00001d042849 (GRMZM2G005112)
- - - - - - - - - - - -1.1 - - - -9.27 - - - -0.7 - - - - - - - - 5.16 - -2.72 - - - - - -
- - - - - - - - - - - -3.5 - - - -5.14 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - -
Zm00001d046620 (GRMZM2G162623)
- - - - - - - - - - - - - - - -7.01 - - - - - - - - - - - - 5.19 - - - - - - - -1.24
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - -3.13 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.01 - - - - - - - 5.2 - - - - - - - -
- - - - -4.15 - - - - - - -4.79 - - - -6.69 - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -3.27 - - - -8.25 - - - - - - - - - -0.18 - - 5.17 - - - - - -5.07 - -
- - - - - - - - - - - -1.36 - - - - - - -1.29 - - - - - - - - - 5.1 - - - - - 0.91 - -
Zm00001d050286 (GRMZM2G027476)
- - - - - - - - - - - -2.67 - - - -4.51 - - - - - 2.65 - - -1.37 - - - 4.9 - - - - - -3.43 -2.46 -
- - - - - - - - - - - -2.5 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - -
- - - - -3.9 - - - - - - -4.5 - - - -5.66 - - - - - -0.47 - - - - - -1.99 5.16 - - - -3.99 - - -6.37 -
- - - - - - - - - - - -3.21 - - - -6.45 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - -4.62 - - - -
Zm00001d051706 (GRMZM2G427301)
- - - - -5.16 - - - - - - -4.09 - - - -5.44 - - - - - - - - - - - - 5.2 - - - - -2.84 - - -
- - - - - - - - - - - - - - -6.9 - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.