Heatmap: Cluster_166 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - 1.5 - 3.85 1.58 4.28 -0.52 - - - - - - - 2.76 - - - - 0.48 - 1.48 - - -3.85 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.72 -0.56 - - - -0.6 0.07 - - - - - - -0.61
- 1.48 - - - - - 0.68 - 3.74 - - - - - 1.38 - - 3.89 - - 0.63 - - - 0.03 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.94 1.23 2.21 0.82 - 0.68 -0.53 - - 1.65 - - 0.7 -0.89
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - -
0.06 5.01 -0.15 1.63 - -2.37 - -1.52 - -2.29 - 0.02 0.61 - -0.39 - - 0.47 -1.59 - -0.58 -1.62 2.74 - - -5.36 - - - - - - - - - - - - -3.43 - - - -1.23 -1.87 -0.92 -2.24 - 0.47 0.74 -2.58 -2.2 - -3.34 -3.17 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.37 - - - - - - 1.54 - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.43 - - - - - - -0.51 - - 2.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.22
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.1 0.18 - 2.33 - 1.67 2.52 - - - -0.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.86 1.34 1.67 - - - - 1.91 1.23 1.12 2.53 3.27 2.2 1.23
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.04 -3.98 0.76 1.2 1.29 0.99 0.73 -1.31 0.58 -1.14 -1.59 -0.41 -0.6 0.49 -3.01 2.99 - 2.46 -1.26 -0.37 0.93 -3.81 -0.19 -3.89 -3.95 -1.47 -0.61 -1.89 -1.7 -2.35 -1.65 -3.21 -1.79 -1.6 -1.8 -1.59 -2.08 -2.0 -2.82 -1.63 -1.53 -3.02 2.18 1.77 -0.02 -0.14 - -2.15 -2.37 -0.4 0.55 0.09 0.12 -0.52 0.06 -1.6
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.08 - - - - 4.45 - - - 3.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.51 2.23 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 3.23 - 3.1 3.64 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.92
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.81 4.27 -0.7 - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - 0.29 - - -5.11 - - - - -2.82 - -2.75 -2.71 -1.71 - - -2.98 -1.25 - - -2.82 -1.55 - - - - 1.41 1.28 1.29 2.94 1.56 1.39 0.25 3.04 -0.17
0.63 0.91 - -0.16 -0.29 - - - -1.2 0.05 - 0.24 -0.13 - 0.09 2.88 - 3.46 -1.54 - - - - - - -1.54 - - 1.96 - 0.47 0.96 0.37 0.67 -1.07 0.66 1.27 - - - - - 1.08 -1.07 - 0.59 - 0.65 0.06 - -0.44 1.98 - -0.46 - -1.01
0.14 2.42 -2.92 -1.27 -0.33 2.58 1.06 -0.92 -0.16 0.92 1.87 -2.76 0.26 -0.17 -1.0 - - - 0.79 -3.99 -1.34 -0.51 -1.93 - - -1.46 -0.94 -3.05 -1.59 -0.5 -3.22 -3.93 -2.99 -1.16 -0.84 -2.78 -2.22 -1.89 -3.74 -2.1 -1.31 -2.31 1.35 2.02 2.87 0.52 -1.84 0.3 0.28 -0.98 -1.16 0.38 -0.78 -2.58 -0.09 -1.39
- 4.9 - - - - - -0.5 -4.87 -2.14 - - - - - - - - -1.29 - - - - - - -2.66 - - - - -0.82 0.03 - - - - - -1.9 - - - - 0.78 1.09 0.84 1.18 - -0.04 -1.38 1.16 1.15 1.24 0.18 1.07 1.82 -
- -0.39 - -1.75 - - - -1.77 -2.71 -3.94 - 1.04 - -2.49 0.12 - - - -2.96 - - -4.37 -2.35 -3.47 - -3.0 - - - - - - - - - - - - - -3.72 - - 2.88 4.8 3.68 -2.77 - -1.19 -0.3 -2.59 -1.61 -2.41 -4.52 - -2.71 -2.89
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.82 2.9 - -3.61 -5.56 - - -3.68 -5.97 -2.21 -0.54 -0.22 2.47 1.42 0.57 -0.86 - - -2.1 - - - - - - -6.75 - - - - 0.85 0.57 1.73 0.62 0.46 1.37 0.75 1.28 0.88 0.7 0.09 0.13 - -3.43 -4.78 - - 2.56 2.98 - - -4.84 - - - -6.22
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.74 - - - - - - - -4.08 - - 0.55 - - - - - - - - - - - - -5.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.84 -4.17 - -3.03 - - - - -1.09
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MA_161890g0010 (BUB3.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.45 3.6 - - - - - - -
MA_162045g0010 (DREB26)
1.6 - - - - - - - - 1.11 - - - - - - - - 1.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.34 2.97 0.62 - 1.73 1.45 - - - - - - 4.94
- 2.89 - - - - - - -1.2 - - - 2.31 3.58 - - - - - - - - - - - 3.59 - - - - - - - - - 1.87 - - - - - - - - - - 3.18 - -0.55 - - - - - - 2.55
- 1.64 - - - 5.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.62 - - - 2.5 2.28 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.42 3.22 - - - - - -0.65 -3.16 0.68 - -2.15 -1.15 - - - - - 0.15 - - -1.34 -1.33 - -1.5 -0.07 0.67 - -1.58 -1.48 1.11 -0.33 1.09 0.71 0.7 0.7 1.36 0.62 0.82 1.47 0.06 0.47 -0.75 0.19 2.25 - - -2.49 -1.6 -1.56 0.61 0.4 -0.2 -0.58 0.05 1.85
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.22 3.88 - - - - - - -
- 2.71 - - - - - - - 0.24 - - - - - - - - 2.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.9 3.83 - - - - - - -
- 4.93 - - - - - - - - - - 3.1 - - - - - - 1.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.21 - - - - - - 2.65 1.98 - - - - - - -
MA_21820g0010 (ATOEP16-S)
-3.02 5.44 - - - - - - -6.9 -5.53 - - 3.54 - - - - - -4.49 - - - - - - -6.23 - - - - - -4.53 - - - - - - - - - -5.21 - - - - - -1.54 -2.84 - - - - - - -7.0
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.17 - - - - - - - - - - 2.25 - - - - - - 5.05
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.91 - - - - - - - 3.99 2.68 - 3.57 - - - 0.02 - - - - - - -0.82 - - - - - 1.48 - 3.19 - - - - - - - - - - - - - -1.08 -1.35 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.4 - - - - - 2.27 - -0.25 - 1.46 - 2.76 1.07 - - - 0.82 - - - - - - -1.82 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - -1.28 -1.49 1.07 - - - - - 3.08
- 5.69 - - - - - - - -2.12 - - -1.94 - - - - - -3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.51 0.11 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.21 - - - - - - - - - - 3.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 - - - - 0.86 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.65 - -1.42 - - - -0.41 -5.27 -3.46 - 2.4 1.6 - 1.75 - - - -0.19 - 0.73 -0.91 - - - 0.52 - - - - -1.92 0.88 - - -1.35 - -1.88 0.62 -1.75 - - -1.56 -2.05 - -0.94 - -0.77 0.45 0.3 - -0.89 0.66 -2.17 - 1.16 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.41 5.71 - - - - - - - -0.94 - - -0.34 - -3.57 - - - -1.61 - - - - - - -3.49 - - - - -2.37 - - -3.0 - - -3.34 - -2.16 -2.33 - - - - - - -1.23 -3.08 -2.38 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.58 4.93 - - - - - - -2.82 - - - - - - - - - - 0.44 - - - 1.56 1.51 0.3 - 1.56 - 1.52 -0.58 - - - - - - - - - 0.56 - - 1.06 - 0.81 - - - - - - - - - 1.12
- 4.79 - 1.45 - - - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35 - - - - - - - 1.26 - - 3.22
- 4.69 - - - - - - - 0.7 3.17 - - 2.92 - - - - 0.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35
- 5.36 - - - - - - -4.76 -3.26 - - -1.37 0.74 - - - - -3.62 - - -1.64 - - - -3.08 - - - - - - - - - 0.58 - - - - - - - - -1.67 - - 2.32 1.93 -1.79 -0.63 - -1.76 - -1.5 -
- 5.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.08 - - - 2.18 2.14 - - - - - - -
-0.46 4.38 0.65 0.72 - - - 0.31 -1.56 -0.96 - - 1.81 - -0.61 - - 2.04 - - - 1.43 - - - 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.48 -0.85 -1.23 - 2.85 2.85 - - - - - - -1.97
- - - 2.97 - - - - - 0.94 - - - - - - - - 1.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 1.91 - 2.61 - - - - 4.38
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.87 0.37 - - -2.91 - - -3.02 -0.95 -5.62 - - - - - - - - -4.33 0.58 - 0.28 -1.43 -0.81 0.82 0.66 2.37 2.75 2.47 2.69 -1.49 -0.49 0.64 -0.76 0.04 -0.87 0.24 -0.78 -0.37 -2.14 -1.24 -3.99 -1.07 1.5 1.55 -4.09 -2.93 -2.73 -0.83 -4.22 -4.06 - - -3.11 -2.95 -2.75
- 5.0 - - - - - - - - - - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.54 - -1.99 - - - - - - - - -2.13 - 0.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.84 3.48 4.03 2.34 0.63 -3.14 -1.44 - - - - - - 1.15
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.5 - - - - - - - -0.59 - - - - - - - - -0.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.7 0.97 - - - -1.36 - - - - - - - 1.79
- 3.71 - - - - - - - -1.01 - - - - 0.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.57 - - 0.87 - - - 2.56 2.53 - - 3.66 3.75 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.7 3.66 - 0.0 -2.0 1.82 - - -1.03 1.05 - 0.66 0.97 0.34 -0.76 1.49 - - 1.07 - - -1.54 - - - 0.08 - - - - - - -1.47 - -0.43 - - -1.79 -1.34 -1.9 -0.19 -1.5 1.54 1.74 1.22 -1.39 -0.44 -1.53 0.15 -1.94 0.98 -0.64 -0.62 -0.68 0.1 0.49
- - - - - - - - - - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.75 4.02 - - - - - - -
- 5.8 - - - - - - - - - - - - - - - - -4.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.53 - - - -
0.06 0.09 -0.83 -0.6 -3.22 -5.54 - 2.44 -6.83 -4.99 - -2.57 -1.23 -0.59 -2.07 - - - -3.7 1.49 3.15 2.17 0.81 -0.62 2.38 -0.09 1.35 1.49 1.41 1.27 -3.13 -2.18 -2.76 -4.69 -2.72 -2.82 -2.18 -3.68 -1.6 -2.06 -3.02 -2.05 -0.44 -0.93 -1.82 0.89 2.11 -3.65 -3.21 - - - - - -4.7 -1.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.82 3.03 - - - - - - - 1.69 - - - -0.63 - - - - 1.1 - - - - - - 2.07 - - - 2.34 - -0.11 - - - - - - - - - - 1.05 - - - - 4.14 0.55 0.71 -0.01 0.91 -0.26 -0.41 0.95 -0.57
- - - - - - - - - 3.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.4
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.98 5.76 - - - - - - -7.33 -5.49 - - -0.37 - - - - - -4.49 - - - - - - -5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.51 -2.07 - - - - - - -1.86
- - - - 1.96 - - - - 1.19 - - - - 5.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.76 - - - - - - - - - - - 2.89
- - - - - - - - - 2.74 - 2.97 4.0 - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.03 - - - 0.27 0.04 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - -1.98 - - -0.41 -0.55 - - - - - - - - - -3.18 -1.56 - 1.44 1.08 - 1.91 -2.3 1.08 -0.62 -0.75 0.34 - - -0.51 - - -1.73 - -0.02 -0.4 -0.87 -0.55 -0.48 - - -0.25 0.48 -0.42 -2.01 -2.04 - - - - - - 1.19
- - -1.57 - -1.66 - - - -3.64 - - -2.4 - - - - - - - - - -2.64 -1.58 2.47 -0.76 0.2 0.41 0.62 -1.83 - 1.11 1.53 2.02 2.53 1.57 1.16 1.56 1.87 1.52 1.93 1.57 0.72 - - -2.07 -2.45 1.09 1.05 0.66 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.47 - - - - - -0.44 - - - 0.8 - - -1.49 - - - - - - - - - - 0.52 - - - - - - - - - - - - - - 1.5 - - - - - - - 1.69 0.55 - - - - - -
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- - - - - - - - - - - 5.06 - - - - - - 3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.38
- 5.64 - - - - - - - - - - - - - - - - -3.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.75 1.48 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.43 - - - - - - - - - - 5.77
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- - - - - - - - 0.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 - - - 4.16 4.14 - - - - - - - - - -
- 3.93 - - - - - - - - - 4.31 - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 2.91 - - - - - - -
2.79 4.27 - - - - - - - 1.8 - - - - - - - - - - - - - - - -0.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.81 - 1.97 - 2.72 3.24 1.9 0.42
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-2.26 5.75 - - - -0.96 - - - -5.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.48 -0.19 - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.49 - - - - - - - -0.53 - - - - - - - - 0.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.84 -0.17 - - - -2.13 - - - - - - - 2.23
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.65 - - 5.05 4.26 - - - - - - -0.62

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.