Heatmap: Cluster_31 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - 4.76 - - - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.92 - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.55 - - - - - 2.33 -2.68 0.76 - - - - - - - - 1.18 3.41 - - - - - -1.0 1.75 - 1.51 - 1.29 0.61 0.81 0.88 0.52 0.9 - 1.65 0.49 - 0.77 - 0.55 - - 0.89 - - - - 0.83 - 0.58 - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - - - - - - - - - - - - 1.63 - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.29 3.7 - 0.72 - - - - - - 3.16 - - - - - - -1.04 - - - - -0.65 - 0.59 2.43 2.55 - - 0.27 - 3.13 1.55 1.56 - - - - - - - - 0.61 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.06 4.49 - - - - 4.07 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - 5.11 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.94 - - - - 2.36 0.7 3.78 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.63 - - - - 2.8 - - 4.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.16 - - 5.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.32 - 3.42 -
- - - - - - - - -2.48 2.04 -0.8 0.48 - - - - - - 1.6 - - -0.36 - - - -1.17 - - - - 0.98 0.29 2.24 0.97 2.6 1.76 0.69 3.04 2.29 - 1.63 1.94 - - - -0.78 - -1.02 -1.07 - - -0.82 -0.23 - - 0.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.11 - 2.69 0.81 2.77 3.98 1.93 - - - -0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.4 1.58 0.64 - - 1.45 1.23 - - 1.32 - - - 0.48
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.12 1.34 1.75 0.07 - - 1.37 -3.84 2.46 - 2.67 1.13 3.43 1.9 - - - 1.89 - - 0.27 1.32 - - -0.52 - - 0.07 - -1.95 - - -0.68 - - 0.66 - - - - - - - -0.16 -0.75 - -3.04 -2.3 - -0.84 - - - 0.35 -1.19
- -1.93 - - - - - -1.11 -0.61 - - - - - -2.98 0.97 - - - 0.53 3.23 3.15 - 2.16 1.11 -6.25 0.27 1.16 1.2 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - 2.82 3.61 - - - - - - - - -
0.88 -0.82 -0.6 -1.59 -2.45 - - 1.4 -1.55 - 0.46 0.15 2.03 - - - - - - 2.93 0.97 - 0.39 0.86 2.08 -0.45 2.55 1.27 1.95 2.23 - - - - - - - - - - - - - - -1.7 0.7 0.47 -3.94 -1.86 - 0.93 -0.59 -0.77 -0.93 0.04 -
- - - - - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.61 - - - - 4.09 4.01 - - - - - - - - - - - - - - - 1.47 - - - - - - - -
- 3.45 - - - - - - -0.07 - - 2.85 - - - - - - 1.08 - - - - - - 2.37 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 1.91 3.05 - - - 0.03 - - 2.43 - - - -
- - - - - - - - 0.65 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - 3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.88 4.42 - - - - 2.82 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.66 - - - - - 2.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.84 - - 5.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.55 - - - -0.19 - - - -1.7 3.23 - 2.4 1.88 - - - - - 2.21 - - 0.63 - - - -1.52 - - - 1.49 0.58 - - 1.77 - 0.49 1.92 2.13 - 0.28 0.67 - - - - - - - - 1.23 0.73 - 1.55 - - -
- - - - - - - - - 4.32 - - - - - - - - 2.88 - - - - - - 1.34 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.71 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.51 - - - - - - 3.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.29 4.43 - - - - - - - - 4.1 - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.72 -
- - - - - - - - -1.66 3.75 - 2.08 - - - - - - 3.84 - - - - - - 0.4 - - - - - - - - - - - - - - 1.78 - 1.48 - - - - 0.28 1.41 - 1.98 - 1.73 - 1.91 0.32
- -2.18 -1.96 - - - - - 0.37 -4.65 -0.3 -2.72 1.87 - -2.21 - - - - 0.86 - - - -2.09 -0.56 -1.2 0.02 0.23 0.1 0.68 1.36 1.38 1.85 2.31 2.16 1.07 1.79 0.89 1.66 1.5 0.59 0.97 -3.17 - - - -1.89 -1.5 -2.34 -0.73 -0.62 -0.21 -1.21 -3.17 0.66 0.14
- - - - - - - 4.53 2.98 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.83 3.17 - - - - 3.53 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - - - - - - 0.27 - - - - - 2.66 - - 4.86 - - 3.4 - - 2.68 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - -2.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.74 3.72 4.09 -
- - - - - - - - - - - 5.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.97 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.02 4.63 3.41 3.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.71 - 2.4 - - - -0.07 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.23 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.42 - 3.2 4.21 - - - - - 3.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.91 - - 3.03 -
-15.37 - - - - - - - 0.77 1.71 - - - 2.81 - - - - 1.38 - - - - - - - - - - - -3.53 - - - - - - - - 3.09 3.45 - - - - 3.4 - - - - - - - - 3.5 -
- 3.45 - - - - - - -0.84 - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - -2.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.18 - - - - - 2.6 - 2.63 - - 3.13
- - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - 5.33 - - - - - - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.38 3.28 3.48 - - 4.83 -
- - - - - - - - 1.48 2.78 - - - - 3.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.95 3.34 - - - - - - 3.21 - - 3.37 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.57 - - - 1.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.09 - - - 5.05 - - - - 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.85 - - - - - - - 0.09 - - - - - - - 2.88 - - - - - - - -2.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.01 - - - - - - 1.99 1.75 - 2.69 4.1
- - - - - - - - - 0.73 - - 3.56 3.95 2.18 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 - - - - - - - - - - 2.23 - 2.92 - - - -0.27 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.19 - -0.12 - - 4.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - - - - - - - 3.27
- - - - - - - - -0.6 3.91 - - - - - - - - 4.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.69 - - 2.72 - - -
- - - - - - - - -0.64 4.95 - - - - - - - - 3.14 - - - - - - - - - - 3.37 - 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.94 - - - - 3.61 - - 1.93 3.54 - - - - 2.77 2.72 - 1.77 - - - 0.03 - - 2.53 - 0.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.2
- - - - - - - - 1.56 3.34 - - 1.09 0.31 - - - - 2.58 - - - - - - 1.44 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.69 - 0.77 - - 0.72 -0.83 2.92 1.82 0.88 1.62 1.7 1.91 -0.64
MA_182789g0010 (CYP81K2)
- - - - 2.97 - - - - -0.11 - - - - 1.27 - - - - - - - - - 2.31 0.17 - - - - 1.86 - - 1.79 - 3.41 - 2.3 - 1.11 1.37 - - - 1.4 - - 1.51 0.37 1.07 - - - 1.29 - -
- - - - - - 0.4 - - 2.22 - - - - - - - - 2.21 - - - - - - 2.58 - - - - 2.72 - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - 2.17
- - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - - - - - - - - - 1.87 - - - - - 2.65 - - - - - 2.29 3.84 - - - - - 3.17 - - - - 2.23 - - - 2.64 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.39 - 2.3 - - 1.37 - 2.78 - - 1.6 - 2.16 - - - 2.25 - - 1.36 - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - 1.56 - - - - - 1.29 1.3 2.46 - 0.44 1.3 1.32 - - - - -
- - - - - - - - - 3.1 - - - - 5.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MA_23596g0020 (LAC17)
- - - - - - - 3.77 - - - 1.8 - 3.26 - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - 3.73 - - - - - - - 3.65 - - - - - - - 1.15 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MA_255381g0010 (BGLU47)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.71 - - - - - - -0.39 - 0.31 - - 2.28 1.5 0.58 0.57 2.2 2.36 0.37 -1.65 -6.92 2.96 1.94 4.01 - - - - - -9.3 -1.73 - -0.02 0.37 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MA_310g0010 (ERF9)
- 4.25 - - - - - - 3.34 1.85 - 2.66 2.67 - - - - - 3.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35 - - - - - - -
- 3.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.98 - - - - - - - - - - 2.96 - - 2.47 2.06 2.15 1.01 - - 2.31 - 0.62 1.83 2.1 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.21 - 3.75 - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.11 1.44 1.68 - - -2.07 2.17 - - 2.4 2.79 3.04 - - - 0.25 - - - - - 3.11 -1.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.62 - - - - 1.11 1.27 - -
- - - - - - - - -1.33 3.17 - - 4.18 - - - - - 3.31 - - - - - - 0.26 - - - - - - - - - - - 1.63 - - - 2.28 - - - - - - - - - - - - 3.01 0.41
- - - - - - - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - 2.07 - - - - - - - - 5.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.28 1.23 - - - - - -4.54 -0.02 -2.48 - - -5.3 - -5.79 - - - -2.01 -1.32 1.25 0.9 -1.53 -2.65 -2.12 1.28 -2.0 -3.06 -3.78 -4.69 0.37 0.03 0.17 0.53 0.4 0.9 0.55 1.23 0.97 1.27 0.26 -0.31 -0.05 1.22 -0.79 -0.2 3.87 0.05 1.14 -4.07 -5.7 -2.42 -2.49 -5.54 -2.68 -
- - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - 1.5 - - - - - - 1.92 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.0 - 4.12 3.31 - - 1.58 - - - - - - 2.69
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 -
- - - - - - - - -0.05 - - 2.58 - - 2.17 3.07 - - - - 4.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.33 1.31 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.99 2.97 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.79 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.49 - - - - - - - - 4.36 - 2.5 - - 3.79 - 3.6 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.5 - - - - - - 3.35 4.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 -
2.48 -1.63 - - - - - 2.23 -0.27 0.42 2.39 2.0 2.34 1.73 2.51 - - - -1.31 - 1.74 -0.48 2.57 - - -0.74 - - - - -3.33 -1.46 -1.51 - -0.92 - - - - - - - -2.63 -1.72 0.5 - -0.34 1.27 1.33 - - - - - - -
- 5.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73
- 0.26 - - - - - - -3.7 3.08 - 0.61 - - - - - - 4.15 - - - - - - -0.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.6 3.77 - - - - - - -1.05
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- 2.73 - - - 4.97 - - -2.74 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.91 3.0 - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - 5.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.78
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - 0.43 - - - 3.73 - - - 3.79 - - 1.8 - - - 3.13 -11.82 - 2.5 - - - - - - - - - - - -
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- - - - - - - - 2.41 3.77 - 3.26 3.35 - - - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - 4.85 3.94 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.13 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.03 - - - - - 1.33 - 2.65 - 1.41 - - - - - - -0.04 - - - - - 2.07 2.51 - - - - - - - - 2.24 - 1.51 1.97 - 1.5 2.57 - - - 2.17 - - -0.47 - - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.02 - - 3.39 - - - - - - - - - 2.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.37 1.11 - - - - - - 4.47
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- - - - - - - - - 4.3 4.09 - - - - - - - - - - - - - - 1.19 - - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.11 - - - - - - - 3.54 2.14 - - - - - - -
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- - - - - - - - 2.32 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.54 - - - - - - - - - - - - -
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- - - 3.7 - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - -1.0 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 3.46 - - - 1.18 2.29 - - - - - - -
MA_93229g0010 (ERF-1)
- - - - - - - - - 0.55 - - - - - - - - - - - - - - - -1.59 - - - - - 2.65 - 2.06 - 1.59 1.72 2.44 - - - - - - - - 4.42 - -1.0 - - 2.72 - - 1.83 -
- 2.12 -2.95 -1.35 -0.42 -0.28 3.85 - -8.54 -6.93 - -0.76 - - - - - - - - -27.13 0.67 - -2.97 - -1.37 -1.5 0.81 1.57 -1.89 - - - - - - -0.89 1.87 - - - 0.04 1.94 -0.59 - - 3.28 - -3.56 - - - - - - 2.92
- - - - - - - - 3.68 5.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.69 - - - - - - - -0.71 - - - - - 2.54 - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 - - 4.27 - - - - - - 2.71 - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.