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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)
| Gene | Immature female cone | Immature male cones | Cambium and expanding xylem | Cambium | Expanding xylem | Expanding and mature xylem | Maturing xylem | Wood | Bark | Bark, healthy | S1 xylem tracheids | S1 whole sections | S2 ray cells | S2 xylem tracheids | S2 whole sections | Dead late wood | Phloem and cambium | Dear early and late wood | Bark, root and butt rot | Vegetative shoots - needles | Vegetative shoots - stem | Vegetative shoots | Girdled twig - stem | Dried twig - needles | Girdled twig - needles | Needles | Needles - dawn | Needles - later afternoon | Needles - midday | Needles - night | Light, 1 hour | Light, 3 hours | Light, 5 hours | Light, 7 hours | Light, 9 hours | Light, 13 hours | Light, 15 hours | Darkness, 1 hour | Darkness, 3 hours | Darkness, 5 hours | Darkness, 7 hours | Darkness, 11 hours | Vegetative buds | Female buds | Male buds | Buds | Pineapple galls | Somatic germinants - abnormal type | Somatic germinants - normal type | Cell culture - H20 - 5 days | Cell culture - KI added - 5 days | Cell culture - KI added - 20 days | Cell culture - KI removed - 4 days | Cell culture - KI removed - 12 days | Cell culture - solid medium | Somatic embryogenic cell line |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.71 | - | - | 2.71 | - | - | - | - | 5.0 | 2.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | 3.18 | - | - | - | - | - | -2.15 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.57 | - | - | - | - | 3.16 | - | - | -1.91 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.01 | 1.35 | 2.43 | - | 2.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | 2.94 | - | 0.67 | - | - | - | - | - | - | - | 2.33 | - | - | 0.88 | - | - | 5.14 | -0.53 | - | - | - | - | - | - | -2.46 | - | - | - | - | 0.97 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.33 | |
| -0.15 | 0.74 | -1.04 | - | -1.54 | -0.04 | - | - | -1.16 | 2.17 | - | - | 0.46 | - | - | 2.09 | - | 3.9 | -0.13 | -0.53 | 1.75 | -2.07 | - | - | -0.23 | 0.32 | -0.06 | - | -0.3 | -0.21 | -0.15 | - | -2.09 | -0.39 | -1.96 | -0.33 | -0.1 | -0.83 | -0.42 | -1.79 | 0.2 | -1.77 | 0.68 | -0.67 | 1.2 | - | -0.97 | 0.73 | 0.62 | - | -1.16 | -2.09 | -2.23 | - | - | -2.72 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.51 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.1 | - | - | - | - | - | - | - | 1.35 | - | - | 2.51 | - | - | |
| - | - | - | 1.84 | - | - | - | - | -0.95 | 3.29 | - | 2.6 | 1.53 | 0.86 | - | - | - | 4.23 | 2.39 | 2.82 | - | - | - | - | - | -1.79 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_10434439g0010 (OMR1) | - | - | - | 1.64 | - | - | - | 1.21 | - | -0.31 | 1.34 | 1.44 | 1.43 | - | - | - | - | 4.85 | - | - | - | - | - | - | - | -4.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -24.87 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.13 | - | 2.7 | 0.93 | 1.28 | - |
| -0.17 | -0.99 | 1.53 | 1.23 | 0.44 | 1.37 | 0.95 | 0.84 | -2.21 | -0.99 | 0.09 | 0.43 | 1.21 | 0.53 | 0.48 | 1.66 | - | 3.76 | -0.85 | -0.43 | 0.34 | -1.1 | -1.92 | -0.19 | -1.24 | -0.91 | -2.66 | -0.77 | -0.91 | -0.81 | -1.51 | -3.67 | -1.19 | -2.25 | -2.78 | -2.46 | -1.98 | -2.21 | -1.06 | -2.25 | -1.08 | -3.95 | -1.09 | -0.94 | -1.92 | -0.12 | 0.09 | -1.14 | -1.69 | -2.4 | -2.15 | -0.88 | -1.29 | -1.99 | -0.61 | -1.27 | |
| - | - | 2.21 | 2.45 | -0.28 | -0.7 | - | - | - | - | 1.64 | 2.35 | 0.35 | 0.75 | 1.97 | 0.89 | - | 4.72 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.15 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 1.41 | 1.3 | 1.52 | 1.56 | 1.38 | - | - | - | - | - | - | 0.69 | - | - | - | - | - | 4.65 | - | - | - | - | - | - | 2.34 | -1.86 | - | 2.97 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.09 | - | - | - | - | - | 0.57 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | -1.35 | 3.97 | - | 1.25 | - | - | - | - | - | 5.04 | 2.21 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.47 | - | - | 1.91 | - | - | - | - | 5.09 | - | - | - | - | - | - | - | 0.07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.44 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.76 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 0.66 | - | - | - | -1.79 | 0.17 | - | 2.89 | - | - | 2.9 | - | - | 4.55 | 0.86 | - | - | - | - | - | - | -1.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.02 | - | - | - | - | 1.06 | - | -1.42 | - | - | - | 2.09 | 0.97 | 0.95 | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.1 | - | - | - | 1.89 | - | - | - | 0.55 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.79 | - | - | - | 1.24 | - | - | - | -0.09 | - | - | - | -1.41 | 0.36 | - | 1.97 | - | - | 0.63 | 1.96 | -0.73 | |
| - | - | - | 3.05 | 1.48 | - | - | - | -1.3 | 1.35 | - | - | - | - | - | - | - | 4.89 | 0.33 | - | 1.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.26 | 1.69 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 0.78 | - | - | 1.61 | - | 0.02 | - | 2.79 | - | - | - | - | - | 5.44 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 0.9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.2 | - | - | 4.61 | - | - | - | - | - | - | - | -3.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.5 | - | - | - | 1.16 | 2.65 | 2.73 | 2.37 | - | 2.1 | -0.03 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | 2.15 | - | 1.41 | - | - | - | 1.94 | -3.11 | -2.32 | - | - | - | - | - | - | - | 4.99 | -2.67 | - | - | -0.7 | - | 0.24 | - | -2.3 | - | - | - | - | - | - | - | 0.67 | - | - | - | - | - | - | 1.28 | - | - | 0.07 | - | -0.72 | 1.45 | - | - | -0.71 | -0.56 | -0.67 | - | -0.96 | - | - | |
| - | - | 3.47 | 1.76 | 2.84 | 0.23 | - | - | -4.89 | -0.12 | - | 0.31 | - | -0.32 | - | - | - | 4.86 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.73 | - | 1.51 | - | 0.89 | - | - | - | 5.16 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.92 | 1.28 | 1.3 | - | - | 2.34 | - | |
| - | - | 2.37 | 3.51 | 1.29 | - | - | - | - | -0.79 | 0.63 | - | 0.91 | -0.78 | - | 4.71 | - | 1.59 | - | - | - | - | - | - | - | -3.87 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.26 | - | - | 0.83 | -0.75 | |
MA_175331g0010 (DegP9) | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.43 | - | - | - | - | 5.59 | - | - | - | - | - | - | - | -0.88 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.09 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.31 | - |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.69 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 2.63 | - | - | - | - | - | 2.32 | - | 2.83 | 2.45 | - | - | - | - | 4.66 | 2.42 | - | - | 0.65 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 2.75 | -0.57 | - | - | - | - | -1.26 | - | 2.45 | - | - | 1.62 | - | - | 5.18 | 1.03 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.47 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 1.13 | 1.27 | - | 3.25 | - | -3.5 | 1.72 | - | 1.7 | 1.02 | 1.72 | - | - | - | 4.08 | 1.81 | - | - | - | - | - | - | -1.6 | - | - | - | - | -0.69 | - | - | - | -1.3 | - | - | -1.42 | - | 0.22 | - | -0.77 | - | - | -1.15 | - | - | - | -2.11 | -1.27 | -0.11 | -0.77 | - | 0.35 | 1.0 | -2.74 | |
| 1.43 | - | - | 3.17 | - | 1.39 | 2.52 | 0.14 | - | - | -1.65 | - | - | 0.36 | -1.71 | 3.47 | - | 2.52 | - | - | 1.12 | -0.53 | - | - | - | -5.04 | - | - | - | 0.37 | -2.18 | - | - | - | - | - | - | -0.74 | - | - | -1.13 | - | - | - | - | - | -0.38 | - | - | 0.95 | 0.78 | 1.07 | -0.1 | -0.06 | 0.9 | -1.42 | |
| - | - | - | - | - | 1.41 | 2.45 | - | - | 0.05 | - | - | 0.06 | - | -1.33 | 3.89 | - | 4.87 | 0.28 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_202714g0020 (HAP5B) | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.46 | - | 1.86 | - | 1.26 | - | - | - | 5.54 | -0.32 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| - | - | 3.64 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.45 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 2.11 | - | - | - | - | - | - | 1.2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.61 | - | - | - | - | - | - | - | -2.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.39 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | 2.07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.27 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.7 | 2.74 | - | - | - | - | |
| - | - | 3.95 | - | 2.1 | - | - | 0.61 | - | 1.18 | - | 0.76 | - | - | 0.35 | - | - | 4.44 | 0.42 | - | - | - | - | - | - | -1.73 | - | - | - | - | 0.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.7 | - | - | 0.41 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | 3.04 | 1.7 | - | - | - | 0.02 | - | - | 1.47 | 1.77 | 2.24 | 1.14 | 1.39 | 2.72 | - | 4.31 | - | - | - | - | - | - | - | -2.17 | - | - | - | - | - | - | - | 0.15 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_322432g0020 (MYB305) | - | - | - | 3.47 | - | - | - | - | - | 1.65 | - | - | - | - | - | 5.14 | - | - | 1.22 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.41 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.5 |
| - | - | - | 3.22 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.48 | - | 4.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 2.32 | - | - | - | - | 1.18 | - | - | - | - | - | - | - | 5.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.48 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.08 | - | - | 3.47 | - | 2.1 | - | - | 4.94 | -0.16 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.3 | - | - | - | - | - | 5.53 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.45 | - | - | - | - | - | - | - | 5.53 | 1.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.15 | - | - | - | - | - | - | 0.24 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | -0.72 | 4.26 | - | - | - | - | - | - | - | 5.1 | 1.01 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | 2.6 | - | - | - | - | - | - | 3.24 | 0.38 | 0.77 | - | - | - | - | - | 3.97 | 1.86 | - | - | 0.55 | - | - | - | -0.8 | 3.14 | - | - | - | -0.54 | - | 0.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.49 | - | - | -0.06 | - | 0.4 | 0.53 | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.78 | - | - | - | - | - | - | - | -0.13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | 1.19 | 2.9 | - | -5.55 | - | - | 1.76 | 1.51 | 1.46 | -2.2 | -0.3 | - | 4.69 | - | - | 2.95 | - | 0.01 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.66 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.99 | - | 3.32 | - | - | - | 5.22 | - | - | - | - | - | - | - | -0.27 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.55 | - | - | - | 1.26 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.36 | -0.56 | -0.33 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.11 | - | - | - | - | - | - | - | 3.7 | - | - | - | - | 5.35 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 0.13 | - | 1.96 | - | - | 1.85 | - | - | - | - | - | - | - | 5.25 | -0.06 | - | - | - | - | - | - | -2.44 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.06 | -0.51 | - | 0.55 | - | 0.85 | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.75 | - | - | - | - | - | 5.39 | - | - | - | - | - | - | - | -0.84 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.71 | - | 1.88 | - | - | - | - | - | 1.35 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.98 | 3.3 | 2.4 | -0.91 | - | - | |
| - | - | 1.11 | 1.62 | 1.81 | - | 2.09 | - | - | 1.78 | - | 1.27 | - | 1.92 | 1.88 | - | - | 4.63 | 1.02 | 0.87 | - | - | - | - | - | -3.51 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.11 | - | |
| - | - | - | - | 2.23 | 1.69 | - | - | - | - | - | 1.66 | - | - | 1.24 | - | - | 5.3 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.