Heatmap: Cluster_61 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - 4.54 - - - - - - - - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - -
4.96 - - - - - - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 - - - - - - - - 4.95 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
0.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.52 - - - - - - -0.7 - - - - - - -0.19 -0.25 - - - - -0.14 0.02 0.09 -0.22 - - - - - 3.12 3.48 - - - - - - 4.81
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
1.59 - - - - - - - - 1.43 - 0.87 - - 0.48 - - - -0.28 - - - - - - -0.32 - - - - -0.42 1.54 0.65 - - - 1.66 - - - 1.82 - - - - 0.82 - - - 2.11 2.31 3.27 3.31 0.36 0.72 -
- - - - 0.13 - - - 3.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.88 1.6 - - - - - - 5.33
- - - - - - - - -1.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.0 -0.19 1.54 - - 4.02 4.95 - 2.11
- - - - - - - - -5.8 - - - - - 0.35 - - - -0.73 -0.69 - - 4.15 1.26 - -4.02 - - - - -0.49 0.32 - 1.29 -1.53 - 0.44 - - -4.0 - -10.21 - -4.66 - -1.91 - - - 0.35 3.1 3.44 1.02 0.74 1.28 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.5 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.21 - 4.18 4.27 -
MA_10435610g0010 (emb2734)
- - - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.41 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.49 - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - 0.18 - 2.8 - 3.68 2.83 - 1.22
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.4 - - - 3.79
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.32 - - - - - - - - - 5.17 - -
- 1.46 - - - - - - 2.37 0.87 - - - - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.81 2.29 - - - - 0.91 - - - - - - 4.94
- - - - - - - - 1.99 - - - - - - - - - 3.73 - - - - - - 1.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.17 1.84 - - - - - - 4.55
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.21 - 4.18 4.27 -
- - - 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.1 3.66 3.26 2.33 2.34 3.62 2.4 -
- - - - - - - - -0.97 -0.31 - - 3.01 0.64 - - - - 0.74 -0.94 - - - - - -1.85 2.11 - - - -0.4 - - - - - - - - - - - - -1.92 - - 0.2 -3.56 -2.6 1.96 2.27 2.39 3.99 2.24 0.17 -2.56
- - - - - - - - - -0.45 - - 3.61 - - - - - 2.21 - - - - - - 1.07 - - - - 3.24 - - - - 2.75 - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - -
- - - - - - - - - -0.45 - - 3.61 - - - - - 2.21 - - - - - - 1.07 - - - - 3.24 - - - - 2.75 - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - -
- - - - - - - - - -0.45 - - 3.61 - - - - - 2.21 - - - - - - 1.07 - - - - 3.24 - - - - 2.75 - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - 3.75
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - 1.07 - - - - - - - - - 1.61 - - - 2.87 - - 3.05 - - 3.93 - -0.62 - 2.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - 0.61 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - -
- - - - - - - 1.51 -1.91 - - - 1.54 - 2.78 - - - - - - - - - - -0.2 - - - - - - - - - - - - - - 1.75 - - - 2.67 - - - - - - - - - - 5.02
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.56 - - 3.16
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - 1.56 - - - - 1.83 - 1.42 - - - - - - 0.25 - - - - - - -0.51 - 2.1 - - 0.11 - - 2.53 - - 1.49 - - - 1.24 - - - - - - - - 2.53 2.18 3.8 1.05 - 1.23 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.63 - - - - - - - 1.2 - - - - - - - - - - 3.74 - - - - 3.41 3.78 3.85 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 5.16 - - - - - - - - - 1.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.14 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
MA_17220g0010 (EMB2296)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.97 - 4.62 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.82 4.8 - -
- - - - - - - - - 3.88 - - - - - - - - 3.18 - - - - - - - - - - - 2.63 - 2.82 - - - - - - - - - 2.35 - - - - - - - - 3.79 - - - -
- - - - 0.46 - - - - - 2.8 - - 0.44 1.72 - - - - - - - - - - 2.04 - - - 2.78 - - - - - - - - - - - - - - - 0.86 - - - 0.73 3.27 2.97 - 1.68 1.95 1.99
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - - - - 0.35 - - - 4.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.68 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.83 4.78 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81
MA_24069g0010 (emb2734)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - 4.95
- - - - - - - - - 2.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - - 3.28 - - - - - - - - - 4.79
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.47 - 2.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.74 - - 3.75 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - 0.05 - - - 4.33 - 3.63 - -
- - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.31 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.76 - - - - - - - - - - 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 - -
2.43 - - - -2.01 -1.27 -0.49 - -5.06 -2.08 1.79 - - -0.54 - - - - -0.06 - - -0.51 - -0.59 - 0.37 - - 0.86 0.37 - -0.5 -1.51 -1.35 - - 0.45 -1.58 - - - - -0.67 -0.47 -0.95 -25.46 -3.44 -3.07 -4.17 - 3.77 - 2.35 2.99 -6.18 2.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.42 - -
- - - - - - - - -2.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.51 - - - - - - - -1.66 - 0.54 1.01 -1.78 3.43 5.19 - 2.08
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.53 - - - - - - 2.98 2.37 - - - - - - - - - - - - - - - 1.98 - 4.35 - 2.05 3.7 -
- - - - - - - - -1.78 - - - 1.93 - - - - - 1.33 - - - - - - 1.58 - - - - - - - - - - 1.54 - - - - - 1.36 - - - - - - 3.46 2.67 3.27 3.27 2.08 - -
- 3.0 - - - - - - - -0.72 - - - - - - - - 0.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.15 - 1.39 - -0.09 2.48 4.66 - 3.37
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - -
- - - - - - - - - 4.62 - - - - - - - - 3.56 - - - - - - 1.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81
- - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - 1.64 - - - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.41 - - -
- 3.84 - - 2.56 - - 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.79 -0.66 - - - - - - 3.65
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.74 - - -
MA_62358g0010 (HSP17.6)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.83 4.78 - - - -
1.51 - - - - - - - - -1.99 - -0.26 - - - - - - -1.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 -0.2 0.53 0.53 - 1.12 1.37 - - - - - - 5.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.46 - - 5.8 - - - -
- - - - - - - - -0.3 - - - - - 2.92 - - - -0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.55 - - - -
- - - - - - - - 0.62 1.92 - - - - - - - - 2.54 2.0 - -0.88 - - - -2.03 - - -0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.26 -2.3 -0.71 1.34 1.92 4.42 0.97 0.65 2.22 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.5
- -0.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.84 1.25 -1.02 - - - - - 5.65
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.84 - 4.62 - -
2.12 - - - - -25.31 - - -1.05 0.97 - - - - - -17.88 - - 2.81 - -18.08 - - - - 0.92 - - - 2.06 1.95 - 2.14 - - - - - - - - - - - - - - -17.61 - - - 3.52 3.26 1.03 2.26 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.61 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - -
- - - - - - - - - - 2.8 - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.82 - - - - - - - - - - - - 2.55 - - - - - 0.14 - - - - - - 2.4
- - - - - - - - - 3.91 - - - - 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - -
- 4.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.68 - -
- - - - - - - - - 2.2 - - - 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.3
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.7 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - -
MA_9041g0010 (WIN2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.09 5.12 2.1 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.87 - - - 4.75 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.62 - - -
- - - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 4.37 - - -
MA_9990798g0010 (CYP72A9)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.19 4.28 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.