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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)
Gene | Immature female cone | Immature male cones | Cambium and expanding xylem | Cambium | Expanding xylem | Expanding and mature xylem | Maturing xylem | Wood | Bark | Bark, healthy | S1 xylem tracheids | S1 whole sections | S2 ray cells | S2 xylem tracheids | S2 whole sections | Dead late wood | Phloem and cambium | Dear early and late wood | Bark, root and butt rot | Vegetative shoots - needles | Vegetative shoots - stem | Vegetative shoots | Girdled twig - stem | Dried twig - needles | Girdled twig - needles | Needles | Needles - dawn | Needles - later afternoon | Needles - midday | Needles - night | Light, 1 hour | Light, 3 hours | Light, 5 hours | Light, 7 hours | Light, 9 hours | Light, 13 hours | Light, 15 hours | Darkness, 1 hour | Darkness, 3 hours | Darkness, 5 hours | Darkness, 7 hours | Darkness, 11 hours | Vegetative buds | Female buds | Male buds | Buds | Pineapple galls | Somatic germinants - abnormal type | Somatic germinants - normal type | Cell culture - H20 - 5 days | Cell culture - KI added - 5 days | Cell culture - KI added - 20 days | Cell culture - KI removed - 4 days | Cell culture - KI removed - 12 days | Cell culture - solid medium | Somatic embryogenic cell line |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
- | - | - | - | - | 5.51 | - | - | - | - | - | 2.57 | - | 1.94 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.46 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | 1.41 | 1.19 | 2.04 | 4.57 | - | - | -4.02 | 2.63 | 1.44 | - | - | - | -1.29 | - | - | - | 1.68 | - | - | - | - | - | - | -4.01 | - | - | - | - | 0.8 | 0.6 | 1.52 | - | - | - | - | 1.14 | - | - | - | -2.34 | - | - | - | - | - | -0.23 | -0.89 | - | - | -0.67 | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.24 | - | - | 0.76 | - | - | 0.97 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.5 | - | - | - | - | - | - | -0.05 | - | - | - | - | - | 3.05 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.54 | 0.57 | - | - | - | -2.19 | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | 1.54 | - | 2.5 | - | 4.85 | - | - | - | 2.34 | - | - | 2.22 | - | 1.87 | - | - | - | 1.48 | - | - | - | - | - | - | 1.23 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | 1.77 | 4.48 | - | - | - | 2.2 | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.3 | - | - | - | - | - | - | 0.36 | - | - | - | - | - | 1.87 | - | - | 1.77 | - | - | 1.67 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.64 | 1.45 | - | 1.77 | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | 3.74 | - | 5.41 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 4.46 | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.71 | 3.62 | - | - | - | - | - | - | 3.93 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_11580g0010 (ERF8) | - | - | - | - | 1.88 | 4.89 | 4.34 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.4 | - | - | - | - | - | - | 0.78 |
- | - | - | 1.68 | 3.25 | 4.57 | - | - | -3.98 | - | 2.88 | -0.36 | 1.18 | 0.89 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -2.93 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.55 | - | 1.68 | -1.18 | - | 0.36 | - | - | -1.71 | - | - | - | -0.88 | - | -0.56 | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
4.68 | - | - | - | - | 4.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.74 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_134762g0010 (HS) | 3.08 | 3.97 | - | - | - | 3.97 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.71 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.02 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.31 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.6 |
- | - | - | - | - | 5.66 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.41 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.35 | - | - | - | - | - | - | 2.59 | - | 3.21 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.26 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | 4.39 | - | - | - | 5.13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_184259g0010 (SR30) | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
- | - | - | - | - | 5.21 | - | - | - | - | - | - | 3.32 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -2.78 | - | 3.15 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.66 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.41 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.46 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.72 | - | - | - | - | 1.99 | - | - | - | - | - | - | - | 2.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.74 | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.3 | - | - | - | - | - | - | - | 4.05 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_3648g0020 (RAB11) | - | 4.63 | - | - | 1.41 | 4.26 | - | - | - | - | - | 2.39 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -3.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.04 | - | - | - | - | - | - |
- | - | - | - | 0.69 | 4.43 | - | 1.52 | - | - | 2.39 | - | - | - | 1.31 | - | - | 2.35 | - | - | 2.53 | - | - | 2.41 | - | -1.04 | - | - | - | - | - | - | - | 1.83 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.99 | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
1.85 | - | - | 2.77 | 1.11 | 4.24 | - | - | - | 2.59 | - | 1.09 | - | - | - | - | 3.1 | - | 2.07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.53 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.63 | |
- | - | - | - | - | 5.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.84 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 4.88 | - | - | - | - | - | 1.94 | - | 4.08 | 1.5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.56 | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.09 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.44 | - | - | - | - | - | - | 3.66 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 4.05 | - | - | 0.05 | -0.45 | - | 1.32 | - | - | 1.9 | - | 3.29 | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | -0.55 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.03 | 0.87 | - | - | - | 0.94 | 0.1 | 1.09 | - | - | - | -0.63 | 0.93 | - | - | 1.12 | 0.95 | - | 2.07 | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | 5.54 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
MA_9856640g0010 (XTH16) | - | - | - | - | - | 5.75 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.08 | - | - | - | - | - | - | - |
Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.