Heatmap: Cluster_64 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - -2.94 - - - -1.01 -1.2 4.72 - - - - - - - - 4.2 - - -0.06 - - - 0.49 - - - - -4.47 -2.44 -3.31 -3.37 -1.16 -3.22 -1.93 -2.59 - -2.1 - -1.74 - - - - - 2.14 0.65 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.66 5.04 - - - - - - - - 3.37 - - - - - - -1.87 - - - - -0.26 0.33 0.08 -0.09 - - 0.74 - - 0.81 - -23.6 - - - - - - - 0.55 - -2.15 -0.87 - 0.34 -
- 0.39 - - - - - - -0.67 4.13 1.79 1.34 - 1.42 - - - - 3.27 - - 1.54 - - - -0.95 - - 0.34 - -0.12 - -0.36 - - - - - -0.22 0.75 - -0.12 0.37 - 0.52 -0.48 - -2.02 -0.7 0.28 0.22 - 0.35 - - -1.09
- - - - - - - - - 5.35 - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.21 -2.93 - - - - - - -0.52 3.42 - -3.55 -3.51 -3.18 - - - - 3.7 0.18 1.39 1.27 - -0.34 1.57 -0.65 -0.43 0.3 -0.61 0.22 -0.41 -1.48 -0.77 -1.49 -0.47 -1.28 -0.61 -0.79 -0.87 -0.23 -1.39 -2.39 -2.11 -2.76 0.01 -0.51 0.82 -2.38 -1.23 -0.18 -0.86 -1.8 -0.23 1.07 - -3.68
- - - - - - - - -7.47 4.62 - -4.03 -4.09 - - - - -0.58 4.73 - - - - - - -3.7 - - - - -2.43 - -4.25 -3.91 -3.28 -1.41 -2.94 -3.57 -1.29 -4.59 -3.26 -2.74 - - -1.2 - -3.13 -5.79 -5.27 -1.35 - -1.69 -4.53 -1.14 -1.56 -3.02
-1.09 - - - - - - - - 4.66 - - - - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.1 -0.97 1.03 1.6 - - - -1.34 -2.19 - -2.61
-0.21 1.31 - - 0.08 - - 0.82 -3.83 3.06 -2.08 -0.93 - 1.41 - - - - 4.13 - -0.11 0.2 - 1.71 -0.28 -0.87 - 1.77 0.52 - -2.36 - -1.19 - - -1.27 - -1.38 - -0.82 - - - -0.91 -1.19 0.23 0.74 -4.33 -3.81 -2.07 -4.67 - - -0.21 -0.42 0.18
-0.97 -4.18 - -2.74 -6.75 -3.71 - -1.3 -2.03 5.46 - -2.72 -2.86 -5.14 -4.75 - - - 1.41 - -0.22 -4.28 -1.88 - -4.44 -3.87 - -5.38 -5.52 - -3.16 - -2.56 - -2.88 -26.07 - -1.37 -2.6 -0.42 -1.13 -3.38 -4.62 -5.53 -5.02 -1.74 - -5.02 - -1.91 -2.33 -4.46 -0.4 0.04 -1.54 -0.52
- - - - - - - -1.02 -1.75 4.36 - - - - - - - - 4.58 - -0.96 -1.48 - -2.36 -2.28 -3.8 - - -2.27 -1.4 -1.35 -1.69 -0.3 -0.5 -0.93 -2.15 -1.25 -1.02 - 0.14 -3.36 -2.22 - - -3.3 -1.35 -0.72 -1.98 -0.74 -3.45 -1.67 -0.72 -3.56 -2.98 -1.6 -
MA_10427758g0010 (MAPKKK15)
-1.02 -3.76 - -4.12 - - - -4.84 0.82 2.35 - -2.37 -1.74 -0.03 -1.4 - - - 3.24 - -0.15 -0.56 - 0.05 -3.61 -0.2 -2.44 -3.08 -3.22 -3.89 1.49 0.32 0.66 0.61 0.74 1.45 1.22 0.96 0.5 0.43 0.64 0.92 0.08 -1.4 -2.17 0.66 1.03 -3.0 -3.3 -0.32 -0.57 -0.43 -0.1 -0.56 -0.04 -0.35
-1.61 -0.26 -4.98 -2.18 -6.94 -2.94 -3.53 -2.76 -1.66 3.13 -6.66 -1.94 -2.4 -0.42 -1.08 - - - 2.99 -3.18 2.02 -0.39 -2.1 - -2.95 -1.39 - - -4.73 - 0.16 -2.03 -0.25 -0.53 -0.06 0.08 0.62 0.71 1.61 1.4 0.7 0.01 - - 1.59 1.36 -5.01 0.13 -0.04 -2.12 -1.26 0.28 -1.76 -1.05 1.17 -0.3
- - - - - - - - - 5.22 - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -2.45 - - - - - -3.15 -4.53 4.9 - - - -3.66 - - - - 3.63 -1.25 0.79 -0.97 - -0.37 -0.09 -3.71 0.92 - - 0.19 -1.72 -2.33 -0.73 -3.24 -1.73 -3.15 - -1.37 -3.05 - -1.35 -1.05 -4.41 - -3.29 0.29 0.43 - -4.88 -4.66 - -4.22 - - - -3.83
- - 0.92 0.64 -1.37 - 0.89 - -5.97 4.04 - -1.21 - -0.32 0.51 - - - 4.5 -1.47 - - - -0.53 0.42 -4.28 0.9 -1.53 - - -2.68 - - - -0.8 -0.78 - - -1.48 -1.42 -2.53 -1.31 -1.84 -1.21 -2.47 - - - -3.33 -2.83 - - - - - -2.49
- -0.11 - - - - - -0.91 -1.02 4.02 - -1.44 - - - - - - 3.11 - - - - - - -1.16 - - - - -0.02 - 1.49 0.64 0.97 2.04 0.15 -2.13 0.28 - 1.86 1.25 - -1.52 0.01 - - - -3.62 -0.5 1.03 0.12 -1.56 0.09 0.12 -0.68
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.42 - - - - - - - - 5.49 - - - - - - -3.71 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.52 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.49 - - - - - - - - 3.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.84 - - - - - - -3.09 -0.29 4.25 -3.23 -3.75 -3.42 -2.48 -3.83 - - - 4.59 -2.97 0.53 -4.28 - -4.02 - -2.49 - -4.03 -5.17 -5.07 -0.84 -1.12 -1.27 -0.92 -1.87 -1.38 -2.15 -0.98 -1.56 -1.46 -1.06 -1.51 -3.01 -1.05 -1.97 0.81 -2.46 -3.38 -2.6 -4.85 -2.78 -1.67 -3.37 -2.98 -1.55 -3.16
-1.38 - - - - - - -3.19 -0.38 4.43 - -1.51 -0.08 -3.79 -3.54 - - - -0.58 0.49 1.04 0.13 -2.28 -2.4 0.13 -2.35 -2.29 -0.81 -0.95 -2.44 -0.86 -1.32 -0.95 -0.55 -0.61 -1.46 -2.53 -0.85 -1.05 -0.91 -2.03 -0.2 -0.18 0.5 -0.7 0.81 0.68 -2.43 -4.32 0.27 0.59 0.15 1.26 1.32 -0.05 0.12
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.39 - - - - - - - - 1.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -4.45 - - - - - - 0.12 4.63 - -5.06 -2.24 - -5.49 - - - 4.41 -5.3 1.07 - - - - -8.35 - - - - -4.49 -5.28 - - - - - -5.61 -3.47 -3.98 - - -6.42 -6.29 -0.75 1.83 - -1.88 -2.57 - - - - - - 0.63
- - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.42 - - - 3.08 - - - - 2.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.17 -1.81 - - - - -3.15 4.95 1.67 - 1.53 -1.57 1.03 1.93 - -0.23 -3.0 - - - - - - -4.34 - - - -0.35 -1.83 - - - - -0.84 -0.24 0.32 - - - - - - -0.15 - - -2.65 - - -0.9 - - -0.23 -0.84 -2.66
- - - - - - - - - 5.23 - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.64 4.67 - - - - - - - - 1.79 - - - - - - -1.32 - - - - 0.45 1.17 0.21 1.15 1.67 - -0.31 -0.55 -0.55 0.71 0.95 - 0.13 - - - - -0.9 -0.17 - 2.1 - - - 1.89 -
- - - - - - - -2.37 -1.53 5.11 - -3.24 -0.44 -1.89 -1.64 - - - 4.08 - - - - - - 1.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.45 - - - - - - - - -3.72 - -3.33 -4.09
- - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.02 - - - - 5.19 - 0.89 - - - - - - - - - - - - - -0.71 - - - - - - - - - - 2.03 - - 2.84 1.02 - - - - - - -0.77 1.13 - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -2.54 - - - - - - -0.88 3.8 -3.33 -0.65 0.74 -1.32 -0.28 - - - 2.11 -2.38 -0.72 -2.36 - -1.38 - 0.41 -2.3 -2.41 - -2.45 0.75 0.25 1.38 1.52 0.62 0.18 -0.27 1.38 1.29 0.75 1.85 0.67 0.97 -0.23 -1.65 -0.23 - -1.43 -1.37 - -3.24 -2.38 -1.39 -1.48 -1.69 -1.75
- 1.44 -0.61 0.92 -3.65 -2.24 - -0.73 -1.47 4.08 - -1.91 -4.96 - -0.8 -2.4 - - 3.98 -1.82 -1.5 -4.12 - -1.2 -0.94 -2.87 -3.09 -4.2 - -2.66 -1.11 -0.84 -1.25 -0.93 -1.13 -1.75 -1.19 -1.37 -0.95 -0.58 -0.27 -1.61 -2.33 -4.24 -0.44 -0.57 -2.0 -0.73 -0.69 -2.69 -1.7 -2.77 -2.29 -0.67 -2.23 1.52
- - - - - - - - -1.77 3.52 - - - - - - - - 4.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.47 2.64 2.6 - - -1.01 0.01 - - - - - - -
- - - -0.38 -1.23 - - - -4.75 3.72 - - 1.57 - -1.61 - - 0.43 4.35 - - - -0.4 - - -0.67 - 0.49 0.94 -0.55 - - - -0.09 - - - -1.5 - -1.77 - - - - - - 0.69 - -3.89 0.3 -0.44 - -1.42 -0.09 -0.35 1.95
- - - - - - - - - 5.62 - - -1.7 1.92 - - - - 0.64 - - - - - - - - - - -0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.52 - - - - - - - -3.57
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.49 - - - - - - - - 5.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.89 -0.17 -1.25 -0.18 -1.07 0.17 0.29 -3.15 -1.02 2.96 -5.79 -2.63 -2.44 -1.67 -2.62 -1.37 - 0.32 3.36 -2.43 1.44 -1.85 -2.82 1.69 -0.8 -3.69 -3.5 -1.91 -2.32 -1.91 0.26 0.05 -0.57 -0.34 -0.12 -0.43 -0.02 -0.15 0.53 0.65 0.23 -0.31 -0.61 -1.68 -1.26 0.96 -2.13 -2.61 -2.27 -0.27 -0.2 0.31 -0.21 -0.02 -0.97 -2.02
- -1.1 - - - - - - -1.14 4.88 - - - - - - - - 3.16 -0.13 -0.89 -0.89 - - - 0.3 -0.9 0.09 -1.14 0.54 -3.12 -1.83 - -0.88 -1.8 - - -2.22 - - -1.87 - -0.7 -1.19 0.95 -0.1 0.2 -2.48 -1.88 - -0.93 -1.01 - -1.07 -1.81 -0.09
-4.56 - - - - - - - -0.73 4.22 - -3.7 -4.33 - -3.7 - - - 3.2 1.58 1.16 -0.03 -0.15 -0.06 2.54 -1.99 1.29 1.83 0.74 1.1 -6.36 - - - - - -4.71 - -5.36 - - - -6.64 - -2.94 1.09 -0.18 -6.01 -4.95 - - - - - -5.38 -
- -0.92 - - - - - - 1.27 4.77 - - - - - - - - 3.15 - 0.87 - - - - -4.14 - - - - -0.58 - -0.8 - -1.95 - - - -1.53 0.89 -0.84 - -1.32 - - -0.81 -0.63 1.23 0.78 - -0.76 -1.75 -1.74 - 0.65 1.21
- - - - - - - - - 4.73 - - - - - - - - 4.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.35 -0.78 - - - - - -2.09 -0.37 4.13 - -1.05 -1.67 0.14 - - - - 2.55 -0.57 - - -0.38 - -4.12 -2.55 - -1.1 1.06 -0.19 -1.78 - - - - -2.04 0.39 -0.93 - -1.83 0.34 -2.3 -1.48 -0.85 -0.48 -0.99 -1.04 -1.83 -1.72 0.77 1.69 1.87 0.91 0.31 2.05 -1.18
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.44 2.3 - - - -1.93 4.75 - 0.01 3.16 - - - - - 0.33 0.78 - - - - - - - - - - -1.42 - - 0.14 0.04 - - - 0.02 - - -0.27 -0.59 -0.78 - - - -2.5 - - - - -0.48 -0.17 -0.16 -
- - - - - - - - 0.19 5.04 - - - - - - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.39 -0.44 - - - 0.47 - - -
- -0.98 - - - - - - -0.79 4.17 - -3.95 -4.97 - - - - - 4.11 -0.41 2.05 -5.18 - -1.92 -3.3 -5.35 - -3.24 - - -0.82 -1.12 -0.89 -1.4 -0.89 -2.21 -0.82 -1.38 -0.46 0.16 -0.93 -1.46 -4.69 -6.16 -2.08 2.75 -2.31 -3.19 -3.72 -3.39 - -4.2 -2.48 -4.22 -4.08 -
- - - - - - - - -2.06 4.4 - 0.68 - 2.89 2.19 - - - 3.7 - 0.51 1.04 - - - -3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.35 1.92 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - -3.5 - - -2.93 -2.14 1.91 0.77 - - - -2.24 - - - 4.65 - - -3.08 - - - 0.49 - - - - -0.95 -2.17 -1.05 2.3 1.64 -1.19 - 2.16 -2.29 1.12 1.37 1.55 - - - - -0.94 -3.95 -4.76 -2.33 - - -3.19 -2.22 - -
- - - - - - - - 0.2 3.5 - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - 0.7 - - 2.49 - 1.47 0.45 0.34 1.84 1.13 1.58 - - - - 2.83 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.31 1.5 - - - - - - -4.73 4.34 - - - - -1.46 - - - 4.92 -1.45 - - - - - -3.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.13 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.01 2.75 - - -3.15 - -1.61 - - - 3.53 1.13 -0.38 -1.12 - 0.08 3.4 -2.12 0.93 1.59 0.17 -0.22 0.26 0.48 -0.57 -0.41 -0.02 -0.32 0.04 -0.59 -0.85 -0.71 0.64 -0.6 -2.99 - - -2.25 -0.3 -0.68 0.13 - -3.55 - -2.48 -3.58 -0.74 -
MA_834832g0010 (MAPKKK15)
-0.69 -2.41 - - - - - -3.21 1.69 2.82 - -2.5 -4.1 1.12 -3.17 - - - 3.43 -2.68 -1.34 -1.8 - -0.82 - -0.32 - -2.55 - -5.44 0.47 -0.48 -0.05 0.08 0.65 -0.2 1.41 0.58 0.48 1.29 1.01 1.61 -0.79 -1.24 -1.35 -0.28 -0.61 -2.32 -1.94 -0.27 -1.67 -0.83 0.35 -0.13 0.34 -0.03
MA_8589g0010 (ERF1)
- - - - - - - - -0.81 4.38 - - - - - - - - 4.97 - - - - - - -3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.03 - - -3.69 - - - - - - 0.01
- - - - - - - - - 5.69 - - - 1.4 - - - - 0.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.36 - - - - - - - - 1.41 - 2.37 0.44 - 2.87 - -3.47 - - - 1.93 -0.21 -0.53 - -0.83 -0.21 - - - - -0.51 -3.35 - - - - 3.06 1.58 - - - - - - - - -
MA_92350g0010 (MYB50)
- - - - - - - - -3.16 4.31 - - - - - - - - 4.38 1.1 - - - - - -3.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 1.24 0.27 -0.05 - - - - 2.62 0.19 -
- - - - - - - - -0.83 5.0 - - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - - - 1.76 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35 - - - - - - - 2.05
- - - - - - - - 0.22 4.09 - - - - - - - - 5.06 - -2.51 - - - - - - - - - -2.76 -3.66 - - - - -3.76 -2.87 -0.52 -3.22 -1.36 - - - - -2.38 - - -4.28 - -3.56 - - - - 1.24
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.