Heatmap: Cluster_59 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - 3.42 1.71 1.77 - - - - - 1.21 - 0.49 1.36 - 4.71 - - - 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.18
- - - 4.05 - - - - - - - - - - - 3.63 - - - - - - 3.94 - - 2.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.75 - -
- - - - - - - - - 3.06 - 4.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.74 1.95 - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.66 3.15 1.59 1.86 - - -3.02 - 2.58 - - - -1.02 - - - - 3.18 - - - - - -1.88 - - - - - - - - 1.51 - - - - - 0.36 - - - - - - -1.18 - 0.21 1.41 0.79 0.62 - -2.24 -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.27 -0.31 1.73 2.68 1.21 0.47 1.07 0.78 0.11 -2.02 -0.25 -1.51 0.23 -1.6 -1.61 -0.34 - -0.55 -2.29 0.51 0.04 0.72 -0.11 0.46 -0.2 0.03 0.04 0.19 -0.28 0.03 -1.78 -1.71 -3.0 -2.56 -2.09 -2.37 -2.06 -2.95 -2.87 -2.44 -3.33 -1.59 1.51 0.56 1.35 -0.17 1.27 0.36 0.71 -2.75 -1.75 -1.0 -1.74 -1.91 -1.43 -0.05
-2.69 -1.06 0.1 2.78 -0.27 0.8 0.13 0.03 0.29 -3.07 -1.86 -0.99 -0.14 -0.24 -0.61 -0.32 - 0.29 -1.1 1.15 0.31 0.87 0.46 0.66 0.65 -1.32 2.07 1.05 0.43 1.39 -1.58 -0.69 -0.5 -0.43 -0.65 -0.92 -1.08 -1.19 -0.93 -1.41 -0.95 -2.07 -0.29 -0.31 -0.63 -0.03 1.43 -0.46 0.22 -4.8 -2.78 -1.22 -4.27 -2.61 -2.71 -1.49
- - 3.6 3.12 4.61 - - - - 3.2 - - - - - - - - 0.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.56 0.85 4.35 2.43 1.95 1.24 0.32 0.24 -1.46 1.94 -4.05 -1.88 -2.3 -1.85 -1.58 -0.85 1.11 0.2 1.84 -5.1 0.14 -0.31 -2.0 -2.08 -3.76 -2.28 - -7.16 -5.29 -7.2 -5.25 -6.49 -5.06 -5.28 -5.91 -4.73 -4.56 -3.86 -4.54 -3.92 -4.62 -7.76 -8.22 -6.56 -4.87 0.33 0.61 -6.03 -6.3 -3.6 -4.03 -4.66 -3.57 -3.5 -2.2 -1.96
- - - - - - - - - 1.48 - - - - - - - 5.49 - - - - - - - - - - - - - - 3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.43 4.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - -
-6.64 - 4.63 1.9 2.83 -0.35 -1.0 -1.58 -9.87 -7.32 -2.55 -0.74 -1.11 0.57 -0.37 -2.4 3.87 -3.02 -6.27 - -5.54 -4.02 -6.55 - - -4.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.23 -3.65 -7.59 -6.06 - - - - - - -
- - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.17 - - - - 0.73 - - 2.46 3.5 - 2.08 - - - - - - - - - - -0.76 - - - - - - - - 2.52 - - - - - - - - - - - - 1.04 - - - - - - 2.36 0.78
- - - - - - - - - 1.01 - 3.57 3.28 - 3.64 - - - 0.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.96 - - - - - - 3.13 2.54 - - - - 0.88 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - 4.97 2.49 2.24 - - - - - - - - - - - - - - 2.32 - - - - - - - 2.26 - - - 0.32 - - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.78 4.38 - - - - 2.73 - - - - - - - - - - - - - - - -0.82 - - - - - - - - -0.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 4.35 - - - - - - 4.43
- - - 4.69 - - - - - 1.57 - 4.34 - - - - - - 1.13 - - - - - - 2.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- 3.82 - - 2.54 - - - - 1.34 - - - - - - - - - - - - - - - 0.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.97 - - 2.77 0.32 2.95 - - - - 3.11 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - 2.71 3.3 1.92 -1.1 - - - - 1.51 0.39 0.31 1.18 0.48 3.38 - 1.52 - 0.46 - 1.06 - - - -3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - -0.34 2.38 - 0.73 -0.6
- - - 5.21 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.93 1.05 - 3.05 - 3.57 1.93 1.19 - 1.99 3.44 2.95 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.19 - - - - - - - - -
- - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 - - - - - - - - -
0.87 - 2.57 3.09 -0.7 - - - -1.79 2.53 1.71 - - -0.54 -0.24 - - - 1.17 - - - - - - -0.64 - 0.85 - - -0.74 -0.06 1.67 -0.03 - -0.19 -0.28 0.78 - - -0.15 - - -0.07 - -0.11 - -1.77 -2.5 -0.11 1.7 0.99 -0.34 -0.36 1.64 -1.57
MA_252515g0010 (BGLU42)
- - - - - - - - 1.21 3.24 4.59 - - - - - - - - - - - - - - 1.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.15 3.67 - - - - - - -
- - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.04 4.13 3.47 1.95 2.57 1.61 0.68 0.07 - -1.97 - -1.13 -3.38 -3.1 2.21 - 2.01 -4.11 - - -1.89 - - - -2.11 - - - - - - - - - - - - - - - - -3.26 -3.87 - -1.25 - -1.58 -1.96 - - - - - - -4.41
- 3.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.14 4.81 - - - - - - -
- -1.86 4.53 2.99 2.36 0.47 -0.82 3.46 -7.35 -2.04 - -2.82 - - - 0.47 - 1.24 -2.72 - -2.98 -1.32 - - - - - - - -4.13 - - -5.01 - - - - - - - - - - - - -4.84 - - - - - - - - - 0.76
- - - - - - - 3.84 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.58 - - - - - - - - - - - - - - 4.88 - 2.28 - - - - - - - -
- - - 5.3 3.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.79 - - - - - - - -
- - - 5.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.25 - - - - - - - - - - - - -
- - 2.31 3.62 1.86 - - - - - - -0.08 2.7 2.92 2.27 3.72 - - - - - - - - - -4.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.27 - - -0.21 - - -0.48 - -
- - 3.71 1.51 2.79 0.79 2.26 - - -1.28 - - 1.45 - -0.53 4.08 - 0.52 1.82 - - - - - - -3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.22 -
- - - - - - - - -0.85 - - - - - - - - - 1.73 - 3.57 - - - - 1.73 - - - - - - - - 2.77 - - 2.21 2.3 2.84 - - - 1.95 3.09 - - - 0.1 - - - - - - -
- - 5.75 - - - - - - - - - - - - - - - 1.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.16 - 2.9 - - - - - 1.69 2.19 - 2.6 - - - - - 1.34 - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - 2.11 - - - - - - - - - - - 3.06 - 2.4 2.06 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.31 - - - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.65 - - - 4.54 0.81 - 3.29 - - - - -
- 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.47 - - - 3.89 - - - - - - - 3.65
- 4.94 - - - - - - - - - 3.29 - - - - - - - - - - - - - -0.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.16 3.36 - - - - - - -
- - - - 2.56 - - - 0.66 - 4.5 - - - 3.4 - - - 1.0 - - - - - - -1.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.97 - - - 1.92 - - - 0.51
0.33 -0.78 2.25 3.4 - - - 2.23 -4.73 -0.74 - -1.43 - - -1.79 - - - -0.94 - 2.01 0.38 - - - 1.18 - - - - - - - - - - - -1.84 -0.84 -1.94 - - - -1.37 - - 1.84 0.64 0.83 - -1.5 - - - - 4.0
MA_50385g0010 (MEE44)
- - - - - - - - - 1.94 3.37 - 4.73 - - - - - - - - - - - - -0.06 - - - - 3.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - 5.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.54
- - - 5.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 - - - - - - - -
- - 5.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.79 - - -
- - 5.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.58 1.44 - - - - - - - - 4.09 - 3.97 - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-4.72 -1.83 3.88 1.61 0.41 -0.83 -1.05 1.66 -8.91 -4.4 - -0.34 0.01 0.29 0.7 -2.93 - -1.34 -3.66 0.36 -0.09 -0.25 3.04 -0.04 0.99 -0.88 0.69 -0.04 0.99 0.08 -2.86 -3.32 -1.94 -3.25 -3.68 -2.34 -3.21 -3.22 -1.62 -2.73 -2.45 -3.38 -2.51 -3.07 -2.1 1.3 -0.73 -0.66 -1.0 - - -5.59 - - -4.57 -4.86
- - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.71 - 4.48 2.53 2.36 -0.15 - 3.43 -6.03 - 1.29 -0.53 0.62 0.84 -0.95 - - -2.21 - - -0.81 -4.67 - - - -5.19 - - - - - - - - - -4.84 - - - - - - - -5.65 - -2.96 - 0.14 0.93 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.69 - - - - - - 0.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.42 4.0 - - 1.16 2.02 3.22 - 3.45 - - - -
0.51 -2.92 4.1 3.67 3.06 1.19 0.21 1.37 -3.89 -2.83 -5.39 -2.54 -1.65 -1.27 -1.96 -3.03 - 0.52 -1.94 -1.56 0.56 -1.36 0.65 - -2.15 -4.03 -4.31 -2.83 - -2.87 -3.94 - - -3.47 -5.21 -5.53 - - -4.32 -3.31 - - -4.16 -4.11 -5.36 -0.2 -1.63 -3.98 -3.63 -5.51 -2.05 -3.34 -4.54 -4.46 -1.67 -5.83
- - 3.39 3.04 2.42 2.79 - - - - - - - - - 3.65 - 3.2 - - - - - - - -1.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.34 - - - -1.22 0.35 - - - - - - -
- - 3.24 1.63 1.29 -2.46 3.12 - -2.97 - - 0.73 - - -1.99 2.68 - 1.96 -2.06 - - 1.16 -3.21 -11.91 0.03 -0.33 1.64 - 1.68 2.11 - - - - - - - - - - - -0.11 - - 0.68 - 1.1 -3.12 - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.1 1.05 - - 2.45 - 1.03 - - - -0.17 - - - - - - -2.62 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.86 3.64 2.21 - - 2.65 2.26 - - 2.29 - - 1.3 0.74
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.97 - - - - 3.02 2.22 - - - 2.06 - 1.95 1.96 - 2.24 - 3.72 1.18 - - - 1.17 1.93 - - 2.19 - - - -
- - - 4.98 - - - - -1.12 - - 2.23 - 3.88 - - - - 0.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85 - - - - - - - - - - - - -
- - 1.58 1.85 2.17 1.99 1.23 -0.71 -5.25 - -0.89 0.0 -1.63 1.76 0.59 3.46 - 0.07 -3.03 -0.9 - -1.77 -0.75 - -0.92 0.41 - 0.72 -0.0 - 0.24 - - -1.75 -0.99 -0.26 - - - -1.46 - -1.73 - - - -0.17 - -3.22 -0.11 0.61 -0.22 0.75 -2.06 -0.76 1.09 -0.72
-2.1 -2.21 3.29 3.96 -2.13 0.07 0.56 1.99 -4.42 -2.97 - -1.24 - - -0.24 - - - -1.11 - 1.8 -0.25 - - - 1.27 - - - - - - -2.09 -2.88 - - - - - -1.38 - - -1.69 - - -3.08 -0.34 -0.28 -0.08 - -3.06 -3.12 - - -2.92 3.42
- - - - - - - - - 1.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 4.71 - - - - - - -
4.66 - - 4.37 - - - 1.05 - 0.98 - - - - - - - - 1.81 - - - - - - 1.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.83 3.06 1.52 - - - - 3.59 - - - - 2.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - -0.0 - 4.22 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - - - - -
MA_923157g0010 (RABA5a)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.88 - - - - - - - - - - 4.8 - 3.74 - - - - - - - - - - - -
- - - -2.65 - - - - 1.98 2.22 - - - - - - - - 1.93 - - 0.11 - - - 1.16 - - - - 0.6 - -0.29 - 0.81 - 1.78 1.48 1.44 - 2.42 3.28 - -4.11 - - 0.6 0.15 0.16 0.78 -2.18 -2.15 0.27 1.73 -1.03 0.06
- - 3.11 4.37 3.21 2.2 - - - - - 2.28 - - - - - - - - - - - - - - - 2.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MA_928267g0010 (MPPalpha)
- - - 5.14 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.51 - 2.07 - - - - - - - - - 2.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.61 - 3.55 2.38 1.99 1.21 1.51 2.23 -1.38 -1.44 -1.07 -1.96 -0.02 -1.8 -2.06 1.74 - 0.77 -2.5 -0.66 0.12 -1.08 0.02 -0.31 -0.61 -3.31 -1.52 -1.95 -0.44 -1.18 -0.71 -0.68 -0.52 -0.42 -0.29 -0.81 -0.45 -0.6 -1.14 -0.86 -0.57 -0.53 -3.89 -5.65 -5.32 -1.75 -0.5 -1.39 -1.33 -6.04 -1.28 -3.55 -4.93 - -4.2 -7.37
-0.92 - 2.22 4.35 -0.65 0.61 - -1.04 -3.71 -3.89 -0.84 -1.44 -2.7 -1.58 0.56 -1.61 - - -2.27 - - -3.7 - - - -1.79 - - - - -4.13 -3.02 -4.83 -4.63 -2.12 -1.94 -2.31 -3.69 -4.78 -2.27 -2.87 -3.72 3.22 2.8 0.36 -2.16 -2.94 -2.52 -2.17 -5.3 -1.64 -4.06 - -5.08 -3.84 1.83
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.29 - - - - 3.14 3.01 - - - - - - -
- - 3.72 2.41 1.23 - - 1.78 - - - - 0.54 - - 4.13 - - - 1.06 - 0.11 - - - - 2.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.11 - - - - -0.05 - - - - -
- 2.93 4.01 3.91 - - 3.13 - - - - - 2.35 - - - - - 0.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.19 -0.65 - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.