Heatmap: Cluster_33 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.55 0.61 - - - - - - 5.69
0.27 -0.61 0.61 3.04 -0.61 0.63 0.77 0.88 -0.86 0.26 - -3.05 -3.98 0.51 -2.45 1.76 - -0.39 -0.66 -2.69 0.87 0.76 0.37 -3.33 -2.39 -0.03 - -1.33 -2.46 -2.37 -3.81 -3.36 -2.23 -1.5 -3.45 -3.24 - - -2.5 -2.93 -1.74 -4.19 -0.58 -0.58 -2.28 1.65 0.19 1.88 1.44 -0.43 0.22 1.26 0.55 0.15 0.35 0.41
- - - - - - - - - - - - 4.01 2.67 2.3 - - - - - - - 4.51 - - 0.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.1 1.19 -
-0.36 - 2.56 -0.73 -0.34 1.42 - 1.35 -3.51 2.77 -0.38 - 0.9 -0.13 0.87 - - 0.71 2.59 - 0.74 - - - 0.57 0.09 - - 1.08 -4.21 -1.08 -1.29 - -0.1 -1.17 -0.07 0.6 -2.25 -1.07 -1.63 1.13 -1.18 - -0.41 -0.28 0.36 -3.97 -1.0 0.27 -17.36 - - 0.05 -0.81 -0.35 0.05
2.32 -3.0 - -3.37 - - - -3.8 1.09 -2.6 - - -2.03 - -2.46 - - - -3.14 -3.04 0.66 2.36 -0.48 -0.92 -0.16 0.22 -1.81 - - -1.37 -3.86 -2.31 - - -3.6 -4.03 - -3.9 -1.32 -3.53 -2.67 - 0.95 1.25 1.56 2.38 1.37 -0.13 0.56 1.72 0.99 0.68 2.31 1.97 -1.42 1.26
- - - - - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.32 - - - - - - - - -
- - - -1.09 -2.45 - 2.54 - - - - -1.47 - - -0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.64 1.27 - - - - - - 5.47
-1.16 1.47 -2.63 1.57 0.02 0.45 - 0.0 -0.72 -1.96 0.92 0.23 1.34 1.03 -1.07 0.37 - 1.5 -0.93 -2.7 2.11 0.24 0.94 - -2.82 0.26 -1.65 - - -2.8 - - -3.68 - - -3.87 - -4.0 -1.27 -1.79 -2.52 - 0.96 -0.01 1.15 2.62 -0.24 0.34 1.01 -0.66 -2.75 -2.69 0.15 -0.25 -1.0 1.77
- - 0.42 2.15 2.06 3.18 - 1.52 - -3.78 - -0.01 -0.98 - -0.81 3.72 - 2.73 -1.73 - - - - - - -3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.66 0.92 - -2.34 - - - - 3.01
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.51 0.19 - -1.1 -2.25 -3.1 0.38 -0.17 - - -3.59 -0.42 -0.22 1.76 -1.06 - - -2.59 -4.44 0.72 -0.41 1.18 - 3.6 2.0 -1.92 -1.42 -0.2 0.93 -0.57 - - - - - - - - - - - - -4.58 - - 1.49 1.14 -5.74 -6.18 0.72 0.61 1.17 0.82 2.21 0.44 1.46
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - -
-4.91 - -1.8 3.2 -5.65 -2.02 - 2.87 -2.21 0.04 - 0.82 -3.61 - 2.01 - - -2.99 -0.57 - 3.32 -2.51 0.14 - - -2.97 - - - - -5.99 -5.96 - -5.81 - - -5.54 - -3.83 - - -5.92 2.28 -0.62 - 0.91 0.6 1.73 2.39 - - - - - - 0.98
- - - - - - - - 3.71 3.28 - - - - 2.87 - - - - - - - - - - 2.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.53 - - - - - - 3.09 - - -
- 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 5.49 - - - 0.89 2.74 - - - - - - - - - - - - - - - 1.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.18 - - - - - - - - - - -
- - - 2.45 4.14 -0.48 - - - 0.45 - 1.46 1.13 2.79 0.93 - - - 1.42 - 1.43 - - - - -3.73 - - - - - 0.43 0.35 - - - - - - - - - - - - - 3.1 - -1.22 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.63 - 4.0 - - - - - - - - - - 3.94
- 2.46 - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - 0.21 - 3.67 - - - - -1.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.86 3.93 3.39 - 1.09 -1.1 - - - - - - 1.67
- - - 0.53 - - 1.38 0.29 -6.22 - - -2.75 -1.78 -1.82 -2.16 -1.23 - -1.1 - -0.09 -0.34 -1.39 -0.92 - -2.09 -1.06 0.88 -0.46 -0.17 -2.08 0.18 1.09 1.8 2.01 2.13 2.15 2.12 1.43 1.23 0.77 1.62 1.6 - - - -0.84 -0.84 - - -2.16 -0.6 -1.38 -0.09 0.19 -2.92 -1.13
- - - - 3.79 - - - - - - - - - 5.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -0.27 1.6 -1.86 - - - - -0.49 3.01 - - - - - - -0.27 - - -0.99 - - -0.52 - 0.96 1.2 2.63 -1.26 -0.25 1.57 -1.29 - -1.53 1.66 - 0.53 1.46 -0.13 -1.32 -0.34 -0.18 2.61 2.93 - - - - - - 0.67
0.85 1.67 - - - - - - -7.94 - - - - - - - - - - - - -0.56 2.33 - - -0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.89 0.37 1.78 1.67 -1.04 2.62 3.08 - - - - - - 4.15
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.58 0.09 - - - - - - -4.43 1.24 - -3.34 - - - - - - 1.66 - -1.48 - - - - -6.04 - - - - 1.31 1.69 0.45 1.73 1.01 1.79 1.71 0.9 0.74 -0.26 1.11 0.26 -0.78 - -1.75 - -1.62 -4.4 -3.29 -1.02 3.14 2.36 -0.38 -0.5 1.13 1.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.13 - -0.35 - - - - - - - 2.22
- - - - 0.78 0.65 - - - -1.74 - 3.62 2.36 -0.6 1.94 - - - - - 0.86 - - - - -2.51 - - - - - - - 0.98 - - - - - - - - 1.1 0.56 3.92 2.19 - - -2.86 - - -0.12 - - - 1.11
- - 2.83 2.24 - - - 1.86 - - 0.63 0.99 2.01 0.31 0.57 - - - -0.22 - - 0.76 - - - 2.57 - - - - - - 0.87 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.67 - - 3.21 2.16 0.85 0.28
- 5.3 - - - - - - -0.74 -0.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.39 -1.28 -0.21 - - - -0.86 0.68 - - -0.11 - -1.56 -1.75 0.38 - - 2.73 0.86 -1.55 - - - - - -
- - - - - -0.12 - -0.34 -3.19 -2.01 - - - - - - - - -1.3 1.14 - - 2.26 0.55 - 1.45 - - - 0.52 - -0.48 - - - - - - - - - - 4.44 3.48 2.19 -0.19 - -2.32 -3.19 - - - - - - 0.74
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - - 4.22 - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.63 - -0.66 -1.67 0.34 - - 0.86 - - - - - - - - - - - - - - -2.78 - 4.57 2.43 4.03 2.27 -0.57 -1.98 -1.28 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.46 3.72 3.24 - - 1.46 1.42 - - - - - - 4.49
- - - - - - - - - - - - - - -0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.88 - 0.25 - -0.59 3.22 3.13 - - - - - - 5.14
- - - - - - - - -2.27 0.21 - - - - - - - - - - - 1.01 - - - -3.75 - - - - - - 1.53 - - - - -0.33 - - - - -0.39 -0.01 3.48 - - 3.66 3.29 1.72 - - 0.79 - - 3.08
MA_317474g0010 (HVA22E)
- - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.77 - - - - - -1.73 - - - - -2.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.94 -1.72 - - - - - - -
- - - - - - - - 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.29 - - - 2.81 - - - - - - -
-2.66 - - - - - - -3.57 -0.85 0.04 - -3.36 -3.35 -2.05 - -1.87 - - -0.22 -3.62 -1.56 -1.02 - -2.68 -1.73 -0.71 - -2.68 - - 0.83 -3.56 0.73 1.09 1.4 1.06 1.76 0.16 1.19 -0.74 -1.07 0.52 1.22 -2.48 -3.64 -2.42 0.85 1.03 1.18 -3.98 -3.73 -2.02 -2.87 -3.75 -2.54 4.4
- - - - - - - - 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.55 3.52 - 3.99 - - - - -
-1.59 -0.7 2.22 4.09 2.34 2.47 2.19 -2.4 - - -1.06 - -0.31 1.59 -0.4 1.36 - 1.33 - -0.55 0.09 - 0.5 - - -3.94 0.08 - -1.74 0.35 - - - - - - - - - - - - - - - -2.57 -1.41 - - -0.3 - -2.47 -2.81 - -2.41 -3.99
0.92 1.07 - - - - - - -2.21 -2.66 - - - - - - - - - -1.78 2.02 0.82 2.22 - - -0.42 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.95 3.37 3.5 2.28 0.37 -0.12 1.79 - - - - - - -2.27
- 0.89 - - 2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 2.83 - - - - - - 4.88
- - - - - - - - 0.54 - - 1.78 0.85 - 0.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.42 - - - - -0.04 -0.89 - - - - - - 5.5
- - - - - - - - -0.18 2.35 - - - - - - - - - - - - - - - -0.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - 1.65 1.88 - - - - - - 5.13
- - - - - - - - - - - 2.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - - 4.93
- 5.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.84 -2.04 - - - - - - -
- 1.05 - - - - - -0.25 - -0.89 - -0.58 - 0.52 -0.96 - - - -1.95 - 0.25 0.7 - 1.72 -1.5 -1.65 - -2.45 - - 0.98 0.79 0.58 -0.69 0.83 0.55 1.22 1.44 1.93 1.48 1.08 0.24 - - - 2.68 0.08 - - -0.02 0.99 0.61 1.44 1.04 -0.1 0.04
-2.56 -0.67 2.13 2.36 1.23 1.47 -2.48 -1.82 -5.23 -3.69 -0.79 0.71 1.17 1.33 1.0 1.22 - 1.06 - -2.52 -2.47 -2.48 - 1.5 -1.05 -0.41 - -2.58 - -2.62 0.27 0.73 0.44 0.32 0.56 0.47 0.8 0.72 0.46 0.81 0.24 0.42 - - - -0.85 -0.06 -3.71 -6.11 -0.98 -2.51 -1.16 -1.31 -2.62 -1.43 -0.6
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.22 0.08 -0.7 3.2 0.96 1.66 - 1.4 -0.93 - - 0.05 0.06 2.13 -0.36 2.37 - 1.81 - -0.45 - -1.17 - - - -3.71 - - -1.96 - -2.82 - -2.75 - -1.56 - - - - - - - 1.54 1.31 2.19 0.53 0.37 -0.49 -1.01 -2.13 -0.46 -2.83 0.09 -1.87 -0.38 -0.18
-2.41 0.58 - - - - - - - -2.76 - - - - - 1.78 - - 0.98 1.21 -0.23 -1.24 1.36 1.65 1.92 0.12 2.09 -0.35 -0.41 -0.38 0.58 1.37 1.94 -0.92 - 0.65 2.42 0.63 -0.04 -0.9 0.11 1.67 - - - -0.12 -0.14 - -1.05 - -1.4 - - -1.55 - 1.21
1.01 1.9 - - 0.35 - - - -3.25 3.74 - - - - - - - - 3.33 - 1.1 - - - - 0.07 - - - - - - - - - 1.25 - - - - - - 2.66 0.81 1.05 1.24 - -0.83 -1.57 - 1.05 0.13 - - 1.15 0.15
0.93 -1.98 - 0.49 0.25 - - 1.73 -2.04 0.89 -0.55 - -0.62 - -3.0 - - - 0.52 -1.25 0.22 -0.8 - - - 1.63 -0.78 -0.31 -1.03 - 0.82 -0.27 -2.86 0.08 0.38 0.58 -0.49 -1.52 -3.04 -0.49 0.4 0.08 -0.48 -1.94 -1.04 0.58 1.12 0.21 0.88 0.68 1.93 1.99 0.9 -0.98 1.72 0.82
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.6 4.99 - - - - - - -
-0.97 -1.67 - -2.12 -2.59 -1.21 - -2.47 1.98 -0.02 - - - - - - - -2.64 -0.01 -0.93 -1.46 -0.55 - - -1.63 0.46 - -1.58 -0.71 -0.62 - - - - - - - - - - - - - - - -1.09 0.21 1.57 1.48 2.95 -1.93 -3.5 2.79 4.34 -1.09 -2.67
-1.21 -0.64 2.81 3.05 2.78 1.41 -0.86 -0.69 -4.81 -4.44 -1.39 0.61 0.13 0.43 0.4 -2.75 - 1.71 -3.26 -2.17 -0.27 -1.3 0.02 -3.55 - 1.31 -1.86 -3.55 - - -2.03 -3.51 -0.29 -1.51 -3.29 -1.02 -1.96 -0.17 0.24 -1.07 -0.52 -3.34 -2.61 -2.88 -4.49 -0.46 -1.35 -5.42 - -0.36 -0.13 0.39 -0.35 -0.88 -0.17 0.9
- 5.3 - - - - - 2.6 - - - 2.71 - - - - - - - - - - - - - 1.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.14 - - - - - - -
1.46 2.53 2.3 1.52 0.88 1.58 -0.76 -1.58 1.39 -3.58 1.5 -0.84 -0.21 -0.95 -1.3 -3.33 1.58 -4.78 -3.04 -3.98 -1.11 0.81 0.57 -3.26 - -0.48 -3.61 -6.72 - - -2.66 -3.75 -3.84 -2.99 -3.77 -2.95 -3.96 -3.15 -5.04 -3.18 -3.1 -4.75 0.78 0.72 1.39 2.21 -0.23 0.04 0.11 -4.47 -4.45 -4.65 -5.44 -4.35 -3.86 1.68
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.56 2.41 0.75 -1.0 2.7 2.14 - -0.2 - - - -3.29 -3.22 - - - - - - 0.99 - 1.82 - - -1.6 -0.36 -0.44 -0.96 -0.68 -0.0 0.12 -0.65 -1.11 0.05 -0.06 0.22 0.09 -1.08 -0.02 -2.15 -1.76 -2.27 -3.63 -3.05 -1.5 -0.45 0.82 0.25 -0.23 -2.14 -3.36 -3.41 -1.3 -2.76 -3.35 3.22
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.13 - -0.35 - - - - - - - 2.22
MA_8626g0010 (MYB3)
- - - - - - - - 2.13 -1.01 - -0.17 - - - - - - - - - - - - - -4.29 - - - - 0.08 - - - 2.04 0.63 - 0.27 0.61 0.9 1.92 1.1 - - - - - 3.12 2.64 1.31 - - 1.73 2.36 - 2.82
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.38 - - - - -0.18 -0.29 - - - - - - 5.76
- - - - - -1.9 - - - - - -3.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.5 - 4.56 4.48 - - - - - - 3.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 4.45 - - - - - - -
0.12 - - -0.33 - -2.4 - - - - - 0.98 -1.63 0.06 0.98 - - - - - - - - - - -0.26 - - - - -2.05 -0.81 -1.86 -0.72 -0.43 0.47 -2.03 0.92 1.09 -1.49 -0.9 - - - - - - - - 2.24 0.93 2.8 2.53 1.6 4.04 -
MA_9166341g0010 (DSI-1VOC)
2.92 - - - - - - - -0.72 0.04 - - 4.18 - - - - - 1.04 - - - - - - 0.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.1 -1.27 3.43 - - - - - - 3.28
1.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.76 - 3.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.03 - - 4.71 - -0.89 0.09 - - - - - - 1.42
MA_95339g0010 (MYB79)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.66 4.94 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.5
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.65 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.97 - - 3.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.37 3.03 - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.