Heatmap: Cluster_243 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - 0.34 - - 2.97 5.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.52 1.11 -0.09 0.72 - - -2.78 1.33 - 4.0 2.84 2.78 2.41 - - - 2.44 - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.43 - - - - 0.3 0.34 - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.82 3.89 3.75 3.47 - - - - - - - - - - -0.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.0
- - - - - - - - - - - 4.09 5.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.18 - - - - - - - - - 1.29 - - -
- - - - - - - - - - - 4.24 5.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.43 5.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.65 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.52 - 3.69 4.08 1.47 1.7 - - - 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.19 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.02 - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.39 - - - - - - 3.41 5.0 - 3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.36 - - - - - 2.55 - 0.97 - 2.74 3.76 2.66 1.3 - - - 0.53 - - - - - - -0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.49 1.39 1.53 - 1.24 - 0.02
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - 4.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.44 - 3.87 - 2.19 - - - - 0.64 - - - - - - 2.78 - - - - 1.67 2.85 - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.72 -
- - - - - - - - - 3.51 - 4.66 - - 4.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.72 - 4.12 - - - - - - 4.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.35 - 3.47 3.81 2.56 3.38 - - - 2.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.06 - - - - - - - 3.22 4.22 - 2.84 - - - 1.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.74 - - - - - -
- - - - - - - - - 2.79 - 4.39 - - 2.95 - - - 4.16 - - - - - - -0.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.36 -0.43 - - - - - - -
- 4.48 - - - - - - - - - 3.87 3.17 - 2.42 - - - 2.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.26 4.85 - 2.85 - - - - - - - - - - -0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.77 - - - - - - 3.2 3.17 - 1.21 - - - - - - - - - - -1.76 - - - - 1.84 - 1.35 3.62 - - 1.19 2.12 - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.07 1.59 1.58 - - - - 0.81 - 2.26 3.83 3.36 0.84 - - - 0.5 - - 1.04 3.06 - - -1.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.56 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.65 2.41 - 4.21 4.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.68 - -
- - - 0.95 -0.32 - - - - 3.16 - 3.5 3.27 - 1.88 - - - 3.03 - - - - - - -2.69 - - - - 1.36 - - - 0.28 - - - - - 1.7 - - - - - - - -2.02 - - 0.4 0.34 - 0.6 -
- - - - - - - - - - 4.3 3.58 - - 4.4 - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.8 3.67 1.23 - - - 1.16 - - - - - - 2.19 - - - - 0.73 - - - - - - 1.08 - - - - - - - 1.37 - - - - - - - - - -
- - 0.43 - 2.14 - - 1.99 -3.05 2.08 -0.32 2.6 1.19 0.93 1.97 3.1 - - 2.55 2.43 - - - - 0.24 -2.17 - - - - - - - - -0.5 - - - - - - - - - - - - - -0.58 -0.66 -0.75 -0.7 - 0.16 0.46 -
- - - - - - - - - 3.13 - 3.67 2.98 1.32 - - - - 2.93 - - - - - - - - - - - 1.2 0.82 - - 0.92 - - - 1.33 - 1.71 - - - - - - - - 0.62 - 0.85 0.51 - - -
- - 0.43 - 2.14 - - 1.99 -3.05 2.08 -0.32 2.6 1.19 0.93 1.97 3.1 - - 2.55 2.43 - - - - 0.24 -2.17 - - - - - - - - -0.5 - - - - - - - - - - - - - -0.58 -0.66 -0.75 -0.7 - 0.16 0.46 -
- - - - - - - - - - - 4.69 3.74 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.69 3.74 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.79 - 1.54 1.69 - -0.02 -0.91 -2.45 1.85 -0.14 2.43 0.76 1.37 0.74 3.77 - - 2.2 - - 0.55 - - - 0.15 - - -0.25 - 1.38 - 0.38 - - - -1.03 - - -0.71 -0.98 - - - - - - -18.44 - - - -1.04 -1.31 0.96 -0.97 -
- - - - - - - - - 0.14 - 2.89 4.5 - - - - - 0.06 - - - - - - -3.77 - - - - - - 1.48 - - - - - - - - - 2.89 - - - - - - 1.31 - - 1.71 1.72 1.74 0.2
- - - - - - - - - - - 5.06 - 4.18 - - - - 2.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.56 3.6 - 4.15 - - - 1.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.52 1.35 - 3.14 4.73 - - - - - - - - - - - - -0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.98 -
- - - - - - - - - - - 2.84 3.85 3.21 4.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.16 - 3.59 1.95 - 3.2 - - - 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - 1.8 - - - -
- - - - 2.13 - - - - 1.95 - 2.03 2.03 0.29 2.61 3.85 - - 1.97 - - - - - - -1.82 - - - - -0.06 - - 2.15 1.93 - - - - - - 1.13 -0.33 - - - - - - - - - 0.53 - - -
- - - - - - - - - 2.13 - 4.91 4.32 - - - - - 0.12 - - - - - - -1.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.36 - 4.24 4.19 - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.06 - 4.48 - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.53 - - 4.28 2.07 3.89 - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.56 4.55 - - - - - - - - - - - - - 4.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.25 -2.0 1.48 - 3.02 3.77 - 2.04 - - - 3.12 - - - - - 2.08 - - - - - - - - 1.56 - - - - - - - - - - - - - - - 2.02 - 1.28 - 1.25 - -
- - - - - - - - - 1.18 - 4.98 3.58 - 2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.1
- - - - 1.58 - - - - - - 3.6 2.63 - 4.53 - - - 0.96 - - - - - - - - - - 3.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.88 4.92 - 3.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.21 - 4.14 - - - - - - 4.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.84 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.09 - - - -2.5 - - 3.19 3.48 2.05 3.32 4.0 - - - - - - - - - 0.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.06 3.85 3.3 - 2.82 - - - 1.37 - - - - - - - - - - - 0.83 - - - - - 2.36 2.82 - - 1.97 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.68 5.23 - - - - - 1.82 - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.48 - - 4.67 - 4.21 - - - - - - - - - - -0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.12 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.41 - - - - - - -
- -0.17 - 1.38 -1.81 - - - -2.22 2.39 - 2.52 3.22 1.54 2.11 - - 1.44 3.07 - - - - - - -1.06 - - - - -2.24 -1.12 0.02 -0.97 0.61 -0.82 - - -1.23 0.32 1.15 - - - -0.45 - - -2.64 - -0.2 - -1.0 -0.21 -0.23 - -0.51
- 1.38 2.6 - 1.51 - - - -2.58 0.36 0.41 - 1.78 - 1.36 3.28 - - 2.35 - - - - - - -2.49 - - - - - - - - - - - - 0.32 - 0.93 - -0.58 -0.03 2.51 0.51 - - -0.94 - 0.54 0.56 - 0.39 1.61 -0.06
- - - - - - - - - - 4.42 3.37 3.4 - 3.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.22 - - 4.71 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.66 3.93 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.79 4.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.1 - - 5.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.37 3.05 3.08 - 2.66 - - - 2.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.67 3.73 2.95 - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - 2.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.43 3.53 1.85 - - - - -0.19 - 2.59 3.92 - - 2.11 - - -0.25 - - 1.41 - - - -2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.04 3.88 - - - - - - 1.94 2.23 4.4 - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.1 3.09 - - 4.6 - - 0.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.68 - - - - - - - - - - - 1.7 - - - 1.59 2.94 -
- - - - - - - - - 1.94 1.24 - 3.55 1.25 3.74 - - - 0.05 - - - - - - -2.59 - - - - 0.06 - - - - - - 0.97 - - - - - 0.71 - - - - - 2.12 2.41 1.3 - 2.13 - -
- - - - - - - - - - - 3.35 4.33 3.65 2.94 - - - 2.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.02 - - - - - - - - - 4.0 4.22 0.68 3.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.81 - - - - - -
- - - - - - - - 0.21 - - 2.63 4.65 3.5 3.23 - - - 1.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.64 4.63 - 4.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.77 3.76 - - - - - - - - - - - 4.4 -0.03 - - - - - - - - - - - - 2.76 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.22 4.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.94 - - - - - - 3.96 - - - - 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.41 - - 3.71 2.76 - 4.9 - - - 1.83 - - - - - - -2.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.03 - - - - - - - - - 2.31 2.22 3.34 2.55 - - - - 1.58 - - - - - - 0.92 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.62 1.43 - - - - - 1.75 - - - - - -
- - - - - - - - - 2.28 3.78 - 4.12 2.41 - - - - - - - - - - - -0.73 - - - - 2.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.79 - - - -
- - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - 4.46 - - - - - - - - - - - 2.07 - - - - - - - - 3.59 - - - 2.71 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.81 2.21 - 2.62 3.65 4.36 1.22 - - - -0.41 - -0.15 0.79 - - - 0.45 - - 0.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.38 - - - - - - -
- - - 1.56 2.04 - - - -1.07 0.54 2.51 2.8 2.8 2.06 - - - - - - - 2.52 - - - -0.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.57 - - - - - 2.55 2.35 - - -
- - 1.67 - -0.06 -0.73 - - -4.4 2.8 -0.11 2.82 2.57 -1.48 2.74 3.56 - 2.21 2.52 - - -0.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.9
- - - - - - - - - - - 4.5 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.12 2.51 - 3.29 3.7 - - - - - - - - - - - - -1.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - 2.17 1.97 - - 3.14 -
- - - - - - - - - - 4.26 3.53 4.65 - - - - - - - - - - - - -2.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.48 - 4.19 - 3.46 4.11 - - - 1.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.06 4.09 - 3.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.27 - - - - - - - - - - - -
- - - 2.09 0.18 - - - - -0.87 - 2.84 3.64 1.13 3.01 2.35 - 3.07 -0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.6 - - - - - - 0.68 - 0.33 0.67 -
- - - - - - - - - - - 4.18 5.17 - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.92 - - 1.64 - - - - 3.99 - 2.3 - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.22 - - - - - - - - 3.39 2.34 - 1.94 - - - 0.74 - - - - - - -0.87 - - - - - - - 3.94 - 2.05 - - - - - 2.5 - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.72 - 1.87 - - - 0.6 - - 2.91 2.86 2.17 3.47 - - - - - - - - - - -0.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.68 - - - -
- - - - - - - - - 1.92 - 4.63 4.44 2.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.19 2.28 3.96 2.96 - - - - - - - - - - - - - 4.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.37 - - 4.98 - - - - - - - - - - 1.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.11 - - - - - - 3.46 - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.