Heatmap: Cluster_310 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - 3.81 4.73 - 3.77 - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.21 - 1.98 - 5.56 - - - - 1.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.54 - - - - - - - -
- - - 0.59 2.31 - - - - -1.52 2.6 2.66 2.35 4.72 1.93 - - - 0.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 1.98 - 5.6 1.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.76 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.29 - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.62 - - - - - - - 0.23 - - - 5.11 2.94 - - - - - - - - - - -1.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.67 1.37 - 2.79 2.79 4.83 2.95 - - - 1.3 - - - - - - -0.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - -0.2 2.69 - - - - - 0.64 0.67 5.33 1.41 -0.84 - 0.29 -0.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.57 - - - -
- - - - - - - - - -2.0 0.13 2.51 -0.03 5.01 2.29 - - 0.42 - - - - - - 0.42 - - - - - 0.53 1.13 - -0.41 - - 0.87 -0.67 - - - - - - - - - - - - - -0.52 -0.72 - - -
- - - - - - - - - -0.25 - 2.52 3.08 5.31 - - - - -0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.37 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.24 5.63 0.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.32 - 2.91 - - - - - - 5.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.94 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 2.15 - -0.42 - - - 5.47 0.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - - -
- - - 1.27 - - - - - - - 1.89 - 5.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.69 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.69 - - 1.37 5.45 - - - - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.23 - - - - - - 1.45 - - - - - - - - - 0.93 - -
- - - - - - - - - - - - - 5.58 - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.74 2.78 5.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.86 3.81 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.07 - - - -1.84 - -1.05 - -2.59 0.38 2.96 0.73 4.76 2.89 - - - -2.96 - - - - - - -3.41 - - - - - - 0.02 - - - - - - - - - -1.25 - - - - - - - -0.13 - - - 1.61 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.14 - - - - - - - - 5.49 2.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.12 - - - - 2.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.8 2.08 - - - 4.67 - - - - 2.05 - 2.33 - - - - -3.45 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.9 -0.87 - -0.12 - -0.68 -0.66 -0.46 -0.17 -0.23 1.62 2.03 -0.22 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.02 - - - - - - - - - - - - - - - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.55 - - 2.79 5.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.02 - - 1.65 - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.09 5.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.56 - 4.17 - - - - 1.92 - - - - - - 0.39 - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.15 - 1.46 1.96 2.23 - 4.4 - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.2 - - 2.24 - - - - - - 1.98 - - - - - - - - - -
2.98 - - - - - - - - - - - - 5.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - - - - - - 1.9 2.06 - -
- - - - - - - 3.15 - 1.46 1.96 2.23 - 4.4 - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.2 - - 2.24 - - - - - - 1.98 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.92 - 5.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.45 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.31 - - - - - 0.17 - - - 5.46 - - - - - - - - - - - - - - 2.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.77 - - - - - - - - - - - 0.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.14 - - 2.25 0.98 - - - - 0.63 - 1.41 - 5.38 - - - - -0.49 - - - - - - -1.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.61 - - - - - - - - - - - - - - 2.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.4 - - - 5.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.37 1.59 - -1.26 0.37 - - -3.92 1.09 1.78 1.34 3.07 4.62 1.65 - - - 1.61 - - - - - - -3.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.29 0.66 - -3.1 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.22 - - - - 4.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.58 - - - - 3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.71 - - - - 1.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.0 1.89 - - - - - 0.19 - 1.87 - 0.23 2.28 4.7 -0.15 - - - -0.14 - - - - 1.97 - -2.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.13 1.18 - - -0.12 - 0.12 - - 0.1 -
- - - - - - - - - 1.08 - - - 5.45 - - - - 1.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 -
- - - - - - - - - 2.05 - - - 5.42 2.57 - - - 0.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.65 - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.09 - 4.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.37
- - - - - - - - - - - - - 5.46 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.15 3.78 - - - 2.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.99 - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.55 - - - - - 0.93 - - - 4.95 1.32 - - - 1.66 - - - - - - -0.75 - - - - - - - - - 1.68 - - - 1.16 - - - - - - - -1.32 -1.26 1.33 - - 1.22 - 1.57 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.47 5.65 - - - - - - - - - - - -2.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.44 - - - 5.57 - - - - 1.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.42 - - - - - - - 3.16 - 5.44 1.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.2 0.94 3.29 5.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.08 - - - 5.44 - - - - 1.79 - - - - - - -1.6 - - - - - - - - - - - 0.99 - - - - - - - - - - - - - 1.32 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.11 -2.25 1.91 - 1.15 2.22 5.05 0.77 - - - 0.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.93 - 2.1 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.77 - - - - 0.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.46 - - - - 5.31 3.62 - - - - - - - - - - 1.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.8 1.94 - - - - 0.25 - 1.97 1.91 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.55 - - - - - - - - - - - -1.05 - - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.74 - - - - 1.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.8 - - - -0.54 -2.55 -1.61 - 1.14 2.99 3.99 2.94 - - - - 0.9 1.37 - - 0.25 - -2.86 - 1.34 - 3.05 - - -0.71 - - - - - - - - - - - - - - -0.66 0.44 - - - - - -2.05 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.64 - - - - - - - - - 5.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.54 - - - 5.67 1.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.48 - - - 3.0 - 1.98 - - - 5.16 - - - - 0.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.04 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.43 - - - - - -1.22 -2.1 -4.6 -3.92 0.4 1.21 2.65 5.2 1.79 - - - -3.85 - - -1.32 - - - 1.03 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.44 -1.65 - -3.67 -0.93 -4.49 -0.7 - - - - - - -
- - - - - 2.91 - - - - - - - 5.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.74 -2.04 -2.07 -4.13 -2.35 - - - 2.38 2.65 2.55 4.86 2.92 - - - - - - - - - - -5.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.63 -1.82 -3.2 - - -4.85 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 1.52 5.41 3.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.14 - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.23 - - - - - - - - - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.01 - - - - - 1.59 - - - 5.19 - - - - 0.55 - - - - - - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.8 - - - - - - - - - 1.77 - 5.66 - - - - -2.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.67 - - - 4.99 - - - - 2.37 - - - - - - - - - - - - - - 2.59 - - - - - - - 2.57 - 2.48 - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.56 - - - - - - 3.24 - 4.14 - - - - - - 4.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.71 - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.52 - - - 5.71 - - - - 1.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 0.19 1.14 3.24 5.31 1.73 - - - - - - - - - - -2.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.11 - 2.26 - 5.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.01 - - - 1.76 2.09 -
- - - 2.26 - - - - - - - - - 5.65 - - - - 0.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.02 2.27 2.32 - - - -
- - - - - - - - - -0.31 - - 2.4 5.54 - - - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.21 - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.81 2.18 4.73 1.78 - - - 2.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.45
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.31 - - - 5.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.48 - - - - - -1.32 - 0.8 - 5.29 3.33 - - - -1.38 - - - - - - -2.8 - - - - - - - - -0.25 - - - - -0.72 - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.