Heatmap: Cluster_129 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
4.96 - - - - - - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - -
- - - - - - - - - - - - 3.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - 4.61 -
- - - - - - - - 2.29 0.73 - - - - - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.72 0.59 4.53 3.59 2.72 - - - -
4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 - - 3.59 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 - - - - - - - - 4.95 - - -
0.69 - - 1.6 - - - -0.1 - -1.54 - 0.14 1.13 - -0.47 - - - - - - - - - - - 2.93 - - - 1.06 -0.12 2.87 1.05 0.87 1.7 0.42 1.56 - 2.27 2.21 - -0.52 0.26 - - 1.94 - -2.27 - - - - - - 0.36
- - - - - - - - -2.09 2.09 0.32 1.47 1.15 - -0.82 - - - 2.38 - - - - - - -1.72 - - -1.1 - 0.97 1.59 -0.61 1.49 0.17 - 1.33 1.3 -2.13 2.21 3.01 1.78 - - - - - -2.49 -2.95 -0.21 - -2.63 -1.27 - 2.42 -0.31
- - - 3.9 - - - - - 1.89 - - - - - - - - - - - 3.45 - - - - - - - - - - 4.63 - - - - - - - - - - - - - - 0.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.66 - - - - - - - - - - - - - - - 1.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.33 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- 0.41 - -0.95 -1.86 - - -1.39 1.23 0.34 - - - - - - - - 0.14 0.09 - 0.69 - 0.5 - 0.43 -0.39 -0.5 - - - - - - - - - - -1.2 - - - - - - -0.35 0.7 - - 3.05 - - 3.51 4.21 -1.3 -1.34
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.74 - - - - - - - - -1.63 - - - - - - -5.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.35 3.49 - 0.14 1.18 2.94 2.39 1.9 3.23 3.18 0.44 -
- 1.74 - - - - - -4.23 -2.98 1.68 1.98 0.71 - - 0.11 - - - 2.46 0.61 - - - - - -0.25 - 0.83 -0.94 - 1.18 - - - - 1.26 - - 1.58 -0.92 0.63 0.95 - - - - - -0.41 -1.45 - 1.51 1.89 0.85 2.39 2.37 -0.08
- - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - 0.18 - 2.8 - 3.68 2.83 - 1.22
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.31 - - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - - - - - 4.3 -
- - - - - - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - - - - 3.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.38 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.76 3.98 3.06 - - - - - - 1.64 - 3.11 - - - - - 2.8 3.33 - - - - - - 0.53
- - - - - - - - -0.97 -0.31 - - 3.01 0.64 - - - - 0.74 -0.94 - - - - - -1.85 2.11 - - - -0.4 - - - - - - - - - - - - -1.92 - - 0.2 -3.56 -2.6 1.96 2.27 2.39 3.99 2.24 0.17 -2.56
- 5.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.55 2.85 - - - - - 5.21 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.94 - 4.29 - - 4.39 -
- - 1.22 2.22 - 1.42 - 0.3 -1.09 1.93 - - 1.4 1.46 - - - - 1.1 - - - 3.21 - - -0.44 - - - - 1.02 0.34 0.54 - - 2.09 - 1.21 - - - - - - 1.46 0.34 1.57 -2.36 -0.62 -0.21 0.21 0.09 - 0.1 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.64 - - - - - - 2.81 - - - - 3.5 - 4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.46 - - - - - - - - - - - - - - - 2.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.35 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - 5.06 - - 2.1 - - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - - - - - - - - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.76 - - -
- - - - - - - - - 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.32 - - - - 4.77 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.56 - - 3.16
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.72 -
- - - - - - - - - 3.36 - 3.88 - - - - - - 1.67 - - - - - - - - - - - - - 4.73 - - - - - - - - - - - - - - 0.37 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.15 - - - - - - - - - - - - - - - 2.69 - 4.45 - 3.16 - - 3.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 0.26 - 1.05 - - - 3.17 1.28 - 2.42 - - - -0.85 - - - - - 2.88 -0.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.98 - - - - 2.46 1.95 0.93 1.96 0.86 2.69 -
- - - - - - - - 1.06 2.88 - - - - - - - - 4.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - 1.82 1.88 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.77 3.5 3.74 1.72 - - - -0.53 2.73 - - - 1.78 - 2.79 - - - - 2.38 - - - 1.76 - - - - - - - - - - - - - -
2.74 - - - - - - - -3.2 - - 0.58 - - - - - - -1.83 - - - - - 0.67 -0.35 - - - - 1.89 1.28 1.89 - 1.61 -0.15 2.65 1.84 0.64 1.08 2.12 - - - - - 1.13 - -1.64 1.66 -3.72 0.97 1.33 - 1.54 -1.69
- - - - - - - 2.14 - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 4.2 -0.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.29 - - - - - - - - - 3.13 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - - - - 0.35 - - - 4.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.68 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.88 - - - - - - - 4.73 - -
- - - - - - - - - - - 3.04 - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.62 - - - - - - - - - - - - - - 3.86 - - 3.9 -
-0.21 - - 0.36 -0.01 - - -1.13 -0.84 - - - - - -1.33 - - - -2.58 0.41 1.88 -0.17 - - -0.29 -1.21 - 1.76 -0.37 - - - - - - - - - - - - - -0.71 - - -1.19 -0.03 -3.68 -0.12 1.46 1.98 1.38 2.39 4.24 1.74 -2.7
- - - - - - - - -0.94 0.9 - - 0.73 0.04 - - - - - - - - - 2.38 - -0.84 - - - - 0.78 - 3.9 2.94 2.25 -0.74 - 0.91 -1.5 -1.09 1.38 1.43 0.07 - - - 1.58 1.05 0.47 - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.92 - - - - - - - - 2.56 - - - - - - 1.58 - - - - 1.66 - 4.27 - 1.88 - 2.6 - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.66 - - - - - 4.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - -
- - - - - - - - - 2.74 - - - - - - - - 2.25 - - - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - 3.52 3.75 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 -
- - - - - - - 0.9 - 1.01 - - - - - - - - 2.11 - - - - 4.82 - -0.49 - - - - - 2.02 3.21 - - - - - - - 1.21 0.17 - - - - - -1.81 - - - - - 0.8 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - -
- - - - 1.14 1.07 - - - 0.38 - 2.15 2.14 - - - - - - - - - - - - -1.1 - - - - 0.98 2.24 3.45 - - 2.07 - 2.15 - - - - - - - - - - - 1.57 - 2.86 - 1.67 - 0.48
- - - - - - - - - - - 3.32 - - - - - - - - - - - - - 1.19 - - - - - - 5.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.83 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.76 4.85 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 -
- - - - - - - - 1.83 - - - - - 4.29 - - - - - - - - - - 0.69 - - - - - - 4.38 - - - - - - - - - - 3.4 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.54 - - - - - - - - - 4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.13 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 - 3.53 - 3.64 3.73 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.02 3.05 - 3.51 - - 3.08 - - - 1.29 - - - - - - - - - - - - - 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - 1.86 - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - - - - - - - - - - 3.08 - - - - 2.61 2.71 3.91 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 2.29 - - - - - - - - 3.74 - - -0.64 3.73 1.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.55 - - 2.73 3.36 -
- 2.92 - - - - - - - - - 2.19 - - - - - - - - - - 3.07 - - 0.68 - - - - 1.33 - 2.52 - 2.57 - - - - - - - - - - - - -0.7 - - 1.92 - 1.89 1.78 3.03 -
- - - - - - - - -1.03 2.54 - - - - - - - - 0.02 - - - - - - -0.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.65 - 2.29 2.05 3.79 3.65 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.72 - - - - - - - - 3.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.92 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - 1.64 - - - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.41 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - 3.35 5.07 - -
- - - - - - - - - 3.15 - - - - - - - - 2.46 - - - - - - - - - - - - - 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.71 2.66 - - - - - - - - 2.01 - - - - - - -0.3 - - - - 1.66 - 3.1 0.91 1.37 2.46 - 3.15 2.36 1.94 - 1.02 0.31 0.92 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.74 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.28 - - - - 2.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.53 3.48 3.64 3.69 -
- - - - - - - 4.4 1.07 - - - - - - - - - -0.27 - 3.35 1.71 - - - 0.77 1.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85 2.1 2.47 - - - - - - -
- - - - - - - - -0.55 1.09 - - - - - - - - - - - - - - - 2.63 - - - - - - - - - - 2.49 - 2.94 - - - - - - - - - - 4.17 - - - - 3.74 1.2
- - - - - - - - - 1.9 2.02 3.7 - 0.74 2.55 - - - -0.08 - - - - - - -4.31 - - - - -0.06 - - - 0.96 - - - - - - 1.08 - - - - - - -1.48 - 1.15 1.16 1.17 2.9 2.83 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - 2.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.05 4.06 - - - - - - -
- - - - - - - - - -0.25 - 2.07 - - 0.1 - - - -0.08 - - - - - - -0.62 - - - - 1.64 - 2.81 1.5 1.6 2.04 0.8 0.49 0.72 2.14 2.34 1.73 -0.1 1.88 - 0.46 - - - - 0.16 0.29 0.01 0.31 - -
- - - - - - - - - 2.93 - - - - 4.22 - - - 2.79 - - - - - - - - - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.1 -5.59 - - - - - - - - 1.52 - - - - - - 1.51 1.1 -13.86 - 2.39 -0.43 -1.68 - 1.04 1.62 - -1.03 -0.0 1.31 1.07 - 0.4 - - 3.46 - -2.19 2.52 2.07 -1.54 - - - 2.14 -1.55 -0.06
- - - - - - - - - - - - - - - 2.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.45 - 3.46 2.22 4.37 3.05 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.8 - - - - - - - - - 4.54 - - - - - 2.28 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.61 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - 5.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 5.52 - -
- - 3.76 - 1.91 - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - 2.69 - - - -0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.71 - 3.59 2.78 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.7 -
-14.94 -15.31 - -14.59 - - -10.29 - -15.42 1.13 - - -15.64 - -22.01 -17.92 - - 1.06 - - -13.44 - - - -3.76 - - - - -16.01 -15.44 -15.33 -22.38 -18.9 -17.74 -17.47 -18.66 -13.57 -18.32 2.78 -23.06 - -21.56 - - - - -14.64 4.79 -14.99 -16.51 -12.55 4.09 -13.56 -14.37
- - - - - - - - -1.91 -0.23 - 1.43 - - - - - - -0.91 - - 0.35 - - 2.2 -0.01 - 1.25 - - 1.02 - 2.35 - 2.34 - 1.27 1.9 - 0.64 2.33 - 1.18 - - - - -1.19 - - 1.68 1.8 0.35 0.04 2.31 -0.22
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.62 - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - - - 1.46 - - - - - - 4.46 - - - - 4.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - -
- - - - - - - - - 1.74 2.04 - - - - - - - 2.64 - - - - - - 0.17 - - - - 1.2 - - - - - 2.19 - - 3.33 2.49 - - - - - - - - - 2.14 - - - 3.83 -
- - - 3.67 - - - - - 2.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.24 3.29 - - 3.01 - - - - - - - - - - - - 0.55 - 3.07 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.19 4.28 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.