Heatmap: Cluster_17 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - 3.44 - - 3.57 - - - - - 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.87 - - - - -3.04 4.21 - 0.65 - - - - - - 4.69 - 1.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.17 - 1.21 - 0.47 - - 0.45 -
-5.3 -3.01 -4.81 -5.02 -2.91 -2.48 - -2.93 -2.67 3.54 3.27 -5.83 -9.84 -7.21 -5.96 -7.24 - -6.05 4.24 -3.91 -2.43 -3.17 -3.16 -3.77 -3.16 -2.31 -3.24 -2.84 -2.25 -4.07 -1.94 -0.53 -2.19 -2.36 -0.6 -0.38 -2.0 -0.92 -1.42 1.24 -2.25 2.0 -5.75 0.49 -1.12 -2.4 -2.63 -6.02 -5.86 -2.76 -3.79 -3.97 -3.93 -2.9 -2.99 -2.86
- - - 1.99 1.0 - - - - 3.39 - 2.82 - - 0.43 1.34 - - 4.31 - - - - 2.53 - - - - - - - - - - - - - - - 0.27 - 0.94 - - - - - - - - - - - - - -
-0.21 1.31 - - 0.08 - - 0.82 -3.83 3.06 -2.08 -0.93 - 1.41 - - - - 4.13 - -0.11 0.2 - 1.71 -0.28 -0.87 - 1.77 0.52 - -2.36 - -1.19 - - -1.27 - -1.38 - -0.82 - - - -0.91 -1.19 0.23 0.74 -4.33 -3.81 -2.07 -4.67 - - -0.21 -0.42 0.18
-5.3 -3.01 -4.81 -5.02 -2.91 -2.48 - -2.93 -2.67 3.54 3.27 -5.83 -9.84 -7.21 -5.96 -7.24 - -6.05 4.24 -3.91 -2.43 -3.17 -3.16 -3.77 -3.16 -2.31 -3.24 -2.84 -2.25 -4.07 -1.94 -0.53 -2.19 -2.36 -0.6 -0.38 -2.0 -0.92 -1.42 1.24 -2.25 2.0 -5.75 0.49 -1.12 -2.4 -2.63 -6.02 -5.86 -2.76 -3.79 -3.97 -3.93 -2.9 -2.99 -2.86
- - - - - - - - - 4.52 - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.22
-6.16 -4.95 -2.2 -2.28 -1.52 -1.53 -2.06 -5.05 -7.26 4.58 -6.63 -4.86 -5.83 -5.71 -4.83 -2.6 1.14 -2.54 4.33 -5.64 -5.35 -5.92 -5.25 -5.02 -6.04 -3.87 -6.12 -5.73 -5.93 -5.44 -1.98 -0.32 -2.22 -2.67 -1.63 -1.04 -1.87 -2.82 -1.83 -0.49 -2.44 0.48 -8.3 -7.42 -7.48 -5.69 -5.14 -9.25 -10.04 -2.86 -3.53 -3.31 -3.9 -3.66 -2.73 0.83
- - - - - - - -1.02 -1.75 4.36 - - - - - - - - 4.58 - -0.96 -1.48 - -2.36 -2.28 -3.8 - - -2.27 -1.4 -1.35 -1.69 -0.3 -0.5 -0.93 -2.15 -1.25 -1.02 - 0.14 -3.36 -2.22 - - -3.3 -1.35 -0.72 -1.98 -0.74 -3.45 -1.67 -0.72 -3.56 -2.98 -1.6 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.36 2.35 - - - - - -0.75 - - 3.01 1.11 1.88 1.31 - 2.61 1.39 0.06 - -0.55 0.31 0.41 -2.54 - -2.47 -1.32 -1.35 -2.59 -2.68 -1.7 -0.29 -2.15 0.22 - - - 2.49 1.2 2.35 -0.49 1.12 - - - -2.46 - -1.38 -3.91
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.33 -1.11 - - - -0.37 - - -7.69 3.73 - - -4.1 - - - - - 3.1 - -3.23 0.45 - -3.35 - -0.63 - - - - 0.15 0.58 0.63 0.54 0.84 0.36 0.69 1.23 0.75 1.72 1.5 0.9 -4.65 -4.04 -4.31 -0.04 -1.54 -0.98 -0.97 0.02 -1.0 0.11 -1.39 -0.71 1.06 -5.73
-1.68 -1.35 - -9.3 - - - -2.55 -0.97 3.05 - - -8.6 - -6.38 - - - 3.0 -5.83 -0.81 -1.66 -1.94 -3.01 -8.9 -2.16 - -7.26 -7.39 -7.88 0.41 0.2 0.23 0.85 0.14 0.24 0.41 1.18 0.47 1.2 0.89 -0.0 -1.11 -2.71 -0.77 0.18 -0.53 -0.97 -1.6 1.03 0.03 1.2 0.65 1.47 2.39 -3.05
- - - - - - - - - 4.56 - 4.28 - - - - - - 3.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.61 - - - - - - - -0.86 3.67 - - - - - - - - 2.47 0.19 -1.52 -2.45 -0.52 1.37 0.31 -3.98 0.06 0.69 -0.76 0.85 - 0.04 -0.91 -2.21 -2.42 -1.16 - -2.78 0.12 0.07 -1.0 -2.63 1.57 1.86 2.37 -0.38 0.89 0.05 0.09 - -0.24 -0.92 -0.68 0.04 -2.43 -3.17
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.55 - - - - - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.69 - - - - - - - - - - 4.11 - 3.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.29 - - - - 4.36 - 4.27 - - - - - - 2.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.35 4.22 - - - 3.19 - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.29 3.04 - - - - - - 2.12 - - - -
- - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.07 3.61 - - -0.17 - 4.13 - - - 4.23 2.18 - - - - - -0.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.09 - - - - - - - - 5.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -4.86 3.87 - - - - - - - - 4.04 - - - - - - -4.65 - - - - -2.71 0.04 -0.51 -0.39 - 2.53 0.44 0.43 -0.38 3.37 -1.23 -0.6 -2.74 -7.64 - - - - - -1.98 -1.61 - - -1.57 -1.53 -8.46
- - - - 4.47 - - - - 3.78 - - - - - - - - 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.13 - 3.19 - 3.09 1.78 - - - 3.61 - - - - - - -1.41 - - - - - - - - - - - - - - - 2.29 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.7 - - 4.5 - 4.08 - - - 3.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.69 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.98 - - - - - - - - 4.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.31 - - - - - - - - 5.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.06 - - - - - 4.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.88 - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - - - 5.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -3.58 0.29 3.86 - -2.04 -4.53 - - - - - 4.09 - -3.57 - -1.25 - - -3.4 - - - - -9.26 - - - -4.48 -2.84 -5.13 - - - - - -6.57 - - -1.56 - -4.96 -4.85 3.41 -2.11 -4.69 2.18 2.62 - -4.11
-1.11 1.59 -2.0 - -1.63 - - 0.34 -0.01 2.61 - -0.49 -0.83 - - - - 1.27 1.72 -0.31 0.99 -1.06 -0.43 1.46 0.4 -0.83 -1.02 1.57 0.74 1.16 -0.02 0.55 0.52 -0.07 -0.66 0.67 0.25 -1.7 -2.91 -2.22 -1.88 0.3 0.69 0.12 -0.76 0.41 0.08 -3.08 -2.07 -1.23 -2.93 -1.02 - -2.02 -1.93 1.36
- - - - - - - - - 4.97 - - - - - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.56 - - - - - - 3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.47 - - - -3.58 - - 1.02 4.54 - -4.09 - - - - - - 4.87 - -1.68 -4.32 - -3.38 - -7.6 - - - - -3.5 -4.26 -3.17 - - -26.04 - -4.84 -4.97 -4.06 - - - - - -3.13 - -3.4 -4.7 -6.53 - - - - - -5.94
- - - - - - - - - 4.39 - - - - - - - - 4.19 - - - - - - -1.12 - - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.33 - - - -4.73 -1.04 -1.51 0.85 3.91 - - - - -5.09 1.79 - - 3.78 - -0.83 - -1.24 - - -5.06 - - - - -5.93 - - -3.83 - - -4.07 - -4.64 -4.54 - - -2.84 -0.17 - -1.94 - -3.19 -3.68 2.41 -1.6 -0.53 1.22 3.0 -0.26 -6.45
- - - - - - - - - 5.11 - - - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.53 - -3.53 - - 0.83 - 1.2 4.55 - -1.7 - -2.55 -2.98 -1.51 - 0.2 4.25 -2.48 -0.55 - - - - - - - - - -1.26 - -1.26 -2.62 -2.67 - -1.51 -2.24 -2.27 -1.93 -0.99 -3.49 -3.86 - - 0.26 -4.93 -2.92 -2.89 - -2.9 -3.59 -6.18 -5.02 -3.93 -1.26
- - - - - - - - - 4.72 - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.98 - - - - - - - - 4.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.19 0.08 - - -1.38 0.69 - 0.7 -5.21 0.21 - 1.78 3.54 -2.16 -1.93 - - -0.89 1.82 1.05 0.29 1.23 -0.71 0.17 1.7 -4.15 3.45 - - - -2.97 - - - - - - - - - - - - - - 0.82 1.96 -3.28 - 0.08 - - - - -1.68 -0.95
- - - - - - - 3.09 -1.31 - - - 3.97 - 2.8 - - - - - - - - - - -0.19 - - - - - - - - - - 2.76 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - 2.01 - -
- 0.1 - - - - -0.51 - 1.65 4.41 - - - - - - - - 4.76 - -2.5 -3.51 - - - -2.87 - - - - - - - - - -3.73 -3.74 -3.86 - -2.23 -3.16 -3.21 -4.67 -4.12 - -1.47 -2.41 -1.86 -0.44 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.92 - - - - - - - - 4.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.02 - - - - 4.02 - 3.41 - - - - - - 3.61 - - - - - - -0.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.6 -1.71 - - - - - -2.51 -4.85 2.52 - - - - - - - - 3.38 - 0.08 1.04 1.3 -1.62 - 0.88 - - - - 0.36 -1.59 -0.91 0.93 -0.74 0.2 -0.05 0.37 1.05 0.87 0.61 -0.16 -2.26 0.27 1.12 1.85 1.75 0.08 0.07 -1.74 -1.49 0.04 - -0.03 0.12 -3.08
-1.55 -3.27 -3.91 -0.48 -5.94 -6.78 -7.59 -0.48 0.35 3.39 -3.79 -1.41 -0.47 1.0 -0.49 -6.26 -9.89 -9.64 3.36 -4.96 -0.41 -0.74 -2.95 -4.06 -5.08 -1.34 -6.41 -6.27 -6.35 -7.35 -0.58 -0.62 -0.51 -0.16 -0.73 -0.46 -0.15 -0.28 -0.14 0.31 -0.38 -1.19 -1.64 -3.23 -1.99 -2.15 -0.76 0.32 -0.24 -0.2 0.33 1.54 -0.66 0.57 2.38 -0.35
- - - - - - - - -0.55 4.45 - - - - - - - - 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.57 - - - - -
2.64 1.1 -4.38 -1.61 -4.29 -4.71 0.35 -0.27 -1.5 3.87 - - - - -2.63 - - - 3.53 -4.45 1.19 1.9 - - - 0.25 - - -4.64 - -3.23 -4.39 -2.58 -4.27 -4.63 -4.04 -4.42 -4.05 -3.34 -5.1 -3.88 -3.78 -0.91 -1.66 -5.45 2.35 1.86 -2.01 -1.78 - -5.56 -5.43 - - -3.79 -
- - - 3.71 - - - - -0.73 - - - 4.37 - 2.39 3.28 - - 2.63 - - - - - - -1.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.36 - - - - - 4.09 - - - - 2.72 - - - 3.74 - - - - - - -2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.88 - - - 0.17 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.14 - - - - - - - - 4.29 - - - - -
- 3.63 - - - - - - -0.37 4.28 - 1.43 - - 0.98 - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.32 - - - - - - - 0.62
- - - - - - - - - 4.14 - - 3.99 1.37 - - - - 3.95 - - - - - - -0.15 - - - - - - - - - - - - - - - 1.83 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - 1.59 3.79 - - - - - - - 2.49 3.74 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.57 5.06 - - - - 2.18 - - - 3.79 - - - - - - 0.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.19 0.96 -0.08 -0.59 -2.09 -3.0 0.8 0.78 1.35 3.59 0.18 0.87 3.27 0.99 -0.5 - - - 3.69 - 0.82 - -1.5 - -1.68 -3.91 -3.1 -0.63 -1.34 - -5.28 - - - - - - - - - - - -0.97 -3.91 - -1.3 - -1.7 -2.01 - - -3.13 - - -2.49 -2.45
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.62 -0.91 -1.56 -1.26 -4.05 - - 1.49 1.21 -1.98 -1.69 0.93 0.62 0.93 0.99 - - - 3.27 -3.62 2.32 0.87 2.33 - - 2.54 - -2.69 - -2.73 -1.6 -0.58 -1.0 - -1.2 -2.15 -1.37 -1.8 -3.47 -3.95 -2.14 -1.78 0.99 -0.02 -1.06 -1.16 -0.47 0.07 0.27 - - - - - -2.49 -1.81
-10.33 - - - - - - - -14.56 4.7 - -11.06 -6.89 -6.79 - - - - 4.91 -10.48 - -10.25 - - -9.41 -10.23 - -10.36 - - -11.14 -7.45 - - -8.51 -9.6 -10.11 -9.15 -10.09 -7.49 -10.29 -6.94 -12.41 -12.28 - - - - -13.78 -10.55 - -11.21 - -9.41 -11.2 -11.86
- -0.56 - - - - - - -3.93 4.8 - - - - - - - - 4.68 - - - - - - - - - - - -4.93 - - - - -2.68 - - - - -3.66 - - -2.72 - - - - - - - - - - - 0.46
- - - - - - - - -3.16 4.31 - - - - - - - - 4.38 1.1 - - - - - -3.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 1.24 0.27 -0.05 - - - - 2.62 0.19 -
-0.41 - - - - - - - - 3.7 - -1.14 - -1.82 - - - - 5.23 - - - - - - -4.51 - - - - - - - -1.0 -1.22 -1.47 -0.34 -1.67 -1.13 - - - - - - - - - -4.0 - - - - - - 0.15
- 2.32 - - - - - - 1.11 3.16 - - 2.3 - - - - - 2.89 - 2.53 - - - 1.35 -0.69 - - - - 1.53 - - 2.42 - - 0.8 0.26 1.26 - - - -0.65 - - - - - - - 0.6 0.55 - - 0.56 -
-1.94 - - - - - - - 1.29 3.73 - - - - - - - - 3.83 - -0.84 - - - - -2.77 - - - - -4.09 -1.87 -2.88 -2.84 -3.08 -2.7 -2.87 -1.53 - -2.57 - -1.68 0.54 -1.65 0.68 -1.71 - 0.98 -0.07 0.98 0.65 1.55 0.57 1.87 2.3 -3.51
- -0.27 - - 1.99 - - - -3.45 3.78 1.07 - - 0.04 - - - - 4.13 - - - - - - 0.92 1.52 -0.18 - - 0.45 -0.09 - -0.75 -0.97 - -1.08 -0.29 - - -0.18 - - - -1.11 - 0.03 -3.68 - - -1.11 -0.1 -0.3 0.36 -0.98 -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.