Heatmap: Cluster_59 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - 3.9 3.93 - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.02 3.53 - 5.31 - - - - - - - - - - - - - -1.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.27 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.57 - - 3.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.39 3.42 2.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.11 - - - - - - 3.45 - - - - - - - - - 3.11 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.25 5.29 - 2.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.68 - - - - - 0.69 - 2.84 - - - - - - 1.76 - - - - - - -1.86 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.37 3.13 3.18 - - - - - - - 1.35 - - -
- - - - - - - - -1.64 2.76 - - 4.82 - 3.95 - - - 0.39 - - - - - - -0.95 - - - - - - 1.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.62 - - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.35 - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.04
- - - - - - - 2.2 -0.54 1.57 3.14 4.45 3.31 - 1.96 - - - - - - - - - - -0.06 - - - - - - - - - - - - - - - -1.3 - - - - - - 0.88 - - - - - - -
- - - - 0.6 0.29 - - - 3.15 - - 4.96 - 1.84 - - - 2.62 - - - - - - 0.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.06 - - -
- - - 0.85 - - - - - - - 4.6 3.05 - 1.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.65 2.12 - - - - - 0.8 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.9 3.93 - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.36 - - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.38 2.79 1.16 - - - - - - - - - - - -0.78 - - - - - 3.27 - 2.0 1.46 - - 2.38 2.86 - - - 0.42 - - - - - - - - - - 1.28 1.68 -
- - - - - - - - - - - 4.85 3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 - - - -
- - - - - - - - 0.92 2.5 - 5.11 - - 2.28 - - - - - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.48 - - - - - - - 4.05 4.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.27 - - 4.68 - - - - - 2.82 - - - - - - 1.57 - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - - - - - - - 2.74 - - - -
- - - - - - - - - - - 4.92 1.06 4.06 2.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.85 4.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.06 - 2.87 4.39 - - - - - - - - - - - - 0.59 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 - - - - - - - - - - 3.66 - -
- - - - - - - - - - - - 4.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.67 - -
- - - - - - - - - 1.69 - 3.47 2.92 2.24 - - - - 2.99 - - - - - - - - - - - 0.43 - - - - - - - 1.44 1.97 - 2.59 - - - - 2.79 - -1.02 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.14 - - 3.74 - - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.29 3.56 - - - - - - - - 4.39 - - - - 2.23 - - - - - - - - - - 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.3 - 3.26 - - - - - - 3.65 - 3.23 - - - 2.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.69 - - - - - - 4.72 3.65 - - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.56 - - 3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.47 - - 0.84 - - - - 1.67 - 1.88 4.65 - 2.45 - - - 1.31 - - - - - - -0.03 - - - - - - 1.64 - - - - - - - - - - - - 1.81 - - - - - - - - - 0.14
- - - - - - - - - - - - 5.66 - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -5.17 3.02 3.26 3.3 - - - - - - - - - - 4.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.56 - - 5.34 - 2.37 - - - - 0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.16 - - 2.76 - - - - -
0.76 - - - - 1.27 - - -3.3 -0.72 - 2.82 4.67 0.93 2.21 - - - 1.83 - - 0.84 - - - -5.65 - - - - - - - - 0.94 - - - - - - - - - - 1.99 - -1.48 - - - - - - - -0.73
- - - - - - - - -0.56 - - 5.34 - 2.37 - - - - 0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.16 - - 2.76 - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.66 - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.34 3.58 - - 4.89 - 2.9 - - - 1.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.53 - - - - - - -
- - - 4.64 - - - - - - - - 3.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - - - - - - - - 3.38 -
- - - - - - - - - - - 3.4 3.45 3.69 - - - - 1.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.15 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.35 - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.81 - - 3.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.68 2.18
- - - - - - - - -0.45 3.7 - - 3.94 - - - - - 2.98 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.49 - - -
- - - - - - - - - - - 4.61 2.6 - 2.8 - - - -0.04 - - - - - - -0.19 - - - - 0.17 1.43 - 1.43 - - - - - - - - 1.01 - - - - - - - - 1.45 1.41 - 1.46 -
- - - - - - - - - - - 4.54 - - - 5.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.12 - 3.27 3.87 2.54 3.86 - - - 0.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.97 - - - - - - - - - - - - - - 0.59
- 3.24 - - - - - - - - - 2.65 4.64 - - - - - 1.98 - - - - - - -1.09 - - - - - - - - - - - - - 2.71 - - - - - - - - - - - - 2.13 - - -
- - - - - - - - - - - 4.85 4.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.06 - - - - - - - 0.67 - 4.04 - - 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.58 - - - - - - - - 1.09 - - 2.19 - - - - - - - 1.94 - 2.31
- - - - - - - - - - - 4.1 1.73 1.82 2.26 - 3.4 - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.26 - - - - - - - - - 1.27 - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.42 3.45 2.71 - - - - - - - 1.63 - - - 1.19 - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - - - - - - - - - - - - 3.71 - -
- - - - - - - - - 2.67 - - 4.8 - 3.4 - - - - - - - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.69 - 3.29 - - - - - - - - - - - - - - 4.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.44 - 3.33 4.3 2.68 3.91 - - - 1.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.83 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.71 4.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - 3.46 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.8 - - - - - - - - - - - - - -1.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.63 3.57 - - - - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.68 4.63 - - - - - 2.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.36 - - - - - 2.71 - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.6 3.87 3.82 - - - - - - - - - - - - 0.5 - - - - - - - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.09 - 3.8 2.54 4.23 2.88 2.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.94 - - - - - 0.68 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.22 5.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.18 4.1 - - - - - 3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 - -
- - - - - - - - - 0.86 - 2.61 5.24 2.97 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.4 - - 3.32 - - - - - - 1.32 3.29 3.29 - 1.29 - - - - - 2.5 2.44 - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.42 - -1.07 -1.2 - - - - - - -
- - - 1.47 - - - - - 4.07 2.36 - 4.17 - 2.21 - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.02 - - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.15 - 4.88 3.91 - - - - - 2.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.45 4.42 - 3.05 - - - - - - - - - - -1.37 - - - - - - - - 2.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.87 4.96 - - - - - 3.12 - - - - - - 0.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.06 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.33 - - - - - - - - - - - - - -0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.72 - 3.02 - - - -
- - - - - - - - - 2.32 - - 5.07 - - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.94 4.87 - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.83 - - - - -1.47 - 1.64 - 4.33 - - - - - - - - - - - - -1.8 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.61 - - 1.95 2.9 -0.75 - - - - - 1.49 - -
- - - - - - - - - - - 5.42 - - 3.43 - - - - - - - - - - 1.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.14 5.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.6 - - - - - - - -
- - - 4.1 - - - - - - 2.1 2.42 4.08 - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.94 - - - - - - - - 5.12 - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.04 - - - - - - - - - 4.41 3.37 - 3.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.13 - - - - - - - 2.02 3.3 3.29 2.57 - - - - 2.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.3 - - - - - - - - - - - - 2.08 - - 2.15 -
- - - - - - - 1.7 - 1.05 2.49 4.37 2.86 2.15 2.96 - - - 1.9 - - - - - - -0.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.99 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - 3.81 - - - -
- - - - - - - - - 2.8 - 4.58 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.75 4.01 4.02 - - - - - - - - - - - - -0.24 - - - - - - - - - 2.99 2.82 - - - - - - - - - - 0.28 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.83 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -1.05 - 5.37 - - 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.16 - 4.51 - 2.21 4.53 - - - - - - - - - - 1.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.71 1.42 3.46 1.81 2.55 3.63 - - - - - - - - - - -2.34 - - - - - - 2.22 - - 1.04 - - - - 1.61 - - - - - - - - 1.86 - 1.24 - 1.08 - -0.26
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.83 2.41 - 5.22 - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.85 - - - - - - - 2.73 4.34 - 2.3 - - - - - - - - - - - - - - - 1.51 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - 2.56 -
- - - - - - - - - - - 5.0 4.05 - - - - - 2.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.18 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.24 5.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.08 - - 3.64 4.67 2.98 3.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.05 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.19 5.17 - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.95 - 5.25 3.71 - - - - - - - - - - - - -0.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.78 - - - - - - - - 3.41 - - - - 4.0 - - - 3.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.75 - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.