Heatmap: Cluster_70 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Roots
Roots (Meristematic zone)
Roots (Differentiation zone)
Roots (Elongation zone)
Hypocotyl
Leaves
Meristem (Vegetative)
Apical Meristem
Floral Buds
Flowers
Ovary wall/pericarp (0-1 DPA)
Ovary wall/pericarp (2 & 5 DPA)
Ovule (0-1 DPA)
Ovule (2 & 5 DPA)
Style (1d before flowering)
Style (1d after flowering)
Style+pollen (1d after flowering)
Pollen (Germinated)
Pollen (Mature/Ungerminated)
Fruits (Breaker stage)
Fruits (Mature green)
Pericarp/Exocarp (4d Post Anthesis)
Pericarp (5d Post Anthesis)
Pericarp (7d Post Anthesis)
Pericarp (10d Post Anthesis)
Pericarp
Seeds (5d Post Anthesis)
Seeds (7d Post Anthesis)
Seeds (10d Post Anthesis)
Septum/Seed (4d Post Anthesis)
Septum (7d Post Anthesis)
Septum (10d Post Anthesis)
Seedling (Leaves)
Seedling (Roots)
Solyc00g005460.2.1 (Solyc00g005460.2)
- 2.78 - - - - - - - - 1.86 - - - - - - - - 3.46 - - - - - - - 0.92 - 2.47 - 2.32 - -
Solyc00g005900.2.1 (Solyc00g005900.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - -
Solyc00g013133.1.1 (Solyc00g013133.1)
- - - - 3.45 0.68 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 0.68 1.27 - 1.94 - 1.65 - - - - -
Solyc00g030215.1.1 (Solyc00g030215.1)
- - - - - 0.23 - 2.99 - - 1.54 - 3.96 1.68 - - - - - - - - - - - 1.68 - - - - - - - -
Solyc00g033990.2.1 (Solyc00g033990.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc00g044755.1.1 (Solyc00g044755.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc00g074210.2.1 (Solyc00g074210.2)
- - - - - - - - - 0.4 - - - - 1.98 3.62 3.76 - - - - -0.62 - - -0.85 - - -0.35 - -0.25 - - - -
Solyc00g173430.2.1 (Solyc00g173430.2)
- - - - - - - - 3.94 - - - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - - - - 2.97 - -
Solyc00g254110.1.1 (Solyc00g254110.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - -
Solyc01g013915.1.1 (Solyc01g013915.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - -
Solyc01g013990.1.1 (Solyc01g013990.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - -
Solyc01g020470.2.1 (Solyc01g020470.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc01g057585.1.1 (Solyc01g057585.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - -
Solyc01g058220.2.1 (Solyc01g058220.2)
- - 1.75 - 1.02 -0.37 - 2.0 - - - - - - - - - - 0.29 4.34 - - - -0.17 - - - -0.99 - - - - - 0.01
Solyc01g065760.1.1 (Solyc01g065760.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - - - -
Solyc01g067140.2.1 (Solyc01g067140.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.55 0.6 - - 1.83 2.23 - - - 3.64 -
Solyc01g106550.1.1 (Solyc01g106550.1)
- - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc02g005187.1.1 (Solyc02g005187.1)
0.52 -4.7 -4.83 - - -4.87 - - 1.01 - - - - - - - - - - 1.19 - 2.48 - 0.7 1.02 - - 0.73 0.66 2.38 2.22 2.55 - -
Solyc02g011700.1.1 (Solyc02g011700.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09
Solyc02g030560.1.1 (Solyc02g030560.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - -
Solyc02g044020.2.1 (Solyc02g044020.2)
- - - - - 0.58 1.2 1.73 3.74 - - - - - - - 0.59 - - - - - - 1.6 -0.14 - - 1.14 - - 2.24 - 0.22 -
Solyc02g062965.1.1 (Solyc02g062965.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 2.7 - - - - - 2.46 3.22 - - - - -
Solyc02g071470.3.1 (Solyc02g071470.3)
- - - - - -1.96 - - - 3.93 - - - - - - - 2.52 2.62 - - - - - - - - - - - - - - 2.72
Solyc02g079660.2.1 (Solyc02g079660.2)
1.67 - - - - -1.21 - 0.2 1.35 1.11 - - -0.04 - - - - 0.34 - -0.4 - - -0.65 - 0.33 3.86 - -0.23 -1.47 - - - - 1.97
Solyc03g007450.1.1 (Solyc03g007450.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - -
Solyc03g044525.1.1 (Solyc03g044525.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.52 2.22 - - 1.31 - - - 4.4 - -
Solyc03g058900.2.1 (Solyc03g058900.2)
- - - - -1.33 -2.33 - - 2.27 0.86 - - - - - - - - -2.0 -1.24 - 1.53 - - - 4.29 - -0.29 0.19 -0.37 - - -1.97 -0.68
Solyc03g063770.2.1 (Solyc03g063770.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc03g078407.1.1 (Solyc03g078407.1)
0.73 1.75 - - - 1.68 - 1.56 - - - - - - - - - - - 0.55 - - - 0.57 -0.94 3.97 - -0.15 0.97 - - - - -0.2
Solyc03g096197.1.1 (Solyc03g096197.1)
- - - - - 3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - - - - - - - - - -
Solyc03g112500.3.1 (Solyc03g112500.3)
- - - - 4.55 0.8 -3.81 0.76 0.65 - - - - - - - - - - - 0.93 - - 1.01 -0.4 -0.97 - - - - - - - -1.79
Solyc03g116220.1.1 (Solyc03g116220.1)
- - - - - - - - 2.02 - - - - - - - - - - 3.74 - - - - - 1.97 - -0.33 0.34 2.72 - 2.0 - -
Solyc04g005840.1.1 (Solyc04g005840.1)
- - 3.34 - - 1.39 - - - - 2.1 - - - - 2.99 - - - - 2.0 - - - - - - - 0.14 - - 1.96 - -
Solyc04g077357.1.1 (Solyc04g077357.1)
- - - - - 2.25 2.32 - 1.95 - - - - - - - 1.58 - - 2.41 - - - - - - - - - - - - - 3.59
Solyc04g078565.1.1 (Solyc04g078565.1)
- - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc05g007330.2.1 (Solyc05g007330.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc05g014045.1.1 (Solyc05g014045.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - -
Solyc05g024000.1.1 (Solyc05g024000.1)
- - - - - 0.13 -0.28 - 1.85 - -1.53 - -1.52 -0.56 0.31 0.18 -0.63 - -0.97 - - 2.08 - -1.39 0.05 3.61 - -0.29 -2.24 1.1 0.91 -0.57 - -
Solyc05g042077.1.1 (Solyc05g042077.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc05g043300.1.1 (Solyc05g043300.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.2 - 5.07 - - - - - - - -
Solyc05g044540.2.1 (Solyc05g044540.2)
- - - - - -3.37 - - 1.23 - - - - -2.8 - - - - -3.49 -2.28 - -2.4 -1.93 -1.89 4.04 - -1.52 3.56 -1.16 -0.64 -1.02 -2.37 - -
Solyc06g011630.1.1 (Solyc06g011630.1)
- 3.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.89 - 3.28 - - 2.4 - - - - - - - - -
Solyc06g035910.1.1 (Solyc06g035910.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.67 3.73 - - - 2.04 - - 1.98 - - - - - -
Solyc06g036225.1.1 (Solyc06g036225.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - -
Solyc06g036233.1.1 (Solyc06g036233.1)
- - - - - -1.39 -1.82 - -0.8 - -2.0 - 1.74 -1.94 - - - - - 1.3 3.15 - - - - 4.0 - -2.01 -2.34 - - -1.3 - -0.46
Solyc06g048737.1.1 (Solyc06g048737.1)
- - - - - 2.21 - - - 4.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc06g050303.1.1 (Solyc06g050303.1)
- - - - - 1.19 2.48 - - - - - - - - - - - - - - 2.16 - - 3.39 - - - 0.76 - 1.84 2.56 - -
Solyc06g050455.1.1 (Solyc06g050455.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - -
Solyc06g072470.3.1 (Solyc06g072470.3)
- - - - 3.3 - - - - - 4.08 2.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc07g005583.1.1 (Solyc07g005583.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc07g018387.1.1 (Solyc07g018387.1)
- - - - - 3.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - -
Solyc07g025385.1.1 (Solyc07g025385.1)
0.55 - - - 2.04 -0.27 - 0.45 - 2.03 - -1.18 - -0.95 2.39 2.42 0.03 - - - - - - - - 3.26 - - - - - - - -
Solyc07g039557.1.1 (Solyc07g039557.1)
- - - - 3.42 3.2 - - - - - - - - - - - 3.09 - - - - - - - - - - 2.48 - - - - -
Solyc07g048020.2.1 (Solyc07g048020.2)
- - - - - - 0.44 - - - - 0.73 2.86 2.13 - - 0.74 1.22 - -0.1 - - - - - 3.64 - - 0.94 - - - - -
Solyc07g049787.1.1 (Solyc07g049787.1)
- - - - - - - - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - 3.49 - - - - - -
Solyc07g051990.2.1 (Solyc07g051990.2)
- - - - - 2.51 - - - - 2.11 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.82 3.42 2.79 2.18 - - -
Solyc07g052000.1.1 (Solyc07g052000.1)
- - - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.41 - -
Solyc07g052010.2.1 (Solyc07g052010.2)
- - - - - 4.16 - - - - - - - - - - - - 1.37 - - - - - - 2.78 - 0.41 2.42 - - - - -
Solyc08g036530.1.1 (Solyc08g036530.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc08g048310.2.1 (Solyc08g048310.2)
- - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc08g061103.1.1 (Solyc08g061103.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.55 - - - - - - 3.4 - - - - -
Solyc08g061694.1.1 (Solyc08g061694.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - -
Solyc08g062543.1.1 (Solyc08g062543.1)
- - - - 1.7 2.92 - - - - - - - - 2.49 - - - - - - - - 0.99 - - 2.54 1.83 1.14 - 1.99 - - -
Solyc08g083175.1.1 (Solyc08g083175.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - -
Solyc09g014833.1.1 (Solyc09g014833.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc09g015460.2.1 (Solyc09g015460.2)
- - - - - -0.64 -2.39 - - - - - - -0.54 0.23 -0.93 1.22 - -2.35 0.17 - 3.37 - - 3.02 -0.75 2.16 0.88 - - - - 0.85 -
Solyc09g018800.2.1 (Solyc09g018800.2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc09g031870.3.1 (Solyc09g031870.3)
- - - - - 1.28 - - 2.07 - - - - - - - - - - - 3.22 - - 1.3 0.74 - 1.36 0.09 0.57 2.29 1.97 - - -
Solyc09g031880.2.1 (Solyc09g031880.2)
-1.05 - - - -1.23 -0.82 -0.62 0.56 1.91 0.36 -2.45 -1.65 0.7 - -0.75 - -2.12 - -0.6 - -1.64 0.85 1.47 0.13 0.39 - -1.55 0.19 0.97 0.85 2.06 1.18 0.48 0.46
Solyc09g042722.1.1 (Solyc09g042722.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc09g064340.1.1 (Solyc09g064340.1)
4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.72
Solyc09g064760.2.1 (Solyc09g064760.2)
-0.9 - - - - -0.28 - - - 0.79 - - - -0.25 - - - - - - - - 0.67 -1.23 -0.51 3.82 - 1.53 -0.37 1.14 - -0.47 - 2.72
Solyc09g072600.2.1 (Solyc09g072600.2)
3.51 - - - - 2.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.09
Solyc10g012270.2.1 (Solyc10g012270.2)
- - - - - 0.32 - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - 1.0 - - 2.87 - 2.14 2.56 - 2.07 - - -
Solyc10g038152.1.1 (Solyc10g038152.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - -
Solyc10g045105.1.1 (Solyc10g045105.1)
1.73 -1.72 0.44 - 2.44 0.35 -0.39 - -0.47 - -1.45 -3.23 0.64 -0.49 - -1.31 - - -1.31 -2.53 -0.47 -2.16 -1.28 -0.78 -1.95 3.52 -2.29 -1.48 -1.98 0.08 -0.14 - -3.08 -0.9
Solyc10g047145.1.1 (Solyc10g047145.1)
0.89 - - 0.71 - -1.31 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - 1.24 - -2.18 -1.35 3.97 - 0.57 0.35 1.63 0.42 1.61 - -
Solyc10g047708.1.1 (Solyc10g047708.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 4.51 - - - - -
Solyc10g050512.1.1 (Solyc10g050512.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc10g050516.1.1 (Solyc10g050516.1)
- - - - - 1.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.94 - - - - - - - -
Solyc10g054823.1.1 (Solyc10g054823.1)
-0.39 - - - -0.45 -0.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - -
Solyc10g055050.2.1 (Solyc10g055050.2)
- - - - 3.97 - - - - 3.66 - - - - - - - - - 1.72 - - - - - - - - 1.31 - - - - -
Solyc11g013710.1.1 (Solyc11g013710.1)
- - - - - -3.22 - - - - - - 0.39 - - - - - - - - - - - - 4.99 -0.96 -2.28 - - - - - -
Solyc11g020157.1.1 (Solyc11g020157.1)
- - - - - -0.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.06 - - - - - - - -
Solyc11g027920.2.1 (Solyc11g027920.2)
-0.06 - - - - 1.25 - - 2.71 - - - -2.32 - - - - - - -1.87 -0.57 - - -2.4 -0.04 4.15 -1.18 -0.99 0.49 - -2.1 - -2.62 0.34
Solyc11g032205.1.1 (Solyc11g032205.1)
4.23 - - - 2.24 1.57 - - - - 2.31 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.38 - - - - - -
Solyc11g039540.1.1 (Solyc11g039540.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc11g042553.1.1 (Solyc11g042553.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc11g042750.1.1 (Solyc11g042750.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - -
Solyc11g044815.1.1 (Solyc11g044815.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.77 2.76 - - - - - - - - - -
Solyc12g013780.2.1 (Solyc12g013780.2)
- - - - - 2.96 - - - - - - - - - - - - - - 4.71 - - - - - - - - - - - - -
Solyc12g027765.1.1 (Solyc12g027765.1)
- - - - - - - - - 0.71 - 1.28 -0.25 1.26 0.26 - 0.95 - - 1.04 0.71 - 1.81 -0.06 - 3.6 - -1.52 -0.75 - - - - 1.22
Solyc12g035675.1.1 (Solyc12g035675.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 2.56 - - - 1.86 2.37 - - 3.37 - -
Solyc12g035805.1.1 (Solyc12g035805.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc12g035828.1.1 (Solyc12g035828.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - -
Solyc12g036485.1.1 (Solyc12g036485.1)
- - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Solyc12g040370.1.1 (Solyc12g040370.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - -
Solyc12g040760.1.1 (Solyc12g040760.1)
- - - - -0.74 - - - - - - - - - - - - 3.54 4.01 - - - - - - - 1.54 1.32 -1.98 - - - - -
Solyc12g062930.2.1 (Solyc12g062930.2)
-1.04 - 0.53 - -1.55 -2.2 - - 0.25 - 1.47 1.93 - 0.98 1.19 0.82 2.04 -0.35 - -1.18 0.12 -1.64 - - - 2.14 -1.74 -1.64 - - - - 2.33 -0.11
Solyc12g077410.1.1 (Solyc12g077410.1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - - - - - - -
Solyc12g096210.2.1 (Solyc12g096210.2)
0.77 -1.02 -0.18 -0.34 0.29 0.64 -1.93 -1.98 -2.09 1.06 0.57 0.53 -0.95 -0.31 1.49 -0.25 0.18 0.52 0.5 -1.0 -1.12 -4.23 - -4.13 -4.09 2.5 - -3.12 -3.02 -4.61 -2.84 -3.3 1.67 1.12

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.