Heatmap: Cluster_27 (HCCA cluster)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Aerial tissue - Light - ZT1
Aerial tissue - Light - ZT3
Aerial tissue - Light - ZT5
Aerial tissue - Light - ZT7
Aerial tissue - Light - ZT9
Aerial tissue - Light - ZT11
Aerial tissue - Dark - ZT1
Aerial tissue - Dark - ZT3
Aerial tissue - Dark - ZT5
Aerial tissue - Dark - ZT7
Aerial tissue - Dark - ZT9
Aerial tissue - Dark - ZT11
Roots
Root elongation and differentiation zone
Root meristematic zone
Aerial roots and rhizophores
Shoot tips
Microphyll
Strobili
Shoot apical meristem - AC
Shoot apical meristem - Core
Shoot apical meristem - P1
Stem - Top
Stem - Bottom
Whole plant
Aerial tissue - Stress - Dark
Aerial tissue - Stress - High light
Aerial tissue - Stress - Cont
Aerial tissue - Stress - 37C 1h
Aerial tissue - Stress - 37C 3h
Aerial tissue - Stress - 4C 1h
Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo109905 (PACid_15407906)
-8.02 - -7.43 - -7.0 - -7.19 -6.46 - -5.72 -4.63 - -3.88 - - - - - 4.99 - - - -6.07 -5.4 - -3.64 -5.83 - - - - -
Smo110487 (PACid_15407452)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo117920 (PACid_15409403)
- - - - - -4.73 -2.17 -3.08 - - - - - - - - -4.51 - 4.97 - - - -4.69 - - -3.53 - - -3.1 -4.63 - -
Smo126308 (PACid_15409006)
-3.33 -1.85 -2.83 -3.93 -4.73 -4.36 -1.1 -1.37 -3.81 -2.72 -2.71 -4.5 -2.69 -2.2 -2.07 -2.53 -2.02 -2.75 4.47 - 0.89 -2.86 -0.5 0.45 -1.36 -2.36 -3.2 - -2.18 -1.09 -0.86 -0.42
Smo127584 (PACid_15413768)
-6.16 -6.13 -5.0 -5.2 -4.63 -4.37 -4.33 -4.38 -5.12 -4.53 -4.67 -5.18 -3.28 -3.92 -1.61 -4.85 -5.14 -5.11 4.93 -4.28 -5.17 -7.21 -6.58 -6.64 -7.57 -4.5 -3.06 -3.11 -5.96 -5.64 -6.29 -6.2
Smo1345 (PACid_15406252)
-1.86 -2.11 -2.67 -1.82 -0.83 -1.49 -1.25 -1.8 -1.62 -0.99 -1.48 -1.68 -1.43 -1.9 -1.19 -1.45 -2.04 -1.49 4.46 - - - -0.19 -0.77 -2.85 -2.45 -1.76 -2.11 -3.52 -2.47 -1.04 -0.43
Smo15511 (PACid_15414993)
-1.92 -1.24 -1.73 -1.09 -3.6 -1.12 0.45 0.49 -1.43 -1.47 -0.94 -1.96 -1.28 -0.65 -0.39 -2.13 -1.31 -2.24 4.46 - - - -2.58 -2.08 - - -1.96 - -4.77 -2.07 -4.68 -4.74
Smo16986 (PACid_15421024)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.98 - - - -1.09 - - - - - - - - -
Smo17328 (PACid_15419288)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo27935 (PACid_15408724)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo3288 (PACid_15411506)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo3338 (PACid_15412119)
- - - - - - - - - -0.88 - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -0.65 - -
Smo33909 (PACid_15404101)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.96 - - - - - - - - - - -0.35 - -
Smo36361 (PACid_15408455)
-1.79 -1.93 -2.0 -1.67 -0.95 -0.96 -1.28 -1.08 -1.65 -1.6 -1.98 -2.08 -0.55 -1.88 -0.92 -0.22 -1.11 -0.95 4.14 -4.24 -3.24 -4.09 -0.19 -0.15 0.13 -0.38 -0.78 -0.65 -0.97 -0.67 -1.89 -1.47
Smo36842 (PACid_15412327)
- - - - - - - - - - - - - - - -1.5 - -0.96 4.96 - - - - - - - - - - - - -
Smo38965 (PACid_15419010)
-2.12 -2.84 - - - -1.03 -1.81 -1.48 -0.93 -2.88 -1.85 -2.74 -2.83 - - -1.69 - - 4.59 - - - - -2.91 0.19 -0.62 -1.21 0.61 -1.28 -0.87 - -
Smo38968 (PACid_15419014)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo39026 (PACid_15414975)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.79 - - - 0.63 0.41 - - - - - - - 0.53
Smo402661 (PACid_15405846)
- - - - - - - - - - - - - -0.27 - - - - 4.96 - - - - - - - - - - - - -
Smo402765 (PACid_15406622)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo403106 (PACid_15404770)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo403525 (PACid_15407876)
- - - - - - - - - - - - - - - - - 0.47 4.94 - - - - - - - - - - - - -
Smo404034 (PACid_15406997)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo404385 (PACid_15409518)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo404760 (PACid_15412569)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo405401 (PACid_15413065)
- - - - - - - - - - - - -0.97 - - - - - 4.95 - - - -0.97 - - - - - - - - -
Smo405427 (PACid_15413132)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo406143 (PACid_15413819)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo406500 (PACid_15416687)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo406865 (PACid_15419161)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo406957 (PACid_15419881)
- - - - - - - - - - - - - 1.36 0.73 - - - 4.65 - - - - 1.41 - - - - - - - -
Smo406960 (PACid_15419898)
-1.15 -2.88 -0.2 0.05 -3.64 -0.66 -1.85 -2.09 -0.28 -3.02 0.71 -0.83 - 0.91 - 0.93 -1.45 -0.84 3.97 - -0.77 - - -1.26 0.25 -2.68 - -0.46 -2.37 -1.65 -0.51 -1.23
Smo407454 (PACid_15419024)
- - - - - - - - - - - - -8.63 - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo407504 (PACid_15419629)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo407827 (PACid_15421887)
-10.09 -8.81 - - - - -7.19 - - - - - -4.35 -3.05 -4.54 0.19 -1.64 -2.64 4.79 -4.15 -3.13 -6.04 -8.71 -4.67 -1.05 -6.59 -3.54 -6.36 -2.3 -1.11 -2.08 -0.43
Smo409236 (PACid_15423145)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo412555 (PACid_15412341)
- -1.51 1.0 - - -2.27 -2.47 - - - - - - - -2.02 - -2.17 -2.31 4.65 - - - -2.16 - 1.49 - - - -2.29 - -2.33 -
Smo412910 (PACid_15415359)
-2.15 -3.37 -0.95 -1.85 -3.9 -1.31 -2.21 -1.97 -1.43 -1.44 -1.44 -2.14 -0.05 0.44 -2.55 0.02 -3.14 -3.27 4.47 - - - -2.15 -0.93 -2.14 -0.89 -1.64 -2.55 -1.82 -2.28 -2.97 -3.85
Smo413006 (PACid_15411341)
- - - - -1.02 - - - - -1.47 - - - - - - - - 4.86 - - - - - - 1.04 - - - - - -
Smo413965 (PACid_15418353)
- - - - - - - -2.17 - - - -4.21 -1.96 - - -1.07 -4.14 -3.46 4.91 - - - -1.89 -1.55 - - - - - - -4.14 -3.04
Smo414794 (PACid_15419790)
- - - - - - - - - - - - 0.66 - - - - - 4.93 - - - - - - - - - - - - -
Smo415253 (PACid_15418806)
- - - - - - - - - - - -0.13 0.16 - 0.27 - - 0.67 4.65 - - - 0.14 - - - - - -0.12 - - -
Smo416440 (PACid_15423125)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo417095 (PACid_15423111)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo418919 (PACid_15410554)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo419005 (PACid_15406467)
-4.33 -3.58 -4.72 -5.01 -5.69 -4.66 -5.5 -6.85 -5.21 -5.0 -4.27 -4.99 -3.02 -4.33 - -3.03 -4.71 -4.66 4.94 - - - -2.43 -4.12 -2.9 -7.21 - -5.46 -5.47 -5.23 -5.68 -5.87
Smo419059 (PACid_15406588)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo419624 (PACid_15411224)
- - - - - - - - - - - - - - - 1.58 - - 4.86 - - - - - - - - - - - - -
Smo420737 (PACid_15415204)
-6.01 - -4.5 -5.59 - -1.73 -3.36 -2.59 -3.31 -5.23 - -4.86 -5.09 - -4.56 -3.4 -2.09 -1.79 4.68 - -2.46 -0.24 -1.69 -2.48 0.65 -2.96 -0.92 -1.59 -2.0 -1.29 -2.82 -3.87
Smo421419 (PACid_15415774)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo421817 (PACid_15418810)
-0.23 - - - - - - - - - - - - - - 1.68 - - 4.8 - - - - - - - - - - - - -
Smo424257 (PACid_15422948)
- - - - - - - - - - - - - -0.44 - - - - 4.75 - - - -0.13 - - 0.89 - - -0.34 -0.25 - -
Smo426858 (PACid_15411250)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo428733 (PACid_15416240)
- - -0.12 - -4.4 - - -4.49 -4.17 - - -4.17 - -4.16 -4.05 - - - 4.93 - - - - - - -2.97 - - -4.2 - - -
Smo428836 (PACid_15417004)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo430125 (PACid_15417748)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo431013 (PACid_15419872)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo431330 (PACid_15422079)
- -0.77 0.03 - - - - - -0.64 - - - - - -1.27 - - - 4.71 - - - - - - - - 1.68 - - - -
Smo431777 (PACid_15402965)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo444711 (PACid_15418908)
-7.2 -7.18 -6.23 -7.28 -7.24 -5.88 -6.99 -6.76 -6.9 -6.92 -6.71 -6.57 -6.69 -9.27 -6.54 -8.79 -8.61 -7.31 4.99 -10.67 - -5.68 -8.35 -7.99 -5.48 -6.38 -5.63 -6.05 -7.79 -7.04 -9.96 -8.03
Smo444712 (PACid_15418909)
-5.35 -6.85 -6.24 -6.08 -7.4 -6.36 -9.07 -7.69 -5.94 -6.41 -7.32 -5.49 -6.64 -9.39 -9.94 - -7.3 -6.41 4.99 - -7.94 - -6.35 -6.88 -7.42 -9.23 -7.37 - -5.96 -6.73 -6.63 -6.32
Smo5960 (PACid_15422574)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo71307 (PACid_15422491)
-2.7 -5.58 - -6.88 - - -6.51 -2.62 -4.67 -2.0 -4.53 -6.44 -1.11 -3.84 -7.08 -2.52 -4.81 -3.44 4.8 - - - -1.77 0.5 - -3.33 -4.15 - -3.27 -2.17 -3.86 -1.98
Smo78131 (PACid_15419234)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.94 - - - - - - - - - - 0.48 - -
Smo83081 (PACid_15411228)
-1.79 - -2.44 -0.85 -0.87 -1.98 -1.51 - -4.45 -2.35 -2.55 -1.84 -1.1 -1.48 -1.44 -0.43 -1.45 -3.39 4.6 - - - -0.96 -1.68 - -3.05 -1.12 - -3.17 - -1.49 -0.73
Smo84369 (PACid_15416347)
-5.12 - - - - -3.91 -3.12 - - -4.38 -3.21 - - -2.29 - - -2.97 -2.41 4.88 -3.78 - -2.42 -4.17 - - - - -0.16 -3.13 -3.07 -4.1 -3.16
Smo84903 (PACid_15420776)
-1.71 -4.39 -4.19 -4.67 -5.73 -2.43 -2.37 -1.79 -2.1 -0.65 -1.43 -3.33 -5.72 - -4.91 -1.55 -2.35 -2.17 4.69 - -0.65 -0.6 -3.49 -3.88 -3.73 -1.92 -1.47 -2.55 -3.09 -3.01 -2.84 -3.1
Smo85851 (PACid_15422940)
- - - - - - - - - - - - -1.19 - - - - -0.7 4.84 - - - - -1.31 - - - - -1.03 -0.12 -1.06 -
Smo90349 (PACid_15411849)
-0.26 - - - - - - - -0.51 - - - - - -0.84 - - 0.56 4.78 - - - - - - - - - - - -0.13 -
Smo92287 (PACid_15416995)
- - - - - - - - -4.61 - -3.14 - -5.65 - -2.65 - - -5.72 4.98 - - - -4.76 - - - -3.39 - -5.92 - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.