Heatmap: Cluster_111 (HCCA cluster)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo102808 (PACid_15409084)	-0.03	-0.07	0.13	0.17	0.23	0.1	0.14	0.1	0.14	0.32	0.22	0.09	0.19	-0.57	0.08	0.3	-0.29	-0.73	0.53	-8.17	-7.76	-5.87	0.41	0.34	-4.62	0.88	0.63	0.64	0.16	0.07	0.03	0.11
Smo104901 (PACid_15415747)	-0.08	-0.12	-0.14	-0.15	-0.05	-0.07	-0.08	-0.06	-0.16	-0.19	-0.21	-0.27	0.61	0.25	0.35	0.93	-0.15	-0.68	0.64	-	-8.43	-	0.24	0.26	-5.0	1.17	0.82	1.04	0.14	0.22	-0.53	-0.63
Smo111409 (PACid_15410367)	-0.08	0.07	-0.01	0.34	0.44	0.37	0.1	0.25	0.3	0.23	0.33	-0.14	-0.21	-0.47	0.08	0.31	-0.26	-0.08	0.48	-6.84	-5.61	-3.54	0.12	0.45	-1.23	0.77	0.66	0.85	-0.06	0.1	-1.04	-0.71
Smo114130 (PACid_15416880)	0.08	0.13	0.14	0.4	0.52	0.25	0.2	0.49	0.34	0.28	0.36	0.09	-0.05	-0.27	0.13	0.3	0.0	-1.08	0.29	-5.66	-4.25	-	0.13	0.01	-2.0	0.71	0.38	0.53	0.15	0.26	-0.3	-0.52
Smo123969 (PACid_15404898)	-0.03	-0.34	-0.56	-0.2	-0.37	-0.06	0.0	0.32	0.42	0.25	0.16	0.19	0.44	0.1	0.35	0.73	-0.83	-1.36	0.19	-0.25	-3.34	-4.09	-0.52	-0.16	-1.82	1.49	1.05	0.96	-0.31	-0.19	-0.82	-0.99
Smo130469 (PACid_15421828)	-0.28	-0.08	0.07	0.04	0.08	-0.06	0.12	0.28	0.45	0.33	0.46	0.21	-0.27	-0.56	-0.2	-0.03	0.27	-0.5	-0.0	-2.56	-5.27	-5.5	0.5	0.45	-1.33	0.91	0.56	0.78	0.17	0.26	-0.29	-0.3
Smo145922 (PACid_15402746)	-0.87	-0.79	-0.52	-0.39	-0.01	0.0	-0.13	-0.06	-0.24	-0.37	-0.44	-0.61	0.43	-0.04	0.75	0.49	-0.67	-0.95	0.8	-0.49	-0.68	-0.78	0.03	0.47	0.26	1.31	0.76	0.66	-0.32	-0.19	-0.72	-0.58
Smo165311 (PACid_15412634)	-0.05	0.27	0.71	0.28	0.2	0.32	0.48	0.72	0.52	0.57	0.64	0.44	-0.7	-0.25	-0.05	-0.46	-0.27	-0.59	-0.32	-3.2	-2.59	-3.67	-0.17	-0.22	-1.22	0.3	0.55	0.62	-0.28	-0.37	-0.13	-0.05
Smo167876 (PACid_15422335)	0.02	0.04	0.18	0.05	0.18	0.08	0.15	0.3	0.28	0.28	0.24	0.04	0.21	-0.54	-0.83	0.4	-0.01	-0.24	0.12	-4.54	-2.19	-3.67	0.39	0.16	-2.52	0.55	0.69	0.77	0.17	0.3	-0.06	-0.1
Smo172580 (PACid_15412742)	0.16	-0.3	-0.32	-0.13	-0.1	-0.3	-0.01	0.3	0.22	0.43	0.39	0.22	0.25	0.35	-0.13	0.44	-0.92	-2.06	1.3	-3.58	-2.71	-7.47	0.14	0.42	-2.25	1.35	0.42	0.81	-0.12	0.07	-1.06	-1.1
Smo172788 (PACid_15414331)	-0.58	-0.37	-0.61	-0.4	-0.01	-0.09	-0.05	0.17	0.05	0.02	-0.08	-0.38	0.16	-0.42	0.69	0.37	-0.07	0.06	0.82	-5.08	-8.6	-	0.36	0.49	-3.17	1.07	0.85	0.65	0.29	0.18	0.14	0.12
Smo177626 (PACid_15405604)	-0.38	-0.1	-0.18	0.01	0.23	0.07	0.38	0.35	0.3	0.34	0.05	-0.14	0.42	-0.12	0.35	0.59	-0.1	-0.35	0.28	-7.74	-3.0	-	0.24	0.33	-3.47	0.75	0.66	0.82	0.09	0.27	-0.8	-0.53
Smo227218 (PACid_15403101)	-0.39	-0.36	-0.44	-0.16	-0.14	-0.02	-0.29	-0.07	-0.25	-0.37	-0.36	-0.63	0.53	0.23	0.76	0.46	-0.28	-0.63	0.15	-0.0	-1.15	-1.93	0.2	0.46	0.63	0.69	0.67	0.78	-0.34	-0.26	-0.47	-0.31
Smo230853 (PACid_15416941)	0.11	-0.29	-0.36	-0.16	-0.13	-0.29	-0.37	0.01	-0.05	0.08	0.01	-0.15	0.45	0.26	0.12	0.39	-0.58	-0.91	0.87	-5.6	-4.0	-6.67	0.07	0.16	-0.13	1.14	1.14	0.94	-0.36	-0.4	-0.11	0.03
Smo26351 (PACid_15423524)	-0.27	-0.28	-0.13	0.21	0.08	0.09	-0.15	0.59	-0.07	0.31	0.32	-0.41	0.33	0.14	0.27	0.67	-0.4	-1.12	0.68	-2.73	-	-	0.25	0.34	-1.32	0.38	0.51	0.48	0.13	0.17	0.31	0.01
Smo33372 (PACid_15421989)	-0.02	0.0	-0.1	0.1	-0.01	-0.25	0.03	0.24	0.14	0.28	0.3	0.24	0.28	-0.06	0.44	0.4	-0.16	-1.33	0.54	-	-9.85	-8.05	-0.19	-0.22	-8.25	0.79	0.53	0.63	0.21	0.22	0.52	0.5
Smo33943 (PACid_15404196)	0.33	-0.0	0.02	0.23	-0.0	0.06	0.05	0.43	0.21	0.41	0.32	0.18	-0.59	0.29	-2.43	-0.09	-0.25	-0.2	0.5	-7.47	-3.98	-	0.1	-0.1	-1.1	1.29	0.71	0.52	0.21	0.04	-0.04	-0.1
Smo3415 (PACid_15412837)	-0.11	0.06	-0.03	-0.02	0.04	-0.19	0.01	-0.02	-0.07	0.13	-0.08	-0.02	0.23	0.06	0.55	0.4	0.07	-0.51	0.48	-	-4.75	-3.97	-0.15	-0.14	-3.43	0.79	0.9	0.88	0.29	0.28	0.18	0.04
Smo34350 (PACid_15402580)	-0.28	0.01	-0.11	0.19	0.14	0.01	0.3	0.17	0.13	-0.25	-0.21	-0.26	0.22	-1.13	-0.12	0.79	-0.16	-0.41	0.54	-6.11	-	-	0.14	0.16	-1.35	1.34	0.9	1.1	0.43	0.14	-0.83	-1.04
Smo36531 (PACid_15410004)	0.0	0.06	-0.1	0.15	0.13	0.15	0.13	0.14	0.25	0.38	0.09	0.09	0.21	-0.5	0.03	0.31	-0.03	-0.34	0.51	-7.1	-3.58	-8.24	0.14	0.1	-1.69	0.63	0.73	0.69	0.14	0.15	-0.08	0.03
Smo36854 (PACid_15412348)	-0.03	-0.27	-0.1	-0.11	0.11	-0.06	-0.07	0.18	0.42	0.38	0.33	-0.02	0.2	-0.33	-0.84	0.35	-0.61	-0.92	1.29	-2.44	-4.31	-7.65	0.56	0.39	-3.9	1.13	0.28	0.55	0.03	-0.05	-0.23	0.13
Smo402766 (PACid_15406623)	-0.09	-0.1	0.02	-0.11	-0.01	-0.27	-0.09	-0.24	-0.19	0.01	0.01	-0.29	0.5	0.79	0.73	0.77	-0.2	-1.16	0.32	-	-	-	0.05	-0.23	-4.36	1.03	1.2	1.28	-0.29	-0.12	-0.59	-0.56
Smo403400 (PACid_15407048)	-0.27	-0.37	-0.28	-0.18	-0.12	-0.11	-0.26	0.16	0.0	-0.04	0.1	-0.1	0.41	-0.11	-0.65	0.35	-0.42	-0.94	0.79	-2.84	-2.34	-5.0	0.15	0.36	-0.08	1.47	0.94	0.78	-0.03	-0.07	-0.24	-0.24
Smo407400 (PACid_15418892)	0.08	0.16	0.16	0.48	0.25	0.19	0.13	0.37	0.21	0.22	0.45	0.13	-0.64	-0.44	-1.83	-0.2	-0.21	-0.97	-0.55	-8.13	-1.11	-4.07	0.36	0.46	-1.0	0.63	1.16	1.33	-0.14	-0.02	-0.51	-0.68
Smo409073 (PACid_15421703)	-0.28	-0.14	-0.11	0.14	0.27	0.06	-0.09	0.45	0.41	0.46	0.17	0.05	0.01	-0.88	-1.33	0.36	-0.03	-0.71	0.39	-8.63	-	-	0.23	0.15	-3.11	1.24	0.86	0.91	0.35	0.37	-0.37	-0.16
Smo410069 (PACid_15402602)	-0.25	-0.25	-0.36	0.0	0.02	0.03	0.04	0.0	0.21	0.11	0.02	-0.07	0.31	-0.1	-0.12	0.59	-0.43	-0.62	0.8	-3.57	-4.43	-8.66	0.41	0.74	-0.8	0.95	0.6	0.49	0.05	0.04	-0.05	-0.04
Smo412830 (PACid_15414686)	-0.14	0.08	-0.16	0.07	-0.03	-0.13	-0.07	0.05	-0.01	0.03	0.16	-0.08	-0.17	-0.33	0.39	0.1	-0.27	-1.01	0.94	-2.26	-0.88	-2.18	-0.26	-0.15	0.2	1.18	1.06	0.77	-0.4	-0.32	-0.6	-0.54
Smo414611 (PACid_15418860)	-0.14	0.01	0.04	0.34	0.21	0.25	0.13	0.27	0.41	0.35	0.31	0.12	0.13	-0.58	0.03	0.39	-0.05	-0.99	0.36	-5.09	-3.25	-4.3	-0.07	0.02	-0.37	0.86	0.63	0.9	0.02	0.18	-0.71	-1.12
Smo415005 (PACid_15417156)	-0.14	-0.47	-0.31	-0.23	0.26	-0.33	0.64	0.46	0.32	0.4	0.23	0.08	-0.08	-0.72	-0.38	-0.0	0.02	-0.5	0.43	-	-2.52	-7.35	-0.15	0.01	-1.63	1.22	0.9	0.97	0.19	0.05	0.03	-0.29
Smo420431 (PACid_15412866)	0.09	0.45	0.4	-0.0	0.14	0.16	0.17	0.24	0.19	0.27	0.33	0.06	0.11	-0.67	-0.54	0.1	-0.11	-0.12	0.13	-3.8	-3.72	-4.2	-0.07	-0.38	-2.75	0.49	0.86	0.92	0.3	0.31	0.09	-0.05
Smo420540 (PACid_15413715)	0.11	0.08	0.14	0.17	0.11	0.05	0.0	0.01	0.34	0.35	0.36	0.2	-0.27	0.01	-3.23	-0.2	0.06	-0.51	0.16	-7.99	-4.95	-7.04	0.46	0.38	-3.36	0.86	0.77	0.99	0.2	0.29	-0.02	0.26
Smo425580 (PACid_15405975)	-0.01	-0.05	-0.19	-0.11	0.02	-0.05	0.05	0.38	0.36	0.27	0.06	0.05	0.14	-0.55	-1.46	0.56	-0.17	-0.42	0.64	-5.57	-3.49	-	0.11	0.07	-0.83	1.13	1.13	1.05	0.15	0.06	-0.77	-0.83
Smo428314 (PACid_15413182)	-0.32	-0.26	-0.35	-0.08	0.07	-0.06	-0.13	0.17	-0.18	-0.05	-0.07	-0.53	0.52	-0.14	0.58	0.71	-0.65	-0.9	0.35	-1.12	-0.98	-1.29	0.01	0.24	-0.35	1.45	0.71	0.67	-0.34	-0.23	-0.81	-0.6
Smo439080 (PACid_15421033)	0.1	0.33	0.45	0.27	0.29	0.31	0.39	0.42	0.43	0.47	0.48	0.19	-0.42	-0.34	-0.09	-0.15	0.2	-0.18	-0.08	-5.51	-3.37	-4.46	-0.09	-0.02	-1.35	0.46	0.3	0.26	0.2	0.31	-0.24	-0.2
Smo440313 (PACid_15404012)	-0.14	-0.1	-0.12	0.08	0.03	0.05	0.04	0.11	0.13	0.04	-0.09	-0.04	0.29	-0.49	-0.41	0.3	-0.05	-0.15	0.17	-0.84	-1.21	-1.6	0.12	0.17	0.1	0.64	0.51	0.66	0.0	0.03	-0.16	-0.01
Smo442298 (PACid_15409395)	0.21	-0.05	-0.11	-0.1	-0.04	-0.13	-0.32	-0.03	0.16	0.19	-0.02	-0.11	0.04	0.37	-0.08	0.36	-0.69	-0.75	0.95	-4.13	-1.27	-4.47	0.31	0.57	0.13	1.25	0.52	0.66	-0.33	-0.18	-1.13	-0.69
Smo443353 (PACid_15413031)	-0.32	-0.41	-0.5	-0.24	-0.09	0.02	0.24	0.26	0.28	0.35	0.01	-0.07	0.49	-0.4	0.32	0.46	-0.58	-0.97	0.8	-1.42	-1.46	-2.66	-0.09	0.2	-0.09	1.21	0.65	0.66	-0.27	-0.17	-0.62	-0.62
Smo44690 (PACid_15412256)	0.13	0.14	0.03	0.23	0.49	0.42	0.25	0.36	0.17	0.32	0.1	0.1	-0.03	-0.32	0.32	0.22	0.12	-0.5	0.32	-5.3	-4.67	-	-0.02	0.16	-1.46	0.71	0.45	0.6	0.18	0.21	-0.43	-0.85
Smo48160 (PACid_15420045)	-0.3	-0.21	-0.07	-0.14	0.26	-0.16	-0.15	0.04	-0.42	0.14	-0.15	-0.38	0.8	-0.13	0.44	0.96	0.09	-0.66	0.98	-	-	-	0.17	0.21	-4.6	0.88	0.59	0.65	0.25	0.36	-0.35	-0.29
Smo54861 (PACid_15420886)	-0.04	-0.07	-0.24	-0.03	0.11	-0.01	-0.25	0.15	-0.05	0.02	-0.13	-0.13	0.36	-0.23	0.1	0.56	-0.16	-0.52	0.68	-3.22	-1.17	-3.82	0.08	0.27	-0.26	1.03	0.65	0.63	-0.12	0.03	-0.25	-0.17
Smo57616 (PACid_15405645)	-0.27	-0.23	-0.32	-0.33	-0.15	-0.19	-0.36	-0.3	-0.07	-0.42	-0.21	-0.44	1.05	0.16	0.39	1.01	-0.47	-0.79	0.57	-3.59	-	-3.22	0.09	0.24	-3.32	1.47	1.05	1.26	-0.18	-0.07	-0.96	-0.64
Smo68090 (PACid_15411459)	-0.23	-0.46	-0.44	-0.38	0.22	-0.11	0.14	-0.1	-0.14	-0.36	-0.16	-0.16	0.09	0.04	-0.57	0.64	0.23	0.57	0.48	-7.4	-4.39	-	0.1	-0.25	-2.27	1.0	1.07	1.23	0.21	0.29	-0.07	0.01
Smo7270 (PACid_15423000)	-0.44	-0.13	-0.07	-0.11	0.4	0.19	0.1	-0.03	-0.13	-0.09	-0.25	-0.33	0.61	-0.07	0.74	0.77	0.1	-0.17	0.69	-2.93	-6.14	-5.26	0.34	0.34	-1.74	0.35	0.7	0.68	0.35	0.25	-0.81	-0.92
Smo75016 (PACid_15409644)	-0.17	-0.29	-0.04	0.25	0.54	0.3	0.43	0.56	0.74	0.62	0.34	0.29	0.27	-0.37	0.59	0.13	-0.14	-0.42	0.22	-	-6.09	-3.48	-0.25	-0.4	-2.07	0.77	0.42	0.45	0.13	0.18	-1.0	-1.22
Smo75453 (PACid_15412819)	-0.56	-0.64	-0.37	-0.32	-0.12	-0.2	-0.1	-0.05	-0.13	-0.25	-0.15	-0.51	0.48	-0.2	-0.4	0.46	0.07	0.06	0.47	-2.18	-2.37	-2.74	0.43	0.49	-1.85	1.79	0.69	0.99	0.31	0.27	-0.57	-1.21
Smo75978 (PACid_15416667)	-0.19	-0.41	-0.41	-0.35	-0.18	-0.48	-0.24	-0.02	0.19	0.01	-0.01	-0.17	0.35	-0.18	0.27	0.59	-0.16	-0.21	0.35	-4.89	-	-	0.07	-0.25	-4.56	1.08	1.08	1.15	0.32	0.31	0.27	0.45
Smo76242 (PACid_15414259)	0.18	0.48	0.49	0.59	0.5	0.65	0.48	0.39	0.42	0.46	0.39	0.31	-0.49	-0.92	-0.55	-0.06	0.38	-0.44	0.3	-7.02	-3.92	-6.2	0.15	-0.05	-2.37	0.69	0.04	0.06	-0.02	0.15	-0.49	-0.71
Smo76400 (PACid_15415664)	0.1	0.29	0.03	0.28	0.3	0.01	0.33	0.26	0.17	0.33	0.18	0.16	0.07	-0.31	-0.27	0.12	-0.09	-0.72	0.35	-5.54	-7.51	-5.67	0.12	0.01	-4.65	0.57	0.81	0.7	0.14	0.07	0.3	0.17
Smo76601 (PACid_15417151)	-0.64	-0.44	-0.44	-0.27	0.09	-0.43	-0.02	0.02	-0.38	-0.06	-0.11	-0.38	0.71	0.1	-0.31	0.96	-0.28	-0.56	0.65	-4.8	-8.52	-	0.33	0.36	-6.22	1.07	1.09	1.0	0.25	0.32	0.02	0.02
Smo77552 (PACid_15419404)	-0.14	-0.26	-0.46	-0.14	0.14	0.02	0.08	0.18	0.31	0.23	0.27	0.03	0.41	-0.28	0.52	0.61	-0.46	-0.87	0.37	-0.92	-2.91	-1.71	-0.23	-0.08	-1.66	1.39	0.55	0.89	-0.06	-0.02	-1.0	-0.9
Smo81383 (PACid_15407496)	-0.41	-0.67	-0.69	-0.26	-0.26	-0.32	-0.49	-0.03	-0.05	0.25	-0.13	-0.27	0.95	0.36	0.96	0.78	-0.9	-1.44	0.85	-	-4.65	-	0.42	0.69	-3.25	1.6	0.78	0.81	-0.31	-0.11	-1.1	-0.85
Smo86052 (PACid_15419869)	-0.25	-0.33	-0.32	0.06	0.19	-0.09	-0.16	-0.16	0.16	-0.16	0.03	-0.47	0.05	-0.59	0.25	-0.01	0.13	0.22	0.55	-1.72	-2.4	-	0.03	0.03	-0.36	0.84	1.01	0.89	0.22	0.17	-0.13	0.15
Smo91208 (PACid_15413989)	-0.04	-0.24	0.17	0.18	0.13	0.23	0.03	0.25	0.39	0.3	0.25	0.02	0.0	-0.38	0.15	0.22	0.38	-0.41	0.73	-	-4.6	-3.36	0.26	0.45	-2.11	0.7	0.45	0.86	0.29	0.34	-1.47	-1.46
Smo93421 (PACid_15421188)	-0.04	-0.36	-0.69	-0.18	-0.06	-0.14	-0.31	-0.19	0.05	-0.08	-0.24	-0.15	0.41	0.21	0.3	0.55	-0.55	-0.88	0.75	-3.86	-1.57	-2.12	0.01	0.35	-0.17	1.51	0.67	0.57	0.09	0.1	-0.36	-0.41
Smo93596 (PACid_15422092)	-0.23	-0.35	-0.33	-0.39	-0.27	-0.28	-0.33	0.12	-0.02	0.15	-0.04	-0.01	0.62	-0.07	0.49	0.75	-0.41	-0.9	0.3	-5.24	-6.96	-3.53	0.18	0.36	-3.3	1.86	0.65	0.84	-0.09	0.0	-0.36	-0.38
Smo96774 (PACid_15410188)	-0.09	0.17	-0.02	0.31	0.36	0.4	0.35	0.45	0.18	0.12	-0.0	-0.21	-0.25	-0.75	-0.35	0.2	-0.05	-0.27	0.07	-5.27	-2.51	-1.38	0.07	0.18	-0.69	0.78	0.64	0.97	0.13	0.03	-0.47	-0.5
Smo98787 (PACid_15416073)	0.13	0.02	-0.2	-0.13	-0.08	-0.1	0.16	0.35	0.18	0.12	-0.03	0.24	0.13	-0.32	0.13	0.27	-0.16	-0.5	0.37	-3.44	-2.11	-1.79	0.2	0.2	-0.5	1.01	0.51	0.55	-0.02	0.01	-0.15	-0.06
Smo99131 (PACid_15414311)	-0.2	-0.34	-0.14	-0.02	0.05	-0.32	-0.38	-0.11	-0.26	-0.16	-0.26	-0.4	0.73	-0.44	-0.07	0.71	-0.23	-1.25	0.97	-	-	-	0.37	0.78	-4.42	1.41	0.84	0.77	0.16	0.24	-0.14	-0.07

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.