Heatmap: Cluster_59 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Aerial tissue - Light - ZT1
Aerial tissue - Light - ZT3
Aerial tissue - Light - ZT5
Aerial tissue - Light - ZT7
Aerial tissue - Light - ZT9
Aerial tissue - Light - ZT11
Aerial tissue - Dark - ZT1
Aerial tissue - Dark - ZT3
Aerial tissue - Dark - ZT5
Aerial tissue - Dark - ZT7
Aerial tissue - Dark - ZT9
Aerial tissue - Dark - ZT11
Roots
Root elongation and differentiation zone
Root meristematic zone
Aerial roots and rhizophores
Shoot tips
Microphyll
Strobili
Shoot apical meristem - AC
Shoot apical meristem - Core
Shoot apical meristem - P1
Stem - Top
Stem - Bottom
Whole plant
Aerial tissue - Stress - Dark
Aerial tissue - Stress - High light
Aerial tissue - Stress - Cont
Aerial tissue - Stress - 37C 1h
Aerial tissue - Stress - 37C 3h
Aerial tissue - Stress - 4C 1h
Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo100345 (PACid_15421745)
-5.54 - - - - - - -3.97 - -5.97 - - - -4.79 - - -5.51 -4.86 4.99 - - - - - - - - - - - - -5.61
Smo101484 (PACid_15403219)
- - 0.73 - - - - - - - -0.77 - 0.03 - - 0.23 - - 4.68 - - - - - - - 0.94 - - - - -
Smo110504 (PACid_15408035)
- - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - 0.27 4.9 - - - - - - - - - - - - -
Smo119899 (PACid_15414752)
- - - - - -6.65 - - - - - - - - - - - - 4.97 - -1.02 - - - - - -4.25 - - -4.77 - -5.56
Smo122361 (PACid_15419808)
-7.68 -6.81 -6.03 - - - - - - - -6.21 - -5.45 - -6.02 -5.85 -4.57 -2.1 4.98 - - - - - - - - - -6.66 -5.59 - -7.7
Smo126324 (PACid_15409061)
- - - - - - - - - - - - - - - - - -2.99 4.99 - - - - - - - - - - - - -
Smo135301 (PACid_15413377)
-4.16 -2.19 -1.89 -3.95 -4.18 -3.31 -3.21 -3.33 -3.39 -2.75 -4.29 -2.69 -3.39 -6.96 -3.04 -4.08 -3.81 -2.42 4.81 -1.47 - -3.69 -3.54 -2.61 -3.39 -1.64 -1.99 -1.32 -4.87 -4.03 -5.29 -5.95
Smo137590 (PACid_15420889)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo19633 (PACid_15405037)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - 1.0 - - - - - - - -
Smo230666 (PACid_15415495)
- - - - - - - - - - - - - - - - - -1.41 4.98 - - - - - - - - - - - - -
Smo24152 (PACid_15416272)
- - - - - -4.47 -4.65 - - -3.94 - - -4.36 - -3.53 - - -3.86 4.87 - - - -3.57 -4.59 -1.06 -2.43 -1.22 -0.73 -2.54 -1.93 -4.55 -
Smo25501 (PACid_15421998)
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.64 4.97 - - - - - - - - - - - - -
Smo36119 (PACid_15406813)
- - - - - - - - - - - - - - - - - -1.45 4.98 - - - - - - - - - - - - -
Smo403115 (PACid_15404792)
- - - - - - -1.89 - - - - - -1.5 - - - - -1.71 4.89 - - - - - - - - 0.53 - - - -
Smo403198 (PACid_15404993)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo403410 (PACid_15407077)
-2.12 -1.75 -1.65 -2.02 -1.94 -1.75 -2.03 -2.08 -1.82 -2.15 -2.14 -2.51 -7.02 -7.73 -10.08 -6.97 -5.61 -2.69 4.82 - - - -5.23 -4.58 -2.82 -3.82 -4.62 -3.69 -5.15 -5.94 -5.51 -4.56
Smo404224 (PACid_15408546)
-4.73 - - - - -3.31 - -3.61 - - -3.12 -3.32 -3.0 -1.55 -0.87 - -1.57 - 4.82 - 0.68 - - -2.08 - - - - - - -3.19 -
Smo404401 (PACid_15410101)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo404922 (PACid_15414075)
-8.27 -7.54 -2.71 - - - - - - - - - -6.18 - -8.0 - -7.2 -7.18 4.99 - - - - - - - - - -6.36 - - -
Smo405418 (PACid_15413101)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo406668 (PACid_15417636)
- - - - - - - - - - - - -2.73 - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - -
Smo406670 (PACid_15417657)
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.58 4.97 - - - - - - - - - - - - -
Smo406739 (PACid_15418332)
- - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Smo407388 (PACid_15418300)
- - - - - - - - - - - - - - - - - 0.73 4.82 - - - - - - - 1.07 - - - - -
Smo409560 (PACid_15403197)
-2.78 -5.3 -3.55 -3.24 - -2.2 -1.82 -3.15 -2.9 -4.48 -2.8 -2.31 -5.01 -3.31 -3.87 - -3.08 -1.75 4.83 - -2.86 - -3.05 -5.07 -2.34 -4.04 -2.74 -2.92 -2.57 -2.81 -2.58 -3.23
Smo409732 (PACid_15404642)
- - - - - - - - - - - - - -7.33 - - - -2.64 4.99 - - - - - - - - - - - - -5.26
Smo409956 (PACid_15406291)
- - - - - - - -0.64 - 0.72 - - - -0.34 - -1.14 -1.17 - 4.72 - - - - - - -0.33 - - - -0.29 - -
Smo411155 (PACid_15406298)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo411173 (PACid_15406348)
- - - - - - - - - - - - -0.38 - - - - - 4.9 - - - - -0.47 - - - - -0.57 - - -
Smo411224 (PACid_15406943)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo411325 (PACid_15407689)
-1.17 - - - - - - - - - - - - -0.45 - -0.3 - - 4.83 - 0.69 - - - - - - - - - - -
Smo411859 (PACid_15411736)
- - - - - - - - - - - - - - -1.02 - - - 4.98 - - - - - - - - - - - - -
Smo412060 (PACid_15408446)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo412520 (PACid_15412267)
- - - -3.21 - - - - - - - - - - -3.39 - -1.59 - 4.94 - - - - - -0.64 - - - - -2.65 - -
Smo412521 (PACid_15412269)
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.96 -0.28 4.89 - - - -1.01 -1.03 - - - - - - - -
Smo413719 (PACid_15416670)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo414596 (PACid_15418276)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.92 - - - - - - - 0.82 - - - - -
Smo415597 (PACid_15421106)
-2.96 - - -1.29 - - -1.17 - -2.41 - - - -0.84 -1.25 - - - 0.24 4.78 - - - - - 0.03 - - - -2.13 - - -
Smo415793 (PACid_15422675)
- - - - - - - - - - - - - -20.57 0.85 - - -10.77 4.92 - - - - - - - - - - - - -
Smo416703 (PACid_15403013)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo416705 (PACid_15403016)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.92 - - - - - - - - - - - 0.74 -
Smo417068 (PACid_15423022)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo417072 (PACid_15423039)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo417086 (PACid_15423086)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo417590 (PACid_15404590)
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.43 - 4.72 - - - 1.58 - - - - - - - - -
Smo417699 (PACid_15405417)
- - - - - - - - - - - - - - - - - 1.74 4.84 - - - - - - - - - - - - -
Smo419116 (PACid_15407199)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo419131 (PACid_15407235)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo420065 (PACid_15409876)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo420068 (PACid_15409877)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo421197 (PACid_15413699)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.97 - - - - -0.39 - - - - - - - -
Smo421682 (PACid_15417432)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo422359 (PACid_15417994)
- - - - - - - - - - - - -3.38 - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo422425 (PACid_15418706)
- - -2.6 - - - - - - - - - -2.02 -1.37 -2.91 - - 0.76 4.75 -1.92 - - - - -0.16 - - - -0.24 -1.16 - -
Smo422814 (PACid_15421598)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo423941 (PACid_15403070)
- - - - - - - - - - - - 1.67 - - - - - 4.85 - - - - - - - - - - - - -
Smo425085 (PACid_15402210)
-4.64 -5.75 -5.28 -4.77 -3.68 -3.29 -3.22 -3.21 -2.85 -3.54 -4.22 -4.07 -5.44 -7.06 -5.41 -5.72 -3.13 -1.41 4.9 -7.92 -7.59 -4.4 -4.15 -4.04 -4.04 -5.24 -3.78 -4.85 -3.3 -3.03 -4.36 -4.42
Smo426614 (PACid_15409557)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo427082 (PACid_15407939)
-8.05 - - - - - - - - - - - - - - - - -2.65 4.99 - - - - - - - - - - - - -
Smo427139 (PACid_15408662)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo428524 (PACid_15414766)
- - - - - - - - - - - - -5.43 - - - - -1.89 4.99 - - - - - - - - - - - - -5.65
Smo428754 (PACid_15416285)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo430841 (PACid_15423015)
- - - - - -1.69 - - - - - - - - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - -
Smo6134 (PACid_15419346)
- - - - - - - - - -6.68 -3.73 - - -6.5 - -6.34 -6.35 -1.77 4.98 - - - - - - - - - - - -6.44 -3.71
Smo6245 (PACid_15420138)
- - -0.84 - - - 0.98 - - - - - - - - - - - 4.8 - - - - - - 0.65 - - - - - -
Smo62850 (PACid_15422098)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo6561 (PACid_15422391)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo66137 (PACid_15406134)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - 1.03 - - - - -
Smo69980 (PACid_15421122)
- - - - - - - - - - - - - - - -1.21 - - 4.96 - - - - - - - - - -1.3 - - -
Smo76771 (PACid_15418060)
-2.58 -1.86 -3.08 -2.95 -2.93 -1.27 -1.91 -1.63 -1.65 -2.2 -3.64 -2.07 -1.04 -0.78 -3.09 -0.33 -1.19 0.29 4.39 -2.98 - - -0.79 -1.3 -0.63 -1.25 -2.39 -1.29 -1.2 -0.97 -1.12 -0.91
Smo77903 (PACid_15422253)
- -7.78 - - - - - - - - - - - -6.57 - -7.42 -4.99 -1.89 4.98 - - - - - - - - - - -6.56 -5.6 -6.67
Smo7860 (PACid_15405297)
- - - - - - - - - - - - -2.5 -2.25 - -0.28 - - 4.91 - - - - -2.67 - - - - -2.49 - - -1.59
Smo79117 (PACid_15422002)
- 0.65 - - - - - - - - - - - - - 0.99 - - 4.83 - - - - - - - - - - - - -
Smo81343 (PACid_15407411)
- - - - - - - - - - - - - - -1.54 - - - 4.98 - - - - - - - - - - - - -
Smo86191 (PACid_15420709)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -
Smo90809 (PACid_15415594)
-7.2 -7.03 - -6.94 - - - -4.96 - - -5.59 -5.98 -4.36 -5.52 -4.41 -3.78 -6.83 -2.41 4.97 - - - -5.69 -5.82 - -5.77 -5.66 - -5.9 -4.83 -3.55 -4.13
Smo92182 (PACid_15416230)
-6.38 - - - - - - - - - - - -4.25 -3.82 -5.02 - - -2.73 4.99 - - - - - - - - - - - - -
Smo93661 (PACid_15422805)
- - - - - - - - - - - - - - - - - -0.65 4.97 - - - - - - - - - - - - -
Smo99066 (PACid_15413587)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.