Heatmap: Cluster_356 (HCCA cluster)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
3.99 6.1 1.2 0.34 0.06 0.07 26.24 0.04 0.1 0.05 1.04 21.51 3.46 11.95 0.38 0.61 3.45 0.53 0.56 0.38 0.55 10.44 0.07 0.06 5.24 15.18 13.86 0.13 0.1 0.05 0.02 0.0 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.9 0.0 0.0 0.0 0.55 4.15 2.02 1.27 0.31 1.6 0.14 1.11 1.03 0.79 0.18 0.42 0.48 0.0 2.19 0.73 1.3 0.0 0.04 0.15 0.04 0.04 0.3
1.19 5.06 0.13 0.15 0.17 0.0 2.89 0.2 0.06 0.02 0.15 7.66 0.0 4.56 0.05 0.0 0.45 0.23 0.05 0.09 0.0 6.31 0.04 1.07 1.6 5.37 5.63 0.16 1.06 0.48 0.05 0.05 0.58
0.67 2.16 0.84 0.17 0.18 0.0 17.95 0.04 0.08 0.15 0.85 16.81 1.4 10.82 1.11 0.99 2.44 0.15 0.49 0.79 1.26 0.8 5.44 0.77 3.79 3.69 4.15 0.29 0.47 0.1 0.12 0.07 0.21
6.45 7.3 8.38 7.85 8.45 17.26 28.47 7.64 5.63 15.43 14.6 45.55 5.46 31.87 16.94 17.6 6.91 12.22 14.85 15.43 12.54 15.49 9.54 6.4 8.07 28.55 27.18 6.82 8.65 10.1 6.9 6.31 13.42
0.05 0.02 0.13 0.01 0.05 0.04 4.94 0.0 0.0 0.0 0.37 3.65 1.75 3.82 0.19 0.0 0.79 0.28 0.12 0.38 0.25 1.25 2.82 1.51 2.46 1.79 1.77 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.06 0.01 0.04 0.0 0.02 0.54 0.0 0.0 0.0 0.16 1.6 0.23 0.46 0.53 0.23 0.29 0.23 0.05 0.16 0.07 0.18 0.66 0.06 0.57 0.35 0.35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
0.18 0.67 0.08 0.01 0.07 0.0 3.5 0.0 0.0 0.09 0.0 3.96 0.6 1.39 0.0 0.05 0.64 0.0 0.0 0.02 0.0 0.28 1.23 0.24 0.49 1.2 1.76 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0
0.01 0.63 0.01 0.0 0.0 0.0 1.61 0.0 0.0 0.0 0.18 1.96 0.36 0.17 0.14 0.36 0.2 0.0 0.0 0.04 0.05 0.2 1.32 0.16 0.32 0.7 0.97 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.48 0.72 0.04 0.17 0.12 0.3 2.21 0.52 0.32 0.51 0.55 3.75 0.52 1.08 0.24 0.88 1.0 0.58 0.85 0.54 0.51 0.27 1.5 0.89 0.57 1.71 1.87 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0
1.99 2.59 0.23 0.03 0.05 0.0 5.19 0.03 0.05 0.0 0.0 1.91 0.0 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 3.68 4.81 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.36 0.41 0.0 0.0 0.0 0.0 2.99 0.0 0.0 0.0 0.23 9.98 0.59 9.09 0.31 0.0 3.4 0.0 0.0 0.0 0.0 5.41 2.86 1.05 0.64 10.32 8.27 4.91 9.44 3.16 0.66 1.64 5.59
0.01 0.3 0.04 0.01 0.02 0.06 3.79 0.01 0.01 0.04 0.45 7.42 1.27 2.64 0.99 0.52 0.98 0.88 0.42 0.43 0.53 0.78 2.62 0.91 2.09 2.55 3.44 0.04 0.13 0.13 0.02 0.0 0.69
0.04 0.03 0.0 0.0 0.02 0.0 0.95 0.0 0.0 0.0 0.68 1.22 0.53 0.58 0.12 0.38 0.37 0.18 0.26 0.11 0.11 0.27 0.26 0.1 0.57 0.47 0.6 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0
2.17 1.11 1.2 1.56 2.03 1.84 13.0 1.45 1.81 1.03 6.06 13.89 2.97 6.89 6.1 5.01 5.66 3.61 4.06 3.24 3.72 4.49 6.68 3.85 4.48 9.79 9.63 1.09 1.86 3.12 1.56 1.37 2.62
20.68 93.64 2.48 3.14 0.61 0.49 47.5 0.75 0.58 1.9 12.13 513.97 2.3 209.08 2.57 1.4 0.6 1.09 0.09 0.36 0.62 147.43 1.67 6.18 18.36 156.17 139.99 82.24 51.51 25.36 5.64 20.94 92.57
0.66 3.23 0.09 0.08 0.0 0.0 2.9 0.0 0.02 0.0 0.96 26.86 0.08 8.52 0.24 0.0 0.06 0.05 0.0 0.0 0.0 7.6 0.37 0.74 1.23 13.26 10.61 8.09 5.38 3.44 0.55 2.78 8.92
0.2 0.3 0.01 0.01 0.0 0.0 1.3 0.0 0.0 0.0 0.34 3.25 0.89 1.56 0.38 0.45 0.71 0.0 0.02 0.16 0.02 0.61 2.03 0.04 1.82 0.85 1.3 0.0 0.08 0.02 0.0 0.0 0.35
3.39 6.74 0.79 0.45 1.22 0.49 2.49 0.53 0.88 0.61 0.29 19.12 1.92 18.05 0.0 0.11 1.0 0.0 0.09 0.09 0.11 13.59 7.01 1.07 8.47 6.02 8.42 0.06 0.88 3.62 0.42 0.13 1.72
0.29 0.7 0.01 0.0 0.03 0.02 1.22 0.0 0.01 0.0 0.27 1.93 0.34 0.14 0.14 0.07 0.12 0.0 0.02 0.0 0.05 0.16 0.09 0.0 0.91 0.88 1.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.3 2.93 0.18 0.02 0.05 0.04 32.1 0.23 0.02 0.02 5.1 37.29 11.92 17.11 2.84 5.19 11.61 3.61 5.36 3.98 4.68 11.2 18.73 8.31 8.59 12.52 13.11 0.02 0.51 1.86 0.06 0.19 0.56
0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 2.23 0.0 0.0 0.0 0.47 2.67 0.4 1.51 0.26 0.2 0.32 0.18 0.28 0.11 0.14 0.11 0.57 3.18 1.01 0.54 0.66 0.02 0.0 0.01 0.02 0.04 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.0 0.0 0.0 0.16 1.12 0.15 0.36 0.0 0.07 0.15 0.03 0.0 0.07 0.02 0.0 0.15 0.1 0.81 0.42 0.48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.82 3.59 0.31 0.0 0.66 0.72 1.27 0.25 0.03 0.86 0.0 2.7 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.32 4.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.03 0.35 0.02 0.0 0.02 0.0 3.88 0.04 0.01 0.0 0.51 3.94 1.04 0.34 0.22 0.32 2.13 0.05 0.19 0.11 0.23 0.51 5.84 0.5 2.39 1.28 2.34 0.01 0.48 0.92 0.04 0.06 0.37
0.05 0.75 0.05 0.01 0.03 0.0 3.7 0.0 0.05 0.05 0.12 5.49 0.72 1.56 0.07 0.29 0.6 0.0 0.0 0.04 0.05 0.49 1.39 0.4 0.94 0.86 0.99 0.15 0.22 0.1 0.06 0.0 0.23
0.12 0.29 0.01 0.0 0.0 0.02 10.44 0.01 0.0 0.0 2.83 10.29 1.56 6.48 1.95 2.87 2.12 2.37 1.32 1.62 1.97 2.73 6.5 5.48 3.08 2.81 3.73 0.17 0.49 1.84 1.2 0.8 0.29
1.24 1.42 0.61 0.37 0.03 0.06 5.23 0.15 0.2 0.12 0.22 5.08 0.26 0.19 0.0 0.0 0.07 0.13 0.0 0.0 0.0 1.58 0.11 0.0 0.3 4.28 4.62 0.0 0.04 0.07 0.0 0.01 0.14
1.83 7.46 0.28 0.11 0.23 0.1 39.75 0.04 0.03 0.05 10.88 42.92 14.44 35.97 3.44 12.16 8.12 11.11 11.07 7.8 10.86 6.91 13.44 1.53 15.31 7.77 10.77 0.27 2.07 6.51 2.09 0.63 1.27
3.86 22.39 0.54 0.94 0.25 0.19 109.23 0.12 0.25 0.47 33.16 126.31 30.46 96.63 0.99 26.44 22.94 34.93 34.21 27.23 29.27 35.14 50.66 10.55 31.97 14.84 17.09 0.83 13.51 14.03 1.76 0.32 9.01
2.13 4.92 0.61 0.51 0.1 0.32 6.31 0.12 0.13 0.0 0.0 1.19 0.76 0.31 0.0 0.0 1.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.8 0.29 0.26 1.57 3.25 5.3 0.0 0.13 0.34 0.02 0.03 0.11
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.55 0.04 0.0 0.0 0.65 3.1 0.72 0.94 0.43 0.41 0.41 0.0 0.28 0.34 0.18 0.74 1.28 0.6 1.18 0.53 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15
0.04 1.57 0.02 0.0 0.04 0.0 21.01 0.01 0.0 0.0 1.1 17.07 2.53 5.57 0.19 1.11 2.57 0.78 0.56 0.16 0.46 1.56 3.79 0.87 3.64 5.2 5.25 0.55 1.62 0.79 0.55 0.08 0.31
1.74 7.51 0.6 0.63 0.21 0.54 45.99 0.12 0.12 0.0 12.36 44.64 22.2 25.63 1.03 7.29 19.03 4.77 4.39 2.25 3.38 20.37 17.17 3.44 28.25 24.92 31.15 1.2 3.83 5.73 2.75 2.18 3.14
0.0 0.12 0.09 0.0 0.0 0.0 12.45 0.0 0.0 0.0 0.27 14.25 0.25 4.03 0.12 0.05 0.38 0.1 0.26 0.0 0.18 0.83 1.23 0.6 1.3 4.97 4.67 0.0 0.03 0.07 0.0 0.0 0.07
0.0 0.03 0.02 0.0 0.0 0.0 4.48 0.0 0.0 0.0 1.18 4.01 1.79 2.9 1.83 0.27 1.46 1.36 1.06 0.9 0.94 0.41 1.5 0.24 2.19 1.97 2.35 0.2 1.07 1.25 0.24 0.03 1.16
0.03 0.09 0.02 0.0 0.01 0.0 2.73 0.0 0.0 0.0 0.03 1.15 0.23 0.19 0.02 0.02 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.2 0.46 0.12 0.43 0.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
152.72 342.19 19.33 4.88 1.55 2.54 520.65 1.79 1.16 0.62 4.15 445.25 20.6 71.73 4.59 0.14 12.26 0.1 0.21 0.13 0.11 53.19 82.77 1.19 47.54 235.65 312.13 2.41 65.96 31.51 1.34 0.3 26.44
0.24 1.65 0.15 0.04 0.03 0.0 40.48 0.0 0.0 0.0 13.59 42.21 19.18 22.8 15.93 11.28 15.76 9.7 9.82 7.77 7.71 4.48 21.46 48.36 13.81 15.68 16.71 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
0.0 0.1 0.03 0.01 0.08 0.04 3.73 0.19 0.38 0.07 0.99 4.03 1.51 2.21 0.72 1.31 0.44 0.28 0.68 0.65 0.73 0.5 0.6 0.83 3.69 1.83 2.4 0.0 0.02 0.22 0.05 0.01 0.17
7.36 30.52 2.7 0.78 0.78 0.3 174.57 0.44 0.89 0.3 37.34 159.3 8.47 63.52 3.29 8.98 6.8 9.8 16.87 11.55 13.45 49.94 3.31 3.2 42.99 94.27 97.63 38.68 30.46 24.82 38.68 37.27 43.45
0.0 0.05 0.01 0.0 0.0 0.0 2.66 0.29 0.0 0.0 0.04 4.68 0.41 1.06 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 1.62 0.71 0.48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.1 2.57 0.13 0.15 0.13 0.09 8.81 0.0 0.0 0.0 0.24 10.0 2.53 3.65 0.19 0.11 1.68 0.51 0.14 0.04 0.28 1.64 6.46 1.67 3.67 2.22 2.58 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01
6.02 37.25 1.23 1.1 0.35 0.3 24.41 0.68 1.04 0.72 1.57 104.51 7.8 40.99 2.88 0.18 14.2 0.0 0.0 0.25 0.05 91.14 47.51 5.92 22.39 82.18 67.48 17.03 32.68 10.92 3.17 5.56 22.2
0.01 0.05 0.0 0.03 0.0 0.0 2.97 0.0 0.0 0.0 1.16 2.79 0.96 0.86 1.71 2.21 1.79 0.71 1.13 0.74 1.15 1.12 0.26 1.63 1.21 2.23 2.22 0.04 0.02 0.07 0.0 0.0 0.07
1.93 2.63 0.81 0.91 1.2 2.04 19.49 0.79 0.97 0.9 6.93 20.2 1.84 13.17 4.42 8.71 3.23 5.46 4.82 4.36 4.71 7.85 3.37 3.02 3.94 3.21 3.33 1.98 2.8 3.41 1.93 2.0 2.85
1.95 3.73 1.07 1.76 1.5 2.24 8.19 0.98 1.46 3.55 5.86 6.64 2.27 5.28 3.05 6.75 3.7 7.22 6.44 4.22 7.35 3.85 3.22 2.11 3.86 6.85 6.93 0.65 0.82 1.23 0.85 0.62 1.6
1.46 4.95 0.38 0.12 0.02 0.0 2.83 0.01 0.0 0.0 0.02 2.53 0.49 0.36 0.14 0.0 0.64 0.0 0.0 0.0 0.0 0.38 2.42 5.74 1.35 4.46 4.66 2.63 3.05 1.14 1.95 4.35 0.72
2.99 6.73 0.17 0.0 0.05 0.06 8.45 0.01 0.06 0.06 3.25 16.19 6.24 6.91 0.58 1.31 5.08 1.06 1.69 1.28 1.65 6.23 5.64 2.78 7.58 9.14 10.87 0.52 1.03 1.41 0.84 0.54 2.02
0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 2.73 0.0 0.01 0.0 1.04 6.16 0.6 1.82 1.01 1.83 0.91 0.88 1.03 1.33 0.78 0.34 1.04 0.66 1.53 2.16 2.72 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
8.07 29.24 0.35 0.12 0.17 0.31 14.77 0.0 0.14 1.69 0.4 7.88 0.06 11.18 0.0 0.11 0.34 0.0 0.0 0.0 0.23 1.54 0.9 0.14 1.33 13.43 27.18 0.0 0.35 0.12 0.0 0.0 0.09
0.52 0.82 0.25 0.07 0.14 0.22 5.14 0.1 0.0 0.39 0.97 2.67 0.36 1.25 2.09 0.97 0.29 1.06 0.89 0.65 0.64 0.27 1.61 0.1 0.89 2.72 3.04 0.16 0.25 0.57 0.02 0.04 0.52
1.84 5.59 0.59 0.55 0.17 0.51 5.0 0.22 0.11 0.73 0.5 11.2 1.2 3.07 0.55 0.47 1.22 0.08 0.12 0.13 0.16 6.0 0.77 0.26 5.02 5.35 5.38 0.39 1.38 1.4 0.28 0.18 1.41
0.0 0.16 0.2 0.0 0.0 0.0 4.76 0.0 0.0 0.0 0.14 5.97 0.52 1.85 0.14 0.09 0.54 0.3 0.05 0.25 0.18 0.05 0.79 0.1 1.48 1.24 1.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
9.27 10.15 2.49 1.18 0.25 0.09 60.04 0.54 0.31 0.02 1.96 94.13 25.82 45.14 0.5 0.36 16.22 1.29 0.12 0.11 0.11 49.0 48.39 3.83 24.73 36.06 27.12 4.35 3.64 7.72 9.89 7.03 23.32
1.51 1.67 0.5 0.04 0.02 0.06 3.69 0.0 0.0 0.0 0.0 16.19 0.0 1.44 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 1.47 0.13 0.46 0.57 5.25 4.75 0.03 0.0 0.03 0.0 0.0 0.04
0.19 0.22 0.07 0.09 0.06 0.0 4.92 0.04 0.11 0.0 3.51 5.9 3.1 2.04 1.9 3.18 2.76 2.73 2.47 2.29 3.03 2.89 5.51 5.64 1.38 6.0 4.52 0.23 0.74 0.76 0.37 0.25 0.8
0.16 0.5 0.03 0.0 0.02 0.0 8.51 0.01 0.01 0.0 2.11 17.74 2.86 10.97 2.96 3.2 3.64 1.31 1.55 1.53 1.24 2.96 6.06 3.34 4.7 2.76 3.49 0.04 0.19 0.66 0.06 0.0 0.25
4.64 11.98 1.83 1.1 1.42 3.39 8.28 1.94 2.99 2.14 5.86 7.76 1.41 3.36 3.32 3.16 4.01 6.36 3.62 4.74 3.9 2.09 4.41 0.81 4.72 9.81 12.05 0.12 0.49 1.25 0.07 0.09 2.23
189.36 406.56 26.7 29.44 11.34 15.66 679.89 7.25 5.13 12.13 16.16 883.45 41.0 349.44 4.08 12.16 61.31 4.82 3.48 4.02 1.95 235.91 74.95 52.87 96.49 650.67 541.9 16.64 98.26 134.88 12.01 15.21 305.64
0.33 1.31 0.41 0.12 0.31 0.22 23.73 0.14 0.12 0.2 2.96 12.51 9.18 16.25 11.49 23.89 5.39 3.11 1.83 0.85 1.08 3.84 19.66 23.03 6.13 9.18 7.52 3.33 3.23 4.2 2.94 3.87 3.81
0.01 0.09 0.0 0.01 0.0 0.0 0.71 0.03 0.02 0.0 0.12 0.62 0.13 0.5 0.07 0.05 0.35 0.0 0.05 0.0 0.0 0.13 0.71 0.08 0.59 0.48 0.58 0.06 0.21 0.28 0.09 0.13 0.41
0.11 0.02 0.07 0.04 0.02 0.0 3.12 0.0 0.02 0.0 0.24 3.72 0.51 3.02 0.29 0.43 0.14 0.53 0.19 0.31 0.21 0.26 1.26 0.56 0.57 0.74 1.02 0.02 0.06 0.09 0.1 0.26 0.03
0.65 1.72 0.4 0.22 0.3 0.43 7.02 0.22 0.34 0.29 7.29 8.47 2.82 2.02 3.29 3.14 3.39 4.77 5.15 3.71 5.1 2.68 5.6 1.69 4.45 8.09 12.06 0.12 1.09 0.97 0.1 0.01 2.22
0.33 1.02 0.01 0.0 0.01 0.02 3.23 0.0 0.0 0.03 0.25 2.82 0.24 2.14 0.22 0.32 0.26 0.25 0.21 0.31 0.07 0.34 0.26 0.04 0.37 1.4 2.13 0.0 0.13 1.32 0.01 0.0 0.15
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.32 0.08 0.0 0.0 0.0 1.93 0.32 0.0 0.07 0.2 0.12 0.0 0.26 0.07 0.07 0.04 0.09 0.0 0.62 0.49 0.61 0.01 0.03 0.0 0.01 0.0 0.04
2.94 1.79 2.94 3.16 2.33 2.8 55.28 0.36 0.56 2.28 3.65 34.76 2.35 15.45 14.9 5.05 9.44 3.13 4.89 4.2 4.91 11.55 16.55 2.21 10.14 17.55 24.61 10.67 10.23 7.88 8.3 7.97 15.06
1.63 3.25 0.08 0.0 0.03 0.0 6.62 0.08 0.0 0.0 0.04 4.03 0.01 0.22 0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0 1.02 0.84 0.02 0.3 2.94 4.23 0.0 0.05 0.7 0.0 0.0 0.17
1.87 5.07 1.07 0.9 0.59 1.94 5.74 0.5 0.62 1.06 0.6 6.33 1.21 3.36 1.13 1.47 1.73 0.33 0.31 0.4 0.44 1.33 5.55 1.43 1.87 3.82 4.0 0.24 0.49 0.64 0.28 0.14 0.48
0.01 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 3.22 0.0 0.0 0.0 0.12 2.08 0.16 0.79 0.0 0.2 0.05 0.0 0.09 0.0 0.21 0.52 0.77 1.07 0.32 0.82 0.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
0.0 0.14 0.01 0.0 0.0 0.0 4.06 0.03 0.0 0.0 0.43 8.59 1.94 3.05 1.23 0.38 1.8 0.66 0.4 0.25 0.3 0.95 3.09 3.66 1.43 2.65 2.82 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.7 5.6 0.14 0.08 0.05 0.13 33.92 0.05 0.03 0.35 7.51 39.15 3.98 22.53 7.04 7.63 6.97 5.51 4.6 4.38 5.28 6.92 13.07 4.89 8.56 13.32 18.02 0.03 0.71 1.71 0.08 0.01 1.49
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.33 0.0 0.04 0.0 0.01 1.84 0.06 0.17 0.07 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.31 0.0 0.3 0.43 0.33 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)