Heatmap: Cluster_168 (HCCA cluster)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
241.22 376.75 163.23 251.77 188.14 311.79 337.74 335.32 348.31 1285.65 341.75 385.04 237.35 293.43 421.97 366.82 139.64 398.62 391.63 351.74 374.73 287.23 317.61 190.69 272.77 307.74 283.63 133.16 175.78 182.04 159.13 133.23 196.97
0.77 1.78 0.33 5.89 1.6 6.29 0.32 10.91 4.39 88.74 0.14 0.41 0.0 0.17 0.0 0.11 0.88 0.08 0.0 0.0 0.0 0.44 0.0 0.0 0.02 5.59 6.42 0.34 0.46 0.42 0.27 0.29 1.61
0.21 0.12 0.27 0.11 0.28 0.17 0.52 0.22 0.4 1.65 0.41 0.43 0.07 0.1 0.0 0.41 0.01 0.3 1.06 0.04 0.55 0.15 0.18 0.2 0.25 0.05 0.09 0.45 0.29 0.35 0.13 0.1 0.47
0.05 0.26 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.09 0.14 0.17 0.19 0.14 0.03 0.0 0.0 0.05 0.07 0.18 0.12 0.09 0.0 0.05 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0
0.05 0.41 0.77 6.3 2.09 3.49 0.51 14.4 15.09 241.12 2.05 1.81 0.3 6.79 0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.43 0.0 0.41 1.17 0.68 0.37 7.47 8.53 0.0 0.24 0.58 0.28 0.13 0.76
0.0 0.24 0.29 0.17 0.46 0.54 0.02 5.87 2.59 48.48 0.0 0.12 0.24 0.05 0.0 0.0 0.68 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.46 0.0 0.44 0.44 0.86 0.0 0.0 0.08 0.02 0.0 0.1
5.18 16.17 1.85 8.43 7.4 6.73 27.14 9.51 22.84 93.31 0.5 16.85 1.39 2.74 0.0 0.0 0.52 0.53 0.92 0.0 0.0 1.53 1.34 0.7 3.45 4.16 4.91 0.05 0.53 1.46 0.19 0.35 0.64
10.81 7.08 23.58 43.86 37.08 88.34 0.83 114.13 136.35 508.87 0.9 3.29 0.0 4.32 7.83 0.29 1.35 0.58 0.92 0.83 0.46 1.39 0.0 0.22 0.44 1.93 2.35 0.88 1.88 3.19 1.68 1.88 5.1
0.0 0.2 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.28 0.02 6.5 0.34 4.63 0.01 2.47 0.14 0.43 0.0 0.25 0.05 0.02 0.23 0.31 0.0 0.0 0.15 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
73.3 76.98 97.75 133.89 141.0 248.55 20.57 244.96 201.24 1087.56 0.0 13.77 0.0 4.99 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 1.06 0.0 0.0 0.66 0.16 0.33 0.0 0.09 0.05 0.02 0.0 0.08
1.35 2.17 2.41 8.16 4.57 7.79 0.39 3.41 2.59 23.75 3.02 1.17 0.08 1.99 0.72 0.68 0.57 1.52 0.42 0.58 0.6 0.52 0.15 0.3 1.11 0.0 0.0 0.33 0.21 0.29 0.63 0.52 0.31
8.4 12.12 1.77 6.23 5.85 2.62 1.82 19.51 32.24 108.43 7.87 5.01 10.89 0.22 50.29 13.67 11.79 4.7 10.15 7.28 11.37 1.97 3.44 0.42 21.26 4.97 9.44 7.57 13.5 5.15 7.62 4.2 20.71
6.17 2.23 6.13 7.67 17.24 8.2 14.44 63.65 36.49 102.48 4.56 9.98 0.42 2.86 1.01 2.68 0.27 2.48 1.69 1.62 1.74 0.15 2.53 1.19 0.71 1.61 1.95 4.01 19.73 29.24 8.56 6.56 11.68
0.44 0.32 0.29 0.25 0.36 0.06 0.27 0.22 0.07 1.23 0.07 0.26 0.08 0.07 0.22 0.0 0.05 0.0 0.02 0.13 0.14 0.23 0.07 0.18 0.1 0.05 0.05 0.24 0.06 0.03 0.07 0.05 0.21
0.02 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.04 0.0 0.33 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.04 0.0 0.22 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01
0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
2.87 1.85 3.78 2.47 3.56 2.43 4.04 4.94 4.37 15.4 3.77 5.08 1.47 3.53 2.45 2.53 1.28 1.72 2.18 2.25 3.26 3.58 2.31 1.51 5.17 2.97 2.82 1.59 2.61 1.43 1.92 1.9 2.34
9.4 9.79 7.32 26.28 28.07 59.12 4.74 89.95 70.12 368.85 0.99 2.82 1.54 0.07 0.29 1.02 1.88 1.06 0.28 0.16 0.53 2.85 0.88 0.24 2.58 8.85 9.85 21.93 48.63 13.43 12.44 14.71 23.05
400.07 685.07 346.51 484.4 606.76 657.2 1197.03 722.76 556.78 1344.26 240.31 925.34 343.75 340.65 1172.41 224.7 155.22 231.5 274.42 381.47 297.88 329.35 411.58 602.04 407.9 502.15 504.55 48.66 65.29 77.29 54.95 57.29 91.03
0.35 0.31 0.23 0.18 0.15 0.19 0.0 0.04 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.12 0.02 0.0 0.08 0.18 0.09 0.13 0.01 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.02 0.0 0.34 0.26 1.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.29 0.32 0.38 0.81 0.46 0.61 0.01 0.98 0.51 5.52 0.1 0.12 0.03 0.0 0.34 0.23 0.01 0.66 0.12 0.38 0.23 0.09 0.0 0.0 0.0 0.32 0.33 0.63 0.85 0.47 0.62 0.34 0.99
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.36 0.0 0.0 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.43 0.98 0.22 0.49 0.22 0.82 2.15 13.75 2.0 84.21 6.64 6.45 3.36 63.42 29.39 36.66 1.49 22.15 18.35 50.01 26.96 11.92 1.19 6.74 0.12 5.57 2.57 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
530.5 925.5 449.34 626.68 412.76 523.79 142.77 1052.67 683.51 4178.54 162.03 295.68 68.79 162.82 84.58 67.44 106.96 128.76 103.09 89.17 106.67 176.6 114.4 16.27 208.36 148.98 176.43 39.28 42.29 61.95 47.44 48.04 63.82
0.32 0.78 0.45 1.06 1.22 3.91 0.51 3.68 3.29 13.11 0.92 0.93 0.03 0.24 1.01 0.79 0.13 0.58 0.92 0.61 1.13 0.34 0.4 0.0 0.32 0.94 1.19 0.52 1.19 0.91 0.55 0.69 0.83
0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.04 0.0 1.45 0.17 8.92 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.01 1.98 0.54 1.2 0.02 11.06 3.77 125.03 5.31 2.91 1.01 0.19 9.03 4.22 1.1 4.5 4.82 7.08 5.6 0.45 0.11 1.99 0.89 4.7 5.07 0.34 1.34 1.93 0.24 0.36 0.22
0.16 1.69 0.03 0.24 0.32 0.0 0.42 0.74 0.49 3.1 0.0 0.17 0.03 0.26 0.07 0.07 0.04 1.01 0.42 0.31 0.25 0.08 0.0 0.28 0.07 0.37 0.27 0.92 1.01 0.91 0.52 0.52 1.18
2.25 1.37 18.06 32.77 16.47 30.95 3.51 256.58 94.79 616.67 65.88 21.25 2.0 61.48 89.03 135.2 1.85 125.09 114.53 189.04 109.7 13.4 1.43 3.93 0.49 14.38 7.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.05
7.29 5.63 20.32 39.6 19.78 11.71 6.33 27.82 19.88 196.4 0.18 6.52 2.11 16.37 0.0 0.0 1.58 0.0 0.0 0.0 0.0 3.7 0.71 0.08 3.79 0.25 0.61 0.02 0.12 0.29 0.4 1.65 0.3
0.0 0.0 0.03 0.0 0.12 0.06 0.0 1.86 0.4 225.51 0.79 9.98 0.0 3.91 0.0 0.2 0.0 0.0 0.31 0.36 0.14 0.42 0.0 0.0 0.0 0.03 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.64 0.17 7.79 0.0 3.87 0.03 0.62 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.26 0.0 0.0 0.07 0.11 0.16 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0
0.03 0.0 0.03 0.06 0.35 0.0 0.0 8.46 1.82 77.21 0.22 0.79 0.02 27.48 0.0 0.45 0.03 0.0 0.16 0.11 0.11 0.13 0.0 1.17 0.0 0.01 0.01 0.03 0.0 0.12 0.02 0.0 0.02
0.0 0.0 0.0 0.65 0.41 0.94 0.0 3.09 4.54 15.72 0.0 0.64 0.65 0.26 0.0 0.5 0.11 0.0 0.0 0.0 0.3 0.05 0.0 0.08 0.15 0.59 0.46 0.36 0.2 0.05 0.63 0.05 0.24
2.67 8.63 1.28 1.41 0.49 0.0 5.79 3.21 3.37 16.17 0.13 4.13 0.0 4.44 0.0 0.56 0.07 0.0 0.59 0.27 0.0 0.64 0.0 0.0 0.0 2.74 3.97 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
3.42 20.75 1.97 3.28 4.71 8.66 8.32 11.0 6.47 31.44 1.37 10.6 1.56 5.45 0.79 2.5 2.48 1.11 4.04 0.61 0.51 2.93 12.96 0.22 11.47 3.94 3.22 0.11 2.51 3.11 0.29 0.19 10.95
0.0 0.04 0.0 0.51 3.55 1.78 0.0 31.73 17.56 77.36 0.06 0.0 0.06 0.0 0.41 0.45 0.01 0.0 0.33 0.0 0.11 0.0 0.11 0.0 0.27 0.53 0.35 0.02 0.0 0.0 0.0 0.05 0.19
0.0 0.0 0.0 0.27 0.11 0.0 0.0 0.41 0.13 3.08 0.38 0.1 0.0 0.0 3.53 0.54 0.11 0.0 0.09 0.09 1.47 0.0 0.0 0.0 0.1 0.01 0.08 0.13 0.11 0.15 0.0 0.05 0.0
1.28 4.69 0.64 0.44 1.01 0.75 16.95 5.04 3.17 48.5 4.11 44.04 2.04 36.23 4.33 1.85 1.38 1.94 1.57 2.54 3.9 3.44 1.12 0.83 7.09 2.86 4.1 2.66 12.17 11.32 4.37 3.06 10.99
0.16 0.09 0.13 0.14 0.18 0.19 0.17 0.34 0.31 1.31 0.0 0.1 0.0 0.5 0.05 0.07 0.02 0.0 0.12 0.04 0.0 0.0 0.0 0.28 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.15
0.0 0.0 0.03 20.96 31.67 3.7 0.0 120.58 50.7 322.21 0.0 6.25 0.54 1.15 0.0 0.18 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.26 0.0 0.39 2.93 5.15 0.0 0.09 0.28 0.14 0.1 0.1
22.16 91.43 5.49 10.78 11.29 2.92 28.99 50.36 28.05 625.25 39.07 36.24 5.7 26.13 26.72 31.97 5.37 32.03 25.98 25.86 33.5 34.89 6.1 1.17 16.39 33.88 35.85 3.87 3.45 2.5 5.1 5.15 1.16
0.0 0.0 0.0 0.04 1.56 0.67 0.0 2.61 6.58 48.72 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.01 0.0 1.5 2.18 0.58 0.06 15.79 7.13 37.69 0.08 4.89 0.29 1.85 0.0 0.23 0.08 0.03 0.0 0.0 0.0 0.04 0.33 0.14 0.17 3.75 5.68 0.22 0.71 1.16 0.4 0.12 0.64
0.16 0.18 0.19 0.2 0.2 0.4 1.44 0.08 0.31 3.43 0.72 3.29 1.63 2.57 0.31 0.14 0.13 0.66 0.31 0.67 1.15 0.95 0.51 0.74 1.48 0.06 0.11 0.1 0.07 0.22 0.18 0.04 0.23
0.03 0.07 0.02 0.07 0.07 6.83 0.0 14.6 18.47 105.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 2.39 1.86 0.12 0.84 0.24 2.69
55.05 40.05 81.77 138.82 107.83 85.24 91.65 111.89 163.19 490.17 102.71 93.41 34.72 127.83 146.98 149.7 27.58 98.25 114.29 152.48 122.63 28.64 10.8 46.51 66.37 63.78 55.78 47.31 42.57 39.13 47.39 38.09 47.17
0.07 0.36 0.85 0.39 1.96 2.29 17.8 13.21 29.59 123.9 12.88 53.64 9.15 24.09 4.04 1.56 23.66 2.0 2.42 3.55 2.82 25.14 6.85 8.05 9.25 5.89 8.49 0.1 1.9 3.56 0.05 0.0 16.7
6.2 18.3 5.11 8.22 7.49 8.33 18.45 10.93 10.58 51.71 2.0 1.93 0.03 1.94 0.41 1.31 0.8 0.78 0.8 0.61 0.53 0.35 1.1 2.25 0.17 7.2 3.57 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
100.57 54.77 130.68 187.75 176.79 461.83 58.22 238.18 218.87 1181.49 0.12 57.08 0.17 14.21 0.0 0.0 0.77 0.66 0.0 0.22 0.0 6.42 2.09 0.3 32.68 10.36 18.6 1.92 26.27 21.12 3.44 1.16 46.22
2.29 3.57 3.7 8.49 9.9 21.12 15.77 16.9 9.71 99.18 4.22 16.26 5.66 7.63 3.7 6.88 1.74 8.18 8.76 6.31 11.02 1.54 2.82 5.38 5.07 6.05 4.86 4.59 4.26 3.63 4.28 5.43 4.54
1.05 0.4 4.67 8.99 10.67 14.62 0.79 73.16 36.84 218.96 42.51 12.63 0.8 11.73 14.56 72.34 5.77 35.18 24.15 15.37 29.41 9.57 5.33 2.4 2.46 6.83 7.36 35.6 21.6 18.31 37.72 38.63 17.0
0.18 0.2 3.04 5.39 4.07 4.06 1.02 8.18 11.83 36.68 0.0 0.02 0.0 0.07 0.0 0.0 0.05 0.0 0.02 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.02 1.67 2.2 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01
0.0 0.0 0.01 0.34 0.14 0.02 0.0 2.2 0.86 11.85 0.0 0.14 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.07 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
2.88 0.44 6.27 8.88 15.93 46.77 0.99 31.41 35.26 139.87 0.22 2.84 0.0 4.27 0.43 1.94 0.06 0.18 0.28 1.01 0.32 5.02 1.59 16.57 0.91 0.49 0.44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
60.69 39.05 171.37 456.19 348.14 243.69 221.21 536.03 641.09 2968.1 28.8 286.16 1.71 124.01 69.27 13.36 14.47 33.67 33.67 70.88 39.45 31.33 0.0 1.35 3.74 36.69 73.42 5.87 44.87 151.04 49.22 41.56 67.54
1.55 1.05 0.83 0.51 0.95 1.69 0.58 3.99 2.35 15.87 1.03 0.62 0.07 3.74 0.0 1.35 0.21 0.93 0.47 0.45 0.39 0.96 0.0 5.68 0.17 0.32 0.63 0.0 0.11 0.17 0.0 0.0 0.16
0.02 0.69 0.21 1.0 2.11 3.35 6.66 5.48 5.19 44.66 0.0 0.72 0.0 0.0 0.17 0.16 1.29 0.0 0.0 0.34 0.34 0.08 0.0 0.0 0.0 4.58 4.5 0.0 0.08 0.29 0.0 0.0 0.33
0.06 0.47 0.35 0.24 0.62 0.89 0.61 0.73 0.62 4.36 0.64 0.5 0.36 0.0 0.0 0.11 0.03 0.0 0.99 0.11 0.23 0.3 0.0 0.1 0.25 0.0 0.07 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)