Heatmap: Cluster_176 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - 0.86 - - - - - - - - - 2.36 - - - - 2.11 1.76 - - -1.03 - 2.13 3.01 0.76 - 1.9 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- -5.1 -2.33 -2.9 -4.99 - -1.33 - - - - 0.08 - - - - -1.23 - - - - -2.65 -0.26 -0.56 - 1.23 0.46 -1.69 3.77 2.57 1.08 0.41 1.01
- - - - - - - 2.92 - - - - - - - - - - - - - - - 3.52 - 0.48 - 1.45 3.3 - - - -
-5.89 -4.26 -7.14 -7.92 -5.03 - -0.26 - -4.58 -4.57 -1.08 0.94 -2.6 -1.07 -2.61 -3.14 -1.46 -4.74 -2.04 -2.1 -0.65 0.14 -1.45 -0.84 -3.01 0.5 0.38 0.44 3.58 2.34 0.02 -0.06 0.97
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
-2.93 -1.71 -4.23 -4.8 -4.0 - -0.46 -1.14 -2.08 -3.96 -2.74 -0.3 -6.76 -0.33 -3.11 - -1.7 -5.63 -2.15 -1.94 -2.96 -0.03 -0.97 -1.02 -1.71 0.47 0.58 1.15 3.37 2.37 0.79 0.55 1.01
- - - - -0.35 - - 1.14 - - - - - - - - -2.82 - - - - - - 1.73 - - - 2.84 1.92 1.03 0.9 2.92 2.05
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.97 - - - - - - - - - - - 4.49 2.4 - 2.37 -
- -4.67 -8.02 - -8.66 - -0.66 -4.5 -7.46 - -1.33 0.1 -3.13 0.6 -2.28 -1.0 -0.99 -3.38 -1.9 -1.74 -1.56 0.03 -0.92 -0.51 -2.13 -0.3 -0.06 0.59 3.5 2.28 0.52 0.13 1.35
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 3.99 - - -
0.55 0.5 -0.04 -0.55 -0.26 -0.4 0.03 0.15 -0.08 0.55 -2.96 -0.63 -2.74 -2.29 -1.29 -2.73 -1.37 -3.49 -3.8 -3.59 -3.66 -0.51 -2.68 -1.82 -1.65 0.42 -0.08 -0.29 2.88 1.83 0.11 -0.12 1.3
-0.6 -1.2 1.06 0.75 -2.12 -3.31 -0.46 -2.46 -5.68 -2.7 - -3.7 -4.15 -3.85 -5.93 - -2.0 - - -4.71 -6.0 -0.49 -3.81 -2.76 -3.65 -0.34 -0.77 -0.56 3.68 2.42 0.21 -0.52 1.65
-0.14 -1.87 -2.29 -1.86 0.8 - - -0.91 - - -0.17 - - - - - -1.9 - - - - - -0.19 - - - -3.35 2.57 3.59 -1.02 -1.28 0.01 2.81
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.76 - - - - - - - - - - - 3.97 - - 3.96 -
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.19 - - - - - - - - - -0.26 3.78 3.1 - - 3.24 -
0.27 - - - -0.96 - - - - 0.91 - - - - - - 1.83 - - - - - - 1.09 - - -2.05 1.96 2.93 1.28 1.31 1.25 2.23
- - - - - - - - - 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.44 3.74 - - - -
- 0.64 - - - - - - - - - - - - - - -0.32 - - - - - - - - - - - 3.86 2.32 - 1.41 3.08
- -0.42 - - -1.27 - 1.01 -0.27 - - 0.35 0.9 0.32 -1.41 -0.41 -1.5 -2.01 2.36 -0.45 -1.51 -1.48 -1.35 -0.54 1.14 - - -3.25 1.58 1.84 0.86 0.46 1.12 -0.04
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
-4.24 -2.33 -1.7 -4.95 -3.0 -2.35 -1.34 -2.71 -3.31 - 0.3 -1.3 -4.22 2.19 - -2.03 -2.79 - - -1.38 -3.23 1.46 0.08 -2.19 -0.19 -0.82 -0.46 -1.0 3.59 1.4 -0.8 - 1.2
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - -0.82 - - - - 0.2 - 1.21 - - 0.48 - - - 0.14 - - -0.05 - -0.71 0.22 1.07 3.17 1.69 1.11 2.45 0.81
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.68 - - - - - - - - - - - 4.9 - - - -
- - - - -0.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 2.85 1.16 2.19 1.12 3.32
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.47 3.99 - 2.46 2.59
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - 1.0 - - - - - - - - - - 1.03 - - - - - 2.39 3.01 1.92 - 2.96 2.02
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - 1.74 - - - - - -3.79 - - - - - - - - -0.52 - 3.2 3.35 - - 2.61 1.74
-3.46 -2.4 -3.73 -4.73 -7.07 -4.98 -0.2 -5.03 -5.13 - -2.0 0.51 -4.85 0.48 -3.44 -3.85 -1.61 -2.11 -1.4 -2.69 -1.92 0.31 -0.89 -0.56 -1.48 0.51 0.52 0.65 3.44 2.24 0.29 -0.13 1.02
- -0.7 - -0.21 -0.16 -0.65 - -2.35 0.39 - 0.57 - - - - - 0.21 - -0.47 - - - - - 2.01 -0.83 -1.2 1.63 2.19 1.94 2.03 1.15 1.19
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.48 - - - - 2.02 4.0 - - - - - 3.1 2.0 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.65 - - - - - - - - - - - 4.3 2.64 2.68 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -4.1 - - - - - -0.23 0.96 -0.07 -3.39 -1.69 - 3.68 3.27 -0.98 1.04 1.92
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.53 2.78 2.79 1.76 3.69 -
- - - - - - 0.18 - - - 1.59 - - - - - -2.37 2.63 - - 1.17 - 1.11 - - - - 2.36 1.92 1.43 1.34 1.4 0.33
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.34 - - - - - - - - - - - - - - 4.8 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- -4.14 - - - - -4.58 - - -0.47 -0.73 -2.25 1.38 - -1.98 0.48 -1.67 - -0.35 -3.07 -0.82 -5.5 -0.6 - 0.93 -0.68 1.45 -3.08 3.45 2.09 1.3 -0.48 -0.11
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 - - 0.53 - - 2.63 - - 2.6 2.78
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.3 2.1 - 3.0 3.44
-0.32 -0.63 -0.76 -0.89 -0.2 -0.49 0.03 -0.55 -0.63 -0.69 -1.87 -1.18 -0.46 -1.26 -0.52 -1.44 -0.38 -1.99 -2.82 -1.85 -1.69 -0.84 -0.08 -0.01 -0.38 0.13 0.43 1.09 2.18 1.6 0.98 0.58 1.22
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.69 - - - - - - - - - - - 4.9 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.6 - - - - - 3.88 - - -1.11 - 2.06 2.78 0.07 1.65 0.04 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.47 - - - - - - - - - - - 3.39 1.36 2.16 3.17 2.34
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.39 - - - - - - - - - - - 4.38 - - 3.25 -
- - - - - - - - -3.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.3 4.23 0.32 -0.15 -4.72 3.43
-3.89 -3.07 -5.45 -4.02 -3.72 -4.59 -2.54 -0.27 -0.27 -1.06 -2.88 -0.14 -0.53 -1.24 0.43 -3.13 -0.77 -2.93 -4.03 -3.49 -2.76 -1.35 -0.69 -2.16 0.07 -0.22 1.33 -0.81 3.36 2.18 -0.69 -1.19 1.84
- - - - - - - - - - - - 0.85 - - - - - - - - - - - - - - 2.9 1.83 2.18 2.17 3.01 1.61
-0.21 - - - - - 0.46 -1.41 - - 1.54 - - 0.5 - - -1.34 1.58 2.06 - - - - 3.06 - - -1.9 - 2.11 0.5 0.28 - 1.58
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.23 - - - - - - - - - - 3.24 4.49 - - - -
-2.75 -2.62 -2.28 - -4.32 -0.29 2.24 -3.28 -2.95 -1.13 - 1.43 -1.39 -0.85 - - -0.39 - - - - 1.27 - - 0.27 -2.42 -0.08 -3.15 3.69 1.67 -1.8 -5.18 -0.9
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.8 - - - - - - - - - - 3.81 4.11 - - - -
- -2.38 - - - - - - - - - - - - - - -3.94 - - - - - - - -0.67 - -1.79 0.54 3.97 2.76 1.52 - 2.34
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.42 - - - - - - - - - - 2.52 3.75 3.47 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.32 - - - - - - - - - - - 3.91 - - - 3.96
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
0.28 - - - - - - - - - - - 1.44 - - 1.43 -4.98 0.42 - - - - - 1.9 2.19 -1.44 -0.15 - 2.7 0.31 2.68 0.36 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.8 - - - - 3.14 - - - - - - 4.37 - - - -
-1.11 - - -1.65 - - - - - - - - - - - - 0.81 - - - - - 4.16 - - - -2.28 - 3.37 0.0 0.09 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.79 - - - - - - - - 1.3 0.71 2.36 3.79 1.1 0.84 - 2.08
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - 3.17 - - - - - - - - 2.25 2.14 - 2.23 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - 4.05 - - - - 2.28 - - - 3.37
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - - - -0.12 - - - -2.48 - - - - 0.49 0.82 - - -0.88 - -0.38 3.9 2.86 0.5 0.55 1.24
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.94 3.24 - - 3.99 -
- - - -1.97 - - - - - - - - -1.72 - -1.06 - -0.94 - - - - -3.74 - -0.9 - -1.95 -1.91 -1.18 4.04 3.43 0.14 -3.8 0.57
- - - - - - - -3.01 - - - - 2.25 - - 0.56 -3.96 1.62 - - - - -0.7 2.29 2.58 -2.18 -0.69 -0.28 2.62 -0.15 0.74 0.38 -1.56
-2.01 -4.22 - -5.06 - -3.56 0.57 -4.2 - - -4.46 0.26 - -3.35 - - -1.03 -2.06 -2.16 -1.13 -0.83 0.59 -0.6 -0.1 - -4.92 -3.18 0.71 3.67 2.69 0.41 -0.72 0.8
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - -1.3 - - - -0.79 - - - - 0.22 - 0.23 1.23 0.14 -0.93 - - - 0.16 0.13 0.1 - - -1.84 -3.22 1.76 2.17 1.81 0.8 2.4 1.86
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - 4.97 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - 1.42 1.49 1.65 1.46 3.56 2.23
- -1.64 - - - - -1.36 - - 0.39 -0.07 -0.65 -0.0 - 0.7 - -3.22 - -0.11 - -0.4 - - -1.4 1.73 -1.25 -0.28 -2.92 3.4 2.21 1.7 -0.78 -0.17
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.43 - - - - - - - - - - - 4.79 - - - -
-0.76 - - 0.86 -1.23 - - - - - - - - - - - 1.59 - 0.95 - - - - - - -0.7 -0.83 -0.1 3.52 -0.15 1.51 1.91 2.05
- - - -0.89 -1.42 - -0.16 - - - -0.06 - 0.84 - - 1.81 0.71 - 0.87 - 0.84 - - 2.23 1.94 - -1.53 1.46 2.37 - - - 1.53
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.11 - - 3.97 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.34 - - - - - - - - - - - 3.98 3.88 - - -
-0.19 -0.92 - -1.91 - - -1.14 - 0.06 - 2.09 0.87 -1.2 -0.12 - - 0.37 - - - - - 1.34 -0.37 -0.08 -0.86 -3.54 0.23 1.7 0.44 1.45 0.98 2.52
- - - - - - - - - 2.56 - - - - - - 1.71 - - - - - - - - - 0.73 - - - - 4.47 -
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.26 - - - - - - - - - - 0.92 4.41 2.26 - - 2.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.18 - - - - - - - 2.0 -0.31 -1.37 2.47 3.48 - - 0.93 3.01
-3.71 -0.54 -2.12 -1.25 -2.53 - 0.28 -2.02 -4.5 -4.01 -1.39 0.59 -4.63 1.23 -1.57 -1.08 -1.02 - - -2.09 -2.05 0.59 -2.11 -1.02 -0.95 0.29 0.31 0.16 3.38 1.97 0.15 -0.58 0.46
- - - - - - - 1.5 - - - - - - - - - - - - - - - 3.69 - - - 1.42 3.87 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.48 3.42 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.78 - - - - - - - - - - - - - 3.01 4.43 -
0.0 0.18 -2.56 -1.88 -1.9 -1.78 -0.52 -0.82 -1.93 -1.7 -4.04 0.23 -3.6 -0.88 -3.52 -4.03 -5.49 - - - - -0.67 -1.18 - -1.68 0.83 1.46 1.21 2.76 1.74 1.7 1.19 1.08
- 0.43 - - - - - - - - - - 1.17 - - - -4.27 - - - - - - 1.98 - - - - 3.53 2.74 - - 2.84
- -2.89 - - - - - - - - - - - - - - -2.67 - - - - - - - - 0.02 -2.06 1.47 4.08 3.06 -1.04 -0.64 1.24

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.