Heatmap: Cluster_378 (HCCA cluster)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
1.56 1.55 0.12 0.17 0.1 0.32 3.71 0.16 0.29 0.0 9.74 0.67 5.03 0.0 373.45 0.54 15.41 10.38 2.04 2.85 4.91 0.67 1.08 0.12 7.04 8.05 5.49 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.07 0.05 0.0 0.7 0.0 0.02 0.51 0.0 0.07 0.09 0.08 0.0 0.0 0.25 0.01 0.01 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.93 0.43 0.32 0.0 8.79 1.24 0.2 1.01 0.54 0.54 0.67 0.4 0.35 0.16 0.34 0.39 0.45 0.66 0.31 0.07 0.69 0.33 0.22
0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.28 0.76 0.25 0.62 4.4 1.13 0.13 0.33 0.73 0.63 0.71 0.36 0.37 0.2 0.17 0.44 0.6 0.26 0.37 0.03 0.54 0.22 0.15
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.5 0.81 2.13 0.17 39.29 11.39 0.72 13.71 9.02 9.8 10.08 0.29 0.15 0.06 1.5 0.26 0.93 8.85 7.8 5.03 7.45 7.69 4.42
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 3.74 0.62 1.12 0.0 15.11 10.49 0.55 3.46 5.52 4.07 5.67 0.24 0.0 0.0 0.37 0.09 0.22 4.23 3.98 3.97 4.46 3.7 3.27
0.15 0.02 0.0 0.07 0.02 0.0 0.0 0.0 0.08 0.2 3.86 1.93 19.95 4.37 686.83 19.29 7.68 27.78 4.79 4.02 19.49 11.03 8.02 4.87 9.97 9.6 11.96 102.46 30.66 27.0 123.37 34.73 22.59
0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.04 0.04 0.05 0.0 1.96 0.45 12.09 0.19 118.51 2.3 2.02 27.96 1.03 0.49 3.58 0.41 3.55 2.13 7.09 0.0 0.0 9.73 0.09 0.1 15.76 5.13 0.49
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.04 0.38 0.91 0.46 6.68 0.0 0.06 0.2 0.0 0.0 0.0 1.46 0.0 0.22 2.09 0.03 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.03 4.51 0.93 0.2 0.48 19.73 8.26 1.38 4.85 6.67 5.98 6.15 0.67 0.31 0.14 0.1 0.2 0.21 2.22 1.86 2.68 1.76 1.54 1.54
0.03 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.2 0.43 0.26 0.0 8.0 2.59 0.17 0.0 0.21 0.0 1.7 0.44 0.2 0.0 0.22 0.41 0.72 0.56 0.33 0.19 0.29 0.17 0.16
0.17 0.2 0.25 0.2 0.4 0.36 0.05 0.33 0.24 0.14 2.17 0.6 2.19 0.31 7.79 3.14 0.23 1.92 2.28 1.66 1.97 0.03 0.09 0.18 4.28 0.46 0.96 0.06 0.0 0.0 0.0 0.05 0.05
0.19 0.02 0.36 0.06 0.17 0.0 0.17 0.44 0.18 0.66 22.55 0.91 13.78 1.13 49.96 7.36 4.39 6.77 28.52 4.04 8.68 0.22 6.52 0.12 19.24 3.9 4.53 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.18 0.0 0.0 0.05 0.0 0.72 0.0 0.0 0.03 1.27 0.26 0.36 1.78 30.59 2.55 0.96 3.56 2.09 3.01 4.8 0.26 0.0 0.26 0.15 0.2 0.1 8.77 3.4 4.13 9.63 6.72 2.86
0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.06 0.04 0.06 0.1 0.07 24.09 1.48 8.99 0.53 107.65 46.84 4.12 28.19 33.45 27.66 31.68 1.05 0.15 3.68 4.9 1.68 1.55 33.1 32.23 24.6 30.07 24.81 14.73
0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.32 0.15 0.13 0.0 0.07 0.69 1.16 0.0 28.14 0.05 0.25 0.88 0.05 0.0 0.16 0.38 0.09 0.16 0.2 1.31 1.02 0.19 0.05 0.01 0.1 0.0 0.07
0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.05 0.09 0.07 1.44 0.0 0.06 0.3 0.02 0.04 0.18 0.23 0.26 0.0 0.05 0.05 0.03 0.23 0.05 0.02 0.46 0.36 0.03
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 0.0 0.0 0.58 0.0 0.0 0.26 5.45 1.26 0.35 2.58 1.06 0.88 1.03 0.14 0.0 0.0 0.12 0.18 0.17 1.85 1.02 0.6 0.89 0.95 0.48
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 0.07 0.91 0.0 5.67 0.38 0.1 0.25 0.12 0.16 0.14 0.03 0.33 0.16 0.39 0.11 0.23 0.04 0.01 0.01 0.19 0.07 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.04 0.0 0.07 0.0 0.0 0.61 0.0 0.26 0.0 1.39 0.59 0.06 0.25 0.16 0.27 0.25 0.01 0.02 0.0 0.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.12 0.04 0.0 0.93 0.0 1.35 0.0 2.14 2.3 0.19 1.24 0.02 0.11 0.16 0.0 0.18 0.0 2.31 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 20.79 0.17 13.22 0.0 23.98 13.52 2.51 12.86 14.73 10.56 14.9 0.04 0.48 0.0 21.73 0.19 0.78 1.11 0.35 0.47 0.83 1.36 0.45
0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.98 2.01 16.34 3.53 416.34 29.35 2.21 13.41 3.97 3.37 14.42 6.0 2.49 7.03 4.16 3.37 3.93 24.57 6.92 5.2 30.51 7.13 5.43
0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.01 0.05 0.67 0.17 6.13 0.7 0.01 0.48 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.15 0.09 0.21 0.0 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0
0.0 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.55 0.0 0.0 0.0 11.98 3.84 27.05 7.58 152.32 4.81 1.89 4.9 1.36 0.88 4.27 19.46 1.48 2.01 15.97 1.66 1.19 0.58 0.18 0.0 0.25 0.13 0.05
0.06 0.03 0.08 0.0 0.07 0.0 0.29 0.0 0.05 0.0 2.58 1.34 0.51 0.6 18.26 7.13 1.64 5.53 3.83 3.55 5.97 4.91 1.23 1.33 1.11 1.07 0.85 0.29 0.28 0.22 0.16 0.06 0.5
0.0 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.01 0.2 0.11 0.02 0.08 0.0 1.44 0.0 4.93 0.36 0.07 0.08 0.26 0.0 0.25 0.14 0.0 0.0 2.56 0.09 0.25 0.09 0.04 0.37 0.53 0.1 0.07
0.02 0.01 0.02 0.0 0.02 0.0 0.02 0.05 0.03 0.08 5.32 0.93 0.5 0.07 23.62 5.05 1.33 5.03 4.02 4.99 7.12 0.91 0.11 0.06 0.44 1.08 0.78 6.9 2.58 2.67 5.28 7.75 3.12
0.65 0.39 0.31 0.27 0.19 0.1 0.52 0.08 0.01 0.08 1.33 0.31 0.72 0.14 8.79 3.34 0.08 0.58 1.13 3.15 1.26 0.21 0.29 0.06 0.62 0.55 0.71 0.01 0.0 0.03 0.02 0.03 0.02
0.68 0.06 0.84 1.49 0.42 0.04 5.63 0.12 0.0 0.0 411.28 45.14 230.44 161.47 1765.38 918.75 186.36 410.21 570.91 655.04 538.27 168.55 76.07 98.19 140.07 67.35 56.84 478.58 421.19 385.34 340.8 573.77 292.24
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 7.75 5.54 9.52 0.1 41.16 3.05 2.31 5.0 3.27 2.45 4.34 0.46 0.0 0.0 23.03 0.07 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.03 0.0 0.05 0.05 0.02 0.04 0.0 0.13 0.04 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 8.72 0.41 0.02 0.0 0.05 0.0 0.23 0.0 0.15 0.0 0.0 0.01 0.06 0.05 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.15 0.23 19.1 2.17 34.08 1.75 488.02 14.8 3.85 20.74 11.82 8.56 15.13 3.06 41.94 55.63 8.32 12.82 18.45 26.3 0.92 0.23 44.83 13.48 0.23
0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.03 0.09 0.0 0.0 6.05 4.94 18.41 4.32 1088.5 30.98 5.38 40.21 7.05 6.2 29.3 19.74 3.13 7.57 10.41 5.44 6.64 66.64 15.41 15.29 85.29 17.91 11.32
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 14.57 8.09 24.81 0.05 67.71 5.32 4.03 6.19 2.26 2.36 3.74 1.87 0.0 0.0 45.45 0.08 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.09 0.07 0.68 0.07 0.05 0.0 3.63 1.85 0.11 0.93 0.82 1.12 0.94 0.01 0.0 0.0 0.0 0.13 0.14 0.18 0.52 0.14 0.18 0.09 0.27
1.85 1.75 0.48 0.27 0.81 0.26 0.72 0.21 0.66 0.5 6.21 0.48 2.5 0.0 193.5 0.18 4.12 7.4 1.25 1.28 2.43 0.43 0.53 0.32 2.39 7.95 5.33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.0 1.66 0.0 20.59 4.11 0.49 2.83 0.8 0.45 1.17 0.52 0.0 0.02 0.74 0.29 0.28 0.25 0.0 0.02 0.69 0.87 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.11 0.0 0.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.17 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.05 0.57 0.0 2.21 0.0 0.04 0.05 0.0 0.0 0.23 1.02 0.04 0.0 0.44 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.06 0.04 0.36 0.92 0.97 1.3 0.1 3.0 1.92 1.84 11.6 1.34 19.93 0.22 121.46 8.28 11.02 5.35 6.46 1.75 3.31 2.36 4.36 2.6 34.01 0.35 0.51 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.37
0.09 0.01 0.01 0.12 0.34 0.58 0.12 0.0 0.01 0.07 0.31 0.74 0.58 0.26 4.47 0.32 0.35 0.03 0.21 0.11 0.21 0.92 0.31 0.32 0.54 0.43 0.68 0.27 0.66 0.56 0.21 0.42 0.43
0.03 0.0 0.0 0.06 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 4.35 0.31 1.63 0.0 9.15 0.68 1.08 2.32 3.9 1.08 3.21 0.31 0.29 0.0 8.83 0.11 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
2.48 0.06 21.3 12.24 9.54 5.81 5.72 0.04 0.0 0.33 6.21 0.67 23.56 0.72 151.79 8.73 1.85 14.14 4.72 2.88 7.69 2.04 12.47 5.11 9.47 1.54 1.22 15.54 0.54 0.23 31.52 11.8 0.23
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 1.47 0.25 0.02 0.03 0.16 0.2 0.3 0.11 0.0 0.0 0.02 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 0.31 0.17 0.0 4.83 0.11 0.13 0.05 0.05 0.11 0.34 0.26 0.0 0.0 1.11 0.28 0.09 0.02 0.14 0.02 0.0 0.05 0.02
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.06 0.1 0.35 0.0 3.65 0.74 0.08 0.0 0.05 0.27 0.09 0.03 0.04 0.0 0.76 0.1 0.13 0.08 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.47 2.29 5.83 0.05 13.55 2.1 0.79 3.16 2.68 3.93 3.35 0.18 0.0 0.0 9.77 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 3.41 0.19 1.69 0.0 47.5 4.94 0.89 3.81 1.79 5.66 4.09 0.14 0.31 0.24 0.96 1.35 1.58 0.1 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.0 0.0 0.0 1.92 0.21 0.37 0.07 10.62 5.73 0.21 2.65 2.82 0.54 3.1 1.34 0.0 4.65 0.15 0.1 0.16 0.23 0.04 0.01 0.04 0.4 0.0
0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.12 0.12 1.57 0.62 3.65 1.2 0.24 0.4 0.23 1.12 1.03 0.26 0.04 0.2 0.52 0.14 0.29 0.84 0.43 0.43 0.55 0.21 0.09
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.0 0.55 0.0 2.84 0.68 0.23 0.66 0.45 0.58 0.53 0.0 0.0 0.04 0.64 0.05 0.08 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.02
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.03 0.14 0.82 0.0 2.91 0.2 0.02 0.0 0.09 0.0 0.05 0.03 0.11 0.0 0.34 0.04 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.14
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.31 0.89 0.0 4.45 0.59 0.07 0.0 0.0 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.64 0.03 0.11 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)