Heatmap: Cluster_52 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
- - - - - - - - - - -1.97 0.94 0.86 -0.01 -0.11 -0.53 -5.72 1.24 -1.73 -2.64 -1.07 2.26 -0.44 -1.48 -1.44 -2.88 -3.29 1.88 -4.35 - 3.05 2.17 -5.26
- - -3.92 - - - - - -1.93 - - -1.52 -1.6 - -0.93 -1.61 -3.02 - - -2.61 -0.26 1.19 - 0.4 -2.48 -0.35 -0.67 2.9 - - 3.64 2.12 -0.88
- - - - - 2.06 - - - - 3.55 - 0.11 - - - 1.46 1.27 1.16 - - - - - 1.23 0.71 2.22 - - - - - -
- - - - - - -6.59 -6.43 - - 0.93 -0.49 0.82 - 1.48 1.76 -1.18 1.73 0.82 0.46 0.7 -1.94 -1.53 - 1.21 -2.98 -2.46 2.41 -1.4 -3.98 1.57 0.85 -2.84
- - - - - - - -4.07 - - 1.09 -2.23 -1.98 - -0.41 1.9 -1.7 2.31 -0.44 1.21 0.72 -3.16 - -2.47 0.52 -3.14 -0.48 1.08 -1.45 1.24 1.69 1.52 1.26
- - - - - - - - - - -0.35 - 2.11 - - - - - 1.58 - 1.55 1.56 0.49 - 1.65 -2.63 1.89 2.27 1.14 - 1.84 - -
-0.63 0.73 -4.58 -5.31 -4.16 -5.97 -2.18 -5.2 -4.52 -4.42 1.34 -1.49 -2.27 -2.4 0.69 -0.01 -1.23 -0.74 -0.42 0.2 -0.37 -2.04 2.2 -2.55 -1.7 0.72 0.81 1.84 -1.27 -4.11 1.83 2.1 -6.03
- 0.66 0.99 - 1.25 1.95 - 2.07 1.7 0.08 - - - - - - - - - - - - - 2.45 - 1.83 2.51 - - - - - -
-3.74 -5.44 -2.06 -4.53 -5.61 -6.43 -7.91 -5.92 -7.86 -5.43 -3.14 -0.49 0.3 -0.03 -0.33 -0.85 -1.86 -0.82 -4.88 -4.36 -3.59 0.64 1.42 -1.19 0.68 -1.72 0.68 3.04 -2.94 -2.94 1.66 2.87 -5.11
- - - - -1.21 - - 2.11 - - - - - - 4.66 - - - - - - 0.03 - - - - 0.91 - - - - - -
- - 0.2 - -0.31 - - -0.42 - - - 0.42 - - 2.89 - -0.63 - - - 0.37 - 1.31 - -0.53 2.46 3.45 - - - - - -
0.8 - - - - - 1.73 2.64 - - - 1.16 - - - - 1.65 - - - - - - - - 0.67 1.34 1.17 1.83 1.75 1.62 - -
-0.72 - -4.05 - -2.34 - - 3.15 0.67 - - - 1.27 - 3.71 - -5.0 0.75 - - - -0.58 0.55 - -0.61 - 0.51 -1.97 - - - - -
- - 0.84 - -0.48 1.76 - - - - - - - - - - 1.78 - - - - - - - - 0.63 2.31 - - 2.51 2.46 0.93 2.02
- - - - 1.12 - - 3.58 - - - - 2.37 - - - 1.79 - - - - 2.49 - - - - 2.22 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.46 - - - - - - - - - 4.46 - - - - - -
1.18 - - - -0.06 - 2.19 2.4 - - - - 1.17 - - - -0.58 - - 2.16 - - - 2.0 - 1.0 0.97 - 1.13 - - - 1.27
- - - - - - - - - - -0.92 -1.5 -0.5 -2.81 0.58 0.62 -3.46 -0.09 -0.38 -0.74 -0.07 -0.25 -0.76 0.36 -0.87 2.28 2.39 1.15 -4.15 -3.31 2.32 2.05 -
- - - - - - - - - - -3.27 - -1.81 - - -0.81 0.1 - -2.34 -3.4 -3.37 - - -2.56 -0.69 -6.66 -3.74 3.46 1.3 0.86 2.83 2.34 1.16
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.5 - - - - - - - - - 3.38 - - - - - -
-10.45 -12.04 - - - - -8.82 - -11.78 - 1.44 -3.55 -1.2 -3.16 -1.99 1.06 -0.35 1.66 1.34 0.75 1.58 -3.01 0.7 -3.64 -0.06 0.2 0.43 2.16 -2.74 -3.73 1.68 1.55 -4.22
-6.33 -5.48 -5.24 -3.81 -3.65 -3.12 -3.53 -5.92 -4.55 -6.34 0.43 -2.51 1.51 -3.24 1.59 0.43 0.02 -0.21 0.23 -0.48 -0.07 -0.76 0.87 0.54 1.94 -2.11 -2.16 0.75 -0.82 -2.09 1.99 1.97 -1.31
- - - - - - -3.84 - - - 0.14 -0.92 -1.75 -2.37 2.01 0.35 0.46 0.46 1.27 0.29 1.12 -0.57 -2.91 -2.3 0.37 -1.85 -1.77 1.88 0.45 0.12 1.82 1.38 0.87
- 4.13 - - 2.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.5 - - 4.65 - - - - - - 1.5 - 2.14 - - - -
- - - - - - - -2.02 - - -2.22 - -0.72 - - - 1.65 0.41 -0.28 -1.35 0.69 -1.19 - - - 1.32 2.0 1.48 1.14 1.6 0.66 1.56 2.36
- - - - -4.73 -4.18 - -3.31 - - -0.25 2.1 0.63 - -0.87 -0.32 -0.38 -1.16 -2.49 -0.14 -0.2 0.75 -3.16 -2.71 1.52 -1.13 -1.66 2.93 -1.64 -5.0 2.1 1.9 -4.94
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.56 2.19 2.29 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - -
0.63 1.96 - - -0.97 - - 2.81 -0.07 - - - 0.25 - - 2.83 -0.45 - - - - - - - - -1.98 1.21 2.63 - - - - 0.37
- - - - - - - -2.85 - - - -0.69 0.44 - 1.7 1.91 -3.07 0.53 1.49 - - -2.02 - - -0.64 -0.47 0.78 2.88 - -1.98 2.48 1.58 -
- -0.91 - - - - - - - - - - -1.66 - - -0.66 -0.15 - 0.4 -0.67 -0.64 - -0.69 3.08 - -2.18 0.19 2.76 -0.59 -1.57 2.94 1.08 -
- - - - - - - - 3.28 - - - - - - - 1.63 - - - - - - - - -0.51 4.28 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.34 - - - - - - - - 3.81 4.15 - - - - - -
- - - - - - - - - - -0.21 0.07 -2.71 - 2.93 0.61 -0.19 0.62 0.04 -0.55 -2.69 -1.06 -2.75 - -2.59 -1.41 -1.26 2.15 - - 1.68 2.97 -1.09
- - - - - - 0.88 - - - - - - - - - 1.16 - 0.9 0.84 - 2.42 2.4 - 0.97 -2.43 1.5 - 0.96 -0.19 0.07 1.52 1.55
-4.57 - -6.62 -3.3 - - - - -5.5 - -3.46 1.14 -0.06 1.67 -0.49 -3.0 -5.1 1.95 - - -2.97 2.11 - 0.64 - 2.05 2.02 1.17 -3.47 - 2.08 -0.23 -5.48
- - - - - - - - - - 1.09 0.86 -0.8 - 1.29 - -0.1 - -0.74 - 2.22 0.27 - - 1.64 -2.84 -3.1 2.46 - - 1.42 2.76 -1.69
- - - - - - - - - - -0.7 0.26 -0.82 - 3.83 - -2.75 - - - - - - - - -3.65 - -1.67 -0.81 - 1.54 3.63 -
- - - - - - - - - - - 0.82 - - - - -3.69 - - - - -0.11 - - - 0.49 4.56 1.79 - - 0.85 - -
- - - - - - - - - - -0.01 - -2.94 - 2.95 1.76 -1.3 - -1.89 - - -1.21 - - - -4.03 -1.23 0.74 0.63 - 2.69 3.22 -2.76
- - - - - - - - 2.07 - - - 2.01 - - - -0.89 - - - - 2.14 - - - 3.33 3.29 - - - - - -
- - - - - - - - - 0.69 - - - - - 0.75 -1.25 - - - 0.77 - 2.52 - - 0.21 -0.29 1.63 0.87 0.8 3.18 0.86 1.19
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 4.12 - - - - -
- -0.43 -1.03 -0.2 -0.76 - -0.56 2.47 1.77 - - - - 2.5 - - 0.78 - 1.47 - - -0.6 - 0.25 0.53 -2.73 1.58 -0.82 0.57 - - -0.66 0.52
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.08 - - - - - - - - - 2.19 - - 3.3 3.34 - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.44 1.35 -1.82 - - - 1.89 -0.72 - - - - - 2.05 1.06 0.24 2.05 2.95 0.24
- - -9.96 - -11.61 - -10.49 - - - 1.45 -4.03 -0.67 -3.76 1.3 0.95 -1.26 0.64 0.44 0.97 1.13 -3.43 1.48 -4.62 0.53 0.24 0.49 2.35 -4.01 -5.68 1.81 0.99 -6.37
- - - - -6.67 - -4.88 - - - 0.64 -4.83 0.14 -5.99 1.63 1.02 -0.56 -0.47 0.97 -0.15 -0.3 -1.3 1.38 -3.72 1.49 -2.15 -1.41 1.11 -0.57 -2.4 2.46 2.3 -2.93
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.4 - - - - - - 3.66 - -0.95 2.39 1.25 1.31 - 2.83 - -
-8.29 -5.03 - -9.83 -7.56 -6.43 -6.25 -7.5 -8.22 -5.65 -0.3 -2.76 0.9 -1.89 1.71 1.21 -1.6 0.35 0.29 -0.43 -0.06 -1.62 -1.11 -0.6 2.3 -0.58 -0.65 2.3 -0.28 -1.41 1.13 1.23 0.42
-3.03 - -4.43 - -5.2 - -2.95 -3.17 - -0.73 0.26 0.18 -1.53 -0.44 1.42 1.74 -1.7 0.57 0.65 0.65 1.39 -3.84 -4.02 - 1.09 -2.66 -1.34 1.52 0.24 1.02 1.15 1.47 0.15
- - - - - - - - - - 3.76 - - - - - 3.47 - - - - - - - - 1.55 2.44 - - - - - -
- - - - - - - - -2.5 - - 2.22 - 2.5 - - -0.83 3.07 2.2 2.14 1.85 - - - - - -0.08 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.41 - - 0.64 - -1.36 - - - 1.52 4.67 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.19 - - - - - - - - 1.94 1.86 - - 2.59 - 2.72 3.56
- - - - - - - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.13 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.4 - - - - - - - - - 1.96 - - 4.22 2.98 - -
-1.4 -1.47 -2.49 -2.24 -2.26 -1.74 -3.0 -4.56 -2.08 -4.61 0.06 -0.32 -0.89 -2.15 1.77 1.5 -1.99 0.88 0.71 -0.35 0.59 0.19 -1.5 0.05 0.62 0.37 0.15 1.39 -1.05 -1.97 1.27 1.37 0.29
- - 2.96 -0.3 1.15 - - - - - - 1.48 - - - - - - - - - 2.25 - 3.4 - 0.72 -0.09 - - - 0.61 - -
- - - - - - - 1.17 - - - 1.75 -0.04 1.02 1.03 - -0.99 - - 0.93 - 0.38 2.9 - 1.06 -2.88 -0.14 -1.49 1.9 0.44 1.38 - -
- - - - - - - - - - -0.04 4.05 2.68 - - - -0.6 - - - - 0.12 - - - 0.08 1.22 - - 0.06 1.51 - -
0.34 -1.26 1.95 - - 2.2 - - 0.01 - - - - - - - 1.34 - 1.38 - - - - - 3.45 1.16 1.23 - 0.29 - - - -
- - - - - - - - - - 1.6 0.31 0.82 - - - 2.04 2.75 - 0.22 - - - - - 0.4 3.77 - - - - - -
-0.48 -0.58 0.09 0.31 1.03 -0.62 -1.12 -6.83 -4.59 - -0.89 0.94 -1.06 -0.2 -2.66 -2.75 1.0 -0.32 0.12 -2.62 -0.55 2.08 -3.78 1.08 -0.11 1.35 2.47 -1.48 -5.08 -3.55 -1.53 -1.62 -0.55
2.04 2.4 - - -1.14 - 2.28 - - - 0.34 - - - - - 1.49 2.7 - - - - - - - -0.05 1.88 - - - - - 1.64
- 0.86 - 0.62 - - - - - - - - - - - - 0.54 - - - - - - 3.16 - -0.91 0.17 2.1 1.29 2.46 - - 2.43
- - - - - - - 2.83 - - - - - - - - - - - - - - 3.55 - - 1.53 3.5 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 1.26 - - - 1.87 - - - - - 2.2 - - 3.43 3.54 - - - - - -
- - - - - - - -1.97 - - - - - - - - 1.52 - - - - - - - - 3.49 4.22 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - -
- - - - - - - 1.67 - - - - - - - - -0.52 - - - - - - 4.08 - - 0.45 1.44 1.4 - 1.43 1.49 -
- - - - - - - - - - - -1.69 -1.6 - -2.96 -4.27 -6.07 0.3 - - -3.03 -0.45 - 0.66 -2.93 2.7 2.67 1.56 -3.59 -2.4 2.71 2.53 -
1.57 1.16 1.18 0.2 - 1.85 - 1.39 - - 1.02 - - - - - 0.05 - - - - - - - 3.34 1.14 1.48 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.31 - - - - - - - - - 2.26 - - 4.54 - - -
- - - - - - - - - - -4.23 -0.81 -2.89 -1.81 - - -8.77 0.42 - - - -0.1 - 0.63 - 3.12 3.08 1.07 - -3.76 2.41 1.8 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.1 - - - - - - 2.51 - -0.5 2.43 - 1.64 1.76 2.68 1.94 1.77
- - - - - - - 0.51 - - - - 2.63 - - - 2.65 - - - - - - - - 0.92 4.11 - - - - - -
- - - - - - - - - - - -0.03 - 2.3 - - -1.93 2.37 - - - 1.68 - 1.31 - 2.38 2.22 1.54 - - 1.07 0.15 -
- - - - - - -9.14 - -11.44 - 0.58 -4.05 -3.51 -3.91 2.39 1.59 -1.8 0.48 0.98 0.73 1.06 -6.47 -3.6 -3.76 -7.08 -2.62 -2.92 1.77 0.63 0.84 1.71 1.89 0.55
- - - 0.06 - - 3.4 - - - -0.26 3.16 - 1.84 - - 0.81 - - - - 0.91 - - 0.88 -1.42 1.15 - - - - - -
- - - - - - 0.71 - - - 1.03 0.48 1.42 0.75 -0.25 0.4 0.03 1.94 0.13 0.88 0.1 0.84 0.36 0.49 1.01 -0.61 0.54 -1.33 -0.05 -0.62 -1.99 -1.41 0.38
- - - - -3.69 - - - - 0.24 - - - - - - - - - - - - 3.02 1.82 - 2.7 3.52 - -2.27 0.28 - -1.17 -2.22
- - - - 1.33 - - 1.92 - - - - - 3.99 - - -1.2 - - - - - 2.65 - - 1.28 0.75 - - - - - -
3.49 - - - - - - - - - - - - - - - 0.64 - - - - - - 3.83 - 0.22 2.28 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - - - - - - - - 3.31 3.44 - - - - - -
- -2.37 -0.31 -3.86 -2.44 - 0.48 - -2.47 - 0.24 0.92 0.19 -0.07 -1.07 -1.16 0.19 0.01 0.49 0.42 1.68 -0.71 1.98 -0.32 -0.03 0.58 0.59 -0.71 0.98 0.9 0.15 -1.89 -0.24
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.57 - - - - - - - - - 3.33 - - 3.46 - - -
- - - - - - - - - - 0.43 -0.45 1.6 - - -0.07 -0.04 - -1.15 -0.08 - 1.21 - - 1.24 -5.76 -1.45 3.31 0.08 -2.12 2.77 0.59 -
- - - - - - - - - - -1.19 0.22 -0.39 -0.52 0.49 -0.35 -3.23 0.6 -5.95 -2.97 -1.75 1.35 0.55 -1.62 -2.33 -1.75 -2.36 2.42 -3.48 -3.17 3.05 2.77 -
- - - - -4.76 - - - - - 0.77 - -2.64 - 0.45 1.68 -1.45 1.91 -0.26 -1.65 0.71 - - - - -0.51 -0.6 1.71 -0.41 0.49 2.6 2.42 0.48
- - - - - 3.18 2.37 - - - - - - - - - 2.92 - - - - - - - - 2.43 2.54 - - - - - -
- 1.74 - - - - - - - - - - 2.7 - - - -1.99 - - 2.69 - - - - - 2.31 2.04 - - - 1.91 - 1.88
- - - - 1.61 - - - 0.92 - - - - 4.33 - - -1.15 - - - - 2.32 - - - -0.97 0.98 - - - - - -
- - - - - - -5.86 -5.69 - - 1.45 0.48 0.5 - 0.85 2.07 -0.53 0.88 0.69 0.86 1.5 -0.6 -1.21 -3.77 1.16 -2.62 -1.89 2.08 -1.58 -5.8 1.42 0.53 -3.5
- - - 1.14 - - - - - - - - - - - - -0.39 - - - - - - - - 2.06 2.79 2.81 - - 2.23 1.76 1.95
3.89 1.75 - - 2.32 - - - - - - - 2.22 - - - - - - - - - - - - - 2.38 - - - - - -
- - 2.5 - - - - - - - - - 2.31 - - - 1.42 - - - 3.31 2.43 - - - - 1.35 - - - - 0.89 -
- - - - -3.89 - -1.28 - -4.64 - -0.68 -0.24 -1.32 - 1.7 0.68 -0.24 -0.16 0.32 -0.16 -0.3 0.48 - -0.68 -0.88 - - 2.45 0.73 0.41 2.27 1.97 0.41
- - - - - - - - - - - - 3.47 - - - 1.41 - - - - - 3.41 - - 0.57 2.83 - - - - - -
3.24 - - - - - - - - - - - - - - - -0.09 - - - - - - - - - 0.71 - - 2.83 - 3.79 -
- - - - - - - - - - - 3.1 0.22 2.89 - - -1.04 2.38 - - - 0.29 - 0.05 - - 2.46 - - - 0.79 -0.52 -
- -2.17 - - - - -0.43 - - - - - -1.43 - - - 0.14 - - - - -0.38 2.97 - - 1.72 1.66 -0.56 2.06 2.51 0.86 -0.46 1.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - -
- - - - - - - - - - - -0.15 -3.12 0.88 - - -6.91 0.65 - - - -0.08 - 0.92 - 2.44 2.8 1.04 -3.16 -3.89 2.55 2.38 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.09 - - - - - 3.1 3.17 - 1.44 3.4 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 1.45 0.37 - - - - 0.6 - - - -0.0 2.11 2.25 1.47 2.04 2.44 0.38 1.93
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.52 - - - - 3.4 - - - - 2.42 - 3.5 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.76 - - - - - 4.31 - - - 2.93 - - 2.31 - - -
- - - - - - - 0.87 - - - 1.71 - - - - -1.38 1.8 - - - - 2.74 1.47 1.76 0.41 -0.04 1.61 2.02 - 0.85 - -
- - - -1.52 - - - - - - 1.01 - 0.19 - - - 0.94 - 0.23 0.17 - - 2.14 - - -0.41 0.37 1.32 -0.57 1.99 1.45 2.1 2.22
- - - - - - 3.58 3.78 - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - - 1.39 - - - - - -
- - - 2.46 - - - 3.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.44 3.53 - - - - - -
- - - - - 2.05 - -0.56 - - - - - - - - 2.13 - - - - - - - - 2.9 4.03 - - - - - -
- - - - 0.58 - - 1.04 - - 1.92 - - - - - -2.32 - - - - 0.95 - - 1.92 1.36 0.95 - - - - 3.74 0.91
- - - - - - - 3.88 - - - - 3.65 - - - - - - - - - - - - - 2.5 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.76 - - - 2.55 - - - - - -
- - - - - - 1.22 - - - 1.28 - 2.17 - 3.83 - 0.65 - - - - - 2.12 - - - 1.83 - - - - - -
3.24 - - - - - - - 2.94 - - - - - - - 1.59 - - - - - - - - - 2.29 - - 2.99 - - -
- - - - - - - - - - - -0.37 0.11 1.81 -1.04 -2.45 -5.88 2.9 - - - 2.54 - 0.81 - 1.62 1.23 0.89 -4.38 - 2.02 -0.88 -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.