Heatmap: Cluster_342 (HCCA cluster)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
0.13 0.33 0.02 0.0 0.0 0.0 0.43 0.0 0.03 0.0 0.2 1.36 0.35 0.38 0.05 0.14 0.91 0.28 0.42 0.2 0.09 0.36 0.26 0.16 0.54 0.22 0.31 0.19 0.3 0.29 0.2 0.21 0.33
0.01 0.02 0.01 0.0 0.0 0.02 0.47 0.0 0.04 0.0 0.99 1.03 1.14 0.91 0.53 1.29 2.06 1.54 0.99 1.6 0.64 0.62 1.76 0.1 1.21 1.14 1.54 0.13 0.66 1.13 0.2 0.25 1.62
0.03 0.03 0.0 0.01 0.01 0.0 2.87 0.05 0.02 0.0 1.29 6.99 6.57 2.9 0.46 1.69 6.37 0.4 0.61 0.67 0.99 3.98 8.4 0.6 4.65 2.39 2.89 0.86 3.15 5.54 0.67 1.37 12.61
0.18 0.6 0.08 0.01 0.02 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.76 0.0 0.25 0.24 0.17 0.0 9.26 0.88 0.63 0.45 0.28 0.26 10.49 0.04 0.05 4.06 3.98 2.2 2.67 3.25 2.66 2.59 2.28
0.19 0.35 0.27 0.63 0.48 0.81 0.92 1.5 1.17 0.74 5.36 3.13 1.86 4.22 0.5 1.49 5.84 2.9 2.33 3.3 1.65 1.13 1.85 0.42 1.55 0.92 1.19 0.29 0.8 2.57 0.49 0.92 1.47
2.66 2.05 2.52 2.65 2.14 1.99 14.54 0.72 0.49 1.33 14.31 11.03 14.65 12.43 4.93 15.12 20.84 8.21 11.35 11.75 10.93 16.07 15.6 7.15 9.43 7.25 9.4 5.15 7.04 8.87 6.63 6.91 9.2
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 14.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.58 3.67 0.0 0.0 0.04 0.01 0.01 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.34 0.0 0.02 0.0 2.54 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.15 0.26 0.69 0.76 1.08 0.27 0.3 0.34 0.14 0.26 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.18 1.59 0.02 0.05 0.0 0.0 4.97 0.08 0.11 0.0 0.2 5.56 38.21 11.18 0.0 0.0 60.63 0.0 0.0 0.0 0.0 35.55 2.62 25.87 1.65 34.74 35.57 2.48 11.21 13.36 2.14 1.34 47.27
0.0 0.21 0.04 0.09 0.02 0.06 3.64 0.0 0.03 0.0 12.46 7.83 5.27 6.1 0.87 5.98 15.34 5.96 5.71 5.95 5.23 5.0 7.07 1.33 9.62 8.94 8.83 1.49 2.01 6.33 1.89 3.46 5.22
0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.02 0.23 0.0 0.02 0.01 0.07 0.64 0.32 0.22 0.05 0.05 0.72 0.0 0.02 0.02 0.02 0.61 0.6 0.0 0.44 0.27 0.37 0.01 0.06 0.4 0.01 0.01 0.65
0.0 0.0 0.01 0.0 0.04 0.08 0.1 0.05 0.51 0.01 0.0 0.12 0.3 0.19 0.0 0.07 4.37 0.0 0.0 0.0 0.02 0.16 0.55 0.83 0.49 1.99 1.18 0.4 0.61 0.75 2.04 2.0 1.22
0.07 0.26 0.05 0.09 0.0 0.0 0.23 0.13 0.0 0.0 0.52 0.29 0.14 0.0 0.05 0.16 3.02 0.0 0.05 0.11 0.0 0.43 1.41 0.0 0.57 0.83 1.15 0.12 0.72 1.72 0.4 0.31 1.07
0.0 0.0 0.03 0.05 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.68 4.06 1.67 7.92 0.24 0.11 3.37 0.35 0.42 0.79 0.51 1.22 3.61 0.16 0.81 3.07 3.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.91 0.0 0.79 0.0 0.0 0.43 2.08 1.89 0.87 0.83 0.85 0.0 0.02 0.06 0.52 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.15 0.32 0.13 0.03 0.0 0.0 0.49 0.0 0.06 0.0 1.8 2.36 2.29 2.02 0.94 1.49 5.58 0.3 0.78 0.47 0.96 2.38 3.04 0.12 2.36 4.11 4.14 0.0 0.03 0.17 0.03 0.22 0.07
19.53 46.9 9.14 6.29 3.78 2.98 67.49 2.72 5.08 2.2 9.72 75.2 105.15 48.9 4.69 3.68 231.67 4.07 4.04 3.41 2.98 39.19 217.75 136.72 172.53 87.99 134.4 44.63 43.68 62.45 31.38 38.7 65.16
3.15 3.32 2.04 1.23 0.62 0.77 7.04 1.39 1.17 1.0 6.2 24.85 8.13 2.35 3.63 12.79 23.4 1.97 5.0 5.39 3.1 33.69 7.4 11.9 9.5 9.72 12.15 3.64 3.59 6.52 4.3 5.21 6.97
1.36 2.41 0.73 0.42 0.3 0.41 5.82 0.47 0.42 0.84 3.0 10.58 11.57 7.32 1.92 2.48 11.15 1.92 0.92 0.92 1.35 5.35 8.48 1.33 7.8 4.41 5.29 1.13 3.97 8.4 0.88 1.74 15.96
0.0 0.08 0.1 0.07 0.19 0.04 0.42 0.06 0.0 0.37 0.2 0.21 1.12 0.0 0.7 0.11 8.3 1.01 0.28 0.22 0.6 0.35 18.27 6.42 2.36 7.06 7.38 2.82 1.47 1.9 4.38 2.44 2.0
0.1 0.59 0.01 0.0 0.0 0.0 0.72 0.0 0.0 0.0 0.27 0.17 17.23 3.53 0.07 0.63 21.88 2.02 1.25 1.08 0.9 3.27 0.24 0.04 0.69 18.15 17.13 3.76 0.96 1.45 5.49 3.06 5.18
2.51 4.6 0.39 0.28 0.12 0.25 12.46 0.1 0.15 0.0 1.9 16.66 119.7 27.26 0.02 0.0 100.09 0.0 0.12 0.0 0.0 102.17 9.32 97.7 5.76 52.67 51.56 3.72 14.98 19.33 4.18 1.89 70.97
1.82 2.52 1.03 1.03 1.07 1.18 5.68 0.28 1.21 0.22 0.89 14.01 3.14 3.48 1.32 0.18 6.78 0.08 0.07 0.22 0.34 10.38 0.97 0.6 6.72 6.97 8.28 1.42 3.69 4.97 1.54 1.18 2.34
0.0 0.0 0.02 0.1 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.02 0.0 1.06 0.0 0.0 0.0 2.34 0.0 0.12 0.0 0.0 0.05 7.38 0.4 0.37 0.1 0.6 0.06 0.13 0.02 0.0 0.0 0.03
13.47 10.74 3.18 3.86 3.22 2.38 8.1 1.13 1.14 2.42 13.39 31.65 22.57 25.75 19.46 12.57 38.66 10.99 20.63 21.3 19.49 15.64 57.41 6.56 19.54 16.4 17.1 10.52 14.74 21.23 17.06 13.01 18.35
0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.05 0.0 0.0 1.61 33.25 6.24 6.96 0.0 0.68 7.14 1.24 0.09 0.11 0.09 4.72 3.31 0.0 8.15 9.37 8.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.24 0.25 0.06 0.05 0.02 0.0 8.22 0.03 0.01 0.07 1.35 14.01 20.19 9.53 0.53 0.63 28.01 0.45 0.42 0.52 0.46 8.49 45.31 21.46 25.0 14.77 21.75 8.21 7.25 8.69 6.37 8.57 8.86
0.2 0.63 0.09 0.07 0.06 0.0 30.34 0.03 0.0 0.0 5.79 47.65 75.26 37.99 1.66 2.23 104.02 1.39 1.93 1.93 2.66 23.31 190.87 76.0 92.01 72.62 111.73 23.26 23.68 28.84 17.04 19.7 36.19
0.08 0.11 0.01 0.0 0.04 0.02 3.72 0.0 0.07 0.0 1.31 4.51 1.97 2.74 0.12 0.65 9.5 0.18 0.21 0.36 0.64 0.97 2.8 0.28 3.99 3.16 3.3 0.3 0.49 2.27 0.68 1.38 1.81
0.49 1.4 0.44 0.3 0.14 0.39 7.36 0.33 0.21 0.06 2.63 8.98 5.07 7.2 0.26 1.78 8.9 2.58 1.41 1.73 1.29 3.53 3.9 0.81 5.49 5.33 5.38 0.86 1.91 5.38 1.42 2.51 4.11
1.4 1.53 0.55 0.45 0.51 1.41 2.88 0.28 0.16 0.49 0.16 4.01 1.61 1.34 0.46 0.2 3.46 0.0 0.45 0.38 0.16 1.78 1.01 0.38 1.94 3.0 3.5 0.51 0.97 1.91 0.6 0.8 1.92
0.0 0.02 0.03 0.05 0.19 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 3.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.81 0.76 0.74 0.21 0.26 0.47 1.62 0.62
0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.76 0.0 0.79 0.0 1.04 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.39 0.0 0.15 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0
0.07 0.03 0.0 0.12 0.21 0.24 24.22 0.0 0.0 0.0 32.84 22.63 29.16 25.36 9.73 32.6 31.05 18.31 30.07 31.95 22.55 33.46 38.39 14.13 22.49 8.13 9.33 9.39 13.62 16.65 11.83 12.06 17.92
0.93 1.08 0.49 0.39 0.31 0.27 2.45 0.21 0.31 0.31 0.19 2.36 0.84 0.58 0.05 0.09 2.86 0.13 0.14 0.02 0.02 1.6 2.93 0.14 1.75 1.11 1.96 0.28 1.19 2.41 0.23 0.29 3.22
0.01 0.04 0.0 0.0 0.02 0.04 1.13 0.0 0.0 0.0 0.17 1.27 0.92 1.03 0.0 0.18 1.22 0.03 0.12 0.02 0.0 0.74 0.66 0.12 1.94 0.34 0.79 0.04 0.21 0.72 0.07 0.04 0.67
0.0 0.0 0.0 0.05 0.01 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.4 0.12 0.37 0.0 0.0 0.16 1.19 0.25 0.54 0.22 0.0 0.06 2.49 0.56 0.05 0.01 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.04 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.34 0.19 0.0 0.0 5.28 0.0 0.0 0.0 0.0 1.49 0.88 0.52 1.06 0.55 1.04 3.91 2.84 2.63 2.91 3.54 2.43
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.24 1.53 0.0 0.0 0.0 2.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 3.99 2.7 1.28 2.27 1.87 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.09 0.12 0.32 0.31 0.0 0.0 0.32 0.0 0.07 0.07 0.11 0.33 1.21 0.38 0.57 0.04 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.03 0.06 0.07 0.02 0.0 0.0 0.6 0.0 0.0 0.0 1.25 1.07 39.73 0.0 0.0 0.07 49.63 0.68 0.14 0.13 0.0 0.83 47.4 60.94 47.42 17.89 26.27 1.17 2.36 3.49 1.24 0.85 0.33
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.64 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0
1.14 2.9 1.54 0.42 0.16 0.28 47.97 0.06 0.15 0.37 7.98 59.92 122.6 42.28 1.83 3.05 146.58 0.45 2.56 2.45 3.17 28.94 197.19 154.66 126.1 41.85 62.09 30.64 28.77 39.53 21.91 26.21 43.2
0.19 0.07 0.06 0.01 0.1 0.17 4.54 0.05 0.02 0.16 3.5 7.35 3.65 6.91 0.0 2.12 6.81 1.97 1.55 1.28 0.94 3.58 0.51 0.18 4.58 3.25 3.98 0.47 0.83 2.04 0.79 1.22 1.82
0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.25 1.26 19.22 8.86 1.73 0.0 0.74 5.25 0.0 0.26 0.0 0.25 2.45 4.52 0.0 9.84 4.78 3.98 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 30.06 0.0 0.0 0.0 45.19 0.0 0.09 0.0 0.0 0.68 42.44 37.29 33.44 17.24 22.57 0.53 1.71 3.52 1.11 0.62 0.56
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.11 0.4 0.0 0.09 0.02 0.05 0.01 0.44 0.0 0.07 0.02 0.06 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.3 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.84 0.79 0.13 0.12 0.05 0.28 2.35 0.04 0.12 0.08 2.09 5.01 7.45 2.57 3.7 2.01 7.67 1.21 0.82 0.76 0.9 5.19 5.31 0.68 5.36 3.17 3.87 0.54 0.33 0.8 0.32 0.47 1.02
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.05 0.44 0.04 0.11 0.02 0.0 2.83 0.03 0.0 0.04 2.89 4.87 3.74 3.07 0.1 1.53 7.63 1.82 0.96 1.08 1.06 2.85 1.76 0.28 4.01 5.72 5.1 0.5 0.78 2.5 0.99 0.83 3.1
0.01 0.04 0.01 0.01 0.0 0.0 4.02 0.01 0.02 0.0 0.43 20.77 7.96 17.54 0.0 0.07 14.04 0.05 0.0 0.04 0.11 4.83 2.89 0.48 14.74 10.59 9.14 0.15 0.07 0.67 0.18 0.12 0.56
0.51 0.68 0.07 0.05 0.12 0.11 3.87 0.16 0.09 0.31 1.46 4.01 1.29 3.22 0.89 0.65 3.3 0.86 0.68 0.54 0.6 3.07 0.66 0.54 3.52 2.32 2.55 0.31 1.16 1.6 0.39 0.3 1.72
0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.34 0.48 0.0 0.0 3.35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.81 0.9 0.36 1.26 0.46 1.0 2.68 2.79 2.51 2.64 3.47 2.36
0.01 0.04 0.08 0.0 0.01 0.0 0.41 0.0 0.02 0.0 0.32 1.74 0.82 0.72 0.22 0.14 3.18 0.4 0.31 0.2 0.02 1.44 1.21 0.42 1.16 0.93 1.47 0.2 0.44 1.25 0.44 0.89 0.99
0.0 0.06 0.01 0.0 0.0 0.0 2.45 0.0 0.0 0.0 5.03 7.97 7.88 4.18 0.7 2.93 5.78 1.92 2.96 4.22 2.57 5.65 7.82 1.57 5.81 2.45 3.17 0.88 1.53 4.27 1.31 2.25 4.26
0.58 1.37 0.21 0.07 0.3 0.0 3.56 0.97 1.25 0.21 1.41 26.59 5.56 22.89 0.0 0.0 14.32 0.45 0.0 0.0 0.0 4.44 1.92 1.01 17.72 9.78 9.27 0.0 0.37 0.7 0.14 0.0 0.84
0.17 0.08 0.0 0.0 0.02 0.07 0.11 0.0 0.0 0.0 0.2 2.89 0.93 1.22 0.6 0.36 4.97 0.3 0.0 0.43 0.14 1.62 2.25 0.12 3.22 0.96 1.91 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.07 0.0 0.03 0.03 0.0 0.0 0.41 0.0 0.0 0.0 0.36 2.39 3.05 0.53 0.0 0.0 7.05 0.0 0.09 0.0 0.0 2.72 1.32 5.5 4.45 2.77 2.43 0.4 0.02 0.0 0.25 0.48 0.0
0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.02 2.35 0.04 0.11 0.0 1.44 2.34 2.46 1.37 2.07 1.71 97.69 0.58 1.43 1.71 1.24 3.59 2.56 2.64 1.65 1.69 1.81 1.58 1.71 1.32 1.99 1.69 1.63
0.07 0.18 0.02 0.11 0.13 0.07 2.84 0.23 0.13 0.0 0.16 2.82 1.8 0.89 0.0 0.59 3.8 0.0 0.02 0.0 0.02 2.16 3.94 0.02 2.14 2.43 2.72 0.08 0.37 1.77 0.23 0.16 3.63
0.21 0.26 0.33 0.34 0.52 0.73 0.34 0.88 1.03 3.11 0.01 0.98 6.4 0.65 0.05 0.0 9.49 0.0 0.16 0.0 0.0 0.37 4.43 0.02 8.66 1.75 1.64 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
46.52 41.83 37.36 29.83 28.63 14.95 60.37 20.94 13.17 21.12 29.11 44.28 47.99 50.78 20.42 16.54 94.64 19.9 21.14 18.58 22.32 74.0 80.55 25.83 75.45 33.2 34.42 38.49 53.2 60.62 45.11 46.09 73.09
0.59 1.95 0.16 0.3 0.31 0.17 1.47 0.3 1.07 0.81 1.21 5.42 5.9 3.7 0.1 0.14 6.98 1.06 0.47 0.61 0.55 7.39 4.45 1.43 4.01 1.3 1.92 1.07 1.18 5.34 1.43 3.4 5.0
0.01 0.21 0.02 0.01 0.04 0.02 3.6 0.06 0.08 0.0 4.21 11.48 4.99 7.49 1.08 1.44 6.58 0.73 0.49 0.7 0.78 6.9 5.31 3.68 7.33 1.98 2.29 2.37 2.98 5.3 3.41 3.62 4.4
0.05 0.14 0.08 0.06 0.16 0.0 0.24 0.05 0.04 0.0 0.49 0.0 0.28 0.0 0.6 0.68 4.21 0.53 2.21 3.66 1.38 0.45 0.84 0.24 0.74 1.42 2.0 0.78 1.22 1.48 0.78 1.4 1.12
0.04 0.06 0.01 0.01 0.0 0.0 5.93 0.0 0.0 0.0 1.62 7.66 7.97 6.31 0.0 1.69 8.69 0.78 0.54 0.52 0.07 5.23 1.01 0.85 5.09 4.89 5.34 0.28 1.3 4.24 1.33 1.91 3.04
0.0 0.0 0.04 0.0 0.02 0.09 0.0 0.03 0.01 0.3 0.27 0.21 0.9 0.7 0.14 0.25 0.37 0.38 0.14 0.07 0.18 0.77 1.34 0.46 0.37 0.06 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.0 3.93 0.0 0.04 0.0 2.58 7.14 9.57 5.64 0.19 1.31 10.84 0.98 0.61 0.97 0.85 5.44 7.34 2.36 6.62 4.93 7.36 2.01 1.86 6.25 2.54 3.84 6.45
0.11 0.82 0.12 0.18 0.21 0.17 2.32 0.02 0.5 0.01 0.18 8.0 2.71 1.03 0.36 0.38 6.84 0.0 0.07 0.0 0.02 8.81 1.41 0.87 3.81 5.33 5.99 1.83 3.95 3.25 1.35 1.45 1.42

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)