Heatmap: Cluster_2 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - - 3.67 3.15 1.01
- - - - - - 2.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.55 - - - 4.64 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.73 - - - - - - - - - - 2.69 - - 4.26 - 2.86
- - - - - - - - - - - - - 3.71 - - 0.65 - - - - - - - - - - 2.39 - 2.58 2.84 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.77 2.19 -5.54 - - - - - -1.31 - - -2.95 0.18 1.94 -1.02 - 2.99 -0.25 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.49 - - 4.44 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - 3.96 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.78 - - - - - - - - - - 1.47 - 4.11 2.92 - 1.89
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - 3.99
- - - - 0.26 - - - 1.59 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.66 -0.85 4.79 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.72 - - - - - - - 2.75 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - 0.84 - - - - - 1.69 - - -1.5 - - - - - - - - -0.65 -0.55 2.17 0.57 - 3.08 1.85 3.04
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.03 - - - - - - - - - - 4.85 - - - - -
- - - - - - - - - - - 1.52 0.47 - - - -2.65 - - - - - - - 1.57 -3.05 -0.16 1.92 2.79 1.21 2.11 0.96 2.41
- - - - - - -0.48 - - - 1.98 - -0.51 2.67 - - 0.49 2.24 - - - - - - 0.61 -2.65 - 1.98 1.92 0.45 1.6 0.42 -
- -1.06 - -0.1 - 0.28 -0.57 -0.36 1.48 - 0.39 - - - 0.49 - 2.37 - - - 0.43 - - - - 0.26 0.7 0.3 1.52 1.52 1.14 -0.67 2.1
- - - - - - - - - - - - 3.26 - - - -2.15 - - - - - - - - - 0.9 4.41 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - 1.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 - - 4.18 - -
- - - - - - - - - - - - 0.47 3.85 - - 1.39 1.6 - - - 0.43 2.4 - - -1.43 -1.81 - - - 0.66 1.43 -
- - - - - - - - - - - 1.37 0.31 - - - -0.13 - - - - - 1.25 - - - -1.96 0.44 3.23 1.31 2.25 2.31 1.43
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.11 - - - - - - - - - - 4.84 - - - - -
- - - - - - - - - - 3.95 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.13 - - - - -
- - - - - - 3.27 - - - - - - - - - 1.57 - - - - - - - 3.36 - - - - - - - 3.34
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.71 - - - - - - - - - - 3.28 - 1.71 3.28 - 3.33
3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.41 - -
- - 1.51 - - - - - - - 2.81 - - - - - -2.58 - - - - - - - - - - - - 2.92 3.94 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.57 - - - - - - - - 1.3 - - 3.78 - 3.93 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.72 - - - - - - - - - - 4.72 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.7 - - - - - - - - - 1.28 - 2.66 - 4.22 2.34 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.13 3.23 2.94 2.85 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.18 - - 3.89 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.63 - - - - - - - - - - 4.98 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - - - - - - - 4.51 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -3.26 - 1.62 - - - - - - - -1.77 1.65 1.58 1.59 4.23 0.62 -
- - 0.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.89 - - - - 1.93 - - 2.14 3.56 2.02
- - - - - - - 3.5 - - - - - - - - 0.2 - - - - - - - - - - 2.38 - 2.35 2.22 2.49 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.28 4.02 2.59 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.89 - - - - - - - - - 0.47 3.44 3.23 2.02 1.68 - 1.85
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - 3.16 3.0 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.66 2.96 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 4.17 - -
-1.6 -1.39 -0.87 - -3.64 - -0.59 - - -3.32 -1.27 0.42 0.21 -0.08 -2.89 0.61 -0.42 0.77 -0.11 0.82 -1.37 0.5 1.31 - - 0.25 0.55 2.27 -1.06 1.92 -0.18 -0.39 1.37
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.87 - - 1.94 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 - - - - - - 3.07 3.2 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - - - 3.67 - - - - - - - - - 1.89
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.29 - - - - - - - - 0.73 - 4.49 - - 1.99 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - 0.49 1.59 0.51 0.01 - 1.51 -1.77 - - -0.08 1.53 - - - 1.63 - - -0.92 1.87 0.64 2.53 1.82 0.07
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.93 - - - - - - - - - - 4.67 - - - - -
- - - - 0.97 - - - - - - - - - - - 1.77 - - - - - - - - - - 3.48 - - 2.54 2.38 2.44
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.2 - - - - 2.3 - - - - - - - 2.11 4.26 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - 4.96 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.54 - 3.9 - - 3.03 3.08 -
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.65 - - - - -0.3 4.38 - - - - - - - 3.24 -0.23 -0.1
- - - - - - - - - - - - - - - 2.95 -0.45 - - 2.95 - - - - 3.08 - - 1.96 - - 2.17 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -3.66 - - - - - - - - -0.41 - - 3.52 3.06 - - 3.62
- - - - - - - -1.78 - - -2.11 -1.02 1.15 - - 1.07 -1.77 - - - 0.73 -1.95 - - -0.97 -1.49 -1.82 1.64 2.46 1.45 2.59 2.28 1.05
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.03 - - - - - - - - -0.76 - 4.84 1.52 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 3.96 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.02 - - - - - - - - - -0.77 - 2.47 2.86 2.99 - 3.42
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.13 - - - - - - - - - - 4.6 - - - - -
- - 0.13 -1.87 - - - 1.32 - 0.29 1.42 - -0.36 2.53 - - 2.73 1.97 0.69 0.63 0.66 -0.38 - - - -2.6 - -0.36 - - -0.15 -0.31 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - 4.17 - -
- -0.67 - - - - -3.59 - - - -0.42 -0.25 -2.06 0.34 1.57 0.05 1.52 0.9 -1.01 0.59 0.28 1.35 1.44 0.27 2.0 -1.53 -2.18 -0.42 -0.98 -0.12 -0.8 1.12 0.39
- - -2.13 - -1.94 - 0.09 - - - 0.52 - - -0.6 0.62 -0.69 -2.16 2.53 - -0.7 1.07 0.46 - - - -2.67 -0.06 1.85 -0.53 1.87 1.29 -1.42 2.38
- - - - - - -1.01 - - 1.49 0.31 - - - 0.05 - 0.45 - - - - - - - - -0.35 -0.74 2.18 2.57 1.31 1.56 2.07 2.19
2.57 - - 0.85 - - - - 1.23 1.54 - - - - - - 1.5 - - - - - - - - -0.57 - 1.71 2.71 - - 1.82 1.66
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - 3.99
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.62 - - - - - - - - - - - - - 5.02 - -
- - - - - - 1.52 - - - - - - - - - - - - 2.48 - - - - - 0.19 - 2.13 3.22 2.84 1.36 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- - - - -1.54 - 1.0 -0.68 - - 0.15 - 0.74 - 1.87 - 1.2 - 1.22 1.16 1.19 1.02 - 1.61 0.85 - - - 0.13 -1.99 0.1 2.19 -0.81
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.41 - - - - - - - - -0.34 - 2.58 3.3 - - 1.95 3.3
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.82 - - - - - - - - - - 4.88 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.02 - - - - - - - - - - - - - 4.86 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.47 - - - - - - - - 0.77 -0.1 2.79 1.25 0.16 1.47 3.87 0.28
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.53 - - - - - - - - - - - 3.95 - 4.1 - -
- - - - - - - - - - - - -0.03 - - 0.96 - - - - - - - - 3.67 -2.23 - 2.88 - - 2.33 2.23 -
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.4 - - - - - - - - - - 3.79 - - 4.24 - -
- - - - - - 0.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 0.53 2.91 0.56 3.31 0.68
- 0.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.56 - - 2.4 2.78 1.89 1.94 3.42
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.26 - - - - - 4.08 - - - - 1.54 1.5 1.66 1.75 1.58 -
- - - - - - -0.74 - - - -0.68 - - - - - 0.28 - - 1.19 2.22 0.35 - - - 0.12 -0.25 0.77 2.36 1.24 2.94 0.12 1.32
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - -0.64 -0.3 3.68 1.95 -0.36 2.38 2.43 1.32
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.42 - - - - - - - - - - 4.92 - - - - -
- -1.84 - - - - - - - - - -1.77 -1.85 - - 2.67 -4.24 - -0.06 1.31 0.49 0.71 -3.48 -2.02 0.68 -1.25 -1.1 0.19 0.6 1.15 2.96 1.42 0.13
- - - - - - - - - - -0.43 0.56 -2.52 - 0.15 -1.52 1.97 -0.36 -1.46 - -1.5 -2.37 1.9 - 0.93 -3.86 -5.77 2.15 -1.97 -2.56 3.04 2.25 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - 2.36 - - - - 2.91 - 2.34 - - - - - - - - 3.03 2.83 - - - -
- - - - - - 3.99 - - - 2.12 - - - - - - - - - - - - - - -0.07 - - - - - - 3.56
- - - - - - 2.61 - - - - - - - - - 0.54 - - - - - - - - - - - 3.6 - 2.8 - 2.68
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
- -0.05 0.45 -2.51 0.32 - -0.16 1.0 1.13 - - 0.85 -1.79 - - 0.77 2.88 - - - - - - -0.98 2.12 -2.03 -1.11 0.58 0.23 -1.69 - 0.04 1.78
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.6 - - - - - - - - - - - - - 4.91 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -
1.17 - - - - - - - - - - - - - - - 1.59 - - - - - - - - 0.46 -0.15 2.54 1.87 0.29 1.82 2.37 2.6
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.92 - - - - - - - - - - 4.87 - - - - -
- - - -0.57 - - - - - - - - - - - - -3.01 - - - - - - 0.97 - - -0.69 2.51 - 2.14 2.61 3.61 0.24
- - - - - - - - - - -1.75 -2.72 1.89 - 0.95 1.07 -1.08 0.86 -0.43 -2.81 -1.2 - - -1.97 -1.1 -0.76 0.53 3.76 - -2.68 1.5 0.95 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.46 4.46 - - - -
- -1.18 - -2.22 - - 0.1 - -1.37 - - 1.36 -0.51 -0.44 - - 2.58 - - -0.54 - 0.79 2.02 - -0.4 0.28 -0.3 1.2 0.49 0.84 0.41 0.07 1.91
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 4.09 - - - -
- - - - - - 0.18 - - - 0.24 - 0.62 2.97 - - 0.97 - - - 1.14 0.27 1.76 - 1.24 -3.17 -1.73 1.56 -1.24 -1.24 1.23 1.0 0.71
- - - - - - - - - - - - 3.04 - - - - - - - - - - - - - - 2.78 - 3.1 3.23 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 - - 4.08 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.33 - - - 2.58 - - - - -0.58 - - - 1.69 4.27 - 1.75
-0.3 - - - 0.13 - - - 0.02 - - - - - - - -0.75 - - - - - - - - - - 3.31 3.17 2.16 1.44 - 1.75
- - - - - - - - - - - - - - 2.78 - - 1.18 2.21 2.14 1.04 - - - - - - 0.91 0.08 1.79 - 0.68 2.25
0.12 - - 0.07 - - 0.8 - - - - 1.85 0.8 1.86 - 1.77 0.45 - - - - - - - - - - 0.54 0.73 - 2.31 - 2.87
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.15 - - - - - - - - - - 2.46 2.28 2.2 3.49 0.5 1.68
2.39 - - 0.09 - - - 1.03 - - 0.78 - - 1.88 - - 1.51 - - - - - - 1.63 - -1.61 -1.61 2.87 1.91 - 0.67 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.54 - - - - - - - - - - 2.85 2.38 0.82 2.53 - 3.68
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - - - - 4.44 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 4.3 - -
- 3.03 - - - - - - - - - - - - - - 3.11 - - - - - - - - - - 4.02 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - 4.54 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - 4.92 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - - - - - - - - 4.67 - - - - -
- - - - - - - - - - 1.46 - - - 2.56 - 2.78 - - - - - 2.44 - - - - - 1.44 1.56 - 1.74 1.59
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.43 - 3.4 - 3.54 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - 4.85 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.48 3.42 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - -0.59 0.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.72 - 2.09 1.48 - 3.53 3.11 1.61
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.57 - - - - - - - - - - 2.85 1.84 1.97 3.68 - 1.98
- - - - - - 3.52 - - - - - - - - - 1.99 - - - - - - - - - - - 2.46 - - - 3.59
- - - - - - 1.87 - - - - 2.88 - - - - 1.2 - - - - - - - - - - 2.69 - 2.51 2.91 - -
-0.35 - - - - - - - - - -0.24 - - - - - 1.14 0.8 - 0.63 - - 0.6 - - -1.58 -1.55 3.4 - - 2.71 2.51 -0.26
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.57 3.22 -
- -3.14 - -0.55 -2.71 - -2.28 -2.77 - -2.97 -2.32 -0.09 - - -1.22 0.46 0.73 -2.47 -1.25 -2.63 -1.28 -0.29 -0.2 -1.47 -2.5 -1.51 -0.6 0.19 2.02 - 2.75 3.2 0.54
- 2.47 - - - - - - - - - - - - - - 0.72 - - - - - - - - - - 4.69 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -1.88 - - - - - - - - - - 4.13 - - 3.26 2.48 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - -
-1.75 - - -0.48 -2.18 - -1.07 -1.93 - - - - - -0.01 - - -0.77 - - - - - 2.87 - 0.03 -0.27 -1.83 1.2 2.02 1.92 2.08 1.22 1.74
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.