Heatmap: Cluster_240 (HCCA cluster)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
0.07 0.24 0.05 0.01 0.0 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.11 0.14 0.0 0.0 0.54 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.09 0.08 0.0 0.26 0.28 0.63 1.87 1.58 0.85 0.85 0.22
0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.04 0.07 0.0 0.58 0.0 0.18 0.12 0.0 0.14 0.13 0.28 0.06 0.02 0.0 0.02 0.05 0.1 0.65 1.39 2.36 0.94 0.96 0.83
0.02 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.53 0.1 0.12 0.14 0.07 0.18 0.25 0.12 0.07 0.07 0.48 0.11 0.02 0.0 0.19 0.25 1.93 5.84 5.35 2.42 1.25 2.82
0.0 0.16 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.08 0.1 0.09 0.1 0.0 0.0 0.93 0.0 0.0 0.0 0.0 0.53 0.48 0.04 0.1 0.91 0.47 23.56 70.2 42.48 31.55 10.6 12.93
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.07 0.0 0.13 0.0 0.09 0.0 0.62 0.18 0.01 0.03 0.12 0.11 0.23 0.13 0.0 0.0 0.17 0.06 0.09 33.11 66.79 94.21 30.33 25.11 28.75
0.11 0.24 0.42 0.27 0.21 0.0 0.13 0.17 0.14 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.0 0.04 0.0 1.24 0.93 2.18 24.72 15.41 5.04 6.01 12.04
0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.02 0.1 0.32 0.58 0.0 0.0 0.48 0.05 0.0 0.0 0.05 0.47 0.9 0.12 0.05 0.47 0.54 0.66 1.81 2.02 1.2 0.84 0.37
0.0 0.0 0.06 0.05 0.04 0.06 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.02 0.99 2.05 1.15 1.13 1.04 1.54
0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.41 0.56 0.36 0.41 0.72 0.09 0.71 1.29 0.34 0.57 0.65 0.53 0.02 0.76 0.01 0.01 0.3 2.95 7.28 1.46 2.07 0.99
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.07 0.1 0.03 0.0 0.17 0.25 0.06 0.0 0.14 0.13 0.09 0.01 0.0 0.0 0.12 0.17 0.14 0.64 0.87 1.48 0.72 0.81 0.56
0.09 0.25 0.01 0.01 0.0 0.0 1.19 0.04 0.0 0.0 0.33 1.72 5.92 3.98 0.0 0.43 3.96 0.18 0.47 0.25 0.16 2.62 2.95 4.79 0.98 2.53 2.49 5.14 13.77 11.17 6.65 4.78 2.77
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.57 0.55 0.49 9.29 15.1 1.0 0.57 2.46
0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.01 0.03 0.02 0.0 0.17 0.02 0.11 0.05 0.91 0.23 0.08 0.33 0.63 0.34 0.37 0.03 0.04 0.0 0.52 0.7 0.77 1.13 12.33 19.1 1.74 1.15 2.97
0.06 0.03 0.0 0.03 0.09 0.0 0.01 0.0 0.04 0.05 0.2 0.0 0.25 0.0 1.63 1.24 0.05 0.3 0.4 0.7 0.51 0.01 0.13 0.0 0.54 0.99 1.25 0.89 22.65 35.37 2.72 1.54 5.95
0.0 0.35 0.01 0.01 0.01 0.0 2.67 0.0 0.0 0.0 0.06 2.39 0.1 0.91 0.07 0.09 0.19 0.0 0.07 0.04 0.07 0.31 0.44 0.42 0.32 0.4 0.4 2.76 12.94 9.74 1.92 1.1 6.1
0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 1.89 0.0 0.0 0.0 0.0 2.43 0.29 1.08 0.36 0.2 0.18 0.0 0.05 0.04 0.05 0.22 0.33 0.22 0.27 0.54 0.52 3.06 13.07 9.9 2.16 0.78 5.78
0.07 0.04 0.0 0.01 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.02 0.05 0.0 0.0 0.04 0.0 0.05 0.0 0.0 0.06 0.04 0.4 0.0 0.04 0.02 1.01 1.72 0.83 0.62 0.26 1.31
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.05 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.11 0.06 1.01 2.22 1.94 0.88 0.47 1.44
0.12 0.1 0.06 0.14 0.06 0.0 0.56 0.2 0.07 0.0 0.52 0.95 1.34 0.34 0.53 1.35 0.5 0.93 0.87 0.47 0.6 1.12 1.19 0.68 0.76 0.41 0.45 1.84 4.2 3.65 1.55 1.43 2.8
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.04 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.25 0.02 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.05 0.33 1.68 2.78 0.71 0.42 1.22
0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.41 0.48 2.33 0.89 0.24 0.29 2.82 0.0 0.23 0.13 0.3 0.54 2.42 0.85 1.62 0.98 1.16 5.91 23.89 19.54 6.52 2.04 6.9
0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.35 0.0 0.0 0.0 0.07 0.36 0.49 1.18 0.07 0.0 1.3 0.0 0.07 0.0 0.0 0.6 0.95 1.13 0.44 0.65 0.6 1.34 3.66 3.96 2.48 1.65 0.95
2.86 7.84 1.2 0.37 0.54 0.45 8.01 0.24 0.55 0.04 0.38 2.51 2.0 1.25 1.32 0.02 0.71 0.0 0.0 0.0 0.0 9.69 13.05 0.7 5.19 1.8 1.18 15.11 34.9 22.34 13.83 13.62 8.8
0.62 0.61 0.0 0.0 0.02 0.0 0.94 0.21 0.0 0.0 0.0 0.1 0.21 0.0 0.22 0.0 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 1.04 1.04 0.0 0.22 0.45 0.35 3.47 9.58 6.87 4.26 2.87 1.81
1.1 3.41 0.56 0.11 0.06 0.0 5.03 0.0 0.0 0.42 1.55 12.17 0.36 2.21 2.98 0.81 1.0 1.01 1.88 0.9 1.47 0.97 1.32 0.89 1.57 5.89 5.04 28.67 51.88 50.38 25.18 29.84 15.33
3.0 3.64 2.76 1.87 1.69 0.83 4.5 0.49 0.93 0.8 3.01 2.58 2.96 3.94 1.35 3.77 1.78 2.98 1.88 1.69 2.32 4.3 3.72 0.97 1.8 2.15 2.11 7.85 14.94 16.46 9.46 7.19 9.16
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.01 0.0 0.0 0.0 0.41 0.07 0.38 0.0 0.49 0.23 0.59 0.22 0.07 0.0 0.02 0.32 0.64 0.36 0.37 0.07 1.91 5.57 0.09 0.1 0.58
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.78 0.96 0.68 0.49 1.07 1.07
0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.16 0.07 0.62 0.64 2.72 0.31 0.86 0.29 0.5 1.16 0.2 0.12 0.38 0.34 1.21 0.48 0.99 1.16 1.73 2.47 11.09 22.35 9.33 9.54 6.75 8.29
0.0 0.14 0.02 0.01 0.01 0.0 0.34 0.0 0.02 0.0 1.34 0.6 0.68 0.72 2.6 1.24 0.3 2.68 1.25 0.56 1.95 0.43 0.22 1.27 1.3 1.96 1.71 10.56 25.22 41.18 14.79 14.31 14.22
0.07 0.13 0.02 0.09 0.1 0.04 1.04 0.16 0.34 0.23 0.08 0.07 0.78 0.0 0.77 0.0 0.19 0.23 0.38 0.34 0.51 0.14 0.2 0.28 0.12 0.92 0.92 6.13 11.72 12.71 5.0 6.77 4.06
0.05 0.04 0.04 0.01 0.0 0.04 5.5 0.42 0.03 1.97 2.52 9.67 0.06 3.19 0.17 0.56 0.35 3.36 2.89 2.56 2.5 0.21 0.0 0.12 0.42 3.77 4.54 8.84 77.45 77.46 15.28 3.24 11.36
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.93 0.07 0.03 0.0 1.13 1.76 0.41 1.09 1.74 2.11 2.43 0.27 4.94 0.06 1.06 0.85 1.11 20.39 72.12 28.76 28.56 22.49 31.5
0.85 0.13 2.28 0.94 2.46 1.88 0.5 0.15 0.17 0.0 0.86 0.79 1.57 0.22 9.49 1.33 0.53 1.31 1.57 0.31 0.48 1.5 0.95 3.12 1.16 0.77 0.98 1.76 16.66 19.15 2.49 3.36 4.97
0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0 0.1 0.26 0.5 0.21 0.26 0.16
0.38 0.77 0.44 2.87 1.22 2.13 4.16 3.45 4.21 8.41 1.88 0.72 6.42 0.34 42.51 2.96 0.44 1.54 3.85 2.25 2.09 0.56 3.5 1.31 9.7 2.91 2.3 28.49 69.44 91.93 26.46 34.14 31.79
0.04 0.07 0.2 0.32 0.68 0.9 1.0 0.0 0.01 0.0 0.08 0.72 0.1 0.12 0.19 0.16 0.89 0.23 0.19 0.18 0.16 0.4 0.62 2.25 0.27 0.86 0.87 4.69 6.42 7.42 4.42 5.97 2.45
0.9 2.25 0.08 0.1 0.05 0.0 5.16 0.0 0.04 0.04 1.12 6.8 17.06 11.78 0.36 1.38 22.53 0.81 0.52 1.12 0.8 9.98 16.04 14.66 6.13 14.97 14.81 31.31 82.04 70.22 40.03 31.58 17.94
0.66 1.16 0.03 0.16 0.24 0.19 0.94 0.09 0.15 0.08 0.86 2.17 1.99 0.6 3.34 1.58 2.53 0.61 1.03 0.52 0.8 1.22 0.86 1.41 1.89 1.41 2.06 8.04 14.86 15.49 5.59 7.29 4.83
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.05 0.62 1.85 0.16 0.07 0.8
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.05 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.04 0.0 0.0 0.03 0.03 0.04 0.61 0.86 0.2 0.0 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.12 0.0 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.01 0.54 2.46 0.01 0.0 0.33
0.01 0.07 0.08 0.15 0.03 0.21 0.11 0.05 0.08 0.05 1.35 0.74 2.86 0.77 0.77 0.9 0.32 0.76 0.92 0.2 0.57 0.59 2.64 0.26 2.04 0.47 0.53 1.42 6.24 8.46 2.2 1.29 4.3
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.49 1.25 1.27 0.71 0.38 0.58
0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.24 0.41 0.38 0.0 0.29 0.07 1.3 0.03 0.0 0.16 0.0 1.64 0.07 0.02 0.37 0.08 0.13 2.53 8.91 7.98 2.6 3.45 1.1
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.14 0.07 0.2 0.07 1.49 1.76 0.32 0.56 0.66 1.26 1.65 0.11 4.36 0.18 1.16 1.75 2.13 28.74 101.62 45.8 38.29 27.1 49.15
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.05 0.0 0.0 0.13 0.04 0.07 0.57 0.17 0.12 0.72 0.57 0.13 0.16 0.07 0.21 0.13 0.26 0.02 0.17 0.2 0.15 3.08 4.44 3.47 3.35 3.85 1.88
5.2 10.56 2.94 6.72 3.48 2.22 0.3 6.01 5.99 15.59 0.38 0.38 0.18 0.7 0.31 0.07 10.82 0.15 0.0 0.36 0.3 0.33 4.14 0.06 0.15 7.06 7.72 38.75 70.06 70.81 36.66 32.25 52.67
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.41 0.07 0.17 0.0 0.26 1.08 0.28 0.93 1.41 1.42 2.5 0.17 2.8 0.0 0.54 1.27 0.79 13.35 45.65 19.2 17.25 12.24 23.14
0.18 0.1 0.14 0.07 0.08 0.0 0.0 0.38 0.43 0.21 1.58 1.27 0.46 0.17 0.29 0.43 0.21 3.16 1.43 1.15 0.94 1.03 0.31 0.08 1.67 2.64 2.13 9.69 16.46 9.88 4.41 6.2 8.4
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.38 0.28 0.13 0.07 0.0 0.0 0.06 0.0 0.27 0.29 0.63 5.4 6.68 2.17 1.27 2.96
0.03 0.43 0.05 0.13 0.22 0.45 0.72 0.1 0.83 0.05 0.12 0.0 0.53 0.0 0.48 0.56 0.66 0.0 0.09 0.25 0.37 0.46 2.78 0.0 0.22 0.4 0.49 1.9 4.67 5.26 2.28 2.67 2.06
0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 0.51 0.33 0.22 0.31 0.17
0.05 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.64 0.72 0.14 0.1 0.72 0.56 0.07 0.91 0.49 0.27 0.0 0.28 0.0 0.0 0.3 0.84 0.59 12.79 42.39 32.0 11.4 19.97 12.37
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 5.17 9.82 15.37 5.07 3.58 5.75
0.0 0.0 0.0 0.33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.66 0.0 0.52 0.06 0.06 0.59 2.46 4.43 0.57 0.32 2.6
0.06 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.07 0.02 0.08 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.29 2.14 3.31 17.12 37.74 3.64 0.41 2.25
0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.04 0.0 0.0 0.66 1.15 0.83 0.46 1.92 1.44 0.28 1.04 0.52 0.43 1.84 0.29 0.2 0.97 0.86 1.63 1.24 7.73 18.13 31.48 10.12 10.49 11.3
0.22 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.21 0.03 0.02 0.0 0.19 0.45 0.31 0.12 0.05 0.05 0.31 0.13 0.0 0.31 0.05 0.45 0.31 0.22 0.2 0.0 0.01 1.09 2.72 1.94 0.96 0.49 1.68
0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.1 0.0 0.03 0.0 0.6 1.82 0.11 0.14 1.03
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.0 0.0 0.07 0.28 0.0 0.09 0.0 0.0 0.65 0.02 0.2 0.38 0.0 0.18 0.53 0.09 0.85 0.2 0.07 0.0 2.87 4.67 2.6 1.77 3.27 2.24
0.01 0.08 0.0 0.03 0.0 0.0 0.77 0.0 0.02 0.0 0.3 0.0 0.58 0.19 0.5 0.32 0.18 0.1 0.63 0.25 0.32 0.51 0.2 0.3 0.69 1.29 1.43 3.84 8.12 9.86 3.93 5.1 2.21
0.48 0.56 0.65 0.74 0.27 0.36 2.34 0.17 0.09 0.09 1.86 1.62 3.62 1.99 3.46 2.23 7.14 2.1 1.95 2.13 2.04 2.22 6.46 3.85 2.66 5.03 4.25 16.33 27.75 18.33 14.88 8.57 10.62
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.09 0.07 0.0 2.83 0.0 0.0 0.02 0.0 0.07 0.11 0.07 0.19 0.07 0.0 0.0 0.49 0.54 1.4 6.84 4.84 2.93 1.85 1.66

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)