Heatmap: Cluster_277 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
- - - - - - - 1.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.18 3.5 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - - - - - - - 3.33 3.27 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.2 3.44 - - - - - - - 3.25 3.18 1.44 - - - - -
- 1.0 - - -0.24 - - - 2.07 - - - - - - - 1.32 - - - - - - - - 0.75 2.45 2.0 - 1.08 2.1 1.92 1.1
- -1.27 - - 0.44 - 0.54 - - - 0.98 - 0.54 1.6 - - -2.52 1.67 - - - - 3.06 - - 1.69 -1.21 1.11 - 0.64 - -0.88 1.89
- -4.54 - - - - -2.42 - - - - 2.29 1.79 -1.4 - - -0.32 - - - - 2.12 -1.11 - 1.22 2.0 3.51 - -3.82 -0.72 - - -
- - - - 0.75 - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 2.22 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.77 - - - - - - - - 3.2 3.81 - - - 0.24 2.79 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.52 - - - - - - - - 3.27 2.33 - - - 2.2 - 3.62
- - - - -2.55 - -1.16 - - - - - - - - - -1.43 - - - - -1.04 3.52 - - 3.1 3.41 -1.18 - - -1.19 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - - - - 4.85 - - - - - -
- - - - - - 0.14 - - - 0.2 2.15 0.1 1.16 - - 0.12 2.23 - - 2.1 0.22 - - - 2.54 0.64 - - 1.18 1.07 - -
- - - - - - -0.45 - - - - - 1.11 - - - 0.83 1.68 - 0.51 - 2.61 0.49 0.36 - 0.97 1.82 1.61 -0.23 0.57 -0.48 1.31 -0.29
- 0.92 - - - - 2.55 2.75 - - - - - - - - -0.89 - - - - - - - - 3.39 2.9 - - - - - -
- 0.87 0.94 - - - -0.38 - 0.63 - 2.73 - - - - - 1.31 - 1.61 - 1.58 - - 0.39 2.76 -0.57 1.18 - - - - -0.39 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.28 3.76 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.86 - - - - - 2.02 - - 3.03 3.86 - - - - - 2.16
- - - - - - - - - - 1.74 - 1.24 - 0.74 0.65 -1.26 3.62 0.71 2.23 0.67 - - - - 1.54 -0.94 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 3.39 - - - - - -
- - 3.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.82 3.15 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - -
- -1.32 - - - - - - - - 1.85 0.48 -0.6 - 1.49 0.4 0.22 - 0.46 - - - - - 0.52 1.9 1.95 1.02 1.12 1.06 0.4 1.15 0.5
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.46 3.45 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 4.48 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.84 2.1 - - - - - -
- 1.73 - - - - - 2.68 - - - - - - - - -2.97 - - - - - - - - 2.47 0.09 3.42 - - - - 2.55
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - 2.42 2.62 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.96 - - - - 3.98 - - - 0.77 3.76 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.09 - - 3.82 0.86 - - - - - -
- - 0.48 - - - - 1.95 1.8 - - - - - - 2.72 1.41 - - - - - - 2.55 - 1.8 1.31 - - 1.68 - - -
- -0.16 1.16 - -0.86 - - - 2.56 - - - - - - - -2.43 - - - - - 2.27 - - 3.01 3.38 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.51 4.43 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.78 - - - - - - - - - 4.89 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.87 - - - - - - 3.88 - 3.14 3.21 - - - - - -
- - - - - - - - 4.72 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.6 1.84 - - - - - -
1.08 - - - -0.16 - 1.13 - - - - - 2.07 - - 3.06 1.13 - - - - 1.05 - - 2.19 1.95 1.38 - - - - - -
-0.42 1.67 - 1.17 -1.52 - - 0.84 -0.76 1.22 - - - - - - 0.93 0.72 - - - - - - 0.69 2.67 2.8 - 0.72 - 0.67 - -
- 0.16 - - - - 2.93 - - - - - - - - - -2.96 - - - - - - - - 1.97 3.43 - 1.83 0.83 - - 2.05
- 2.42 - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - -
0.19 -1.39 - -2.84 - -1.27 -0.1 - - - - - - - - 0.44 -4.04 3.27 1.24 2.02 2.58 1.96 - - 0.57 -0.23 -1.65 - - - - - -
- - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.06 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - 0.92 2.34 - - - 2.2 2.26 3.53
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - -
- - - - - - 1.81 - - - - - - - 2.87 2.78 - - - - 2.8 - - - - 2.8 0.48 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.5 - - - - -2.11 - - - - 1.83 - - - 2.69 3.52 - - - - - -
- 0.52 - - - - - - - - - - - - - - -0.42 - - - - 1.39 - 1.07 - 2.14 3.52 0.0 1.49 - 2.69 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.75 - - - - - - - - - 4.72 - - - - - -
- - - - - - 3.63 - - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - - 2.27 1.4 - - - - - -
- - 2.67 - - - - - 1.33 - - - - - - - -2.71 - - - - - - - - 3.64 2.18 1.02 - 1.38 - 1.18 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - 2.51 4.71 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.44 3.39 - - - - 3.55 -
- - - - - - - 1.99 2.51 1.08 - - - - - - - - - - - - - - - 2.35 4.01 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.08 - - - 0.0 - - - - 2.3 - 1.39 - 1.93 3.61 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - - 3.85 - - - - - -
- - - - 3.24 - - - - - - - - - - - 2.2 - - - - - - - - - 4.25 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.7 - - - - - 3.64 - - - 1.48 - 2.93 - - - 2.78
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.97 - - - - - - - - 2.26 1.34 3.31 3.79 - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.24 - - - 3.24 - - - - - - - - 2.76 2.88 - - - - - -
- 1.72 - -1.94 -2.67 - - 0.91 - - - - -0.29 -0.23 - - -0.24 - - - - 1.03 - 1.51 - 1.95 2.17 -1.31 1.69 2.65 -1.32 - 0.4
- - - - 2.06 - - - - 3.81 - - - - - - 1.12 - - - - - - - - 3.0 2.22 - - - - - -
- 0.66 - - - -0.51 - - - - - 3.02 - - - - - - - - - 1.09 - 0.45 0.74 3.05 3.2 - - - - - -
- - - - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.07 3.11 - - - - - -
- - - - - - - - 4.42 - - - - - - - 2.55 - - - - - - - - - 2.54 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - 1.36 3.53 - - - - - -
- -2.63 - - - - 1.1 - - - - - 2.71 0.45 - - 0.76 - - - - 1.49 0.65 - -0.52 1.83 2.66 - 1.77 0.79 - - 0.05
- - - - - - - - - - - - - - - - 1.48 - - - - - - - - 3.68 4.12 - - - - - -
- - - - - - - -1.05 - - - - - - - - - - - - - 0.91 3.68 - - 1.78 1.32 -0.52 0.4 1.67 0.59 -1.23 2.25
- - - - - - - - -1.24 -2.66 - 2.65 - - 0.54 0.45 -1.63 - 1.25 - - 1.02 - - 0.58 2.59 3.43 - - - - - -2.02
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.54 - - - - - - - - 3.3 4.12 - - - - - -
- - - - - - 2.81 - - - - - - - - - 1.57 - - - - 3.53 - - - 0.01 2.48 - - - - - 2.3
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.74 - - 3.17 3.43 1.94 0.42 - - 0.39 -
- - - 2.11 - - - - - - - - - - - - 1.22 - - - - 2.88 - - - 0.76 - - - - 4.11 - -
-1.81 -3.13 - - - - - - -1.67 - - - - - - - -5.09 - - - - -3.42 - 3.2 -2.29 2.03 2.43 1.36 -2.3 -1.29 3.17 -0.4 -1.71
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 4.05 - - - - - -
- - - - - - - - 0.52 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.53 4.32 - - - - - -
- - - - - -0.08 - - - - - 2.04 1.58 - - - - - - - - 1.12 3.74 - - - 3.07 - - - - - 0.08
- - - - - - - 2.62 - - - - - - - - 0.28 - - - - - 3.35 - - - 2.35 2.15 - - - - 2.57
- 1.12 - - - - - - - - - - - - - - -0.46 - - - - - - - - 3.93 3.9 - - - - - -
- - 2.62 - - - - - 1.56 - - - - - - - -1.6 - - 2.87 - 2.03 - - - 2.01 2.15 - - - 1.88 - -
- - - - - - - -1.94 - - - 0.4 2.16 - - - 0.33 - - - - 0.92 2.41 -0.02 0.45 0.39 3.89 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.25 - - 1.38 - - - - 2.15 - - 3.28 - 1.55 1.93 - - - - -
- - - -1.71 -0.63 - -0.04 -0.85 - - -0.97 - - -0.0 - - -0.49 2.07 2.29 -0.1 -0.07 0.06 1.87 0.74 - -2.17 1.64 -1.08 0.66 1.58 -1.09 - 1.08
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.18 - - - - - - - - 1.62 - - - - 3.8 3.51 -
-1.19 -0.54 - - -1.9 - - 0.73 - - - 2.12 - 1.54 - - -0.3 - - - - - - - - 3.06 2.77 0.22 1.01 - 0.45 -0.62 0.56
- 1.34 - - - 4.39 - - 1.83 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.5 1.66 - - - - - -
0.61 - - -0.1 - - - - - - - 1.68 0.61 - - - 2.0 - - - - - 1.57 - - 2.17 3.47 0.76 - - - - 0.7
- - - - - - - - - - 2.95 - - - - - 1.97 - - - - - - - - 0.71 4.3 - - - - - -
1.27 - - - - - - - - - 0.73 - - - 3.09 - -5.74 - 0.73 - - - - - - 2.48 3.72 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.67 - - 3.33 3.35 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.56 4.41 - - - - - -
- - - - - - 0.38 - 0.43 - - - - - - - -0.63 - - - - - 3.63 - - 2.27 3.64 - - - - - -
- -1.79 - - - - - 0.4 - - - - - - - - - - - - - - 1.72 - - 2.94 4.35 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.2 3.14 - - - - - 3.91
- - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.37 - - 3.53 4.24 - - - - - -
- 0.17 - - - - - - - - - - - - - 2.01 1.4 - - - - - - - - 2.17 2.9 1.02 - 2.12 - - 2.78
- - - - -0.51 - 1.23 - -0.31 - - - - - - - -2.54 - - - - - - - - 2.07 2.53 -0.23 2.43 2.97 - - 2.31
- - - - - - - - - - - - - 4.29 - - 1.16 - - - - - - - - - 1.0 - - - 3.2 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.81 - - 3.88 4.14 - - - - - -
- - - -1.55 - - - 2.19 - - - - - 3.36 1.04 - - 1.11 - - - - - - - 2.71 2.05 0.85 - - 0.17 - -
- - - - - - - - - - 0.11 2.13 2.41 1.7 - - -0.15 - - - - 2.96 -0.93 - 0.46 0.7 2.14 - - 1.24 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - -2.47 - - - - - 1.6 - - 2.79 2.45 2.26 2.22 - 3.0 - -
- - - - - 4.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.14 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.07 4.02 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.04 - - - - - - -
0.37 0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.1 - 4.0 - 0.27 1.55 - - - 0.36 - -
- - - - -0.39 - - - - - - - - - - - 0.78 4.21 - - 1.85 - - 1.66 - 1.77 0.83 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.54 - 3.71 3.05 - - - - - -
2.34 - - 2.31 1.74 - - - - - 0.77 - - - - - 1.01 - - - - - - - - 3.39 2.44 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 0.77 - - - - -1.92 - - - - 1.76 3.56 1.52 - 2.33 2.82 - - - - - -0.13
- - - - -0.79 - - 3.06 0.26 2.16 - - - - - - - - - - - 0.52 1.33 - - 2.99 2.71 - - - - - -
- - - - - - 3.4 - - - - - - - - - 0.22 - - - - - - - - 1.16 4.25 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.32 0.17 - - - - - - - - 2.94 2.09 - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.46 - - - - - 2.52 - - - - - - - - 2.38 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.1 -1.71 1.97 - 1.11 -0.2 -2.26 1.83 - - -0.18 - 2.93 0.85 2.24 -0.17 1.5 - -1.24 - -0.65 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 4.45 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - 3.12 2.89 - - - - - 3.6
- - - - - 1.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 4.64 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.97 4.12 - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.