Heatmap: Cluster_354 (HCCA cluster)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Maturing xylem and dead early wood
Wood
Dead early and late wood
Dead early wood
Dead late wood
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Buds
Female flower
Male flower
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.04 0.05 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.14 0.0 0.0 1.62 0.0 0.0 0.0 0.0 0.38 0.44 3.97 0.1 0.22 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 1.43 0.36 0.0 0.0 1.29 0.0 0.0 0.0 0.0 1.5 0.82 1.95 0.44 0.1 0.06 0.03 0.0 0.0 0.0 0.07 0.04
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.02 0.0 0.0 0.05 0.55 0.0 0.0 0.0 4.37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 6.46 38.65 0.84 0.1 0.46 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.95 0.43 0.17 0.0 1.25 0.0 0.0 0.0 0.0 1.47 2.01 0.14 0.0 0.08 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0
0.06 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.12 0.0 0.1 5.69 2.7 3.11 0.89 0.22 0.74 11.87 1.67 0.0 0.0 1.4 0.64 4.87 120.31 5.68 10.9 6.75 0.72 0.52 0.36 0.29 1.4 1.39
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.37 1.79 0.0 0.0 0.04 0.05 0.01 0.03 0.0 0.02 0.07
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 1.04 0.0 0.0 0.0 0.64 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.31 4.31 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0
0.04 0.06 0.04 0.24 0.21 0.94 0.06 0.07 0.04 0.0 0.02 0.1 0.73 0.05 0.0 0.05 1.43 0.0 0.09 0.02 0.14 0.19 0.57 5.31 0.05 0.04 0.14 0.07 0.15 0.11 0.07 0.02 0.22
0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.33 2.48 2.46 0.0 0.0 0.0 2.41 0.0 0.19 0.04 0.0 4.25 4.03 25.41 6.74 0.23 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.05 0.22 0.0 0.06 0.05 0.0 12.33 0.0 0.0 0.0 0.85 7.23 18.26 3.19 0.19 1.08 24.96 0.33 0.14 0.72 0.69 18.23 14.85 88.96 13.36 2.91 2.35 0.37 0.53 1.77 0.39 0.6 1.54
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.89 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.87 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.07 0.11 0.0 0.0 0.02 0.08 0.3 0.0 0.0 0.0 13.58 0.05 5.41 0.62 0.53 14.42 29.32 11.49 11.63 16.78 12.77 0.16 54.21 37.35 8.49 0.36 1.52 0.25 0.0 0.02 0.1 0.0 0.41
0.08 0.02 0.0 0.0 0.0 0.06 0.04 0.0 0.0 0.0 8.1 0.24 3.94 0.17 0.0 12.18 16.58 5.4 6.91 11.41 9.09 0.12 27.68 26.27 3.69 0.24 0.69 0.18 0.08 0.0 0.04 0.03 0.16
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.1 7.97 42.51 14.54 0.0 0.0 31.3 0.0 0.0 0.0 0.0 76.23 75.19 71.53 11.94 2.16 10.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.17 0.0 0.0 0.02 0.24 15.09 79.23 45.67 0.02 0.02 201.04 0.05 0.26 0.07 0.16 130.76 52.89 463.69 34.38 1.53 13.41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
2.24 2.16 0.51 1.09 0.97 0.71 0.72 0.56 0.4 0.87 0.02 3.13 29.17 6.02 0.0 0.0 41.77 0.0 0.0 0.0 0.0 17.06 25.94 134.91 15.23 1.91 6.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.05 0.12 0.1 0.0 0.0 0.17 0.24 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.29 0.0 0.05 0.0 0.11 0.03 0.13 5.25 0.0 0.19 0.15 0.01 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.01 0.0 0.0 0.62 32.2 93.42 25.92 0.36 0.02 166.84 0.03 0.0 0.02 0.02 132.08 88.37 1690.15 17.4 4.51 17.13 0.03 0.04 0.01 0.0 0.02 0.04
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.22 5.02 4.94 0.0 0.0 2.67 0.0 0.0 0.0 0.0 6.1 2.42 56.71 1.48 0.45 1.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.58 1.87 0.31 0.44 0.04 0.07 1.51 0.07 0.08 0.0 0.6 1.17 1.35 0.91 0.36 0.27 3.86 0.43 0.49 0.07 0.3 1.48 0.75 19.11 1.38 1.19 2.04 0.34 0.16 0.2 0.24 0.12 0.14
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.1 2.39 1.79 3.46 0.22 0.27 2.42 0.48 0.21 0.13 0.07 2.61 1.34 44.43 3.84 1.66 0.59 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.03 0.04 0.0 0.0 2.12 1.34 14.33 3.31 1.49 2.91 19.15 2.02 2.3 1.21 2.0 16.13 9.94 32.21 12.3 0.42 2.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 10.91 0.55 18.36 0.94 0.22 0.65 17.87 0.43 0.68 0.07 0.62 4.81 6.94 261.82 28.13 0.19 1.35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.43 2.36 0.46 0.02 2.32 5.17 2.25 0.78 0.94 0.46 0.64 4.05 53.67 4.41 0.12 0.38 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
0.1 0.03 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.35 1.65 0.48 0.24 0.12 0.05 1.36 0.15 0.02 0.0 0.05 0.2 2.03 13.45 0.66 0.36 0.45 0.02 0.04 0.08 0.0 0.0 0.16
0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.81 2.6 1.32 4.92 0.1 1.24 3.75 0.78 0.85 1.01 0.51 4.13 5.71 9.91 0.74 0.48 1.14 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.7 2.67 0.31 0.46 0.2 0.17 4.6 0.11 0.09 0.03 0.15 7.3 3.12 3.02 0.05 0.11 10.34 0.03 0.07 0.07 0.18 3.47 3.86 18.58 9.47 1.74 2.66 0.99 5.27 3.73 1.18 0.81 5.98
0.03 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.04 0.01 0.0 0.01 0.07 5.51 0.0 0.0 0.0 2.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.42 43.06 0.17 0.17 0.28 0.0 0.02 0.0 0.08 0.01 0.09
0.02 0.0 0.03 0.03 0.08 0.0 0.15 0.0 0.03 0.0 0.06 5.9 8.22 8.13 0.0 0.02 19.32 0.0 0.07 0.11 0.07 33.02 27.08 40.37 14.62 0.5 2.44 0.01 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07
0.02 0.68 0.06 0.04 0.35 0.0 1.31 0.0 0.0 0.05 0.0 0.55 0.19 0.0 0.0 0.0 3.45 0.0 0.0 0.0 0.0 2.71 2.09 49.4 0.05 0.03 0.04 0.38 0.15 0.17 0.09 0.24 0.49
0.28 0.21 0.16 0.06 0.02 0.0 0.47 0.0 0.0 0.25 11.75 0.12 6.87 2.04 0.12 16.94 34.54 11.57 10.29 13.91 11.78 0.06 37.16 55.65 7.75 0.25 1.54 0.51 0.0 0.05 0.0 0.07 0.49
0.88 1.48 0.15 0.0 0.06 0.26 0.22 0.0 0.0 0.0 0.29 7.19 30.29 6.91 0.0 0.0 36.83 0.0 0.0 0.0 0.0 60.33 17.3 35.73 24.36 1.88 6.66 0.55 0.19 0.1 0.04 0.8 0.34
0.0 0.02 0.0 0.08 0.04 0.0 4.06 0.0 0.03 0.0 0.0 3.84 3.85 1.75 0.0 0.25 11.17 0.83 0.0 0.65 0.0 6.93 6.79 18.78 6.96 2.76 2.27 0.23 0.12 1.2 0.07 0.36 0.66
0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.65 0.0 0.0 0.0 0.94 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.07 4.41 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.39 0.0 1.28 0.7 0.1 57.34 41.44 16.53 0.0 0.0 213.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.83 262.95 328.26 94.25 60.11 70.49 15.81 97.7 34.11 13.2 6.03 8.47
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.88 0.0 2.69 0.0 0.0 0.11 1.61 0.0 0.05 0.0 0.0 0.11 0.86 13.57 1.72 0.06 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0 4.01 0.12 0.34 0.0 1.42 0.0 0.0 0.0 0.0 2.97 0.18 24.1 1.8 0.01 0.1 0.05 0.0 0.0 0.05 0.03 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 7.15 0.07 3.12 0.1 0.38 10.24 14.65 6.89 8.76 12.42 7.28 0.04 29.84 21.8 5.07 0.15 0.6 0.05 0.0 0.0 0.03 0.0 0.33
0.2 0.1 0.11 0.22 0.33 0.49 1.03 0.45 0.32 3.34 4.88 3.68 74.7 1.61 22.83 2.14 46.98 2.68 2.94 1.86 2.57 6.46 37.0 195.02 22.2 16.65 18.72 13.28 9.49 11.63 17.08 19.65 11.94
0.1 0.59 0.0 0.14 0.0 0.0 0.88 0.0 0.0 0.0 0.0 0.41 0.73 1.56 4.25 0.0 3.35 0.0 0.0 0.0 0.0 2.81 1.3 49.18 0.2 1.95 1.12 0.13 0.08 0.02 0.22 0.09 0.03
0.5 1.49 0.26 0.0 0.03 0.0 3.35 0.01 0.57 0.0 0.12 7.64 32.66 1.82 0.17 0.16 35.83 0.0 0.0 0.07 0.02 28.91 38.94 81.29 26.97 4.98 12.88 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.54 0.0 0.0 0.0 1.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 2.75 2.54 0.27 0.02 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.74 0.0 0.0 0.0 0.41 1.6 3.18 0.29 0.0 0.0 5.63 0.4 0.0 0.18 0.28 2.45 1.94 12.92 7.33 0.37 0.87 0.14 0.0 0.0 0.13 0.3 0.0
0.21 0.18 0.13 0.23 0.21 0.34 0.59 0.19 0.08 0.11 0.0 2.7 4.53 3.24 0.0 0.0 26.44 0.0 0.05 0.0 0.0 15.15 20.54 225.32 4.43 1.82 3.1 0.11 0.12 0.09 0.03 0.15 0.7
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.06 0.0 0.0 4.82 0.0 0.0 0.0 2.39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 6.21 52.4 1.16 0.87 1.23 0.14 0.03 0.0 0.1 0.28 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 3.89 15.51 8.83 0.0 0.0 16.56 0.0 0.0 0.0 0.0 18.02 20.32 185.1 20.67 0.04 0.94 0.0 0.07 0.02 0.0 0.0 0.0
1.71 1.8 0.12 0.06 0.04 0.0 4.28 0.0 0.02 0.0 0.22 24.56 38.86 15.53 0.0 0.07 33.28 0.03 0.09 0.0 0.07 36.69 30.37 31.83 10.41 12.76 13.12 2.83 6.66 16.62 3.19 4.34 10.45
0.0 0.0 0.02 0.04 0.0 0.0 0.36 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.14 1.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.7 2.13 0.0 0.02 0.03 1.01 0.03 0.0 0.91 0.6 0.11
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.0 0.0 0.42 22.51 48.21 20.66 0.0 0.0 62.42 0.13 0.0 0.0 0.0 23.09 7.34 879.68 4.11 16.28 23.58 0.07 0.01 0.0 0.0 0.06 0.11
0.01 0.02 0.03 0.0 0.09 0.0 2.3 0.0 0.0 0.0 0.06 11.63 166.53 14.25 0.0 0.0 116.31 0.0 0.0 0.0 0.0 97.85 155.21 1437.41 68.09 1.64 10.62 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
2.68 7.85 0.32 0.09 0.08 0.0 21.82 0.03 0.1 0.0 0.0 2.65 10.04 8.4 0.0 0.0 26.66 0.0 0.0 0.0 0.0 24.8 36.23 33.16 1.43 9.38 8.73 0.08 0.14 0.34 0.09 0.04 2.24
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.06 0.0 0.0 0.02 0.37 0.62 0.0 0.0 0.61 0.0 0.0 0.0 0.0 0.65 0.48 1.55 0.0 0.04 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.08 0.57 0.02 0.25 0.14 0.22 8.2 0.2 0.0 0.0 0.41 5.42 10.48 3.02 0.43 0.97 18.37 0.0 0.0 0.47 1.15 10.84 10.97 43.45 10.66 5.88 4.16 0.26 0.76 2.44 0.31 0.59 1.71
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.05 0.0 4.53 34.97 15.28 20.25 0.46 0.74 35.6 1.69 0.12 0.16 0.32 41.49 31.34 70.83 20.52 11.21 17.88 0.84 0.73 1.17 0.88 0.09 0.65
1.28 2.8 0.12 0.03 0.14 0.02 4.48 0.24 0.01 0.02 0.12 2.53 11.48 2.93 0.0 0.02 12.52 0.33 0.05 0.02 0.05 8.56 6.39 23.64 2.56 1.77 3.17 0.55 3.34 4.17 1.09 0.33 1.97
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.05 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.09 2.44 0.0 0.03 0.07 0.0 0.07 0.02 0.05 0.0 0.0
0.27 0.15 0.07 0.09 0.09 0.34 0.33 0.0 0.0 0.05 0.07 0.0 0.17 0.14 0.58 0.0 0.65 0.0 0.14 0.0 0.0 0.03 0.42 3.22 0.07 0.02 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.73 0.76 0.05 0.08 0.0 0.02 0.43 0.05 0.01 0.0 0.02 1.72 5.57 2.16 0.0 0.0 6.17 0.0 0.0 0.0 0.0 3.09 2.69 9.64 1.57 1.79 2.39 0.2 2.25 1.09 0.74 0.0 1.65
0.0 0.06 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.08 0.07 0.0 0.0 0.0 0.93 0.0 0.0 0.09 0.73 0.0 0.0 0.04 0.0 0.12 0.6 6.56 1.01 0.07 0.21 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.16 0.67 4.15 0.55 0.0 0.43 2.64 0.63 0.99 0.43 0.46 1.41 1.01 53.21 0.76 1.29 1.22 1.83 1.35 1.53 2.28 0.96 1.06
0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.07 0.06 0.0 0.0 0.0 0.77 0.0 0.0 0.0 2.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 7.55 0.42 0.08 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.09 3.93 0.43 0.35 0.51 2.41 10.94 0.28 0.68 1.36 0.25 8.16 8.86 4.92 0.53 0.09 24.96 0.56 0.42 1.12 0.3 13.69 15.49 47.61 13.14 3.73 3.36 0.6 1.05 2.28 0.35 0.89 2.13
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 5.36 0.0 0.0 0.0 11.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.35 0.68 30.1 1.65 0.02 0.91 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)