Heatmap: Cluster_116 (HCCA cluster)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Roots (apex), 7 DAG
Roots (differentation zone), 4 DAP
Roots (elongation zone), 4 DAP
Roots (meristematic zone), 4 DAP
Roots (stele cells), 7 DAS
Roots (tip)
Leaves (rosette), 21 DAG
Leaves (rosette), 29 DAG
Leaves (rosette), 35 DAG
Leaves (rosette), 42 DAG
Leaves (rosette), 57 DAG
Epidermis cells
Mature guard cells
Stems (internode)
Stems (internode), senescent
Meristem (M1-3), 7-9 DAG
Meristem (M4-6), 1-12 DAG
Meristem (M7-1), 13-16 DAG
Axis of the inflorescence
Pedicel
Flowers (receptacles)
Flowers (floral buds)
Flowers (sepals)
Flowers (petals)
Flowers (stamen filaments)
Flowers (anthers)
Flowers (carpels)
Flowers (ovules)
Stigmatic tissues
Pollen
Siliques
Siliques, senescent
Pods of Siliques
Pods of Siliques, senescent
Embryo
Endosperm
Seeds, dry
Seeds, from senescent siliques
Seeds, young
Seeds, germinating
Seedlings, 5 DAG
Seedlings, 11 DAG
Seedlings, 14 DAG
Seedlings, etiolated
- - -2.92 - - - - -4.86 -3.57 - - - - - - 0.6 -4.07 -5.07 - - - 3.24 -3.75 - - 3.37 -2.49 - -2.85 4.24 -4.45 - -2.86 -2.7 - 1.12 - - -2.8 -2.95 -1.58 - - -
0.06 -0.78 -6.31 - - - -1.37 - -7.83 -5.02 -6.27 - - -3.0 - -1.52 -3.15 -2.29 -0.72 -1.27 -0.3 2.58 -2.59 -0.83 -0.9 2.66 0.3 0.92 3.5 - 1.53 -3.99 -0.03 0.06 - -0.61 - - 1.6 -2.1 -3.34 -2.6 0.09 0.07
0.2 1.8 0.16 -0.66 -1.53 -0.78 0.07 -0.64 -0.45 -0.56 -0.61 -1.54 -0.92 1.49 -0.57 -1.25 -1.65 -1.62 -0.41 -0.04 1.09 0.45 0.06 -0.18 -1.0 -2.67 -0.09 -0.68 0.83 - 1.65 -2.34 1.71 -0.71 -0.14 0.74 -1.25 -2.62 -1.02 -0.71 -0.24 -0.18 0.79 0.54
- - - - - - - - - - - - - 2.54 - - - - - - - - - - - 3.01 - - - 3.71 - - - - - 2.49 - - - - - 3.51 - -
- - - -0.54 - -2.01 - - -3.05 -2.55 - - - - - - - -3.49 - - - -0.09 - - - 4.13 -4.5 - - 4.35 -3.15 - - - - 1.24 - - - - - - 0.21 -1.93
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.11 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.47 3.23 - - 4.35
AT1G46408 (AGL97)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - 1.79 -2.39 - - 4.84 - - - - - -1.67 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.25 - 4.36 - - 4.4 - - - - - - - -
-1.62 -2.99 -1.85 1.26 - -0.19 -5.04 -8.45 - -6.89 - -1.61 - -2.86 -5.44 -1.25 -0.7 0.01 -0.44 -1.54 -1.91 1.52 -3.36 -4.36 -4.66 3.21 -0.08 -0.07 -6.92 4.15 -1.96 -6.08 -2.82 -1.87 0.12 0.21 -6.33 - -0.54 -2.96 -3.17 -2.55 -3.8 -3.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AT1G51150 (DegP6)
- 2.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.6 2.84 - 1.62 - - -1.38 - - 1.89 -3.34 - - - - 0.79 - - -0.56 0.96 - 2.8 3.14 -
AT1G51490 (BGLU36)
- - -4.09 - - - - - - -4.43 - - - - - - - - - - -4.23 1.54 - - -3.36 1.51 -1.78 - - 5.22 -1.82 -5.24 -4.43 -3.42 - - - - -4.24 - - - - -
-0.37 2.77 3.71 0.15 - 1.54 - 1.41 1.79 2.02 0.49 - - - - - -1.18 -0.11 - - -1.44 - - - - - -0.94 - 1.03 - -3.57 - - -0.34 - - - -1.09 -2.74 - -1.22 - 0.32 -2.07
-3.12 - - -4.2 - -5.54 - - -6.71 - - - -4.39 - -4.94 - -7.86 -3.94 - -4.76 -3.56 2.71 - - -4.19 4.26 -1.86 - - 4.07 -2.76 - -3.39 -4.93 -3.62 -4.44 -3.66 - -3.73 -3.81 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.47 - - - - - - - - - - - - - 5.27 - - - - - - - - - - - - -
-1.39 - - - - - - - - -3.13 -3.26 - - - - - - - - -1.43 - 3.04 - - - 3.7 -3.24 0.14 - 3.48 -1.67 - - - - 3.19 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - 4.05 - - - - - - - 4.25
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - - - 0.51 1.35 4.3 - - -0.0 - - - - -1.93 - 0.6 -1.58 - - - - -2.95
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.21 0.67 -0.87 - - - - - - -1.64 - - - 1.75 - - - 3.96 - - - 4.42 - - - - - -0.29 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - -
- - - - - - - - - -1.77 - - - - - - - -1.21 - - 2.69 - - - - 1.05 -1.68 - -0.29 - -0.62 -0.24 -0.5 3.3 - - - - - 3.36 - 2.62 - 2.38
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.47 - - - -3.0 -0.78 - 5.42 -3.43 - - - - - - -3.97 - - - - - - -5.35
- - 0.39 - - - - - - - - - - - - - - - -0.51 - -2.27 2.96 - - - 3.05 -3.89 - - 4.61 -2.37 - -1.44 -0.42 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.65 - - - - - - - - - - 1.75 - - - - - - - 3.4 - 4.57 - - - - - - - -
- - -0.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.79 - - - 3.0 - - - 5.1 -6.97 - - -1.97 - -2.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.06 - -0.57 - - - - 0.43 - - 1.43 0.21 -1.63 - 0.59 4.89 - - -1.09 2.33 -0.36 - - -
- - - - - - - - 2.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 2.42 - - - - 4.18 - - - - - - - -
3.12 4.62 -0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.83 -1.68 - 0.77 -0.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -6.96 - - - - - - -7.97 - - - - 4.33 -6.12 - - 4.09 -6.25 - -5.47 2.75 -8.36 - - -3.77 - -6.28 - - -7.76 - - - - -
- - - -2.97 - - - - - - -6.35 - - - - -2.15 -2.46 -2.29 -3.48 - 0.42 2.27 - - - -6.06 1.37 3.6 - - -0.65 - -3.13 - -2.38 -0.59 - -2.55 4.33 - - -1.97 - -3.99
AT3G16380 (PAB6)
-3.18 - - - - - -2.41 -3.38 -5.33 -6.15 -7.46 - - 0.89 - -3.44 -3.78 -1.44 -0.16 -0.11 -1.1 1.83 -1.41 -0.98 -0.56 3.08 0.04 -1.53 -3.69 4.34 -0.43 -5.89 -0.69 -4.51 -4.25 -3.32 - - -1.16 -1.97 -2.32 -1.58 -1.11 -1.71
2.09 2.67 1.98 -2.26 3.64 0.13 -8.92 0.01 -2.78 -1.91 -1.58 -4.98 - -5.89 -3.67 -5.77 -4.99 -5.77 -7.13 -8.24 -2.74 1.74 -5.1 -3.43 -0.92 2.6 -5.56 -8.43 - - -5.16 -7.7 -4.9 -6.49 -7.42 -3.44 - -9.39 -6.4 0.09 -1.33 -6.76 -1.44 0.53
- - - - - - - - - - - - - - - - - -4.25 - - - 4.21 - - - 4.58 - - - 0.3 -4.04 - - - - -2.84 - - - - -2.61 - - -
AT3G23410 (FAO3)
-1.29 -2.93 -5.86 -1.56 - -1.76 -0.0 -3.44 -2.8 -2.95 -3.72 -2.81 -1.2 -2.6 -1.23 -4.77 -4.47 -4.98 -5.0 -2.86 -0.38 2.24 0.13 1.33 -3.49 0.95 0.65 2.16 3.6 -1.9 -0.39 -3.26 -0.56 0.37 -3.56 0.46 -10.4 -7.4 1.52 -1.91 -1.72 0.82 -0.42 -3.32
1.79 2.15 -0.53 -5.97 - -5.72 -0.1 -3.19 -5.43 - -6.55 - - 1.18 -1.56 0.6 -1.11 -4.13 0.04 0.15 -1.31 2.06 0.35 1.44 1.12 -0.9 -1.16 -0.12 1.91 - 1.04 -6.63 0.24 -6.69 -6.38 -1.2 -4.69 - -1.14 0.49 -0.47 0.54 0.91 0.56
0.74 2.56 1.1 -4.73 - -2.31 -0.71 -4.14 -6.66 -9.55 -7.2 -7.7 - 2.23 -2.05 0.47 -1.16 -3.5 -0.73 -0.61 -0.73 1.16 -0.55 0.12 -0.24 0.93 -1.54 -0.57 1.46 - 1.2 -1.09 -0.05 1.76 -6.27 0.81 -6.36 -1.83 0.31 -0.3 -1.14 -0.36 -1.15 0.26
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - 4.51 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 4.92 - - - - - - - - - - 2.41 - - - - -
- - - - - 2.99 - - - - - 3.97 - - - - - - - - - - - - - - 2.48 - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.27 2.73 - - -3.42 - -0.24 2.82 - 4.21 - - 2.31 0.06 - - - -
- - - - - - - - 1.79 - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - - - - 4.1 - 3.69 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.31 -0.04 2.16 -2.97 - 0.24 -3.45 -2.61 -6.23 -7.59 -7.2 - - -3.15 -8.01 -0.92 -1.0 -0.92 -0.12 -2.0 -0.4 1.29 -1.89 -0.42 2.17 0.12 1.14 2.24 0.4 - 0.29 - -1.72 - -0.54 1.44 -8.64 -8.51 2.28 0.45 -1.29 -1.63 -1.21 0.38
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.31 1.7 - - - - - - - - 5.16 - - - - - - - -
AT3G44910 (CHX12)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.0 - - - - - - - 5.39 - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.22 - 4.68 0.97 - - - 1.13 - - 2.16 - 0.94 - -0.68 -2.25 - - - - - - - - - - - - - - - 0.87 -0.72
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.44 2.92 - - - - - 3.88 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.72 - - - - 3.7 - - - - - - - - - 4.15 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AT3G53290 (CYP71B30P)
- - - - - - - - - - - 5.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.9 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - 4.71 2.61 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.24 -3.84 - - -3.23 -3.17 - - - - - - - - - - -6.07 -3.07 - -3.61 2.16 -5.66 -2.44 -5.04 2.34 0.21 0.21 4.8 -0.67 -2.04 - -4.42 -4.61 -2.95 -5.75 - - 0.3 -4.79 -3.55 -2.71 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 - - - 0.08 - - - 2.71 0.43 - - - - 1.52 - - - 3.08 - - - -0.25
AT4G10595 (LCR2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.11 - - -4.41 3.03 - - - 0.15 -5.73 - - -3.84 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.79 - - - 3.37 - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.74 -0.77 -0.49 -3.03 - -2.65 -4.28 -4.37 -3.31 -2.91 -3.56 -7.24 - -0.17 -0.71 -2.96 -2.83 -3.21 -2.79 -2.1 -1.64 2.54 0.08 -0.52 1.37 1.92 -0.14 1.32 3.98 - -2.15 -1.44 -2.56 1.54 -3.26 -1.73 -7.94 -7.03 -0.73 -2.5 -2.64 -3.89 -3.02 -0.37
- - - - - - - - - - - - - - 4.07 - - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - - - - 3.19 - - 1.69 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.76 - - - 4.4 - - - - - 3.22 - - - - - - - -
- - 0.78 - - - - - 0.2 0.27 0.12 3.26 - - 0.95 - - - - 1.73 0.83 - - - - 1.04 1.0 - - - -4.3 - - - 1.01 3.28 0.38 - - - -0.17 - 1.91 -1.0
AT4G38590 (BGAL14)
-0.81 - - - - - - - - - - 0.52 - -1.48 -1.5 -2.51 -3.88 - - - - 4.31 - -2.67 -1.89 3.52 -2.28 -0.89 -2.74 2.23 -3.37 -2.7 -3.53 - -2.32 1.11 -1.36 - -1.85 -2.46 -3.27 - - -2.67
- - - - - -1.23 - - -1.26 -2.22 -1.09 - - - - - - - - - 2.47 4.47 - - 0.37 -0.26 - - - - 0.86 - -0.34 - - 2.68 - - -2.99 - -0.17 0.52 - 0.3
- - - - - - - - - - - 0.1 - - - - - - - - - 3.23 - - - 2.96 -1.24 - - 4.38 -4.27 - - - - - - - 2.16 - - - - -
AT5G22420 (FAR7)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.57 0.38 2.36 2.27 -0.1 -5.36 -2.02 -5.66 0.15 -2.36 4.91 - -9.32 - - - - - - - -5.99 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.95 5.12 - - - -2.61 0.23 -0.39 2.73 -2.23 -4.61 - - - - - - - -3.83 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.74 - - - -0.94 2.49 4.46 - - - - - - - -1.31 - - 3.59 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - -0.95 - - - - - - - - - - 4.48 - - - 3.02 - - - 3.71 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 0.61 - - - -0.26 - - - - 0.13 2.35 3.33 - - 2.53 - 0.58 - - 0.95 - - 3.97 - - - - -0.83
-4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - -6.93 - - 1.03 1.94 -5.82 -4.73 -5.15 -4.56 1.82 3.87 - - 0.07 -3.25 -1.7 - -3.5 -1.98 - - 4.17 - - - - -
- 4.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 - - - - - - - - - 1.69 - - - - - - - - - - - - -
-0.23 2.56 3.53 - 0.87 2.16 - - - - - - - 1.11 - - - - 2.22 - - - -2.86 - - -1.83 -4.12 - - - -3.53 1.26 -3.94 1.26 - -2.91 -0.78 1.08 - 1.22 - -0.91 0.43 -2.91
2.74 - - - - - - - - - - - - - - - 0.19 - - - 0.64 4.27 - - - -0.16 -1.82 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - -
AT5G49310 (IMPA-5)
- - - - - - -1.45 - -4.17 - -4.12 - - -1.53 - 0.17 -0.73 -1.38 0.51 -2.97 -1.82 2.83 -3.48 -1.09 0.59 2.72 0.07 0.64 0.27 3.11 -0.26 -2.75 -1.79 0.66 1.09 1.97 - - -0.06 -1.02 - -1.53 -2.78 -2.47
1.64 3.61 -0.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.23 - - -1.6 0.85 -0.14 2.06 - - -6.41 - - - - 3.13 - - -1.1 -0.62 -0.05 - -1.51 3.1
-1.52 -1.65 -0.41 -1.06 - -1.87 - -4.82 -2.85 -1.83 -1.13 - -3.5 -5.91 -1.05 -4.7 -4.62 -4.0 -5.89 -5.6 -1.75 2.68 -3.62 -1.99 -2.86 3.04 -0.3 1.03 -0.62 2.42 -0.1 -4.09 -1.77 -1.81 -4.17 3.47 -1.18 -2.87 0.67 -1.1 -2.26 -2.23 -7.17 -2.71
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.12 1.83 4.7 - - - - - - - - - - 3.35 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -2.43 -2.79 - - - - 3.14 - - - 4.11 -2.99 - - -0.14 -2.43 - - - - 3.95 - - - - -1.01 - - -1.24
- - 5.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AT5G56795 (MT1B)
0.3 2.32 -2.67 -4.34 - -4.17 -0.35 -0.63 0.41 -0.21 -0.99 0.02 2.66 - -0.07 0.06 -1.21 -4.33 - -4.9 1.54 -0.64 1.34 - -4.26 -1.52 -4.41 - -3.12 - -2.6 -2.0 -1.93 1.46 - -1.92 - -4.48 - 1.3 2.36 -0.68 0.54 1.82
-1.57 -2.45 -2.02 -0.1 -7.11 -0.93 -0.17 -1.53 -1.43 -1.19 -1.44 -1.53 -3.9 -0.37 -0.84 -0.2 0.5 0.62 0.48 0.31 -0.12 2.44 0.14 -0.38 0.3 1.82 0.7 0.3 2.13 -7.78 0.03 -4.43 -0.05 -1.17 0.13 -1.42 -7.76 -5.29 0.09 0.12 -1.45 1.35 0.06 -0.25
ATMG01190 (ATP1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.46 - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.