Heatmap: Cluster_92 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light - ZT1
Light - ZT3
Light - ZT5
Light - ZT7
Light - ZT9
Light - ZT11
Light - ZT13
Light - ZT15
Dark - ZT17
Dark - ZT19
Dark - ZT21
Dark - ZT23
Light - ZT25
Nutrient stress - Low nitrogen - 10%
Nutrient stress - Low phosphate - 0%
Nutrient stress - Low sulfate - 2%
Nutrient stress - Low micronutrients - 0%
Nutrient stress - NaCl - 75 mM
Nutrient stress - Mannitol - 100 mM
Nutrient stress - Control
Environmental stress - Prolonged darkness - 72h
Environmental stress - Cold - 4C
Environmental stress - Heat - 37C
Environmental stress - Control
Environmental stress - High light - 150 uE
Environmental stress - Control high light - 40 uE
- - - - - 4.37 - - - - - 1.69 - - - - - 1.05 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.83 - - - - - - 4.24 - - - - - - -
0.72 0.38 0.14 0.15 - 0.27 - 0.35 -0.88 - -0.93 0.81 - 0.09 -0.12 0.73 - 2.07 1.1 - - 1.86 - - -1.54 0.63
1.74 0.83 - -0.4 - -0.11 1.23 0.6 - 0.56 1.97 1.34 1.06 - - - -0.39 0.6 - - -0.32 - - - - 1.16
- - 2.24 - - - - 3.71 - - 2.25 - - - - - - - - - 1.79 - - - - -
-1.22 - - - - - -1.0 - - 2.27 2.12 1.21 - 1.19 1.24 2.4 - - -1.28 - -0.18 - - 0.28 -0.24 -1.78
- - 3.26 - - - - 3.15 - - - - - - - - - - 2.91 - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.87 - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.9 -0.79 -1.91 -3.95 0.71 0.25 0.88 -0.52 -0.06 -1.49 -2.96 -0.57 -0.01 1.08 0.6 0.42 -1.68 0.85 1.54 -0.12 - 1.79 -4.57 0.08 -0.82 -4.48
1.08 - -1.62 -0.04 1.76 1.21 1.15 0.45 0.74 -0.12 -0.06 0.06 0.8 0.88 - - -0.65 -1.19 -1.97 - -1.01 -2.02 -1.28 0.6 -1.23 -0.51
- - - - - - - 2.62 - 2.55 - - - - 1.57 1.56 - - 2.59 - - - - - 1.05 -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.42 - - 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.58 - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.2 2.09 - 0.59 2.21 - - - 2.08 - 0.47 - - - - - 0.74 1.94 1.74 - - - - - - -
- - - - 2.6 1.29 - - - - - -2.77 - - - - - - 2.18 3.03 - 0.67 - - - 1.61
1.18 1.62 - - - - - - - - 1.45 - - - 1.23 - - - 2.41 1.1 1.54 - - 2.38 - -
- - 1.12 1.52 1.18 - - -0.22 0.95 - - - 0.29 - - - 0.98 0.91 2.53 0.57 1.52 - -0.48 - - -
- - - - 3.83 - - - - - - - - - - - - - 3.56 - - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - -
- 0.92 0.01 1.9 2.04 - 0.46 - - -0.1 - 1.43 - 1.57 1.57 - 1.57 -0.73 - - - -0.38 - - - -
- - - - - 4.06 - - - - - - - - - - - - - - 3.22 - - - - -
- - - - 4.68 - - -1.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.59 2.2 - - - - - - - - - 2.44 - - - 1.98 - - - - - -
- 1.09 - - 2.13 1.86 1.29 - - - - 0.94 - 0.26 0.76 - - - - - 2.86 0.45 - - - -
- - - - - - 2.99 - - - - 0.73 - 1.28 - - - - 3.38 - - 0.25 - 1.25 - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.07 -1.45 -0.8 0.05 2.11 1.64 -1.02 -0.82 0.03 0.51 0.48 1.39 0.38 -1.2 - -0.89 0.17 -1.62 -0.39 - 0.15 - -0.11 -1.13 - -
- - - - - - - - - - 3.74 - - - - - - - 3.66 - - - - - - -
- - - - 4.18 - -0.99 - - - 2.89 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - 4.29 - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.94 - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.16 - - - - - - 2.01 - 3.03 - - - - - - - 2.67 - 1.58 - - - - -
- - - 0.08 2.29 0.25 - 2.13 1.09 0.9 0.01 - 1.4 - - 2.34 - - -0.0 - - - -0.37 - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.3 - - 2.81 - 2.51 - - - - - - - 1.85 - 2.27 - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.82 - - - 3.56 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - -
0.58 -0.19 - 0.06 0.46 -1.55 - -0.54 0.86 0.34 -0.63 0.11 2.09 -2.15 -0.07 0.54 -0.36 1.17 -1.64 -1.89 - 1.42 -1.94 -1.66 -2.24 0.48
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.27 - - - 3.28 - - 2.79 - - - - - - - - - - - - - 2.18 - - - -
- - - - 3.54 - - - - - 3.85 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.74 -0.67 -0.85 -0.81 1.22 1.0 -0.71 -0.17 -0.34 0.06 1.23 0.25 -0.45 -0.63 -0.02 -2.45 0.36 0.65 0.94 -1.66 -1.11 -2.69 -0.65 1.08 -0.77 -0.27
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.98 - - - - - - - - - 3.35 - - - - - - - -
- - - - - - - 3.3 - - - 3.51 - 2.25 - - - - - - - - - - - -
- - 1.94 - - - - 1.6 - - 2.72 - - - 1.63 1.61 1.95 - - 1.34 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.47 - - - 2.75 - - 2.87 - - - - - - - 2.68 - - - - - -
- - - - 3.34 - - - - - 3.37 - - - - - - - - - 2.46 - - - - -
-1.51 0.54 -1.2 -0.19 1.79 -0.12 - 0.27 0.48 -1.32 0.31 - 1.23 - 2.2 - -1.0 1.01 0.74 -0.4 0.13 - -1.58 -1.3 -0.85 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.15 1.59 - - 0.36 - - 0.48 - - 1.4 - 0.35 0.81 0.21 0.35 - - 1.97 - 1.1 0.06 - - - 2.0
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.27 0.78 - - - - - - 0.66 - - - - 1.94 3.05 0.44 - - - 0.66 - 1.51
- - - - - - - 4.16 - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.02 3.22 - - - - - - - 1.67 - - - - - - 1.7 1.07 - - - -
- - - - - - - - - - 3.39 - - - - - - - 3.96 - - - - - - -
- - - 1.02 - 3.37 1.28 - - - 1.49 0.03 - - 0.86 - - - 0.59 - 1.15 - - - 0.89 -
- - - - 3.61 - - - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.68 - - - - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.41 - - -0.03 -0.98 -0.54 - - 0.55 - 0.11 0.42 - -1.08 -0.85 0.79 -1.58 2.86 - 1.74 1.2 0.67 - -0.08 0.09
- - - - - - - 2.91 - - 4.21 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.49 - - - 3.88 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.0 - - - - - - - - - 2.36 - - - 2.86 - - 2.49 -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.98 - - 3.16 - - - - - - - - - - 3.2 - - - - - - -
- - - - 3.31 - - - - - - - 4.01 - - - - - - - - - - - - -
3.04 - - - 3.09 - - - 1.36 - - - - - - - 2.29 - - - 0.87 - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.05 - - - - 1.82 0.87 - - - 0.77 - 2.08 - 2.79 - - - 1.2 1.76 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.09 - 2.32 - 1.99 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.64 - - - - - 3.75 - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.96 - - 0.62 - 0.59 1.95 1.87 - - - - - - - 1.81 2.62 - -0.61 - - 0.27 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.54 - - - - - 3.85 - - - - - - - - - - - - - - -
0.42 - - - 0.62 0.67 - 1.77 2.34 0.31 2.76 2.34 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - -
1.31 -2.06 -2.19 -2.6 -2.02 1.3 -0.54 -3.1 0.79 0.04 2.23 1.17 -0.59 -5.52 -4.79 - 0.77 -0.11 -2.06 -0.07 - -2.11 -4.0 0.19 0.12 1.39
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - 3.68 - - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.55 0.66 - - - 0.66 0.62 - - - 3.72 2.11 0.31 - 0.17 - - - - - - - - - - -
-1.15 0.98 -0.02 -1.61 1.32 -0.32 0.32 -1.21 - -0.44 -0.72 -2.6 - 0.49 1.41 0.67 1.22 1.68 -0.34 0.96 - -0.23 - -1.17 -3.3 -1.11
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.91 - - 2.1 - 2.12 - - - - 3.04 - - - - - 1.22 - - - 1.6 -
3.6 - - - - - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.49 - - - - - - - - - - - - - 2.05 - - 3.77 - - - 1.54 - 1.3 -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.51 0.3 -1.38 0.06 1.35 -0.01 0.84 - 0.99 -1.65 1.68 0.81 0.43 - -1.69 -1.62 0.93 0.58 0.99 -1.98 - -1.0 - - -2.28 -0.03
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.41 -1.52 0.05 -0.11 2.3 2.54 -0.2 - 0.26 2.64 -0.55 - -1.11 - 0.35 - -2.93 -0.67 -3.48 -0.33 - -3.38 - - -3.8 -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.64 - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.09 - 1.59 3.01 1.38 - - - - - 1.14 - - - 2.03 - - - - - - 1.97
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.46 - 1.14 -0.37 - -0.43 0.0 - - -0.53 - 0.64 - -1.03 - - -0.22 1.82 1.78 -0.82 0.99 2.68 - - -1.06 -0.95
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.84 - - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.91 - - 2.66 2.23 - - - - - - - - - - -
1.17 -0.47 0.68 1.32 -0.22 -1.03 -0.35 -0.68 -0.18 -1.15 0.66 -0.97 0.18 -0.69 -0.56 -0.84 -2.16 0.88 0.64 -2.15 -2.04 1.23 -3.77 -3.49 0.8 0.51
1.39 - - - 2.39 1.59 - - - 0.6 - - 0.58 1.8 - 0.67 - 1.02 0.68 0.61 -0.25 - - - 0.02 -
- - - - - - 2.12 1.94 - 2.83 - - - - - - - - 3.06 - - - - - 1.24 -
- - - - - 1.7 2.0 4.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.22
- - - - 0.94 - - 4.26 - - 0.76 - - - - - - - 1.68 - - - - - - -
- - - - 3.59 - - - - - - - - - - - - - - 3.8 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
2.21 - - - 3.21 2.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.41 - -
- - - - - - - 2.86 - - - - - - - - - 1.9 - 2.33 - - - 2.55 2.04 -
- - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - -
- - - - - 4.66 - - - - - - -0.57 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 1.49 - 1.23 - - - - 2.91 - 2.46 2.58 - - - 0.89
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.4 - - - - - 2.28 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.65 3.75 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.47 - 1.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.12 0.58 1.28 -3.03 2.25 0.88 - -2.22 0.71 0.86 0.91 1.58 -1.67 -2.0 1.92 - -1.39 -3.26 -3.46 -3.2 -4.1 -1.15 - - -1.79 -3.61
1.79 -1.22 0.3 -3.36 2.47 -1.14 -1.07 -0.08 -1.77 -1.0 -0.71 2.14 -0.72 -2.44 -0.46 1.65 - -1.07 -0.08 -4.7 -2.19 - -3.45 - -0.0 -3.29
1.2 - -0.18 - - - 1.15 - -0.14 - - 1.91 - - 0.73 1.44 - 0.23 2.61 0.5 1.18 - - - -0.8 -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.16 1.21 -2.2 0.53 0.31 -2.3 - -1.25 -0.37 0.43 0.34 -0.3 -1.81 -2.37 -1.13 - -0.19 1.43 1.28 -0.19 -0.73 1.58 -0.41 -0.28 -1.56 0.81
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.69 - - 1.63 - 0.45 0.33 - - 2.45 2.11 - 0.27 0.35 0.33 - - 0.37 0.06 - 0.04 - - -0.18 -0.14
- - - - -0.04 - 1.93 2.2 0.1 0.94 - - - - - - 2.15 1.04 2.1 -0.03 -0.88 - -0.6 - -0.56 -
- - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.98 - - - - - - - - - - - - - 3.35 -
- - - - - - - - - - 3.79 - - - 2.73 - - - 2.46 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.59 - 0.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.