Heatmap: Cluster_12 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light - ZT1
Light - ZT3
Light - ZT5
Light - ZT7
Light - ZT9
Light - ZT11
Light - ZT13
Light - ZT15
Dark - ZT17
Dark - ZT19
Dark - ZT21
Dark - ZT23
Light - ZT25
Nutrient stress - Low nitrogen - 10%
Nutrient stress - Low phosphate - 0%
Nutrient stress - Low sulfate - 2%
Nutrient stress - Low micronutrients - 0%
Nutrient stress - NaCl - 75 mM
Nutrient stress - Mannitol - 100 mM
Nutrient stress - Control
Environmental stress - Prolonged darkness - 72h
Environmental stress - Cold - 4C
Environmental stress - Heat - 37C
Environmental stress - Control
Environmental stress - High light - 150 uE
Environmental stress - Control high light - 40 uE
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.43 - - - - - 3.29 - - - - - 2.45 - - - - -
2.95 - - - - - - - - - - - 3.65 - - - - 2.51 - - - - - - - -
- - - 3.29 - - - 3.42 - - - - - - - - - 2.46 - - - - - - - -
2.46 2.22 2.52 2.02 0.01 -2.29 -0.17 -0.49 -1.21 -2.31 - -2.16 0.76 - -3.5 - - -3.99 -3.6 - -2.62 - -1.76 - - -
- - 3.07 - - - 0.27 - 0.06 0.98 - - - - 1.56 0.05 1.16 -0.68 - - - 2.71 - - - -
- - - 3.11 - 3.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.06 - -
0.57 1.09 2.31 1.76 1.03 -1.15 -1.7 0.38 -0.72 -2.75 - - -1.31 -3.29 -1.8 -1.06 -2.74 0.24 -0.17 0.97 -0.7 -3.1 -0.87 -2.1 0.34 -0.06
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 3.3 - - - - -
- - 4.47 - - - - - - 1.93 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.41 1.87 0.68 1.57 0.35 0.94 0.64 0.06 0.13 - 0.43 -1.99 - 0.9 - -2.0 0.51 -1.49 -2.35 -0.73 -0.92 -0.51 -1.08 1.11
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
0.96 - - 3.31 - 2.75 1.47 - - 1.22 - - - - 1.17 - - - - - - - - - - -
- - - 3.65 - 2.88 - - - - - - - - - - 2.6 - - - - - - - - -
0.71 - - - 2.5 2.61 1.22 1.04 - - - 1.12 - - 0.92 - - 1.35 0.66 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - -
-0.54 -0.9 -1.62 0.04 -1.26 1.02 0.57 -0.2 -0.58 0.29 -0.63 -2.53 - 0.29 0.41 0.22 0.63 0.56 0.74 -0.08 -3.56 -0.94 0.69 -0.43 1.24 0.33
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - 2.81 1.42 - 3.32 1.16 1.22 - - - - - - - - 0.83 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.29 - - - - - - - - - - 3.44 - - - 2.02 - - - - - - - - 2.62
-0.45 - - - -0.69 -0.58 1.54 1.15 0.4 0.33 0.38 1.51 1.7 -0.24 -0.67 1.83 -0.39 1.06 - - - 0.02 - - - -
-0.32 - - 2.09 - -0.06 - - - - -0.38 -0.22 - - - 1.97 - 0.34 - -0.69 1.04 1.2 - 0.29 1.2 2.24
- - - 3.73 - - - - - - 3.67 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - 4.13 1.4 - - - - - - - - - - - - 2.55 - - - - - - - - -
- - 4.11 - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.51 - -0.81 -0.13 - -1.73 -0.02 -1.73 0.66 - - -1.78 -0.23 -0.02 0.42 1.08 1.92 0.45 -0.56 1.05 0.01 -0.01 0.76 1.46
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.61 -0.5 - - -0.38 - - 0.8 - - 1.88 1.01 0.31 - - - - 1.98 0.91 3.0 -1.02 - - - - -
- - 3.69 - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - 3.72 - - - - - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
- - - 3.75 - - - - 3.65 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.76 1.92 - -0.7 - - - - 0.51 - - - 0.55 - -0.26 -0.43 -1.15 1.17 0.92 -0.85 2.22 -1.07 - 0.51 1.9
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - 3.46 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.83 - 3.7 - - - - - - 1.65 2.66 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.72 - - 1.98 - - - - - - 2.41 3.44 - - - - - - 1.37 - - - -
- - - 2.3 - - 0.64 2.24 - - 1.6 - 1.07 3.27 - - - - - - - - - - - -
- - - 2.65 - - - - - - - - - - 4.04 1.71 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.85 - - - 3.53
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - 3.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.89 1.76 - - 2.56
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
0.75 -1.12 -3.14 0.42 -1.89 2.33 -0.47 0.46 -0.77 -1.48 -1.8 -0.95 -0.83 -0.36 -0.5 0.4 0.37 0.47 0.24 -0.04 -0.9 -1.39 0.07 -0.47 -0.31 0.63
- - - - - - - - - 3.74 - - - 3.66 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.27 - - - 4.4 - - - - - - - - - - - -
- - - 0.31 - - - 1.19 0.22 - 2.77 0.34 2.21 - - 0.37 - 0.88 1.68 - - - - - 1.18 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.86 - - - - 1.75 - - - - - 3.69 2.61 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.41 - -0.91 -1.29 - - - - 0.9 - 0.7 - - - - -0.79 1.45 2.2 - - -1.24 1.88 0.3 1.2 2.5
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.53 - - - - - - - 2.93 - - - 2.77 - - - - - - - -
- - - - - 3.75 - - - - - - - - 3.65 - - - - - - - - - - -
3.76 - - - - 3.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.87 -1.64 -1.53 -2.77 -1.75 -1.56 -1.13 -0.4 -0.71 -1.61 -1.12 -1.06 3.66 -1.69 -1.23 -1.53 -1.55 -1.53 -0.95 -1.77 -2.29 2.01 -0.58 -2.75 -1.64 -1.53
- - - - - - - - - - - - - 3.57 - - - 3.58 - - - - - - 1.12 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.93 - - - - - - 1.88 - - - - 1.67 2.07 - - - - 0.99 - - - - 2.42
- - - - - - - - - - - - - 3.93 3.43 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.25 - - - - 2.06 - 1.48 - - - - -
- - - 4.13 - - - - 3.09 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.77 - - - - - - - 2.98 - - 2.69 - - - - - 2.28
- - - - - - - - - - - - - 1.48 3.2 - 2.27 1.48 - - - - - 2.68 - -
- - - - - 3.44 - - - - 2.44 - - - - - - - - - 2.49 2.03 - - - -
- - - 4.21 2.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.28 - 0.92 1.01 - 1.68 2.2 1.43 1.94 -1.0 2.09 -0.78 - -0.8 - - -1.02 -0.91
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
-0.03 - 0.51 - -0.02 - - - - - 1.84 1.95 - 0.11 1.77 2.0 - -0.26 - 0.19 1.91 - -0.1 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.32 - - - - - - - - - 3.78 - - - 2.88 - - - - - 1.27 - -
- 1.38 -0.64 -0.68 - -0.39 - -0.42 -0.65 -0.75 - -0.54 -0.74 - 2.08 -0.49 -0.44 - - -0.72 -1.08 0.55 1.53 2.29 -0.28 0.37
- - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - - - 3.25 - - - - - -
2.09 - - - - - - 2.42 - - - - - - 3.62 - - - - - - - 2.02 - - -
1.45 - - 2.83 - - - - 1.74 1.7 - - - 1.59 - - 1.98 - 1.4 - - - - - - -
- - 3.72 - - - - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.12 3.2 - - - - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.49 - - 1.85 - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.6 -0.1 1.12 -0.28 -1.4 0.46 0.93 0.78 1.7 0.21 0.78 1.19 - 0.31 - 0.27 - -1.84 -0.65 0.98 - - -0.96 0.3 -1.91 -0.72
0.67 0.81 2.2 3.47 - - - - - -0.66 -0.65 -0.52 -0.22 - 2.07 - - - - - - - - - - -
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.53 0.74 2.78 2.72 0.22 -2.51 -1.07 -1.63 -0.95 -1.57 -0.23 -0.43 -0.69 - 1.53 - - -1.57 -0.78 - - - - -1.91 - -3.02
0.45 1.45 2.54 2.05 0.52 0.13 -0.77 -1.34 -1.61 -0.52 -1.07 -0.21 -1.24 -3.28 0.88 -3.74 -0.92 -0.22 -0.22 -2.37 -3.3 -3.89 - -1.34 -4.25 -0.79
0.57 - -0.41 -1.57 0.98 -1.63 0.06 0.54 0.1 -0.06 - -0.43 1.49 - -0.7 1.12 -1.56 1.93 -0.73 0.11 -1.97 - - 1.68 -2.2 -0.42
- - - - - - - - - - - - 3.64 2.65 - - - - - - - - 2.86 - - -
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - 2.29 - - - - - 2.27 - 2.25 - - - 2.04 - - - - - - - - 2.89 - -
- - - - - - 2.21 - 3.1 - - - - - 1.92 - 1.98 - - - 1.02 1.61 - - - -
- 1.28 -0.43 1.8 -0.25 -0.94 0.46 -0.19 0.24 0.5 -0.42 -0.32 -0.02 -0.45 0.29 -0.04 0.94 -1.39 1.21 0.62 - - - 0.18 -3.04 -1.85
- - 3.51 3.12 - - 0.08 - -0.08 - - - - - -0.38 0.01 - - -0.48 - - 0.48 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.6 - - 0.36 - 2.53 2.07 - 0.38 0.43 0.58 3.18 - - - - - - - - - - - - -
1.28 - 1.65 - 0.13 2.76 0.43 - 2.05 - - 0.52 0.86 0.77 - - - 1.09 - - - - - - - -
- - - - - 2.81 3.25 - - - - - - - - - - 2.05 - - - 2.41 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 0.14 - - - 0.15 - 0.33 - - 2.46 - - 1.23 2.55 -0.09 - - - - 2.98 -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - - 3.25 - - - -
- - - 1.97 - - 1.9 - - - - - - - - - - - 3.47 - - - - - 2.86 -
- - 4.45 0.48 - - - - - - 0.33 - - - - - 0.63 - - - - - - - - -
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.18 - - - - 2.99 - - - - - - -
- - -0.41 - - 1.81 - - - - - - - 4.14 0.5 - - - - 1.44 - - - - - -
- - 1.25 - - - - 2.31 - - - - 2.97 - 2.97 - - - - - - - 0.59 - 0.58 -
- - - 3.4 - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - 2.82
- - - - - - - - - - - - 0.45 1.21 2.13 - - - - 4.06 - - -0.61 - -0.62 -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.18 - - 2.97 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- -0.47 - - - - 3.09 0.52 0.46 - 2.36 -0.51 -0.17 -0.25 1.63 - - - - - - -0.86 - - -1.28 1.22
0.94 - 3.2 1.83 2.65 - - - - - - -0.04 - - 1.78 - - - - - - -0.52 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
0.27 -0.09 -2.54 0.57 0.1 0.11 -0.25 0.18 0.6 -0.45 -0.56 -0.86 0.01 1.97 -0.37 -0.05 -1.45 -0.94 0.08 -1.01 -1.29 0.12 -0.44 -2.94 0.84 0.44
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.52 - 4.31 - - 1.73 - - - - - - - - - -
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.57 0.69 - 1.61 - 0.48 - 0.5 - - 1.91 - - - - - - -0.49 2.56 - 0.39 -0.18 -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
-0.88 -1.6 -0.9 -1.51 -0.47 1.88 -0.22 0.39 -0.97 -0.72 -2.85 -2.7 -3.41 -0.08 0.21 -0.34 0.33 1.4 1.42 0.75 -3.75 -1.82 -0.28 -1.39 1.14 0.32
- - - - - - - - - - - - - - 4.06 - - - - - 3.22 - - - - -
- -0.37 4.14 -0.43 - - -0.3 - -0.46 - -0.58 - - - - - - - -0.86 1.69 -1.49 -0.9 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.11 - - - 3.09 - 3.15 - - - - - - - - -
- - - -0.25 - - - - 1.36 0.61 1.3 - 0.07 - 2.63 2.06 - 1.62 1.02 -0.41 -0.77 - - -0.43 - -
- - - - - - - - - - - - 4.16 - - - - - - 3.02 - - - - - -
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.48 - - - 2.62 - - - - - - - - - 1.86 2.33 - - - - - - -
2.41 - - 2.79 2.61 - - 2.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.22 - 3.04 - - - - - - - - - - - - - - 3.08 - - - - - - -
- - 2.21 - - - - - - - - - - - 2.12 - 2.18 - 2.2 2.13 - 1.82 - - - -
- - - 3.08 - - - 3.21 3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.0 - - - - 1.43 -0.13 1.93 - 0.77 -0.17 1.54 2.26 -0.3 - - - 0.78 1.34 -0.22 -0.57 - -0.51 - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - 1.25 - 1.21 - - - - - - 1.13 3.42 - 0.93 - - - - - - - - - 2.36 0.44
- - - - - - - - - - - 3.41 - 3.15 - - - - - - - - - - 2.7 -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.68 - - - - 2.37 - - 2.88 - - - - 2.82 - - - - - - - -
-0.57 - - - - - 1.53 - - - - - 1.22 2.84 2.86 - 2.52 - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.98 - - - - 3.35 - - - - - - - - - - - - -
0.79 - 1.4 0.67 - 1.49 - - - - -0.38 - -0.45 - - 1.76 - -1.09 - - 0.72 0.99 - 1.14 - 2.6
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.13 -0.2 -0.44 - - -0.56 0.7 -0.36 -0.55 - 2.33 2.83 - - -0.46 1.39 -0.16 - -1.11 - 0.66 -
- - - 3.58 - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - 3.1 - -
- - 3.31 - - - - 3.34 - - - - - - - - - 2.57 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.67 - 3.73 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.65 0.97 0.36 3.19 1.8 0.7 - - - - - - - - - -0.74 1.31 1.13 0.68 -1.01 - -0.89 - - - -
- - 2.09 3.75 - - - - - - - - - - - - 2.32 - 1.73 - - - - - - -
- - 3.55 - - - - 3.16 - - - - - - - - -0.97 - 1.5 - - - - - - 0.99
1.07 1.24 - -0.74 - 2.49 0.77 - -0.78 - - 0.27 0.57 2.5 - - - 2.23 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.39 3.37 - - - - - - - - - - - 2.38
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.7 - 2.85 - - - 2.54 - - - - - -
- - - - - 2.48 - - - - 2.54 - - 2.99 - 2.72 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.65 - - - - 3.75 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.82 - 3.57 - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.75 - - - - - - - - 3.65 - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.42 - 1.31 - - - - - 1.38 - - - - 1.56 1.62 - - 2.33 0.48 1.16 - - - 1.84
1.93 - - - - - 2.9 1.26 1.36 - - - 1.67 - 2.73 - - - - - - - - - - -
0.53 - - 0.33 -0.85 -0.5 -0.55 -0.73 1.31 0.73 - - 0.64 - - - - -1.34 0.21 2.16 0.94 - 0.27 1.99 -1.43 0.67
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 3.77 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.23 - - - - - 0.59 - 1.6 - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.38 2.39 - - - - - - - - - - -
- 2.51 - 2.33 - 2.38 - - - - 2.3 - - - - - - - 2.36 - - - - - - -
- - - - 1.03 - - - - - - - - 4.48 0.74 - - - - - - - - - - -
-0.26 - 0.04 -0.0 - - 1.15 - - 1.55 - 0.13 - 1.2 -0.04 - - 1.3 0.84 1.54 0.35 - 0.53 - -0.57 1.62
- - - - - - - - - - - - 3.4 - 2.92 - 2.98 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.39 - - - 3.78 - - - - - - - 2.82 - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.66 3.74 - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.